genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  250  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77949728--77949786	29	2.0	29	100	0	118	33	16	16	32	1.92
77950611--77950664	28	1.9	28	85	14	76	40	14	16	27	1.88
77951815--77951861	23	2.0	23	95	0	85	14	21	8	55	1.66
77954667--77954732	33	2.0	34	88	8	100	46	13	9	30	1.74
77955071--77955112	2	22.0	2	90	9	70	50	0	0	50	1.00
77956169--77956232	28	2.3	27	82	15	69	39	10	15	34	1.83
77959246--77959448	40	5.1	40	83	5	243	25	28	22	24	2.00
77959267--77959448	79	2.3	80	86	2	242	25	27	22	24	2.00
77965262--77965468	40	5.2	40	84	3	229	25	26	21	26	2.00
77968871--77968998	48	2.7	48	91	0	193	35	8	25	30	1.86
77968882--77969025	48	3.0	47	85	6	182	34	9	27	29	1.87
77972999--77973206	40	5.2	40	85	2	258	25	26	22	25	2.00
77978339--77978541	40	5.1	40	86	3	268	24	28	23	24	2.00
77981212--77981243	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
77983933--77984013	42	1.9	42	82	7	101	29	16	24	29	1.96
77987947--77987998	25	2.1	24	85	3	68	13	23	21	42	1.88
78001757--78001886	64	2.0	64	98	0	251	26	8	18	46	1.78
78005101--78005179	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
78006282--78006319	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
78012898--78012976	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
78014079--78014116	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
78014848--78014885	18	2.1	19	90	5	60	31	10	36	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78021108--78021140	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
78021094--78021142	18	2.7	18	90	3	71	36	18	14	30	1.90
78021335--78021383	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
78027451--78027886	48	9.1	48	93	0	728	35	5	27	30	1.81
78028027--78028134	37	2.9	37	91	2	173	24	21	31	23	1.98
78029509--78029575	34	2.0	34	100	0	134	22	17	23	35	1.95
78037911--78038083	46	3.7	46	78	13	210	21	20	28	29	1.98
78037908--78038078	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
78045460--78045632	46	3.7	47	75	13	187	22	20	26	30	1.98
78045457--78045627	93	1.8	93	89	2	272	22	20	27	29	1.98
78066412--78066517	39	2.9	37	88	6	146	26	8	7	57	1.55
78072062--78072232	93	1.8	93	91	0	279	28	29	21	21	1.98
78072055--78072230	46	3.8	46	78	10	187	28	30	20	20	1.98
78072106--78072249	46	3.1	45	74	13	123	29	28	21	20	1.98
78074562--78074644	28	2.9	28	82	10	96	56	15	16	10	1.66
78074558--78074635	15	5.4	15	77	13	83	58	12	17	10	1.61
78074569--78074644	15	5.2	15	75	12	77	56	14	17	11	1.67
78077045--78077078	17	2.0	17	100	0	68	47	23	5	23	1.73
78081494--78081596	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
78088398--78088500	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
78092225--78092309	45	1.9	44	81	11	102	68	2	10	18	1.30
78092323--78092399	6	13.5	6	72	13	56	75	5	2	16	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78092340--78092399	12	5.1	12	82	13	63	73	5	3	18	1.16
78092323--78092403	16	4.8	16	75	14	65	75	4	2	17	1.09
78092329--78092382	24	2.4	22	87	12	74	75	5	3	14	1.12
78100812--78100879	35	2.0	32	86	8	91	2	35	1	60	1.21
78102575--78102668	30	3.2	29	66	19	79	50	3	25	21	1.64
78102570--78102685	57	2.0	57	98	0	223	48	5	25	20	1.70
78102570--78102652	28	3.0	27	67	13	69	46	3	27	21	1.68
78102589--78102682	30	3.2	30	66	14	88	51	6	22	20	1.70
78123518--78123727	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
78126989--78127129	39	3.6	41	83	8	168	25	21	25	27	1.99
78130533--78130572	21	2.0	21	90	5	64	22	25	40	12	1.89
78134892--78135111	39	5.6	40	91	3	349	23	22	25	27	2.00
78134892--78135111	79	2.8	79	90	4	338	23	22	25	27	2.00
78139181--78139362	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
78139181--78139362	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
78144650--78145032	48	8.0	48	95	0	664	31	26	6	34	1.82
78150603--78150822	39	5.6	40	91	3	349	23	22	25	27	2.00
78150603--78150822	79	2.8	80	90	4	349	23	22	25	27	2.00
78161653--78161917	96	2.8	95	84	2	343	23	26	20	29	1.99
78161651--78161926	48	5.8	48	75	3	250	23	26	21	28	1.99
78162340--78162400	30	2.0	30	100	0	122	34	16	13	36	1.87
78163065--78163094	8	3.8	8	100	0	60	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78166638--78166933	149	2.0	145	94	2	511	21	27	16	34	1.95
78171801--78171843	16	2.5	17	88	7	61	65	0	20	13	1.27
78171801--78171851	17	2.9	17	82	8	59	66	1	17	13	1.34
78179311--78179688	48	7.9	48	78	1	337	24	29	19	26	1.98
78179310--78179682	96	3.9	96	84	1	462	24	28	19	27	1.98
78186519--78186699	40	4.5	40	80	7	197	24	25	23	25	2.00
78186519--78186697	80	2.2	81	86	3	245	24	26	24	25	2.00
78190439--78190525	37	2.3	36	92	5	138	27	33	18	20	1.96
78190659--78190696	19	2.0	19	100	0	76	26	36	10	26	1.89
78190610--78190745	68	2.0	68	98	0	263	28	29	9	32	1.89
78190678--78190817	50	2.8	50	94	1	246	30	26	8	35	1.86
78190678--78190823	49	3.0	50	93	2	251	30	25	8	36	1.85
78198710--78198880	40	4.2	40	83	5	202	24	25	23	26	2.00
78198728--78198878	80	1.9	81	88	4	234	24	27	23	25	2.00
78200585--78200685	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
78210597--78210697	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
78218554--78218654	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
78222228--78222341	56	2.0	56	94	0	201	43	3	18	34	1.67
78223039--78223089	20	2.6	20	82	11	61	68	1	0	29	1.00
78223047--78223108	30	2.1	29	84	3	79	64	3	1	30	1.19
78223363--78223394	16	2.0	16	100	0	64	18	25	12	43	1.85
78227314--78227414	46	2.2	46	98	0	193	42	20	6	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78228395--78228527	42	3.2	42	85	5	155	35	24	20	19	1.96
78236471--78236665	99	2.0	99	98	0	381	39	8	21	31	1.82
78239124--78239319	40	4.9	40	85	7	272	24	28	22	24	1.99
78239124--78239315	80	2.4	80	92	1	314	24	29	22	23	1.99
78242818--78242933	43	2.8	41	75	11	110	25	21	25	26	2.00
78258587--78258650	34	1.9	33	87	3	92	28	28	23	20	1.99
78261097--78261142	23	2.0	23	100	0	92	26	13	17	43	1.85
78263504--78263567	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
78263759--78263952	25	8.0	23	82	10	219	27	23	20	28	1.99
78263998--78264081	20	4.2	20	95	0	150	32	21	11	34	1.90
78264003--78264077	11	7.4	11	68	17	63	30	20	13	36	1.91
78264125--78264172	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
78265332--78265419	27	3.3	27	76	6	88	22	18	19	39	1.92
78265450--78265557	27	3.9	27	75	13	94	31	9	18	40	1.82
78265533--78265679	27	5.4	27	75	9	138	31	8	20	39	1.82
78265485--78265679	81	2.4	81	80	6	234	30	8	20	41	1.81
78265427--78265679	54	4.6	54	73	7	170	31	9	19	39	1.84
78265658--78265925	27	9.5	27	75	10	160	41	7	21	29	1.81
78265528--78265706	81	2.2	80	78	8	200	32	7	20	39	1.81
78265659--78265925	81	3.2	81	75	12	212	41	7	21	29	1.80
78265702--78265885	92	2.0	92	84	0	242	40	7	25	27	1.81
78265730--78265856	65	2.0	65	85	0	173	38	6	27	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78265747--78265828	38	2.2	38	84	0	101	37	6	31	24	1.80
78265675--78265912	119	2.0	119	83	1	298	40	7	23	27	1.82
78265797--78265957	54	3.0	54	76	0	169	38	6	22	31	1.81
78267908--78268157	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
78276011--78276180	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
78279679--78279928	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
78287780--78287949	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
78291622--78291679	15	3.8	16	76	15	61	18	25	34	20	1.96
78291613--78291678	30	2.2	30	83	5	80	16	24	33	25	1.96
78293681--78293709	14	2.0	15	93	6	51	55	6	13	24	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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