genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.323.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  323  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101088123--101088205	27	3.3	27	61	22	70	36	7	25	31	1.83
101088323--101088404	37	2.2	36	93	4	137	20	21	34	23	1.97
101089940--101089976	18	2.1	18	94	0	65	24	18	35	21	1.96
101095420--101095608	23	8.1	23	93	1	306	28	21	22	28	1.99
101095420--101095608	93	2.0	93	94	0	333	28	21	22	28	1.99
101095420--101095610	70	2.7	70	93	1	312	28	20	22	28	1.99
101095667--101095723	9	5.9	9	76	15	60	36	21	7	35	1.80
101095655--101095725	20	3.5	20	90	0	115	33	21	9	35	1.86
101097523--101097624	29	3.6	29	87	2	143	26	15	33	24	1.95
101105369--101105472	29	3.6	29	90	0	154	27	15	32	24	1.95
101113222--101113322	29	3.6	28	86	5	132	26	15	33	23	1.95
101113222--101113302	27	2.9	27	92	3	126	28	14	32	24	1.95
101121068--101121170	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
101123543--101123626	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
101123543--101123636	27	3.5	26	87	7	118	20	24	20	35	1.96
101123688--101123795	27	3.9	27	75	13	94	31	9	18	40	1.82
101123685--101123849	56	3.0	54	78	7	163	30	10	18	40	1.84
101123771--101123878	27	4.0	27	80	7	130	28	10	21	39	1.86
101126101--101127008	47	19.3	47	93	0	1521	32	9	29	28	1.88
101126880--101126958	25	3.3	25	71	16	85	34	5	29	31	1.79
101129237--101129318	41	2.0	41	92	0	137	32	21	20	24	1.98
101130163--101130450	143	2.0	141	89	4	436	30	21	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101135213--101135310	47	2.1	47	90	0	151	33	12	27	26	1.92
101135284--101135466	46	4.0	46	89	0	276	34	8	30	26	1.86
101137632--101137660	11	2.6	11	100	0	58	37	0	6	55	1.27
101155243--101155284	14	3.0	14	100	0	84	21	21	14	42	1.88
101161547--101161614	28	2.5	28	90	4	104	30	27	14	26	1.95
101163917--101164004	41	2.1	41	87	2	122	25	22	14	37	1.92
101166120--101166384	38	7.0	38	83	0	278	35	30	21	13	1.91
101166116--101166384	114	2.4	114	81	1	315	35	30	20	13	1.91
101168932--101169033	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
101176823--101176924	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
101185966--101186005	12	3.2	12	89	3	53	72	5	0	22	1.04
101187704--101187743	17	2.3	18	91	8	66	55	12	0	32	1.38
101189480--101190190	377	1.9	377	97	0	1332	28	20	10	40	1.86
101190554--101190905	181	2.0	180	87	2	519	24	23	9	42	1.83
101194397--101194446	25	2.0	25	100	0	100	64	24	4	8	1.38
101197641--101197744	6	16.8	6	71	16	79	47	13	21	18	1.82
101197641--101197744	31	3.4	31	73	15	106	47	13	21	18	1.82
101197632--101197721	37	2.4	37	90	0	135	47	14	18	18	1.82
101197677--101197744	25	2.7	25	86	0	91	47	13	20	19	1.82
101197862--101197969	27	4.0	26	83	5	126	37	21	22	18	1.94
101197864--101197970	54	2.0	53	87	1	151	38	19	22	19	1.94
101197864--101197987	54	2.4	54	82	4	128	37	19	23	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101198128--101198191	22	2.9	22	79	9	76	31	23	25	20	1.98
101198581--101198642	27	2.3	27	86	5	90	30	17	12	38	1.88
101198678--101198808	27	4.8	26	79	10	95	29	10	21	38	1.87
101198705--101198856	27	5.6	27	85	3	153	30	8	21	40	1.83
101198705--101198856	54	2.8	55	82	1	180	30	8	21	40	1.83
101198770--101198882	54	2.1	54	80	3	120	30	12	19	37	1.89
101203606--101203630	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
101204729--101204891	43	3.8	44	75	9	158	25	17	26	30	1.97
101206688--101206721	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
101208934--101209104	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
101208926--101209101	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
101211474--101211561	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
101211474--101211552	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
101211485--101211561	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
101214511--101214681	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
101214503--101214678	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
101218194--101218243	22	2.3	22	85	0	64	32	26	16	26	1.96
101227797--101227998	53	3.8	53	76	3	197	37	18	24	19	1.94
101236403--101236439	18	2.0	19	89	5	58	40	10	16	32	1.83
101238715--101238758	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
101240589--101240657	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
101243040--101243083	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101243591--101243745	78	2.0	78	100	0	310	21	16	21	40	1.91
101244956--101245024	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
101254360--101254490	29	4.6	29	83	2	131	25	17	32	24	1.97
101254360--101254431	28	2.5	28	95	2	126	27	15	30	26	1.96
101262095--101262168	29	2.6	29	93	0	130	28	14	31	25	1.95
101262152--101262227	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
101262095--101262227	58	2.3	58	81	2	142	26	17	32	24	1.97
101267307--101267364	29	2.0	29	96	0	107	36	27	12	24	1.91
101273309--101273656	49	7.3	49	87	8	481	29	29	7	33	1.85
101273399--101273656	90	2.8	92	91	5	403	30	29	7	32	1.85
101273364--101273632	139	1.9	139	95	0	484	30	29	7	32	1.85
101279692--101279724	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
101281814--101281842	13	2.2	13	100	0	58	37	6	0	55	1.27
101282549--101282588	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
101289207--101289247	16	2.6	15	88	11	64	53	0	2	43	1.13
101290440--101290609	61	2.8	60	79	9	175	41	3	10	44	1.56
101291060--101291110	25	2.0	26	85	11	70	60	1	5	31	1.31
101300139--101300450	49	6.4	49	95	0	527	28	8	33	29	1.87
101300208--101300341	27	5.3	27	58	17	72	29	5	34	30	1.81
101300552--101300636	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
101304042--101304102	31	2.0	31	100	0	122	29	29	11	29	1.92
101304537--101304613	36	2.3	33	84	10	95	28	15	22	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101304572--101304616	14	2.8	17	77	19	60	31	20	20	28	1.97
101306315--101306345	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
101306349--101306388	16	2.4	17	87	4	55	77	0	15	7	0.98
101306355--101306392	10	3.7	10	86	13	51	78	0	15	5	0.91
101308532--101308715	46	4.0	46	92	0	296	39	14	22	23	1.91
101308532--101308759	92	2.4	92	86	4	296	40	14	22	22	1.89
101311996--101312178	40	4.6	39	81	6	163	24	22	27	25	2.00
101311996--101312180	79	2.3	82	83	7	229	23	22	28	25	2.00
101311996--101312213	79	2.7	77	76	10	190	25	21	27	25	1.99
101315009--101315135	29	4.2	29	71	7	92	23	28	23	24	2.00
101316740--101316866	42	3.0	43	84	1	148	29	29	17	24	1.97
101321544--101321623	41	2.0	41	82	0	97	27	15	11	46	1.79
101321792--101321831	15	2.6	15	80	4	53	25	0	2	72	0.97
101321789--101321870	8	9.9	8	74	17	51	30	0	3	65	1.09
101322580--101322626	21	2.2	21	84	3	58	38	44	2	14	1.58
101322587--101322619	14	2.3	15	89	5	50	36	45	3	15	1.61
101322614--101322709	14	6.7	14	70	13	52	46	29	1	22	1.59
101322611--101322709	22	4.6	21	71	14	76	45	30	1	23	1.60
101322682--101322708	14	1.9	14	100	0	54	44	37	0	18	1.50
101322807--101322961	7	21.7	7	72	11	100	41	38	0	19	1.56
101322916--101322956	15	2.8	15	82	17	50	43	39	0	17	1.49
101322916--101323007	22	4.2	22	72	6	62	44	31	2	21	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101325133--101325299	79	2.1	80	84	3	212	25	21	27	25	1.99
101325133--101325299	40	4.2	40	81	7	196	25	21	27	25	1.99
101334692--101334801	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
101338705--101338814	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
101346760--101346869	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
101356458--101356524	35	1.9	35	93	0	116	44	17	13	23	1.85
101356458--101356538	35	2.3	35	85	4	92	48	16	11	24	1.78
101358389--101358562	46	3.8	46	79	8	201	21	21	29	28	1.98
101361487--101361555	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
101361478--101361565	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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