genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.369.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  369  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115808903--115808958	22	2.5	23	82	2	69	78	0	17	3	0.89
115809790--115809901	57	2.0	57	100	0	224	33	25	21	19	1.97
115809917--115810590	45	15.0	42	68	14	176	31	17	21	30	1.96
115809919--115810210	88	3.3	86	75	10	266	28	17	22	31	1.97
115809918--115810353	181	2.4	180	84	4	554	30	17	21	30	1.96
115810188--115810491	137	2.2	137	89	0	482	32	17	20	29	1.95
115810285--115810750	182	2.6	182	81	3	523	33	17	19	29	1.95
115810421--115810587	89	1.9	85	81	4	199	31	17	20	29	1.96
115810008--115810671	318	2.1	319	86	2	942	31	16	20	30	1.95
115810641--115810986	183	1.9	182	84	1	460	32	20	20	26	1.97
115810825--115810941	44	2.6	45	81	5	130	30	23	18	26	1.98
115810866--115810981	45	2.6	44	80	9	128	33	22	19	24	1.97
115810683--115811024	183	1.9	183	82	3	438	34	22	18	24	1.96
115812375--115812486	3	37.0	3	75	5	91	32	6	1	59	1.32
115814773--115814949	50	3.5	50	88	2	257	35	15	21	27	1.94
115814927--115815190	31	8.5	31	93	0	411	28	18	26	26	1.98
115815224--115815344	47	2.6	47	84	5	147	29	14	24	30	1.95
115817905--115818019	28	4.1	28	85	6	153	27	12	33	26	1.92
115818318--115818687	54	6.8	53	76	7	271	42	20	6	31	1.76
115818344--115818686	81	4.2	80	75	11	268	42	19	6	31	1.75
115818318--115818540	108	2.1	108	87	1	313	43	21	6	28	1.77
115818318--115818644	27	12.1	26	80	6	215	43	20	5	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115818503--115818727	27	8.3	27	79	4	177	40	16	8	33	1.80
115819243--115819309	33	2.0	34	88	5	102	25	19	23	31	1.98
115821679--115821790	28	4.0	27	83	10	127	30	12	31	25	1.93
115822088--115822322	27	8.7	27	80	3	206	40	18	7	33	1.79
115822088--115822322	54	4.3	54	80	6	237	40	18	7	33	1.79
115822138--115822362	27	8.3	26	74	11	132	39	18	9	32	1.83
115823724--115823754	13	2.3	14	94	5	55	48	12	6	32	1.67
115828919--115829128	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
115837052--115837261	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
115839658--115839867	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
115847787--115847996	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
115849765--115849856	43	2.1	43	86	7	125	26	20	25	28	1.99
115854072--115854236	43	3.9	43	79	6	167	21	16	27	33	1.95
115857610--115857648	20	2.1	19	85	9	53	2	25	17	53	1.56
115863491--115863523	8	4.2	8	84	7	50	0	48	0	51	1.00
115871680--115871710	15	2.1	15	93	0	53	0	51	0	48	1.00
115877834--115877870	18	2.0	19	89	5	58	8	8	16	67	1.40
115881465--115881491	12	2.2	12	100	0	54	25	0	44	29	1.54
115883149--115883215	34	2.0	33	85	8	91	32	20	22	23	1.98
115883675--115883725	26	2.0	26	96	3	95	37	11	11	39	1.79
115885847--115885982	71	2.0	68	88	9	206	18	28	18	34	1.94
115892551--115892686	71	2.0	69	90	7	215	19	28	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115899438--115899470	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
115902474--115902527	21	2.6	21	87	0	72	50	5	9	35	1.58
115903750--115903831	41	2.0	41	97	0	155	37	4	30	26	1.77
115905056--115905600	133	4.1	132	76	5	436	33	18	11	37	1.87
115905512--115905698	98	1.9	98	88	2	286	29	20	11	38	1.88
115905610--115905879	134	2.0	134	88	1	398	31	19	12	36	1.89
115907633--115907684	18	2.9	18	86	11	63	9	7	0	82	0.84
115907646--115907683	9	4.4	9	83	9	53	7	7	0	84	0.79
115907698--115907771	36	2.0	36	85	12	98	22	5	2	68	1.23
115907725--115907772	18	2.7	17	81	9	60	29	4	0	66	1.10
115907761--115907853	22	4.1	23	73	24	74	39	0	3	56	1.15
115907761--115907846	21	3.9	22	73	22	74	40	0	3	55	1.17
115907869--115907939	37	1.9	36	88	2	106	43	1	4	50	1.30
115908065--115908106	19	2.2	20	83	8	52	9	9	4	76	1.15
115908609--115908716	10	11.6	9	75	10	67	51	2	0	44	1.22
115908609--115908670	29	2.2	29	88	5	92	54	3	0	41	1.16
115908686--115908775	33	2.7	34	80	14	107	53	1	1	44	1.15
115912165--115912287	30	4.1	30	90	0	183	28	28	20	22	1.99
115915429--115915475	22	2.1	24	84	11	64	59	0	2	38	1.09
115915593--115915660	27	2.5	26	76	4	64	41	1	4	52	1.30
115915634--115915670	11	3.5	11	85	7	51	43	0	2	54	1.14
115916116--115916206	22	4.1	22	70	18	64	57	2	0	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115916116--115916186	21	3.4	20	75	12	63	56	2	0	40	1.14
115916196--115916269	37	2.0	37	85	12	100	68	2	5	22	1.23
115916191--115916242	18	2.9	18	80	5	61	67	0	3	28	1.08
115916927--115916963	16	2.2	17	85	4	58	64	5	8	21	1.40
115926434--115926490	26	2.2	26	84	6	71	33	0	3	63	1.12
115929094--115929266	46	3.8	45	75	13	163	21	19	26	31	1.98
115929091--115929261	93	1.8	93	89	0	270	21	19	27	30	1.98
115933212--115933255	23	1.9	23	85	0	61	15	29	11	43	1.82
115934313--115934376	32	2.0	32	100	0	128	31	9	15	43	1.78
115951701--115951859	55	2.9	54	81	5	196	23	25	17	33	1.96
115951678--115951872	54	3.6	54	81	4	214	23	23	17	35	1.95
115955013--115955065	27	2.0	27	88	0	79	30	18	18	32	1.96
115957367--115957405	12	3.2	13	78	14	55	43	17	17	20	1.88
115957367--115957400	18	1.9	17	94	5	59	41	17	20	20	1.91
115957366--115957413	24	2.0	24	87	0	69	45	18	16	18	1.85
115957748--115957795	22	2.2	22	88	0	69	43	22	16	16	1.87
115957773--115957905	27	5.0	27	85	1	169	42	19	15	23	1.89
115957751--115957894	53	2.8	53	84	7	190	43	20	15	20	1.88
115966788--115967013	41	5.5	41	89	5	314	36	25	20	18	1.95
115973929--115973978	25	2.0	25	88	0	73	34	24	16	26	1.95
115974015--115974065	20	2.5	20	93	0	84	35	11	21	31	1.90
115974112--115974254	23	6.1	23	89	3	223	27	23	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115974110--115974256	47	3.1	47	95	0	258	28	23	21	26	1.99
115974469--115974532	31	2.1	31	93	0	110	39	14	21	25	1.91
115974519--115974553	7	5.0	7	100	0	70	57	0	14	28	1.38
115976526--115976826	41	7.3	41	90	3	446	35	24	19	19	1.95
115981645--115981688	19	2.3	18	84	7	52	34	15	2	47	1.58
115981877--115982012	43	3.2	43	73	12	138	31	25	16	25	1.97
115981858--115982025	43	4.0	43	70	13	132	31	26	17	24	1.97
115984295--115984431	60	2.3	59	83	8	161	29	20	24	25	1.99
115991576--115991624	22	2.2	21	79	10	53	46	2	2	48	1.25
115991587--115991638	10	5.1	10	80	11	52	38	0	3	57	1.17
115991586--115991629	22	2.0	22	95	0	79	43	0	2	54	1.12
115991881--115991932	10	5.1	10	80	11	52	36	0	5	57	1.23
115991536--115992116	294	2.0	294	95	0	1045	40	9	13	37	1.76
115993485--115993598	27	4.2	27	89	0	165	28	24	8	38	1.85
115993491--115993641	81	1.9	81	80	0	176	32	20	8	38	1.83
115993607--115993679	28	2.7	27	89	4	110	41	20	6	31	1.79
115993607--115993976	27	13.7	28	73	10	157	37	21	8	32	1.84
115993473--115993975	54	9.3	54	71	7	205	36	21	8	33	1.84
115993825--115993976	81	1.9	81	79	8	175	40	22	7	28	1.82
115994780--115994866	20	4.3	20	89	2	131	40	9	18	32	1.82
115994916--115995051	26	5.3	26	84	3	172	30	19	22	28	1.98
115995184--115995275	42	2.2	42	88	0	130	31	14	19	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115995299--115995377	31	2.5	31	95	0	140	27	20	26	25	1.99
116001708--116001741	7	4.9	7	96	0	59	41	14	2	41	1.61
116011191--116011238	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
116011283--116011340	20	2.9	20	92	0	98	37	15	17	29	1.90
116011391--116011580	24	8.0	24	85	4	233	30	22	21	26	1.99
116011391--116011581	47	4.0	48	82	5	219	30	21	21	26	1.99
116011391--116011580	71	2.7	71	89	2	283	30	22	21	26	1.99
116011774--116011837	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
116014111--116014142	16	2.1	16	94	5	57	40	18	12	28	1.87
116020414--116020566	43	3.6	43	76	11	134	32	24	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433