genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.379.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  379  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118446853--118446973	58	2.1	59	87	6	176	26	18	7	47	1.74
118446961--118446999	9	4.2	9	86	3	51	15	30	0	53	1.42
118448885--118449007	61	2.0	62	96	1	230	31	13	15	39	1.85
118453540--118453570	16	1.9	16	93	0	53	41	0	6	51	1.27
118455585--118455628	6	7.3	6	89	0	61	18	2	68	11	1.30
118455813--118455851	9	4.3	9	83	0	51	12	0	64	23	1.28
118455925--118455968	6	7.3	6	89	0	61	11	0	70	18	1.16
118456273--118456323	3	16.7	3	91	4	84	1	0	68	29	1.00
118456440--118456475	18	2.0	18	88	0	54	22	2	63	11	1.39
118459668--118459713	23	2.0	23	91	0	74	30	4	4	60	1.35
118468225--118468361	71	1.9	71	93	0	238	45	10	11	32	1.74
118471677--118471735	29	2.0	29	87	6	84	20	23	28	27	1.99
118472973--118473026	24	2.3	23	83	3	72	40	29	18	11	1.85
118473036--118473105	24	2.9	24	72	17	65	47	17	14	21	1.82
118473160--118473216	27	2.1	27	86	0	78	42	19	21	17	1.90
118473175--118473233	27	2.2	26	87	3	82	44	16	22	16	1.87
118474636--118474852	46	4.6	46	76	7	195	29	19	28	22	1.98
118480312--118480344	14	2.5	13	90	9	57	12	15	12	60	1.59
118487357--118487402	17	2.7	17	93	0	74	28	0	10	60	1.30
118490157--118490210	24	2.3	24	90	3	83	37	24	25	12	1.91
118490346--118490412	27	2.5	28	78	7	75	43	20	19	16	1.88
118498763--118498800	17	2.3	16	90	4	58	28	5	2	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118498770--118498800	16	1.9	16	93	0	53	29	6	3	61	1.37
118501187--118501248	32	1.9	32	100	0	124	48	9	17	24	1.77
118502603--118502676	3	24.7	3	94	0	130	33	2	0	63	1.09
118504235--118504273	17	2.1	19	86	13	55	17	2	2	76	1.01
118513231--118513401	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
118513223--118513398	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
118519068--118519263	55	3.6	55	95	0	349	25	17	24	32	1.97
118521479--118521702	40	5.6	39	88	3	299	24	22	27	25	2.00
118521479--118521702	79	2.8	78	85	8	267	24	22	27	25	2.00
118521491--118521735	79	3.1	79	82	6	241	26	22	26	24	2.00
118526246--118526413	40	4.2	40	81	2	187	25	27	22	24	1.99
118532845--118532869	11	2.3	11	100	0	50	36	20	8	36	1.82
118534895--118534952	24	2.4	24	91	0	98	17	13	15	53	1.73
118537485--118537526	14	3.1	14	83	6	52	57	0	0	42	0.99
118538187--118538221	18	1.9	18	88	0	52	17	8	2	71	1.23
118539762--118539895	60	2.2	58	78	11	144	53	4	1	40	1.30
118539963--118539997	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
118561391--118561544	64	2.3	64	94	4	263	31	15	28	24	1.95
118561448--118561633	101	1.8	101	86	5	268	33	16	27	22	1.95
118567551--118567700	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
118567575--118567758	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
118568839--118568865	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118572003--118572152	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
118572027--118572210	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
118572927--118572951	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
118573304--118573332	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
118577284--118577412	63	2.0	64	94	4	226	36	13	15	34	1.86
118578598--118578623	12	2.2	12	100	0	52	84	0	15	0	0.62
118587918--118587977	3	19.3	3	73	13	50	28	1	5	65	1.23
118587915--118587977	22	3.0	22	76	19	71	26	3	4	65	1.28
118587918--118587975	16	3.8	16	74	17	52	27	1	5	65	1.23
118587970--118588044	22	3.4	22	67	14	55	13	9	5	72	1.27
118588013--118588096	31	2.7	29	71	23	73	16	11	3	67	1.35
118589507--118589562	6	9.3	6	78	5	60	14	7	1	76	1.07
118593919--118593989	3	23.7	3	85	5	99	64	0	5	29	1.16
118594693--118594751	31	1.9	31	100	0	118	20	47	25	6	1.74
118595880--118596006	45	2.8	45	82	5	159	32	28	13	25	1.94
118596805--118596935	65	2.0	65	84	0	172	47	8	22	22	1.77
118597214--118597254	12	3.4	12	79	0	55	0	19	2	78	0.87
118597211--118597258	17	2.8	17	77	3	51	0	20	2	77	0.88
118603003--118603044	17	2.4	18	88	4	59	71	9	4	14	1.28
118603135--118603196	3	20.7	3	100	0	124	66	0	0	33	0.92
118609566--118609667	40	2.5	40	82	0	123	32	23	11	32	1.91
118609725--118609818	37	2.5	37	75	13	95	38	18	15	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118614039--118614073	16	2.1	17	89	5	54	54	20	14	11	1.70
118614289--118614403	29	4.0	29	74	1	106	29	13	31	25	1.94
118628604--118628635	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
118630284--118630336	27	2.0	27	85	3	72	47	20	15	16	1.83
118631933--118632004	28	2.4	31	80	13	80	41	20	2	34	1.67
118632793--118632839	23	2.0	23	88	8	69	40	19	12	27	1.88
118636325--118636400	38	2.0	38	97	0	143	44	25	18	11	1.83
118639918--118639968	15	3.5	14	84	7	50	45	0	1	52	1.12
118642884--118642941	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
118648132--118648656	276	1.9	276	98	0	1023	31	11	21	35	1.89
118649723--118649794	19	3.9	19	91	8	123	36	15	11	37	1.83
118649726--118649802	36	2.2	35	86	11	104	37	12	12	36	1.83
118649726--118649802	19	4.3	19	87	11	92	37	12	12	36	1.83
118650164--118650421	45	5.7	45	78	9	238	26	27	15	30	1.96
118650164--118650426	89	2.9	89	79	6	271	26	27	15	30	1.96
118650361--118650655	78	3.8	78	90	1	457	24	24	18	31	1.98
118659215--118659290	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
118659251--118659341	19	4.9	19	90	8	152	37	15	9	37	1.81
118659244--118659341	35	2.7	37	86	12	141	36	16	9	37	1.80
118659265--118659320	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
118659460--118659497	20	2.0	20	84	5	51	10	2	15	71	1.25
118664395--118664466	24	3.2	24	84	7	98	48	5	0	45	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118664431--118664461	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
118666679--118666706	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
118667360--118667462	43	2.4	43	87	6	154	36	25	15	22	1.93
118667927--118667968	18	2.4	18	80	7	52	28	4	2	64	1.26
118676834--118676861	6	4.7	6	100	0	56	50	14	0	35	1.43
118678588--118679053	199	2.3	202	84	5	602	29	9	13	47	1.75
118695385--118695479	40	2.4	40	80	3	102	28	28	16	26	1.97
118695994--118696045	22	2.5	19	76	14	50	38	17	7	36	1.78
118698300--118698351	25	2.1	25	85	0	68	40	13	7	38	1.73
118698460--118698489	13	2.3	13	100	0	60	40	23	6	30	1.80
118702224--118702248	11	2.3	11	100	0	50	36	20	0	44	1.52
118702420--118702481	23	2.8	23	83	11	85	41	20	16	20	1.90
118702859--118702945	40	2.2	40	83	4	104	40	17	8	34	1.79
118703800--118703841	16	2.8	16	89	7	61	40	4	0	54	1.21
118708868--118708943	27	2.8	27	75	11	66	28	18	19	32	1.96
118712288--118712372	37	2.3	38	89	4	129	14	18	27	40	1.89
118715052--118715276	48	4.8	48	76	7	219	27	24	19	28	1.99
118719442--118719487	22	2.1	22	100	0	92	54	21	4	19	1.61
118720058--118720244	48	3.9	48	95	0	329	21	27	22	27	1.99
118724181--118724364	49	3.8	49	95	0	314	29	7	32	30	1.85
118724466--118724624	37	4.3	37	97	0	291	25	18	33	22	1.97
118726703--118726805	29	3.6	29	97	0	188	25	16	33	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118726671--118726804	58	2.3	58	85	5	182	25	17	31	26	1.97
118730256--118730488	49	4.8	49	97	0	403	29	8	31	30	1.86
118730590--118730748	37	4.3	37	96	0	291	26	19	32	21	1.97
118734386--118734423	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
118736050--118736104	28	2.0	28	100	0	110	47	21	10	20	1.80
118740842--118740897	25	2.2	26	78	9	62	48	8	3	39	1.52
118742613--118742646	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
118751613--118751687	39	1.9	39	100	0	150	30	5	30	33	1.80
118759669--118759693	13	1.9	13	100	0	50	60	16	8	16	1.58
118779163--118779202	16	2.4	17	83	8	55	70	12	2	15	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433