genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  10  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2963856--2963901	17	2.8	17	75	18	53	10	26	6	56	1.58
2969623--2969688	34	1.9	34	87	0	96	40	12	7	39	1.71
2974201--2974240	14	2.6	16	88	11	57	42	0	0	57	0.98
2974906--2975325	166	2.5	166	85	3	529	37	12	12	37	1.81
2977674--2977729	17	3.3	17	73	12	53	42	0	1	55	1.10
2981386--2981673	146	2.0	145	94	0	504	43	11	12	32	1.78
2982538--2982580	18	2.4	18	96	0	77	55	32	0	11	1.36
2983662--2983705	21	2.1	22	87	8	65	34	4	0	61	1.16
2983855--2983924	29	2.3	31	76	20	76	37	2	1	58	1.22
2984105--2984150	19	2.4	19	85	7	58	41	8	0	50	1.33
2986084--2986178	42	2.3	42	92	0	154	28	22	11	37	1.89
2988756--2988920	27	6.2	27	84	4	201	35	21	23	19	1.96
2990534--2990668	26	5.2	26	96	1	236	36	25	5	32	1.80
2994605--2994735	27	4.9	26	88	5	156	34	22	24	18	1.96
2994608--2994733	52	2.4	53	87	4	173	33	23	25	18	1.97
2996346--2996479	26	5.2	26	92	3	218	36	24	5	33	1.78
2996346--2996479	50	2.6	52	95	2	236	36	24	5	33	1.78
3000099--3000267	27	6.3	26	85	6	169	34	21	23	20	1.96
3000099--3000267	54	3.1	53	85	5	214	34	21	23	20	1.96
3000112--3000263	81	1.9	82	84	1	207	32	21	24	21	1.98
3000368--3000416	25	2.0	25	95	0	89	28	16	22	32	1.95
3000370--3000442	25	2.8	25	85	6	83	31	10	21	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3001880--3002014	26	5.2	26	90	1	218	36	24	5	34	1.78
3003404--3003511	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
3005443--3005555	56	2.0	57	92	1	192	29	11	29	30	1.92
3007401--3007448	2	24.0	2	91	0	78	45	0	2	52	1.12
3008364--3008402	19	2.1	19	85	9	53	61	0	2	35	1.10
3009901--3010010	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
3011796--3012080	136	2.1	136	96	0	525	25	18	24	31	1.98
3014920--3014970	25	2.0	25	96	0	93	35	11	9	43	1.75
3015519--3015551	15	2.1	16	94	5	59	33	12	0	54	1.37
3017567--3017649	36	2.3	36	82	0	112	22	18	16	42	1.89
3020626--3020658	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
3020705--3020763	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
3020734--3020781	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
3027843--3027893	21	2.4	21	100	0	102	43	15	23	17	1.88
3035360--3035494	52	2.6	50	79	9	135	29	16	25	28	1.97
3036452--3036563	12	9.4	11	71	21	59	58	3	3	34	1.33
3036480--3036519	17	2.4	16	88	12	55	57	2	2	37	1.26
3036911--3037171	23	11.3	23	69	19	129	54	6	3	35	1.43
3036915--3037050	64	2.2	61	79	8	143	54	7	5	33	1.50
3037842--3037881	20	2.2	19	86	13	57	72	2	5	20	1.15
3042566--3042597	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
3042986--3043012	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3049419--3049450	13	2.3	15	89	10	50	53	6	12	28	1.62
3050049--3050132	28	3.0	28	75	16	84	60	2	4	32	1.30
3050425--3050467	22	2.0	22	86	9	61	62	0	4	32	1.15
3053580--3053619	14	2.9	14	92	0	62	45	12	5	37	1.64
3055321--3055430	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
3057052--3057164	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
3057050--3057164	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
3062107--3062155	25	2.2	21	75	25	55	40	2	22	34	1.66
3062111--3062219	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
3063841--3063953	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
3063839--3063953	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
3068776--3068823	17	2.8	17	80	0	51	52	0	2	45	1.12
3068808--3068879	12	6.5	11	79	17	62	51	2	0	45	1.15
3068820--3068878	12	4.9	12	84	12	77	47	3	0	49	1.18
3069573--3069610	5	7.6	5	100	0	76	18	0	0	81	0.69
3084106--3084253	72	2.1	72	90	0	233	20	25	16	37	1.93
3084317--3084367	25	2.0	25	88	7	77	19	23	19	37	1.94
3086998--3087052	21	2.6	21	83	11	60	50	1	1	45	1.22
3086997--3087043	20	2.3	20	80	16	53	53	2	2	42	1.25
3089297--3089323	13	2.1	13	100	0	54	22	14	14	48	1.81
3091467--3091512	15	3.1	15	83	0	56	28	10	4	56	1.53
3095394--3095660	131	2.0	131	97	0	498	23	16	36	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3097342--3097593	129	1.9	130	87	2	364	26	14	19	39	1.90
3104552--3104588	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
3105574--3105678	50	2.1	50	96	1	194	30	7	20	40	1.81
3112519--3112564	8	5.8	8	100	0	92	65	0	0	34	0.93
3122396--3122457	27	2.3	26	76	13	63	48	11	3	37	1.55
3126011--3126118	26	4.2	26	92	0	180	29	6	26	37	1.82
3134325--3134460	51	2.7	51	75	4	148	41	13	6	38	1.70
3137149--3137284	51	2.7	51	75	4	148	41	13	6	38	1.70
3145038--3145075	18	2.1	19	85	5	51	31	26	10	31	1.90
3145844--3146004	54	2.8	59	83	11	233	30	14	22	31	1.94
3148280--3148307	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
3162128--3162220	28	3.1	28	79	14	105	31	17	13	37	1.89
3162123--3162460	33	10.3	33	77	9	246	31	21	15	31	1.94
3162129--3162458	66	5.1	65	81	7	296	32	21	15	30	1.94
3162198--3162457	99	2.6	98	81	6	299	32	22	15	28	1.95
3162455--3162518	29	2.2	29	97	0	119	21	25	15	37	1.93
3164356--3164422	3	22.7	3	75	17	52	26	2	2	67	1.20
3164345--3164409	30	2.2	30	84	15	82	24	4	1	69	1.16
3166038--3166110	6	12.3	6	89	1	94	15	1	5	78	1.00
3183361--3183429	32	2.2	32	84	2	86	30	8	5	55	1.54
3185107--3185157	23	2.1	25	82	13	63	33	0	3	62	1.13
3185200--3185261	20	3.1	20	72	22	58	30	1	1	66	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3185421--3185472	27	1.9	27	88	7	79	32	3	1	61	1.25
3188377--3188506	65	2.0	65	98	0	251	42	18	14	24	1.88
3188511--3188565	26	2.1	26	82	3	65	27	16	20	36	1.93
3190781--3190832	19	2.7	19	96	0	95	36	9	15	38	1.80
3191205--3191256	26	2.0	27	85	7	72	40	5	5	48	1.51
3195433--3195470	20	1.9	19	89	5	58	47	5	5	42	1.48
3211391--3211557	60	2.8	60	96	0	307	31	16	22	30	1.95
3213859--3213910	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
3217177--3217278	37	2.6	38	75	20	95	58	4	3	32	1.37
3217295--3217378	14	6.1	14	67	15	50	59	5	2	32	1.34
3217358--3217390	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
3218029--3218093	33	2.0	33	88	11	98	4	7	7	80	1.03
3218056--3218085	9	3.2	9	90	9	51	0	13	0	86	0.57
3218052--3218147	48	2.0	46	86	11	131	3	7	19	69	1.26
3218966--3219027	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
3219122--3219156	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
3219135--3219537	72	5.3	74	79	9	359	34	18	16	30	1.94
3219541--3219702	74	2.1	75	86	5	229	30	21	19	27	1.98
3219379--3220430	165	6.3	165	90	3	1492	32	21	18	26	1.97
3219617--3219790	91	2.0	88	87	6	253	32	20	20	26	1.97
3219009--3219863	403	2.1	390	80	8	914	33	20	17	28	1.95
3219696--3220197	75	6.3	76	66	20	254	32	20	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3219696--3219867	73	2.3	75	84	6	231	32	20	19	27	1.97
3219847--3219881	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
3219781--3219956	92	2.0	90	88	4	266	32	21	19	26	1.97
3219871--3220032	74	2.1	74	84	7	211	32	21	18	27	1.97
3219947--3220121	91	2.0	88	85	5	235	33	19	19	27	1.96
3220026--3220197	74	2.3	76	84	4	231	33	19	19	27	1.96
3220177--3220211	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
3220108--3220440	88	3.8	88	88	2	461	35	21	17	25	1.95
3220108--3220430	179	1.8	176	86	3	468	35	21	17	24	1.95
3220464--3220652	71	2.6	71	84	5	245	35	24	14	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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