genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  110  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33686497--33686530	2	17.0	2	87	0	50	47	2	2	47	1.32
33686742--33686810	35	2.0	35	91	2	113	42	8	21	27	1.82
33692931--33692975	19	2.4	19	100	0	90	31	15	24	28	1.96
33695397--33695450	6	8.8	6	83	4	72	75	5	1	16	1.07
33695397--33695450	19	2.9	18	86	5	72	75	5	1	16	1.07
33696960--33697033	18	4.1	16	74	22	51	66	6	4	22	1.33
33697051--33697100	15	3.3	15	79	17	50	68	0	6	26	1.13
33698728--33698875	43	3.4	43	83	3	165	27	14	24	33	1.94
33701196--33701364	43	3.9	44	72	13	163	30	27	18	23	1.98
33703772--33703818	20	2.3	20	78	7	60	12	38	23	25	1.90
33704273--33704305	17	2.1	16	88	11	50	66	3	6	24	1.28
33707391--33707433	7	6.3	7	81	5	52	81	0	4	13	0.84
33714170--33714297	47	2.8	43	81	13	132	28	21	29	20	1.98
33721737--33721856	46	2.6	45	83	9	145	25	19	30	24	1.98
33721779--33722046	48	5.6	47	75	8	163	27	18	28	25	1.98
33723479--33723574	40	2.3	43	80	10	110	26	13	29	31	1.94
33723563--33723668	44	2.4	44	93	1	169	27	10	23	38	1.87
33734383--33734717	136	2.5	136	92	1	557	54	15	3	26	1.58
33734696--33734919	115	2.0	114	80	4	254	58	14	4	22	1.55
33738019--33738080	28	2.2	28	82	0	79	45	19	6	29	1.75
33738287--33738316	15	2.0	15	93	0	51	6	10	13	70	1.34
33738724--33738769	23	2.0	23	84	16	60	30	4	6	58	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33739139--33739164	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
33739671--33739774	52	2.0	52	100	0	208	40	17	13	28	1.87
33742075--33742113	20	2.0	20	84	0	51	43	20	2	33	1.65
33743546--33743718	48	3.6	48	79	3	195	36	25	17	19	1.94
33753101--33753146	24	2.0	23	82	4	56	34	2	15	47	1.57
33755364--33755533	27	6.3	27	82	0	205	27	27	12	32	1.93
33755364--33755531	54	3.1	54	87	0	228	27	26	13	32	1.93
33758356--33758455	43	2.3	43	87	0	146	24	20	19	37	1.94
33758676--33758718	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
33762260--33762325	33	2.0	33	96	0	123	36	9	10	43	1.71
33765338--33765378	16	2.6	16	92	0	64	43	17	14	24	1.86
33767148--33767181	16	2.1	16	88	0	50	35	5	8	50	1.58
33767320--33767349	13	2.4	13	94	5	53	46	0	6	46	1.29
33768117--33768144	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
33768607--33768638	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
33769937--33769982	14	3.4	14	72	22	53	36	6	6	50	1.54
33769937--33769987	26	2.0	26	100	0	102	35	7	5	50	1.55
33769947--33769991	14	3.4	14	71	22	51	33	6	8	51	1.59
33778247--33778281	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
33780185--33780209	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
33787673--33787741	3	23.0	3	94	5	122	33	0	1	65	1.02
33788335--33788392	24	2.5	22	81	10	71	37	0	6	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33788335--33788399	22	2.8	23	78	17	71	38	1	7	52	1.40
33788335--33788436	47	2.2	46	80	15	104	37	1	6	53	1.39
33792220--33792329	56	2.0	56	88	0	166	26	27	21	24	1.99
33794423--33794537	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
33794448--33794537	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
33794643--33794707	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
33796869--33796906	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
33797825--33797963	54	2.6	53	84	7	138	41	21	6	30	1.78
33797841--33797963	27	4.6	27	85	3	160	42	20	6	30	1.77
33797841--33797990	53	2.8	54	84	5	153	41	20	8	30	1.82
33797841--33797990	27	5.6	26	83	3	147	41	20	8	30	1.82
33797865--33798007	27	5.3	27	83	3	103	40	18	11	30	1.85
33797841--33798009	80	2.1	81	82	7	202	40	18	10	30	1.85
33798628--33798724	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
33801936--33802033	27	3.6	27	76	2	81	37	25	7	29	1.83
33809688--33809712	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
33811711--33811816	47	2.3	46	86	1	140	50	14	28	7	1.70
33814414--33814447	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
33815836--33815874	20	2.0	20	89	0	60	51	0	7	41	1.31
33815871--33815915	22	2.0	22	83	8	56	60	2	0	37	1.09
33816160--33816193	17	2.1	17	88	5	52	50	0	0	50	1.00
33819284--33819908	206	3.0	206	98	0	1196	27	23	10	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33824148--33824198	28	1.9	27	84	11	70	56	0	13	29	1.38
33825295--33825459	69	2.4	68	80	2	161	36	23	20	19	1.95
33827739--33827852	43	2.7	43	84	5	151	23	14	27	34	1.94
33836895--33837214	46	7.0	46	87	0	417	41	12	22	23	1.88
33837298--33837340	13	3.3	13	76	0	50	37	2	23	37	1.68
33837298--33837392	26	3.6	26	75	13	70	40	4	18	36	1.71
33840357--33840711	69	5.1	69	82	1	388	35	20	22	20	1.96
33840738--33840888	69	2.2	69	79	2	160	42	16	21	19	1.89
33841928--33842518	295	2.0	295	100	0	1182	25	21	26	26	2.00
33857166--33857303	68	2.0	67	94	1	240	49	1	2	46	1.25
33859354--33859407	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
33859344--33859412	30	2.3	30	89	0	120	26	50	5	17	1.68
33859941--33860010	25	2.8	25	78	8	81	37	7	2	52	1.44
33860026--33860092	25	2.9	23	78	10	73	29	5	5	58	1.46
33860154--33860209	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
33862958--33863011	26	2.1	26	100	0	108	27	22	25	24	2.00
33868847--33868891	13	3.4	13	84	6	63	13	8	6	71	1.31
33868759--33869155	100	4.1	98	80	12	433	25	15	18	40	1.90
33869061--33869786	150	4.9	146	85	4	857	30	15	20	32	1.94
33869061--33869786	73	9.7	74	82	7	826	30	15	20	32	1.94
33869061--33869826	77	10.2	75	82	5	854	30	16	20	33	1.94
33869911--33869944	13	2.7	13	90	4	52	20	14	0	64	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33869944--33870081	71	1.9	71	94	0	240	33	17	18	30	1.94
33869838--33870604	155	4.9	154	78	11	635	28	16	20	34	1.94
33869206--33870518	727	1.8	712	88	4	2017	29	16	20	34	1.94
33870102--33870541	150	2.9	152	86	6	596	28	16	22	32	1.95
33870086--33870550	76	6.2	76	83	5	565	27	15	22	34	1.94
33870102--33870539	227	1.9	225	86	4	623	28	16	23	32	1.96
33870457--33870794	88	3.8	85	80	6	313	28	15	19	36	1.92
33870479--33870794	175	1.8	175	84	6	444	29	16	20	34	1.94
33871433--33871486	18	3.3	18	66	28	57	24	50	7	18	1.72
33871423--33871491	30	2.3	30	100	0	138	27	52	5	14	1.64
33871953--33872082	25	5.5	23	73	10	86	35	6	3	55	1.40
33872018--33872088	25	2.8	26	80	6	92	36	7	2	53	1.43
33872028--33872092	14	4.6	14	75	19	55	36	4	1	56	1.29
33872104--33872170	25	2.9	23	78	10	73	29	5	5	58	1.46
33872115--33872186	25	2.8	25	77	10	67	30	5	4	59	1.39
33872233--33872288	25	2.3	24	79	14	62	39	16	3	41	1.65
33875049--33875099	24	2.1	24	100	0	102	21	11	33	33	1.90
33878682--33878714	16	2.1	16	100	0	66	30	0	0	69	0.88
33880865--33880960	48	2.0	48	93	0	165	33	18	17	30	1.95
33883871--33883958	34	2.5	35	87	1	115	18	17	26	38	1.92
33883870--33884026	36	4.4	36	80	1	149	16	13	30	39	1.87
33886292--33886444	75	2.0	75	89	0	234	29	11	16	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33886683--33887156	38	13.0	38	78	8	420	25	21	15	36	1.93
33886775--33887137	75	4.9	74	84	5	414	25	22	15	36	1.94
33887343--33887388	15	3.0	15	77	22	51	54	0	0	45	0.99
33887333--33887382	15	3.2	17	76	21	56	46	0	2	52	1.12
33888851--33888883	12	2.8	12	90	0	57	24	42	0	33	1.55
33896769--33896801	16	2.0	17	88	5	50	57	3	3	36	1.29
33901985--33902031	16	2.9	16	75	9	51	29	0	6	63	1.19
33902020--33902059	20	2.0	20	95	0	71	30	2	15	52	1.55
33902411--33902452	21	2.0	21	95	0	75	42	16	4	35	1.69
33902504--33902552	16	2.9	16	84	6	53	79	16	2	2	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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