genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.332.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  332  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103786123--103786423	40	7.6	40	85	5	299	26	27	20	25	1.99
103788329--103788455	37	3.4	37	95	3	229	25	33	18	22	1.97
103788495--103788598	48	2.2	48	98	0	199	32	27	5	33	1.81
103788590--103788923	49	6.9	49	95	1	577	29	27	9	33	1.88
103788696--103788771	22	3.3	22	64	10	62	28	27	10	32	1.90
103792699--103792998	40	7.6	40	84	6	290	26	27	20	25	1.99
103794946--103794993	24	2.0	24	100	0	96	29	37	16	16	1.91
103794909--103795030	61	2.0	61	96	0	226	27	33	18	21	1.96
103794970--103795040	37	1.9	37	100	0	142	25	33	19	21	1.97
103795094--103795197	48	2.2	48	98	0	199	32	27	5	33	1.81
103795189--103795571	49	7.9	49	93	2	657	28	27	9	34	1.88
103795189--103795572	96	4.0	96	96	1	687	28	27	9	34	1.88
103795189--103795573	145	2.7	145	93	3	666	29	27	9	34	1.88
103804957--103805144	50	3.7	51	80	5	150	27	17	25	30	1.97
103805003--103805139	50	2.7	51	85	1	168	26	18	25	29	1.98
103805006--103805194	51	3.7	51	84	0	173	26	17	26	29	1.97
103805064--103805239	51	3.5	51	83	3	167	27	17	26	28	1.97
103806430--103806464	17	2.1	17	100	0	70	31	5	28	34	1.81
103810215--103810327	43	2.7	42	79	2	127	28	24	16	30	1.97
103827917--103827977	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
103829913--103829960	25	1.9	25	87	8	71	35	22	20	20	1.96
103838254--103838291	20	1.9	20	89	10	60	13	5	5	76	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103847567--103847696	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
103847567--103847730	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
103856748--103856954	40	5.2	40	82	3	202	25	23	26	25	2.00
103856750--103856954	79	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
103859804--103859910	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
103861918--103862131	29	7.4	29	71	4	173	17	17	35	29	1.93
103861891--103862101	29	7.5	28	68	3	127	17	18	34	29	1.94
103861889--103862131	57	4.2	57	90	1	371	18	16	35	29	1.93
103866456--103866548	28	3.3	28	92	0	150	34	11	24	29	1.91
103869656--103869863	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
103869656--103869862	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
103883356--103883652	47	6.7	47	73	17	276	29	15	22	31	1.95
103883399--103883642	85	2.9	85	94	0	425	30	15	22	31	1.95
103892741--103892815	22	3.3	22	68	23	64	29	13	32	25	1.93
103892735--103892957	47	4.7	47	89	5	313	30	9	30	29	1.89
103893053--103893174	37	3.3	37	92	0	199	26	18	32	22	1.97
103901164--103901373	43	4.9	43	77	9	178	28	13	24	33	1.94
103908132--103908295	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
103908132--103908329	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
103915223--103915386	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
103915223--103915420	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
103918750--103918882	48	2.8	48	85	0	185	23	17	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103918787--103918969	42	4.2	42	70	14	136	26	17	25	30	1.97
103926523--103926578	21	2.7	21	88	0	85	16	33	33	16	1.91
103940494--103940760	125	2.1	124	80	4	295	37	17	16	28	1.91
103946203--103946432	125	1.8	126	82	4	295	37	17	16	28	1.92
103947348--103947400	27	2.0	27	81	7	63	62	0	1	35	1.06
103950652--103950849	86	2.3	86	82	6	233	28	15	24	31	1.95
103950652--103950849	43	4.6	43	78	8	179	28	15	24	31	1.95
103956182--103956366	40	4.7	40	83	6	216	25	27	22	24	2.00
103956182--103956366	79	2.3	80	78	8	198	25	27	22	24	2.00
103962087--103962189	29	3.6	29	94	0	179	27	31	14	27	1.95
103962058--103962189	58	2.3	58	84	5	169	27	32	15	25	1.95
103964925--103965108	40	4.6	40	84	6	239	25	23	26	24	2.00
103964925--103965108	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	24	2.00
103973170--103973355	40	4.7	40	88	5	243	25	20	26	26	1.99
103977020--103977234	46	4.6	44	76	16	161	21	30	19	28	1.98
103977020--103977279	92	2.8	92	83	9	291	21	29	20	28	1.98
103980687--103980780	27	3.5	27	86	2	109	31	18	13	36	1.90
103980771--103981012	27	9.2	27	80	8	239	30	7	21	40	1.80
103980759--103981012	54	4.8	54	80	7	263	31	7	21	40	1.80
103980734--103981012	81	3.5	81	81	8	238	31	7	20	40	1.81
103980896--103980985	47	1.9	47	84	4	119	28	5	22	43	1.75
103980866--103981012	74	2.0	74	87	2	215	30	6	22	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103981333--103981387	28	2.0	28	85	0	74	23	34	20	21	1.97
103985346--103985517	46	3.7	46	76	10	188	29	26	20	23	1.99
103985351--103985521	93	1.8	93	92	0	288	28	27	21	22	1.99
103985941--103986000	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
103988422--103988584	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
103996316--103996478	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
104004432--104004522	27	3.4	26	86	3	119	32	17	14	35	1.90
104004473--104004866	27	14.7	27	79	8	351	32	9	18	39	1.83
104004500--104004866	54	6.9	54	84	6	417	32	8	18	39	1.82
104004473--104004867	81	4.9	81	83	6	423	32	9	18	39	1.83
104005183--104005246	28	2.3	28	86	0	92	28	34	17	20	1.95
104008855--104008904	26	1.9	26	95	0	91	22	18	22	38	1.94
104011410--104011574	52	3.3	51	68	22	134	29	30	19	20	1.97
104011410--104011586	98	1.8	98	94	0	318	28	29	20	20	1.98
104011403--104011583	46	3.8	46	79	11	211	29	29	20	20	1.98
104024337--104024482	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
104024369--104024520	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
104027949--104028000	27	1.9	27	96	0	95	28	13	25	32	1.93
104027955--104028012	27	2.1	27	84	6	73	31	15	22	31	1.95
104035685--104035754	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
104035685--104035766	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
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104049455--104049626	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
104057019--104057194	46	3.8	46	78	14	200	20	19	29	30	1.97
104057016--104057187	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
104063925--104064047	24	5.1	25	67	15	64	17	21	20	40	1.91
104063897--104063975	24	3.2	24	72	10	72	18	21	18	40	1.92
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104081458--104081651	78	2.5	78	94	0	343	22	32	20	24	1.98
104086118--104086327	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
104094251--104094460	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
104097194--104097361	80	2.1	80	82	5	198	26	22	27	23	2.00
104097194--104097361	40	4.2	40	77	9	157	26	22	27	23	2.00
104102883--104102940	23	2.5	23	91	0	98	41	17	20	20	1.90
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104118872--104118991	23	5.1	23	93	3	204	27	20	20	31	1.97
104119202--104119264	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
104120793--104120945	33	4.6	33	85	3	173	41	35	8	14	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104120793--104120945	66	2.3	66	84	4	191	41	35	8	14	1.76
104125483--104125681	38	5.2	38	88	0	263	31	23	22	23	1.98
104130800--104130998	38	5.2	38	86	3	224	31	24	21	22	1.98
104130800--104130998	76	2.6	76	87	1	274	31	24	21	22	1.98
104136410--104136455	23	2.0	23	86	0	65	47	19	15	17	1.82
104136729--104136788	30	2.0	30	90	0	93	31	15	15	38	1.88
104136731--104136796	30	2.2	30	86	0	87	36	15	13	34	1.87
104138481--104138628	43	3.4	43	87	3	201	25	16	24	33	1.95
104138482--104138679	86	2.3	86	80	4	204	27	15	24	32	1.95
104141567--104141735	49	3.6	45	81	7	178	29	28	18	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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