genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  16  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4317472--4317533	26	2.3	26	88	2	88	24	4	17	53	1.63
4318007--4318062	3	18.0	3	89	7	85	33	1	0	64	1.04
4318007--4318076	19	3.7	19	88	1	88	31	1	2	64	1.17
4318003--4318062	22	2.8	21	90	7	93	35	1	0	63	1.05
4318149--4318186	3	13.0	3	94	5	69	34	0	0	65	0.93
4318279--4318321	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
4318422--4318453	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
4318546--4318713	26	6.3	27	72	14	91	29	5	3	61	1.37
4318546--4318618	29	2.5	29	88	4	103	34	1	0	64	1.02
4318453--4318603	3	50.3	3	72	15	98	33	7	1	58	1.34
4318671--4318731	22	2.8	22	80	2	61	18	6	6	68	1.33
4328076--4328245	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
4337455--4337600	25	6.0	24	81	5	161	28	19	20	31	1.97
4337648--4337714	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
4337648--4337703	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
4339770--4339801	15	2.1	15	94	0	55	37	28	12	21	1.90
4344948--4345170	81	2.8	80	78	6	225	39	19	8	31	1.82
4344948--4345199	27	9.4	27	81	2	204	38	19	8	32	1.83
4345122--4345343	54	4.1	54	85	4	238	29	22	8	39	1.83
4345135--4345359	27	8.3	27	81	3	204	31	22	7	39	1.82
4345149--4345359	54	3.9	54	86	6	284	29	22	7	40	1.82
4346599--4346646	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4346690--4346748	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
4346799--4346965	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
4346799--4346966	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
4347157--4347251	31	3.1	31	96	0	172	38	14	22	24	1.91
4348861--4348924	30	2.1	30	88	0	92	32	10	3	53	1.52
4350864--4350895	5	6.4	5	100	0	64	0	0	62	37	0.95
4367049--4367144	47	2.0	47	97	0	183	38	17	16	27	1.91
4367499--4367546	21	2.3	21	85	0	60	31	29	25	14	1.95
4371918--4371956	21	1.9	20	89	5	60	23	7	0	69	1.14
4371926--4371969	21	2.0	22	82	4	54	29	6	2	61	1.34
4375616--4375703	27	2.9	30	76	20	94	55	6	2	35	1.39
4375679--4375738	20	2.9	20	72	13	59	53	5	8	33	1.53
4375679--4375740	22	2.9	21	79	9	72	53	4	9	32	1.55
4375808--4375891	37	2.3	37	81	8	91	57	4	5	32	1.44
4375846--4375900	22	2.5	21	81	16	67	60	3	3	32	1.32
4375845--4375910	24	2.7	24	74	19	73	60	3	3	33	1.27
4375885--4375938	28	1.9	28	85	14	76	53	5	1	38	1.35
4375974--4376039	22	3.0	23	78	12	68	53	9	1	36	1.42
4375989--4376038	21	2.5	20	81	9	59	56	6	2	36	1.36
4375965--4376035	22	3.2	23	74	18	62	53	9	1	35	1.43
4376053--4376181	2	64.0	2	75	13	104	53	3	3	40	1.32
4376318--4376374	3	18.7	3	92	3	96	64	0	1	33	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4376435--4376513	33	2.6	30	79	15	90	62	6	3	27	1.37
4376436--4376512	3	24.7	3	76	7	57	62	5	3	28	1.35
4378318--4378488	90	1.9	89	89	3	263	38	20	15	25	1.92
4378176--4378829	165	3.9	164	81	4	661	36	19	16	27	1.93
4378711--4378746	14	2.6	14	95	0	63	55	2	13	27	1.52
4390964--4391023	20	2.9	20	72	13	59	53	5	8	33	1.53
4390964--4391026	22	3.0	21	79	9	74	52	4	9	33	1.55
4390974--4391059	25	3.6	24	73	14	79	52	5	9	32	1.57
4391130--4391193	25	2.6	25	75	18	71	59	4	4	31	1.38
4391259--4391324	22	3.0	23	78	12	68	53	9	1	36	1.42
4391274--4391323	21	2.5	20	81	9	59	56	6	2	36	1.36
4391250--4391320	22	3.2	23	74	18	62	53	9	1	35	1.43
4391585--4391669	3	27.3	3	91	2	125	65	1	2	30	1.12
4396448--4396498	15	3.3	15	79	15	59	21	1	0	76	0.88
4398124--4398162	21	1.9	20	89	5	60	23	7	0	69	1.14
4398132--4398175	21	2.0	22	82	4	54	29	6	2	61	1.34
4400687--4400727	21	2.0	21	85	9	57	2	43	21	31	1.66
4401167--4401195	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
4406254--4406325	9	8.2	9	77	9	69	36	0	16	47	1.47
4406258--4406332	34	2.2	34	85	4	98	34	0	16	49	1.46
4406457--4406599	9	15.7	9	68	18	91	37	3	14	44	1.63
4406462--4406573	30	3.6	30	73	17	111	37	4	15	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4406494--4406539	16	2.7	17	86	10	67	36	2	17	43	1.61
4406457--4406604	64	2.3	64	92	0	242	36	3	15	44	1.63
4406559--4406591	16	2.1	16	94	0	57	36	0	15	48	1.45
4406701--4407170	99	4.8	99	97	1	847	51	3	6	37	1.46
4406697--4407169	197	2.4	198	96	2	862	52	3	6	37	1.46
4407157--4407210	14	3.9	14	95	0	99	64	0	1	33	1.04
4407151--4407222	14	4.4	18	79	16	70	65	0	1	33	1.02
4407760--4407811	26	2.0	25	85	3	68	61	5	1	30	1.30
4409881--4409938	25	2.3	25	82	5	73	31	10	36	22	1.88
4410703--4410763	21	2.9	21	80	4	70	42	29	4	22	1.75
4411746--4412016	111	2.5	104	76	11	253	23	23	18	34	1.96
4415575--4415623	25	2.0	25	100	0	98	44	0	2	53	1.12
4420513--4420612	50	2.0	50	88	0	146	27	19	20	34	1.96
4444307--4444440	67	2.0	69	89	2	209	38	21	13	26	1.90
4449805--4449837	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
4453453--4453537	44	1.9	44	92	0	143	32	16	20	30	1.94
4459646--4459692	20	2.5	19	80	12	53	2	27	0	70	0.99
4465422--4465467	24	2.0	23	84	12	60	34	6	8	50	1.59
4465708--4465770	12	5.5	11	83	11	65	49	0	1	49	1.10
4465717--4465764	9	5.7	9	79	18	50	50	0	0	50	1.00
4465685--4465758	39	1.9	39	86	5	107	50	1	0	48	1.09
4465834--4465884	26	2.0	26	88	3	77	50	7	0	41	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4465957--4466050	44	2.1	46	84	4	120	34	24	6	35	1.81
4466032--4466062	16	1.9	16	93	0	53	25	32	6	35	1.82
4466552--4466580	12	2.4	12	100	0	58	58	0	6	34	1.25
4481184--4481515	130	2.6	129	88	5	476	35	18	16	29	1.93
4484295--4484432	44	3.1	44	66	8	127	18	25	23	32	1.97
4484273--4484466	88	2.2	88	94	0	343	22	24	22	30	1.99
4484311--4484455	44	3.3	44	66	11	116	20	25	23	31	1.98
4495955--4496274	130	2.5	130	89	4	479	35	17	16	30	1.92
4498972--4499003	16	2.0	16	93	0	55	56	9	6	28	1.55
4506642--4506806	63	2.6	62	79	2	168	30	24	21	23	1.99
4509832--4509912	33	2.5	33	75	0	81	17	9	11	61	1.55
4520370--4520427	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
4520749--4520869	44	2.8	42	76	16	122	23	16	28	32	1.96
4526860--4526895	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
4529793--4530065	105	2.6	105	88	1	395	31	13	19	34	1.91
4529794--4530070	35	7.9	35	86	4	344	31	13	20	34	1.91
4535579--4535686	26	4.2	26	85	0	153	33	10	23	33	1.88
4545071--4545107	19	1.9	19	88	0	56	18	0	29	51	1.47
4545602--4545883	35	8.1	35	85	3	361	30	12	20	36	1.90
4557731--4557816	42	2.3	35	74	25	102	24	15	22	38	1.92
4557741--4557825	42	2.0	42	100	0	170	28	14	21	36	1.92
4561162--4561219	7	8.3	7	100	0	116	0	15	43	41	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4561225--4561289	33	2.0	33	84	0	85	26	12	21	40	1.88
4572157--4572200	22	1.9	24	90	9	74	70	11	13	4	1.31
4574555--4574594	20	2.0	20	95	0	71	72	0	5	22	1.04
4574608--4574645	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
4575254--4575433	96	1.9	97	91	1	299	30	25	16	27	1.96
4578107--4578168	4	14.8	4	76	20	56	74	0	1	24	0.91
4578107--4578174	17	3.9	17	80	16	70	75	0	1	23	0.89
4578106--4578168	21	3.0	21	88	2	99	74	0	1	23	0.90
4578106--4578191	34	2.5	33	75	18	88	75	0	3	20	0.95
4584626--4584663	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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