genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.320.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  320  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100072291--100072338	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
100073569--100074029	27	17.6	27	83	10	548	41	9	21	27	1.84
100073569--100074029	52	8.8	52	82	10	527	41	9	21	27	1.84
100073570--100074062	77	6.3	81	81	10	438	40	9	22	27	1.85
100073570--100074081	80	6.5	80	80	10	400	39	9	22	28	1.85
100076778--100076841	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
100077033--100077173	23	6.0	23	88	7	205	26	21	21	29	1.99
100077033--100077173	47	3.0	46	90	7	214	26	21	21	29	1.99
100077218--100077248	15	2.0	16	93	6	55	32	22	12	32	1.92
100077236--100077301	20	3.3	20	93	4	116	33	21	10	34	1.88
100077236--100077290	11	5.5	11	71	20	57	32	20	10	36	1.87
100077232--100077294	19	3.3	19	93	6	110	34	20	9	34	1.85
100077337--100077384	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
100078603--100079063	27	17.6	27	85	9	557	41	9	21	27	1.84
100078604--100079063	129	3.5	130	86	7	607	41	9	21	27	1.84
100082023--100082161	24	6.0	24	86	8	189	25	21	23	29	1.99
100082023--100082161	45	3.0	46	87	7	192	25	21	23	29	1.99
100082219--100082275	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
100082207--100082277	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
100082212--100082266	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
100083579--100084148	27	21.6	27	83	8	620	40	8	22	28	1.84
100083580--100084148	185	3.1	182	86	8	739	40	8	22	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100083580--100084148	53	10.8	54	84	8	701	40	8	22	28	1.84
100083580--100084148	79	7.2	81	84	8	744	40	8	22	28	1.84
100087358--100087526	46	3.7	45	79	10	198	29	29	20	20	1.98
100087366--100087535	93	1.8	92	92	1	286	28	28	21	21	1.99
100087958--100088017	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
100089227--100089273	18	2.6	18	82	0	58	36	19	17	27	1.93
100093246--100093286	7	6.0	7	88	8	50	60	2	0	36	1.10
100093246--100093286	20	2.0	20	86	13	57	60	2	0	36	1.10
100095583--100095808	40	5.7	40	88	4	305	27	26	20	25	1.99
100098776--100099139	46	7.8	44	72	12	169	26	19	28	25	1.99
100098776--100099138	49	7.7	49	73	11	208	26	19	28	25	1.99
100098821--100099083	142	1.9	138	83	6	341	26	19	29	25	1.98
100100983--100101035	22	2.6	19	85	8	61	20	33	28	16	1.95
100101367--100101513	34	4.5	34	85	5	135	46	15	7	29	1.73
100101442--100101546	32	3.3	32	94	1	185	46	15	4	33	1.66
100101457--100101538	16	5.1	16	64	21	55	51	15	2	30	1.57
100105884--100105937	18	2.9	18	77	2	54	68	5	5	20	1.30
100110245--100110300	22	2.5	22	88	0	85	33	25	25	16	1.95
100113812--100113933	55	2.2	56	94	1	210	47	13	12	26	1.78
100114232--100114284	27	2.0	27	88	7	81	30	26	26	16	1.97
100116244--100116327	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
100116140--100116384	49	4.9	49	83	2	301	26	17	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100118255--100118336	26	3.1	26	75	16	96	34	21	13	30	1.92
100120552--100120601	15	3.5	15	71	20	52	48	18	4	30	1.66
100120548--100120605	28	2.1	28	93	0	98	48	17	3	31	1.64
100122239--100122291	27	2.0	26	81	3	61	33	15	7	43	1.74
100126210--100126245	18	2.0	18	100	0	72	16	22	44	16	1.86
100126302--100126421	29	4.2	29	91	1	188	24	15	32	28	1.95
100130814--100130909	29	3.3	29	88	1	140	25	14	30	30	1.95
100132812--100133045	43	5.6	44	77	14	190	41	21	15	21	1.90
100142779--100142894	54	2.1	54	83	0	142	22	27	22	27	1.99
100145347--100145416	21	3.3	21	80	7	79	30	22	14	32	1.94
100147482--100147522	21	2.0	21	85	0	55	41	9	12	36	1.76
100158493--100158544	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
100161691--100161814	29	4.3	29	80	4	128	27	29	15	27	1.96
100167394--100167554	29	5.6	29	84	1	171	24	16	32	25	1.96
100167586--100167622	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
100175238--100175367	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
100175238--100175400	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
100179954--100180054	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
100179954--100180104	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
100179950--100180121	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
100187975--100188145	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
100194683--100194710	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100196109--100196322	40	5.4	38	88	9	306	25	21	24	28	1.99
100196108--100196322	79	2.8	77	91	5	335	25	21	24	27	1.99
100207571--100207736	90	1.8	90	82	5	210	27	16	25	30	1.96
100207571--100207683	42	2.5	42	76	8	109	27	15	26	30	1.96
100211184--100211547	48	7.6	49	80	8	306	27	19	28	24	1.99
100211184--100211500	97	3.3	95	81	9	335	28	19	28	23	1.99
100217841--100218162	142	2.3	145	80	7	363	28	20	26	24	1.99
100217941--100218204	49	5.6	47	77	10	225	26	20	27	25	1.99
100220414--100220442	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
100228460--100228772	48	6.8	48	73	8	177	26	18	27	27	1.98
100228615--100228772	42	3.6	42	78	11	165	27	15	28	28	1.96
100228470--100228772	90	3.3	91	79	4	295	26	18	27	27	1.98
100234930--100235137	40	5.2	40	87	4	258	28	25	20	25	1.99
100243048--100243216	40	4.2	40	83	8	186	28	26	20	24	1.99
100243076--100243215	40	3.5	40	88	4	194	29	26	20	24	1.99
100251109--100251298	40	4.7	40	92	0	290	28	25	20	25	1.99
100257781--100257880	37	2.7	37	96	0	182	24	33	19	24	1.97
100258032--100258306	48	5.7	48	93	2	462	30	27	6	35	1.81
100262897--100263111	49	4.4	49	95	2	362	31	28	7	32	1.86
100264649--100264851	47	4.3	47	86	2	273	33	10	29	26	1.90
100264722--100264796	22	3.3	21	71	23	62	33	13	29	24	1.93
100264696--100264817	25	5.1	25	65	22	73	34	11	27	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100269737--100269900	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
100269737--100269934	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
100272052--100272229	39	4.5	39	91	2	241	24	21	29	24	1.99
100276274--100276442	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
100283682--100283850	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
100289908--100290169	78	3.3	80	85	4	311	24	21	27	25	1.99
100289960--100290176	39	5.5	39	89	2	294	24	21	29	25	1.99
100291573--100291790	22	9.4	22	65	26	94	32	14	29	23	1.94
100291590--100291809	23	9.4	24	64	27	91	33	14	28	24	1.94
100291552--100291872	47	6.8	47	90	0	482	33	12	29	24	1.92
100291852--100291942	46	2.0	46	84	0	119	34	8	30	26	1.87
100296759--100296837	29	2.7	29	90	0	113	39	13	22	24	1.91
100296893--100297234	59	5.8	58	83	4	389	35	11	22	29	1.90
100296894--100297232	119	2.9	118	83	4	423	35	11	22	29	1.90
100296888--100297234	178	2.0	177	83	4	448	35	12	22	29	1.91
100297206--100297271	29	2.3	27	78	14	71	22	19	24	33	1.97
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100299716--100299879	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
100307438--100307538	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
100315409--100315509	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
100318527--100318644	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
100318495--100318658	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100321746--100321778	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
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100333054--100333097	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
100335190--100335244	9	5.9	9	79	14	51	56	0	3	40	1.17
100335361--100335387	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
100335369--100335419	17	3.1	16	83	10	68	41	0	0	58	0.98
100338522--100338615	32	2.8	32	75	13	84	27	25	20	26	1.99
100347625--100347815	40	4.8	40	79	10	187	24	24	27	24	2.00
100347624--100347815	79	2.4	80	83	6	230	23	23	27	24	2.00
100353989--100354084	49	2.0	49	89	0	147	21	22	29	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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