genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  262  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81487432--81487629	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
81489091--81489192	48	2.1	48	89	3	152	31	19	13	35	1.91
81493907--81493976	29	2.4	29	87	0	104	37	8	27	27	1.86
81493956--81494186	30	7.7	30	72	9	134	36	13	25	23	1.92
81493991--81494186	90	2.2	89	81	5	225	37	13	25	23	1.91
81493962--81494156	60	3.2	60	68	13	166	38	12	25	23	1.90
81493907--81494214	120	2.6	120	80	3	370	37	12	25	24	1.91
81493907--81494214	30	10.3	30	72	9	96	37	12	25	24	1.91
81494337--81494363	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
81502051--81502243	55	3.6	54	79	9	214	34	16	25	24	1.95
81507894--81507994	40	2.4	43	85	6	136	20	13	30	34	1.92
81507978--81508052	28	2.7	28	78	0	87	26	9	30	33	1.88
81510756--81510792	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
81516901--81516952	27	1.9	27	84	0	68	17	19	21	42	1.89
81517136--81517228	33	2.8	33	80	0	105	31	17	21	30	1.96
81520323--81520382	27	2.2	27	81	0	66	20	21	18	40	1.92
81520566--81520659	33	2.8	33	87	6	136	28	21	25	24	1.99
81522393--81522501	37	2.9	37	90	0	164	25	29	20	24	1.99
81522648--81523295	48	13.5	48	95	0	1152	30	26	6	36	1.81
81524682--81524772	28	3.2	28	78	9	94	31	28	16	23	1.96
81524995--81525419	40	10.7	40	88	0	593	27	29	20	22	1.98
81525224--81525296	23	3.4	23	62	21	59	24	28	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81524995--81525417	199	2.1	199	91	0	684	27	30	20	22	1.98
81526681--81526789	37	2.9	37	90	0	164	28	30	18	22	1.97
81526936--81527589	48	13.5	48	93	2	1110	31	26	5	36	1.80
81534972--81535014	16	2.7	16	85	0	59	55	16	16	11	1.68
81535225--81535349	29	4.3	29	82	5	155	25	13	28	32	1.94
81538279--81538311	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
81541196--81541315	29	4.2	29	84	1	152	25	14	30	30	1.95
81541915--81541969	23	2.4	23	93	0	92	20	5	43	30	1.74
81545585--81545760	46	3.8	46	79	12	198	29	30	20	19	1.97
81545593--81545764	93	1.8	93	92	0	290	28	30	20	19	1.97
81549138--81549169	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
81549135--81549568	50	8.6	50	78	4	381	26	17	25	30	1.97
81549135--81549575	101	4.4	101	77	5	325	26	17	25	30	1.97
81549182--81549575	151	2.6	150	89	4	587	27	17	25	29	1.98
81551466--81551596	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
81551465--81551596	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
81553294--81553644	178	2.0	179	86	2	499	38	8	19	32	1.82
81555520--81555558	21	1.9	20	89	5	60	48	20	2	28	1.62
81558585--81558745	29	5.6	29	84	1	171	24	16	32	25	1.96
81564662--81564771	38	2.8	39	73	12	102	20	20	28	30	1.98
81567039--81567114	11	7.5	11	71	16	74	35	13	18	32	1.89
81567038--81567114	20	3.8	20	92	0	136	35	12	18	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81567163--81567211	24	2.0	24	84	11	64	30	20	22	26	1.98
81567406--81567496	38	2.7	31	73	22	94	35	15	24	25	1.94
81568235--81568269	17	2.1	18	89	10	56	22	11	45	20	1.82
81569537--81569603	20	3.3	20	91	4	109	35	11	19	32	1.88
81569548--81569603	11	5.5	11	75	16	66	35	12	19	32	1.89
81569653--81569725	26	2.8	26	91	0	119	26	24	21	27	2.00
81569951--81570010	31	1.9	31	86	0	84	38	18	20	23	1.93
81572873--81572934	8	7.8	8	77	0	61	51	20	20	6	1.69
81572909--81572942	16	2.1	16	94	0	59	52	23	20	2	1.60
81572873--81572956	24	3.5	24	75	3	71	53	17	19	9	1.70
81573179--81573293	29	4.0	29	74	5	99	27	14	31	26	1.95
81574325--81574359	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
81576807--81576904	51	1.9	51	87	0	142	30	29	16	23	1.96
81576872--81576977	43	2.5	43	82	1	151	32	28	16	23	1.96
81580003--81580061	15	3.8	16	75	20	54	61	16	11	10	1.57
81580014--81580063	15	3.3	15	86	10	59	56	18	14	12	1.68
81590435--81590470	18	2.0	18	100	0	72	44	5	16	33	1.71
81590573--81590638	31	2.1	31	97	0	123	33	3	33	30	1.73
81593570--81593670	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
81600478--81600644	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
81605324--81605495	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
81605316--81605491	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81607874--81607948	15	5.2	15	72	15	68	56	16	16	12	1.68
81607868--81607948	27	2.9	27	80	12	83	55	17	16	11	1.68
81607864--81607944	42	2.0	41	85	7	110	56	17	16	9	1.65
81610843--81611013	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
81610835--81611010	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
81613374--81613462	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
81613374--81613453	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
81613385--81613462	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
81616373--81616543	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
81616365--81616540	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
81619157--81619195	14	2.6	16	88	8	55	38	20	0	41	1.53
81620847--81621016	43	3.8	44	79	12	186	22	20	27	30	1.98
81621240--81621277	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
81639405--81639591	40	4.7	40	89	2	270	26	28	21	23	1.99
81639385--81639595	80	2.7	80	87	1	309	27	27	20	23	1.99
81646692--81646807	61	1.9	58	87	5	169	42	2	3	51	1.32
81649117--81649199	43	1.9	43	100	0	166	40	2	14	42	1.59
81650741--81650786	24	1.9	24	86	8	67	19	0	26	54	1.44
81650906--81651215	127	2.4	127	87	2	446	38	16	19	26	1.92
81655915--81656039	39	3.2	39	91	2	198	21	20	29	28	1.98
81656013--81656097	39	2.2	39	80	4	91	21	24	28	25	1.99
81655915--81656077	77	2.1	78	80	7	190	21	22	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81662907--81663032	39	3.2	39	89	0	180	23	20	27	28	1.99
81662915--81663066	78	1.9	78	82	5	191	23	21	28	26	1.99
81662907--81663089	39	4.7	39	84	2	163	22	22	27	27	1.99
81664939--81665291	127	2.8	127	90	4	533	54	4	4	36	1.41
81666358--81666389	7	4.6	7	96	0	55	59	9	3	28	1.44
81667535--81667576	21	2.0	22	85	4	59	50	2	21	26	1.61
81667563--81667612	11	4.5	11	90	9	68	38	0	36	26	1.57
81667971--81668027	27	2.1	27	96	0	105	45	5	3	45	1.43
81672942--81673104	43	3.8	43	79	8	161	25	20	27	26	1.99
81672992--81673094	42	2.4	42	83	6	127	28	19	25	27	1.99
81680307--81680469	43	3.8	43	80	8	179	26	20	26	25	1.99
81680318--81680469	42	3.6	41	82	7	160	25	21	26	25	2.00
81684817--81684872	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
81686359--81686411	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
81691291--81691351	27	2.3	27	91	0	95	36	21	31	11	1.89
81691469--81691521	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
81694160--81694474	48	6.6	48	93	2	528	34	7	28	30	1.84
81694160--81694474	95	3.3	96	93	1	537	34	7	28	30	1.84
81695986--81696261	40	6.9	40	88	3	353	22	22	28	26	1.99
81695986--81696260	79	3.5	78	87	4	374	22	22	28	26	1.99
81696306--81696399	29	3.3	29	85	4	102	22	13	30	32	1.93
81699940--81700194	46	5.4	48	94	5	459	34	7	27	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81699940--81700194	94	2.7	94	95	3	471	34	7	27	30	1.83
81702446--81702548	29	3.6	29	90	0	152	24	33	15	27	1.95
81710396--81710497	29	3.6	29	87	2	143	24	32	15	27	1.96
81713160--81713211	26	2.0	26	88	0	77	38	11	34	15	1.83
81714918--81714963	24	1.9	24	86	8	67	30	2	4	63	1.26
81715448--81715538	43	2.1	43	100	0	182	35	14	19	30	1.92
81721213--81721250	18	2.0	20	90	10	62	26	2	21	50	1.62
81722992--81723141	40	3.8	40	86	2	214	28	25	22	24	1.99
81730888--81731108	40	5.6	40	92	3	351	28	26	22	23	1.99
81737511--81737542	9	3.8	9	84	16	50	9	6	0	84	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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