genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.324.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  324  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101363918--101364091	45	3.8	44	80	9	197	21	20	29	28	1.98
101367903--101368006	26	4.0	26	91	0	172	33	7	23	35	1.83
101370737--101370805	28	2.5	28	90	4	106	26	14	28	30	1.95
101378311--101379855	781	2.0	781	97	0	2928	39	10	16	33	1.83
101388770--101388921	39	3.9	39	92	0	241	23	30	22	23	1.99
101392296--101392354	30	1.9	30	82	3	73	47	3	22	27	1.67
101392567--101392632	31	2.1	31	83	5	80	34	0	3	62	1.11
101393881--101394001	51	2.4	51	90	0	188	35	9	24	29	1.88
101398930--101398994	32	2.0	32	96	0	121	43	9	23	24	1.83
101402248--101402293	23	2.0	23	100	0	92	43	13	26	17	1.85
101405386--101405420	18	2.0	18	88	5	54	40	0	2	57	1.14
101405650--101405687	20	1.9	20	89	10	60	42	0	5	52	1.24
101405794--101405868	30	2.5	30	87	6	100	60	1	4	34	1.24
101405805--101405868	29	2.2	30	88	2	94	57	1	4	35	1.29
101405783--101405868	15	6.0	14	71	23	63	59	1	4	34	1.26
101407801--101407847	24	2.0	24	84	12	62	38	0	8	53	1.32
101419487--101419515	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
101420033--101420075	19	2.3	19	91	0	68	48	0	11	39	1.40
101424636--101424836	3	68.7	3	67	13	55	61	4	7	26	1.43
101424636--101424697	14	4.3	14	72	9	54	66	1	4	27	1.21
101425429--101425469	15	2.8	15	85	3	57	63	0	4	31	1.15
101426834--101426869	12	3.0	12	100	0	72	41	25	16	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101426970--101427126	78	2.0	78	96	0	287	43	2	10	42	1.53
101431091--101431134	22	2.0	22	95	0	79	34	25	18	22	1.96
101441042--101441075	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
101441667--101441861	40	4.9	40	92	0	311	26	22	28	23	1.99
101441667--101441887	40	5.6	40	88	2	169	28	22	27	22	1.99
101444667--101444710	21	2.1	21	100	0	88	25	22	20	31	1.98
101447648--101447699	18	2.6	19	74	25	54	69	1	0	28	0.99
101447672--101447701	16	1.9	16	93	6	53	66	6	0	26	1.16
101448017--101448224	105	2.0	105	84	11	275	36	8	14	40	1.76
101448504--101448537	2	17.5	2	87	6	52	47	2	0	50	1.16
101449742--101449776	16	2.2	16	100	0	70	37	20	11	31	1.88
101451043--101451172	3	43.7	3	67	11	54	60	2	10	26	1.42
101451043--101451082	20	2.0	20	85	0	53	62	5	2	30	1.29
101451129--101451172	16	2.8	15	86	6	61	59	0	9	31	1.29
101455024--101455053	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
101462746--101462778	13	2.6	13	95	4	59	36	0	6	57	1.23
101466010--101466059	24	2.1	23	82	17	59	20	26	18	36	1.95
101466055--101466116	25	2.5	24	75	12	63	33	20	20	24	1.97
101467524--101467694	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	22	1.99
101467519--101467691	46	3.7	46	76	14	194	29	27	20	22	1.99
101475263--101475310	23	2.1	23	100	0	96	27	16	4	52	1.62
101478531--101478589	18	3.3	18	82	0	73	42	18	8	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101480899--101481053	35	4.4	35	77	3	150	44	18	8	28	1.79
101483177--101483324	79	1.9	79	83	8	194	27	23	27	21	1.99
101483212--101483340	40	3.2	40	78	3	145	24	23	28	24	1.99
101491914--101492135	40	5.6	40	94	1	376	27	26	22	22	1.99
101500137--101500357	40	5.6	40	92	2	367	28	26	22	23	1.99
101500137--101500357	79	2.8	80	93	3	367	28	26	22	23	1.99
101502174--101502276	39	2.6	39	92	0	170	29	23	19	28	1.98
101505993--101506110	44	2.8	42	82	10	148	34	24	16	23	1.95
101509406--101509448	22	2.0	22	85	0	59	41	23	23	11	1.87
101509685--101509773	27	3.3	26	78	7	88	25	16	20	37	1.93
101514482--101514612	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
101514481--101514612	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
101522440--101522570	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
101522439--101522570	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
101524315--101524376	22	2.8	22	85	0	79	37	20	22	19	1.95
101524616--101524690	34	2.2	35	85	7	100	40	22	13	24	1.90
101524778--101525006	82	2.8	81	83	6	293	32	10	18	38	1.84
101524779--101524987	109	1.9	109	89	0	319	32	10	19	37	1.86
101524767--101525012	27	9.1	27	80	8	209	31	9	20	38	1.85
101524739--101525010	54	5.0	53	82	5	276	31	10	19	38	1.85
101525234--101525275	20	2.2	19	83	8	50	26	40	19	14	1.89
101526168--101526198	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101540994--101541037	16	2.6	17	80	20	65	11	11	2	75	1.15
101551346--101551514	39	4.3	39	89	2	214	24	19	28	26	1.99
101551376--101551524	80	1.9	78	83	5	192	24	19	29	26	1.98
101559411--101559579	39	4.3	40	89	4	213	24	19	29	26	1.98
101559438--101559587	79	1.9	79	82	8	189	24	20	29	26	1.99
101561225--101561445	56	3.9	56	87	1	291	34	24	12	28	1.92
101562635--101562686	27	1.9	27	88	7	79	30	26	25	17	1.97
101562828--101562908	22	3.7	22	83	1	92	34	23	28	13	1.93
101563149--101563209	27	2.3	27	91	0	95	22	22	19	34	1.97
101566768--101566866	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
101574432--101574530	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
101580513--101580583	6	11.5	6	71	16	56	49	15	18	16	1.80
101580513--101580583	31	2.3	31	90	0	106	49	15	18	16	1.80
101580802--101580853	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
101581090--101581576	27	18.2	27	87	2	615	38	7	22	30	1.82
101581539--101581660	27	4.5	26	76	9	84	31	8	22	37	1.84
101581090--101581576	81	6.1	81	87	1	685	38	7	22	30	1.82
101581568--101581722	27	5.8	27	74	11	104	27	9	24	38	1.86
101581569--101581698	54	2.4	54	77	10	140	27	10	24	37	1.87
101583778--101583834	25	2.3	25	90	6	89	38	3	38	19	1.69
101585715--101585817	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
101588462--101588572	54	2.1	53	84	1	141	17	23	21	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101588462--101588572	27	4.2	26	83	5	123	17	23	21	37	1.93
101590498--101590670	40	4.3	40	82	3	188	26	24	26	22	2.00
101590498--101590646	79	1.9	81	82	2	194	26	22	28	22	1.99
101590539--101590688	79	1.9	79	80	2	176	28	23	26	21	1.99
101598137--101598190	25	2.2	25	89	0	81	40	7	33	18	1.78
101599530--101599640	54	2.1	53	86	1	150	18	25	20	36	1.95
101599530--101599640	27	4.2	26	87	5	132	18	25	20	36	1.95
101601977--101602207	40	5.8	40	79	11	172	24	25	22	26	2.00
101602019--101602207	80	2.3	80	82	2	227	25	26	22	25	2.00
101606573--101606782	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
101614411--101614540	64	2.0	64	100	0	260	43	1	21	33	1.62
101614411--101614506	30	3.1	30	67	21	88	42	2	20	34	1.64
101616370--101616552	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
101624487--101624638	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
101627133--101627262	35	3.7	35	97	0	242	28	10	26	35	1.88
101645279--101645381	29	3.6	28	77	5	98	30	33	15	21	1.94
101647351--101647407	28	1.9	28	86	10	78	57	0	1	40	1.09
101651390--101651588	40	5.0	39	79	4	191	19	29	15	35	1.93
101651395--101651480	20	4.3	20	69	10	59	20	31	15	32	1.94
101651524--101651590	20	3.3	20	67	8	55	17	31	16	34	1.93
101654331--101654392	31	2.0	31	90	0	97	37	22	17	22	1.94
101656717--101656760	16	2.8	15	80	10	52	27	0	25	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101675186--101675229	19	2.3	19	92	4	70	25	13	11	50	1.75
101676435--101676465	15	2.1	15	93	0	53	29	19	29	22	1.98
101678343--101678461	29	4.2	29	79	10	138	26	30	14	28	1.95
101678345--101678457	58	2.0	57	87	5	165	25	30	15	28	1.95
101678668--101678722	24	2.3	24	87	3	76	16	21	12	49	1.79
101682523--101682678	45	3.4	45	80	7	181	48	4	7	40	1.51
101683051--101683202	78	2.0	78	92	1	252	42	12	18	26	1.86
101684367--101684398	3	10.7	3	93	0	55	34	3	34	28	1.73
101685486--101685525	3	13.3	3	83	0	53	62	5	2	30	1.29
101692914--101692943	15	2.0	15	93	0	51	70	0	13	16	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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