genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  71  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20584323--20584429	39	2.7	38	83	11	119	21	28	26	23	1.99
20584323--20584472	40	3.8	39	76	10	126	22	26	24	26	2.00
20589150--20589337	39	4.8	40	89	4	276	25	28	22	23	1.99
20589152--20589341	79	2.4	78	84	8	269	25	27	22	24	2.00
20595831--20596025	40	4.9	40	88	5	263	25	28	22	24	1.99
20595831--20596021	80	2.4	80	91	1	294	25	28	22	23	1.99
20597638--20597783	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
20597670--20597821	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
20605663--20605886	47	4.8	46	77	10	204	28	17	29	24	1.98
20605662--20605886	94	2.4	93	83	7	267	28	17	28	24	1.98
20606823--20606901	41	1.9	41	82	10	99	20	21	39	18	1.93
20611603--20611671	24	2.8	25	82	4	86	33	15	21	28	1.95
20611625--20611732	46	2.4	44	81	6	108	35	15	19	29	1.93
20611605--20611740	23	5.8	24	73	11	95	34	15	20	29	1.93
20612975--20614191	293	4.2	292	88	2	1697	26	19	13	40	1.89
20612975--20614191	586	2.1	573	90	2	1880	26	19	13	40	1.89
20617416--20617628	46	4.5	46	75	10	157	24	29	17	28	1.97
20621672--20621722	24	2.1	24	96	0	93	17	19	3	58	1.54
20629313--20629393	37	2.2	37	93	0	135	24	32	22	20	1.98
20629552--20629677	48	2.6	48	87	0	171	30	26	7	35	1.83
20630965--20630992	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20633005--20633168	40	4.1	40	82	4	179	25	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20632991--20633168	80	2.2	80	82	3	207	24	27	21	25	2.00
20637897--20637997	29	3.6	28	78	5	105	28	33	16	20	1.95
20644143--20644318	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
20644140--20644311	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
20645683--20645729	24	2.0	24	95	0	85	38	12	17	31	1.87
20646242--20646295	25	2.2	25	96	0	99	33	20	22	24	1.97
20648736--20648786	24	2.0	25	85	7	68	1	33	0	64	1.05
20650389--20650559	46	3.7	46	78	13	197	28	28	21	21	1.98
20650394--20650564	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
20655102--20655159	30	1.9	30	86	6	82	24	34	25	15	1.95
20654903--20655841	489	1.9	490	92	1	1589	29	21	19	28	1.98
20658828--20658872	22	2.0	22	100	0	90	33	17	13	35	1.89
20661146--20661202	15	3.7	15	72	11	53	70	1	1	26	1.07
20667698--20667752	20	2.8	19	81	8	65	60	0	5	34	1.20
20667861--20667960	3	33.7	3	73	13	64	67	3	4	26	1.23
20667860--20667913	11	4.6	12	77	11	58	62	0	7	29	1.22
20667932--20667972	22	1.9	21	90	5	64	73	0	0	26	0.84
20669259--20669561	45	6.7	45	74	11	163	27	23	15	33	1.95
20669552--20669787	131	1.8	131	84	0	328	26	22	19	31	1.97
20674428--20674470	20	2.2	20	91	0	68	44	6	16	32	1.74
20678005--20678051	19	2.5	20	86	6	62	40	12	23	23	1.89
20686091--20686151	30	2.0	30	100	0	122	24	13	36	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20694611--20694695	8	9.6	9	70	20	54	65	1	2	30	1.12
20694602--20694710	26	4.1	25	75	17	103	63	1	2	32	1.19
20694701--20694747	21	2.1	23	88	7	71	55	6	0	38	1.26
20694609--20694823	9	22.6	9	68	18	82	61	3	2	32	1.26
20695361--20695387	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
20701998--20702035	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
20703637--20703830	3	64.7	3	78	9	191	31	5	1	61	1.27
20703621--20703675	28	2.0	28	96	0	101	41	0	1	56	1.10
20704031--20704126	26	3.6	27	75	12	101	28	9	3	59	1.44
20709206--20709256	26	2.0	27	88	7	79	39	1	3	54	1.30
20709233--20709274	17	2.4	18	92	7	70	40	0	2	57	1.12
20710434--20710491	26	2.3	26	85	8	75	56	5	3	34	1.38
20714257--20714321	21	3.2	21	74	12	64	47	23	18	10	1.79
20714201--20714339	39	3.6	39	79	0	143	43	21	20	14	1.87
20716851--20716954	40	2.6	40	83	3	120	26	17	25	29	1.97
20716952--20717160	113	1.8	113	86	8	300	32	21	22	23	1.98
20717777--20717836	21	2.9	21	78	9	68	50	21	1	26	1.59
20717938--20718002	21	3.0	21	84	4	76	50	24	0	24	1.49
20718355--20718439	3	28.3	3	100	0	170	67	0	0	32	0.91
20718538--20718716	72	2.4	74	80	9	199	35	18	14	31	1.91
20721586--20721617	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
20726400--20726619	40	5.6	40	79	7	234	26	26	21	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20734451--20734670	40	5.6	40	83	5	261	25	25	23	25	2.00
20736644--20736704	31	2.0	31	96	0	113	14	8	21	55	1.65
20739136--20739275	39	3.6	39	85	0	163	40	21	24	14	1.90
20739194--20739257	21	3.2	21	70	20	64	43	21	23	10	1.84
20750044--20750100	24	2.3	25	90	3	89	40	14	28	17	1.88
20758601--20758723	47	2.6	47	80	8	117	30	16	26	26	1.97
20761770--20761833	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
20762027--20762216	24	8.0	24	90	4	278	26	21	23	28	1.99
20762026--20762217	47	4.0	48	90	4	291	26	21	22	29	1.99
20762027--20762217	71	2.7	72	89	4	289	26	21	23	29	1.99
20762275--20762331	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
20762271--20762333	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
20762370--20762417	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
20763577--20763654	27	2.9	26	76	14	86	23	19	21	35	1.96
20763699--20763897	27	7.3	27	74	8	143	33	9	20	37	1.84
20763778--20763935	54	2.9	55	77	6	142	37	8	20	34	1.82
20763848--20764052	27	7.6	27	86	5	265	40	9	22	28	1.85
20764047--20764153	27	4.0	27	82	4	119	31	10	18	39	1.84
20764083--20764168	27	3.2	27	81	6	77	33	9	15	41	1.79
20768823--20768847	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
20769600--20769852	75	3.4	75	86	9	322	18	21	30	28	1.97
20769631--20769852	38	5.9	38	90	5	344	18	21	30	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20769633--20769852	113	1.9	113	93	1	379	18	21	30	30	1.97
20775165--20775198	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
20775252--20775545	39	7.5	39	94	1	491	19	23	28	28	1.98
20780656--20780842	100	1.9	100	96	0	347	24	19	27	28	1.98
20780661--20780848	49	3.8	49	81	5	243	25	18	27	28	1.98
20783845--20783901	15	3.7	15	77	11	62	12	12	10	64	1.49
20783859--20783918	31	1.9	30	83	12	77	13	11	10	65	1.49
20786564--20786610	20	2.3	20	96	0	85	42	25	19	12	1.86
20795339--20795407	25	2.8	25	86	0	93	36	18	30	14	1.91
20802495--20802535	22	1.9	22	85	5	57	12	9	7	70	1.33
20803012--20803070	4	14.8	4	89	0	91	47	0	23	28	1.52
20803008--20803126	8	14.9	8	91	0	121	36	0	24	39	1.56
20803024--20803130	4	26.8	4	96	0	133	33	0	25	41	1.56
20803927--20804035	37	2.9	37	93	0	182	25	31	20	22	1.98
20804176--20804369	48	4.0	48	95	0	325	29	29	7	34	1.84
20806826--20806865	4	10.0	4	100	0	80	25	0	25	50	1.50
20807673--20807710	16	2.4	16	90	0	58	39	2	23	34	1.69
20811237--20811284	23	2.1	23	88	0	69	29	37	2	31	1.69
20813847--20814059	79	2.7	79	91	1	336	42	12	10	34	1.77
20814034--20814071	19	2.0	19	100	0	76	31	10	15	42	1.81
20815594--20815625	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
20816044--20816149	54	2.0	53	90	1	167	17	24	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20816041--20816151	27	4.2	26	87	5	150	17	24	21	36	1.94
20819376--20819467	18	5.1	18	85	5	132	40	17	18	23	1.91
20819787--20819944	27	5.8	27	85	7	167	24	17	17	40	1.91
20819787--20819936	55	2.8	52	81	9	156	22	18	17	41	1.90
20819840--20819956	54	2.2	54	81	3	137	24	17	17	40	1.91
20822800--20822874	37	2.0	37	94	0	132	48	20	10	21	1.79
20824523--20824566	18	2.3	20	84	7	56	31	9	9	50	1.65
20826180--20826240	28	2.2	28	96	0	113	45	22	24	6	1.76
20832965--20833022	30	1.9	30	96	0	107	29	0	29	41	1.56
20836167--20836212	24	2.0	24	86	4	67	39	26	21	13	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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