genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.367.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  367  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106660149--106660200	16	3.2	16	73	10	61	46	5	0	48	1.26
106660146--106660209	32	2.0	32	96	0	119	42	9	0	48	1.35
106660441--106660499	14	4.2	14	80	0	55	49	32	0	18	1.48
106660435--106660488	21	2.5	21	84	3	63	46	37	0	16	1.48
106661450--106661544	41	2.3	41	92	0	154	16	18	26	37	1.92
106663891--106663964	33	2.2	33	90	0	112	22	32	32	12	1.91
106666952--106667050	29	3.4	29	90	2	162	34	11	30	24	1.90
106667043--106667172	33	3.9	33	91	0	197	37	9	20	32	1.85
106673815--106673860	24	1.9	24	86	0	65	43	2	2	52	1.25
106674231--106674279	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
106674765--106674840	38	2.0	38	94	0	134	36	19	3	39	1.71
106686477--106686534	30	1.9	30	85	0	80	53	0	5	41	1.23
106687955--106687999	9	4.9	9	89	5	63	64	0	0	35	0.94
106687935--106688001	19	3.7	19	78	13	70	65	0	0	34	0.93
106687935--106688010	28	2.8	28	71	13	70	61	0	0	38	0.96
106694086--106694189	50	2.1	50	90	0	163	41	10	25	23	1.86
106703679--106703721	13	3.5	13	78	18	56	27	6	18	46	1.75
106708025--106708195	46	3.7	47	82	7	183	28	20	30	21	1.98
106716261--106716316	16	3.5	16	85	0	76	32	19	7	41	1.79
106720281--106720306	4	6.5	4	100	0	52	53	0	0	46	1.00
106728618--106728690	31	2.4	30	86	6	110	26	15	13	45	1.83
106728893--106728969	32	2.4	32	88	0	109	23	16	14	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106729352--106729463	59	1.9	59	85	7	156	49	11	14	25	1.77
106735115--106735168	17	3.2	16	84	7	63	55	0	0	44	0.99
106737274--106737346	37	2.0	37	100	0	146	28	24	5	41	1.77
106737929--106737970	11	3.7	11	79	17	50	64	2	2	30	1.19
106738470--106738524	23	2.4	23	78	6	67	30	14	1	52	1.52
106738619--106738684	27	2.4	27	89	0	96	33	30	9	27	1.88
106741948--106741986	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
106745506--106745558	25	2.1	26	85	3	72	22	15	24	37	1.92
106745522--106745570	25	2.0	25	87	0	71	22	16	24	36	1.94
106747042--106747099	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
106748579--106748620	19	2.2	19	95	0	75	45	33	7	14	1.72
106751046--106751290	131	1.9	133	82	3	316	27	19	17	35	1.94
106752562--106752600	18	2.2	18	85	0	51	64	0	0	35	0.94
106755567--106755597	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
106773760--106773795	13	2.6	14	86	13	56	52	5	0	41	1.24
106776391--106776460	34	2.1	33	94	2	122	54	17	7	21	1.66
106778974--106779012	19	2.1	19	100	0	78	48	25	15	10	1.76
106781318--106781394	28	2.7	27	80	13	77	40	0	2	57	1.13
106781358--106781410	29	1.9	29	85	11	76	37	0	1	60	1.08
106781313--106781410	28	3.6	27	75	20	73	38	0	2	59	1.09
106782211--106782243	17	1.9	17	88	11	50	39	18	9	33	1.82
106783566--106783604	19	2.1	19	100	0	78	48	20	15	15	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106790399--106790475	3	25.7	3	100	0	154	33	0	0	66	0.92
106790989--106791046	3	19.7	3	82	7	66	32	3	1	62	1.22
106794794--106794881	43	2.0	43	95	0	158	19	19	10	51	1.75
106796888--106796924	16	2.3	16	100	0	74	40	18	5	35	1.74
106804381--106804439	4	14.8	4	96	0	109	50	23	0	25	1.49
106805360--106805384	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
106806633--106806670	7	5.4	7	93	0	67	47	10	0	42	1.38
106808005--106808030	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
106808794--106808829	16	2.2	17	90	5	56	72	2	0	25	0.98
106824666--106824694	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
106833263--106833292	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
106853762--106853876	51	2.3	51	98	0	221	26	23	17	33	1.96
106856324--106856434	53	2.1	53	89	0	168	32	9	14	44	1.76
106864870--106864929	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
106875312--106875353	21	2.0	22	90	4	68	57	26	7	9	1.56
106875365--106875431	20	3.4	20	77	6	66	43	20	25	10	1.84
106875456--106875566	20	5.6	20	72	0	69	33	18	26	22	1.96
106875465--106875678	40	5.3	40	85	0	257	33	17	26	22	1.96
106876648--106876762	54	2.1	54	86	0	167	57	6	6	28	1.51
106877818--106877880	26	2.5	25	76	20	69	63	0	4	31	1.15
106911224--106911293	35	2.0	35	97	0	131	25	10	30	34	1.89
106916266--106916406	47	3.1	47	59	17	109	27	22	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106916237--106916421	87	2.1	87	95	0	334	28	22	12	36	1.91
106918942--106919005	30	2.1	31	83	11	80	35	12	12	39	1.81
106919108--106919152	20	2.2	21	88	4	65	33	0	2	64	1.06
106929815--106929840	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
106935490--106935528	21	1.9	21	89	5	62	71	0	0	28	0.86
106937154--106937191	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
106937961--106938004	21	2.1	21	100	0	88	45	0	22	31	1.53
106938090--106938115	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
106938396--106938436	18	2.3	18	91	0	64	4	9	0	85	0.73
106939170--106939234	34	1.9	34	87	0	94	32	12	7	47	1.69
106939823--106939858	13	2.9	12	91	4	54	61	0	8	30	1.26
106939825--106939858	12	2.7	13	90	4	52	61	0	8	29	1.26
106942077--106942119	23	2.0	21	81	9	50	37	2	2	58	1.24
106942969--106943033	25	2.5	27	78	12	73	20	3	10	66	1.36
106949677--106949709	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
106949741--106949773	11	2.8	12	86	4	50	30	0	9	60	1.27
106949759--106949833	21	3.3	21	77	17	62	26	0	5	68	1.11
106949759--106949814	21	2.7	22	83	8	64	25	0	5	69	1.09
106949785--106949832	26	1.9	24	87	8	69	31	0	4	64	1.12
106959652--106959738	43	2.0	43	100	0	174	37	9	6	45	1.63
106960452--106960522	13	5.7	13	73	9	67	25	8	25	40	1.83
106962535--106962705	72	2.4	71	84	4	236	54	13	7	25	1.64
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106963130--106963177	18	2.7	18	93	0	78	39	14	12	33	1.84
106966758--106966814	21	2.6	22	83	2	71	15	29	28	26	1.96
106967829--106967885	28	2.0	28	86	0	78	38	15	3	42	1.65
106967916--106967956	18	2.3	18	86	0	55	41	17	9	31	1.82
106967925--106967959	18	1.9	18	94	0	61	37	17	14	31	1.89
106969389--106969421	17	2.0	16	94	5	57	30	3	0	66	1.06
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106976581--106976611	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
106976592--106976651	30	2.0	30	93	0	102	28	1	11	58	1.43
106978115--106978151	18	2.1	18	100	0	74	21	16	16	45	1.84
106979859--106979918	8	7.6	8	75	15	54	68	0	0	31	0.90
106979861--106979918	16	3.6	16	75	11	64	68	0	0	31	0.89
106986175--106986232	25	2.2	28	84	12	86	50	0	0	50	1.00
106986175--106986230	27	2.0	28	86	3	78	50	0	0	50	1.00
106986525--106986583	29	2.0	29	80	6	66	37	0	5	57	1.21
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106996156--106996328	46	3.7	46	78	10	208	22	20	27	30	1.98
106996153--106996323	93	1.8	93	94	0	306	22	20	28	29	1.98
106996552--106996589	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
107021735--107021778	14	3.1	14	80	6	61	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107021734--107021782	15	3.3	15	77	5	64	42	0	0	57	0.99
107023127--107023152	10	2.6	10	100	0	52	73	0	0	26	0.84
107029395--107029638	123	2.0	124	82	5	298	24	22	18	34	1.97
107029685--107029960	125	2.2	125	81	3	306	25	19	18	37	1.93
107030353--107030532	7	25.0	7	72	11	60	51	30	0	17	1.46
107030404--107030514	36	3.1	36	76	13	90	56	27	0	15	1.39
107030406--107030502	21	4.6	20	75	10	68	57	29	0	12	1.35
107030368--107030468	29	3.5	29	71	17	68	54	31	0	13	1.40
107041576--107041605	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
107045306--107045339	2	17.5	2	87	6	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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