genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  266  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82804385--82804602	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
82808880--82809087	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
82808880--82809086	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
82814301--82814361	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
82815812--82815878	25	2.7	25	88	0	107	23	20	20	34	1.97
82821052--82821144	44	2.1	44	87	4	132	35	25	5	33	1.79
82821126--82821181	16	3.5	16	87	0	85	28	32	7	32	1.84
82825760--82826020	47	5.7	46	79	9	207	24	27	19	27	1.99
82831611--82831648	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
82833277--82833345	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
82837466--82837495	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
82837819--82837911	40	2.4	39	82	8	93	26	20	25	26	1.99
82837837--82837980	39	3.7	40	90	4	177	26	22	25	25	2.00
82841883--82841942	30	2.0	30	86	0	84	38	10	25	26	1.87
82846028--82846179	48	3.2	48	95	0	259	23	19	29	27	1.98
82847612--82847765	40	3.8	40	80	0	128	24	26	21	27	1.99
82853930--82853981	22	2.4	22	80	0	59	28	25	34	11	1.91
82854797--82854856	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
82861895--82861946	27	2.0	27	88	3	79	30	17	13	38	1.88
82863271--82863335	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
82872057--82872223	48	3.4	49	75	2	131	28	17	25	27	1.98
82872191--82872422	48	4.9	48	75	4	182	29	19	28	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82884892--82885073	91	2.0	91	91	0	292	33	14	13	37	1.86
82889214--82889250	19	1.9	19	88	0	56	32	18	32	16	1.93
82889341--82889474	28	4.7	28	78	7	144	29	15	31	23	1.95
82889338--82889449	58	1.9	58	85	5	156	29	15	32	23	1.95
82893122--82893208	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
82893277--82893919	49	13.1	49	96	0	1137	30	28	8	33	1.87
82896858--82896896	16	2.4	17	87	12	55	48	30	5	15	1.66
82897512--82897558	19	2.3	20	78	14	51	14	27	2	55	1.51
82898125--82898158	17	1.9	18	88	5	52	17	23	41	17	1.90
82898241--82898301	28	2.1	29	90	3	97	27	13	32	26	1.93
82901451--82901493	18	2.4	18	96	0	77	30	13	27	27	1.95
82913030--82913208	40	4.4	40	80	3	189	26	23	25	24	2.00
82913030--82913208	80	2.2	81	84	3	227	26	23	25	24	2.00
82913064--82913248	80	2.3	80	78	6	187	28	23	24	23	1.99
82913151--82913234	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
82919054--82919151	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
82926718--82926815	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
82932135--82932241	29	3.7	30	81	8	134	26	33	14	25	1.95
82948193--82948356	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
82948193--82948390	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
82955517--82955677	68	2.3	70	95	3	290	18	28	18	34	1.94
82955517--82955711	68	2.8	70	88	6	240	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82962584--82962746	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
82962584--82962780	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
82964335--82964486	40	3.8	40	84	3	180	27	23	26	23	2.00
82964335--82964488	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
82964335--82964542	40	5.2	40	80	2	166	27	23	26	22	1.99
82964339--82964506	80	2.1	80	82	0	201	27	23	26	22	1.99
82972359--82972507	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
82972400--82972507	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
82976357--82976607	47	5.3	47	92	0	421	35	9	27	27	1.88
82976523--82976600	25	3.2	25	67	10	81	35	5	28	30	1.79
82978314--82978383	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
82978314--82978395	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
82979773--82979956	47	3.9	47	88	1	271	33	8	29	28	1.86
82979771--82979956	94	2.0	94	92	2	311	33	8	29	28	1.87
82984079--82984149	26	2.8	26	80	6	83	12	22	23	40	1.88
82984215--82984285	25	2.9	24	79	6	79	16	28	22	32	1.96
82984237--82984285	25	2.0	25	91	0	80	18	28	22	30	1.97
82984588--82984633	15	2.9	17	78	12	53	47	0	19	32	1.50
82990347--82990449	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
82998428--82998501	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
83006370--83006425	28	2.0	27	83	10	69	30	14	26	28	1.95
83013306--83013412	48	2.2	48	86	3	153	26	27	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83015675--83015700	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
83029258--83029372	39	2.9	39	83	7	142	27	20	26	24	1.99
83029272--83029410	40	3.5	39	88	4	183	25	21	28	25	1.99
83029271--83029435	79	2.1	79	78	6	174	25	21	26	26	1.99
83038539--83038682	42	3.4	42	79	5	146	33	15	23	27	1.95
83045527--83045551	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
83046356--83046516	42	3.8	41	77	5	160	29	15	24	31	1.96
83050298--83050471	47	3.7	47	87	6	239	25	20	27	27	1.99
83054322--83054391	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
83054322--83054403	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
83063050--83063136	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
83063205--83063406	49	4.1	49	97	0	368	30	27	8	33	1.86
83066101--83066170	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
83066101--83066182	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
83072830--83072958	46	2.8	46	80	10	156	23	19	27	30	1.98
83076012--83076143	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
83083357--83083488	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
83087502--83087577	28	2.7	29	81	4	91	23	18	32	25	1.97
83094745--83094876	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
83103597--83103635	20	2.0	20	85	10	53	17	7	10	64	1.48
83103710--83103735	8	3.2	8	100	0	52	65	0	0	34	0.93
83106359--83106418	30	2.0	30	96	0	111	38	23	8	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83112211--83112274	26	2.4	26	84	5	74	31	28	14	26	1.95
83112379--83112538	27	6.0	25	81	9	149	20	26	20	33	1.96
83112376--83112538	54	3.0	54	88	3	222	19	26	20	33	1.96
83112379--83112538	81	2.0	81	82	4	198	20	26	20	33	1.96
83116056--83116156	28	3.6	28	87	0	130	25	12	33	27	1.93
83121145--83121413	47	5.7	46	75	11	201	27	19	28	23	1.98
83121149--83121413	140	1.9	141	82	5	331	27	19	29	23	1.98
83125887--83126049	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
83133446--83133563	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
83133414--83133577	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
83140752--83140925	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
83140760--83140930	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
83143310--83143397	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
83143310--83143388	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
83143321--83143397	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
83146337--83146509	93	1.9	93	95	2	312	28	30	20	20	1.98
83146330--83146505	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
83155851--83155893	19	2.2	19	95	4	77	18	13	2	65	1.38
83158014--83158061	19	2.6	19	83	9	55	25	4	4	66	1.27
83158022--83158061	18	2.2	18	86	8	55	25	5	0	70	1.08
83159215--83159269	27	2.0	27	83	13	69	58	0	0	41	0.98
83169365--83169493	46	2.8	46	92	0	213	28	27	22	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83173446--83173542	20	5.0	19	75	12	90	46	14	3	36	1.60
83173480--83173542	20	3.3	19	85	14	94	50	14	1	33	1.52
83187592--83187896	150	2.0	150	97	0	574	35	12	12	40	1.80
83187822--83188363	271	2.0	270	94	0	949	30	22	7	39	1.82
83191108--83191296	72	2.6	72	86	1	236	24	19	26	29	1.98
83195497--83195566	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
83198969--83199002	17	1.9	18	94	5	61	11	26	41	20	1.87
83201004--83201211	40	5.2	40	82	1	193	21	26	24	27	1.99
83208557--83208612	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
83208546--83208612	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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