genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  189  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59395542--59395629	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
59398015--59398190	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
59398011--59398182	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
59401147--59401215	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
59401138--59401225	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
59403605--59403780	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
59403601--59403772	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
59405384--59405467	41	2.0	41	97	0	159	34	9	16	39	1.81
59405718--59405932	40	5.4	40	93	1	335	22	23	27	26	1.99
59413053--59413096	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
59417276--59417319	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
59424407--59424503	44	2.2	44	92	0	158	31	27	18	21	1.97
59432442--59432668	40	5.8	40	77	7	146	35	28	19	16	1.94
59432474--59432668	40	4.9	40	79	5	198	34	29	20	15	1.93
59432474--59432668	78	2.5	80	81	3	225	34	29	20	15	1.93
59447061--59447262	46	4.3	45	77	14	155	26	19	29	24	1.98
59447107--59447255	46	3.2	43	81	12	163	28	18	28	23	1.98
59456321--59456538	40	5.5	40	90	2	289	22	24	28	23	1.99
59459180--59459280	42	2.4	42	81	1	112	23	17	23	34	1.96
59460557--59460596	21	2.0	21	90	5	64	22	22	40	15	1.91
59468622--59468690	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
59470351--59470389	21	1.9	21	89	5	62	25	25	33	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59472221--59472284	31	2.1	31	87	0	92	39	7	25	28	1.83
59473315--59473381	25	2.7	25	81	9	91	47	10	19	22	1.79
59473499--59473563	27	2.5	26	90	5	103	38	21	23	16	1.93
59473499--59473578	26	3.0	26	87	3	106	37	23	23	15	1.93
59473737--59473801	22	3.0	22	77	8	78	33	23	23	20	1.97
59474229--59474777	27	20.3	27	82	5	537	24	20	18	37	1.94
59474233--59474768	81	6.6	81	88	2	720	23	20	18	37	1.94
59474233--59474769	54	10.0	54	85	2	706	24	20	18	37	1.94
59474230--59474775	108	5.1	108	89	2	794	24	20	17	37	1.94
59474761--59474991	27	8.6	27	74	11	134	31	10	20	37	1.86
59474825--59474991	54	3.1	53	78	4	176	30	9	20	38	1.85
59474825--59474991	81	2.1	80	80	5	185	30	9	20	38	1.85
59474825--59474991	27	6.2	26	80	7	156	30	9	20	38	1.85
59476248--59476784	263	2.0	269	90	6	858	38	7	21	33	1.81
59477043--59477133	40	2.3	40	88	0	128	29	13	25	31	1.93
59485253--59485486	55	4.5	54	74	17	176	38	16	22	22	1.93
59485336--59485431	48	2.0	50	84	12	128	37	17	20	23	1.94
59487675--59487816	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
59487714--59487841	40	3.2	39	85	5	159	24	22	28	25	2.00
59493329--59493494	40	4.2	40	80	6	169	26	22	27	24	2.00
59505193--59505393	55	3.7	54	76	10	180	36	16	24	22	1.94
59507450--59507599	24	6.2	24	92	3	255	28	19	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59507649--59507695	20	2.3	20	92	0	76	31	23	10	34	1.89
59522730--59522856	45	2.9	45	85	8	147	23	28	23	24	2.00
59523186--59523383	43	4.6	43	94	0	333	30	33	24	11	1.90
59524416--59524454	2	20.0	2	89	5	62	51	2	0	46	1.14
59536448--59536567	47	2.6	47	94	0	204	29	27	19	24	1.98
59536397--59536616	47	4.8	45	77	12	173	29	27	20	22	1.99
59536542--59536627	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
59539885--59540080	40	4.9	40	92	0	295	27	27	21	22	1.99
59544987--59545611	48	13.0	48	92	0	991	34	6	27	31	1.82
59545656--59545764	37	2.9	37	94	0	182	22	19	32	26	1.97
59547731--59548081	40	8.8	40	95	0	560	24	20	28	26	1.99
59548258--59548308	25	2.0	25	85	7	68	29	7	33	29	1.85
59548420--59548449	14	2.1	14	93	0	51	26	10	30	33	1.89
59551949--59552117	46	3.7	46	74	16	170	23	19	27	29	1.98
59551943--59552112	92	1.8	93	92	1	288	22	20	27	29	1.98
59555071--59555124	15	3.7	15	80	11	67	14	12	11	61	1.58
59560463--59560520	15	4.1	14	80	12	73	12	12	15	60	1.59
59569947--59570142	80	2.5	80	90	2	297	29	27	20	22	1.99
59569972--59570142	40	4.3	40	96	0	297	29	28	20	22	1.98
59573791--59573916	46	2.7	46	93	2	200	30	27	20	20	1.98
59573793--59573935	46	3.1	46	75	13	143	30	28	20	20	1.98
59579768--59579935	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59587834--59588001	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
59590582--59590684	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
59598571--59598673	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
59605790--59605832	17	2.5	17	96	0	77	20	34	32	11	1.89
59606004--59606281	27	10.3	27	84	1	299	38	21	9	30	1.85
59606004--59606281	54	5.1	54	83	0	333	38	21	9	30	1.85
59606305--59606574	27	10.0	27	88	0	317	37	17	20	25	1.94
59606302--59606577	54	5.1	54	86	0	365	37	17	19	25	1.94
59606302--59606574	81	3.4	80	83	1	359	37	17	20	25	1.93
59606781--59606879	27	3.6	28	86	4	130	20	22	21	36	1.95
59606779--59606890	27	4.2	26	83	7	125	20	20	20	38	1.94
59606779--59606890	54	2.1	54	86	3	154	20	20	20	38	1.94
59607020--59607098	31	2.5	31	83	0	86	20	18	12	48	1.81
59607048--59607107	6	9.8	6	72	16	52	18	21	15	45	1.86
59610094--59610143	26	1.9	26	100	0	100	36	8	24	32	1.84
59612243--59612272	14	2.1	15	93	6	53	60	13	0	26	1.34
59612229--59612310	39	2.1	39	84	8	105	56	13	3	26	1.54
59620549--59620821	46	5.8	49	77	8	230	23	29	18	28	1.98
59620551--59620816	94	2.8	94	81	5	261	24	29	18	28	1.98
59620549--59620815	140	1.9	142	82	4	335	23	29	18	28	1.98
59626347--59626459	43	2.7	43	80	4	131	23	19	25	31	1.98
59635345--59635455	27	4.1	27	79	5	109	38	21	22	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59635859--59635889	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
59636844--59636901	24	2.4	24	91	0	98	31	36	0	32	1.58
59643121--59643229	27	4.2	26	89	5	157	37	22	23	15	1.93
59644635--59644717	23	3.7	24	82	14	113	24	39	1	34	1.63
59646027--59646198	46	3.7	46	80	13	217	29	29	20	21	1.98
59646035--59646205	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
59647495--59647571	24	3.2	24	96	0	136	22	42	2	32	1.67
59650993--59651103	55	2.1	52	85	8	143	37	21	24	16	1.93
59650993--59651103	26	4.2	26	84	11	143	37	21	24	16	1.93
59652490--59652560	24	3.0	24	87	0	106	29	36	1	32	1.66
59658792--59658902	27	4.2	26	86	5	141	37	20	24	17	1.93
59658792--59658902	54	2.1	53	89	1	168	37	20	24	17	1.93
59660307--59660407	24	4.2	24	90	0	139	24	38	1	34	1.67
59661888--59661925	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
59662150--59662319	46	3.7	46	74	10	157	31	26	18	22	1.97
59662155--59662325	93	1.8	93	85	0	243	31	26	19	22	1.97
59662745--59662804	30	2.0	30	83	0	75	33	25	3	38	1.72
59664793--59664893	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
59672742--59672842	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
59684937--59685076	68	2.1	68	98	0	271	30	24	1	43	1.63
59686662--59686739	34	2.3	34	84	4	104	28	21	24	25	1.99
59687531--59687782	41	6.1	41	82	4	179	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59687562--59687742	82	2.2	81	87	2	272	34	20	23	20	1.96
59687856--59687896	22	1.9	22	90	5	66	48	31	0	19	1.49
59688712--59688746	16	2.1	17	94	5	63	25	0	5	68	1.11
59688876--59689175	115	2.6	115	88	3	442	27	16	25	30	1.96
59692629--59692695	33	2.0	33	94	0	116	14	23	16	44	1.85
59692720--59693153	241	1.8	241	95	0	787	33	18	14	33	1.91
59693152--59693210	9	6.6	9	82	5	75	45	22	1	30	1.62
59693152--59693210	27	2.2	27	87	6	93	45	22	1	30	1.62
59698782--59698811	15	1.9	16	93	6	53	30	16	53	0	1.44
59698791--59698830	21	1.9	21	89	0	62	30	20	50	0	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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