genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  259  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73923561--73923598	20	1.9	20	88	0	58	15	36	26	21	1.93
73929926--73929981	6	9.3	6	90	0	85	46	5	0	48	1.25
73929926--73929981	4	14.0	4	88	0	85	46	5	0	48	1.25
73931179--73931204	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
73934249--73934327	26	3.0	26	83	0	104	25	24	20	30	1.98
73943321--73943476	43	3.7	42	76	6	154	28	17	22	31	1.97
73957511--73957640	40	3.2	40	81	2	154	24	23	26	25	2.00
73962741--73962925	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
73962741--73962923	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
73962742--73962948	79	2.6	79	80	12	237	25	21	27	25	1.99
73971195--73971243	25	2.0	25	87	0	71	34	14	16	34	1.89
73983129--73983153	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
73983857--73983977	48	2.6	48	89	5	176	29	21	26	22	1.99
73993117--73993319	47	4.3	47	88	0	307	28	31	9	31	1.89
73993117--73993319	94	2.2	94	95	0	370	28	31	9	31	1.89
73996434--73996876	40	11.1	40	91	0	679	24	27	22	25	2.00
73996929--73997003	38	2.0	38	84	5	98	22	28	18	30	1.97
73999446--73999643	47	4.2	47	87	0	288	27	30	10	31	1.89
73999454--73999637	94	2.0	94	96	0	341	27	30	10	31	1.91
73999615--73999663	22	2.2	22	100	0	98	16	32	20	30	1.94
74008761--74008913	76	2.0	76	100	0	306	48	22	7	21	1.75
74022667--74022853	69	2.7	68	80	4	194	37	13	21	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74023616--74023648	15	2.2	15	89	10	50	42	9	0	48	1.35
74026974--74027045	26	2.8	27	87	10	98	27	4	4	63	1.31
74032176--74032861	342	2.0	342	88	1	1025	24	20	15	38	1.92
74039348--74039379	17	1.9	16	93	6	55	18	0	9	71	1.12
74040257--74040317	23	2.6	22	72	10	59	36	18	21	24	1.95
74046899--74046967	30	2.3	30	94	0	120	18	37	27	15	1.92
74047785--74048055	47	5.8	45	77	12	219	23	29	19	28	1.98
74047794--74048057	46	5.7	46	77	14	222	23	28	18	28	1.98
74047794--74048057	140	1.9	140	85	4	372	23	28	18	28	1.98
74049678--74049707	12	2.5	12	94	0	51	23	30	30	16	1.96
74053056--74053176	43	2.9	42	84	7	172	31	16	23	28	1.96
74059466--74059523	26	2.2	26	96	0	107	24	5	34	36	1.78
74059955--74060383	48	9.0	48	77	2	333	25	18	30	25	1.98
74061569--74061608	21	2.0	21	90	5	64	10	35	30	25	1.88
74063221--74063343	42	2.9	43	74	16	121	29	16	22	31	1.96
74064091--74064137	22	2.1	22	81	14	53	31	2	21	44	1.64
74068131--74068250	60	2.0	60	91	0	195	35	12	20	31	1.90
74071455--74071492	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
74075092--74075255	47	3.5	46	86	7	206	36	14	24	24	1.93
74075242--74075415	55	3.2	53	83	7	208	36	18	24	20	1.95
74078514--74078677	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
74078514--74078711	71	2.8	70	91	3	267	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74084124--74084196	36	2.0	36	86	0	101	28	8	27	35	1.86
74087650--74087810	43	3.7	44	77	14	165	30	19	22	27	1.98
74096236--74096546	152	2.0	152	90	1	489	31	9	22	36	1.85
74098328--74098355	8	3.5	8	100	0	56	21	10	0	67	1.20
74099271--74099428	43	3.7	44	78	9	155	24	17	26	31	1.97
74100101--74100147	10	4.6	10	77	12	51	21	0	25	53	1.46
74109096--74109382	40	7.2	40	94	2	456	26	27	22	23	1.99
74112364--74112484	39	3.1	39	97	0	224	23	31	23	20	1.98
74117047--74117214	40	4.2	40	77	4	142	23	27	23	25	2.00
74118445--74118493	21	2.3	22	82	3	64	0	14	4	81	0.83
74119312--74119483	46	3.7	46	77	13	199	29	27	20	22	1.99
74119317--74119487	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
74125106--74125226	39	3.1	39	95	0	215	23	30	24	21	1.99
74127026--74127125	28	3.6	28	80	0	128	30	31	12	27	1.92
74127154--74127294	41	3.5	41	89	2	198	32	25	14	26	1.95
74128661--74128750	20	4.6	20	91	2	146	17	36	30	15	1.91
74129061--74129109	25	2.0	25	100	0	98	26	28	28	16	1.97
74129065--74129118	25	2.2	25	89	0	81	24	31	27	16	1.96
74132855--74132958	44	2.4	42	85	7	138	23	20	23	33	1.97
74132856--74132971	44	2.7	44	84	7	123	24	18	25	31	1.98
74133468--74133492	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
74134195--74134365	46	3.7	46	77	6	175	29	18	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74134193--74134407	94	2.3	94	81	8	242	29	19	29	21	1.97
74137133--74137181	24	2.1	23	85	11	64	30	0	24	44	1.54
74140525--74140573	23	2.1	23	88	0	71	18	22	0	59	1.38
74145303--74145342	20	2.0	20	95	0	71	25	22	15	37	1.93
74154810--74154967	43	3.7	42	81	4	165	31	25	17	25	1.97
74154823--74154967	42	3.4	43	80	4	150	32	24	17	26	1.97
74157134--74157529	85	4.7	85	78	7	376	33	13	10	42	1.78
74162256--74162321	6	11.0	6	70	0	51	57	15	4	22	1.56
74162622--74162655	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
74168932--74169074	72	2.0	72	88	0	214	17	27	18	37	1.93
74170370--74170561	96	2.0	96	88	0	285	34	14	18	32	1.91
74173220--74173403	49	3.7	49	78	4	208	29	24	18	27	1.98
74173221--74173408	100	1.9	100	88	2	288	29	24	19	26	1.98
74173657--74173710	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
74176468--74176594	36	3.6	36	73	14	111	31	22	21	25	1.98
74176468--74176683	70	3.1	69	85	6	267	31	21	21	25	1.98
74181616--74181641	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
74182666--74182702	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
74182753--74182785	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
74182753--74182787	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
74183185--74183222	18	2.1	19	90	5	60	36	0	5	57	1.21
74183218--74183289	30	2.5	28	76	14	74	50	0	6	43	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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74203801--74203865	16	4.1	16	83	0	76	38	4	26	30	1.76
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74213552--74213719	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
74221599--74221766	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
74225107--74225294	3	63.7	3	74	4	132	29	7	2	60	1.37
74225157--74225290	51	2.6	51	90	1	198	29	9	2	58	1.42
74232895--74232985	42	2.2	42	87	0	128	25	31	19	23	1.98
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74235939--74235989	21	2.4	21	93	0	84	47	21	3	27	1.68
74244922--74244961	6	6.7	6	94	0	71	32	0	15	52	1.43
74245137--74245232	40	2.5	38	75	6	93	17	9	34	38	1.82
74249265--74249301	18	2.1	19	85	10	51	10	29	43	16	1.82
74250313--74250404	40	2.4	39	83	5	123	39	35	10	14	1.81
74253252--74253308	25	2.3	25	81	6	71	42	14	1	42	1.55
74256938--74256989	22	2.4	22	83	0	68	19	23	13	44	1.86
74259418--74259455	20	1.9	19	94	5	67	36	5	5	52	1.47
74263432--74263458	14	1.9	14	100	0	54	48	7	0	44	1.31
74268018--74268106	46	1.9	46	90	0	142	29	28	22	20	1.98
74268522--74268581	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
74275500--74275629	46	2.8	48	78	13	155	30	27	20	22	1.98
74276052--74276111	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74281702--74282168	210	2.2	210	89	1	711	30	19	22	28	1.98
74288225--74288279	19	2.8	20	81	13	60	25	1	5	67	1.22
74297491--74297658	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
74299040--74299129	37	2.4	37	90	0	135	35	31	11	22	1.89
74302559--74302616	29	2.0	30	86	3	82	36	0	0	63	0.94
74302623--74302660	19	1.9	19	89	5	58	47	2	2	47	1.30
74302632--74302692	31	2.0	30	83	3	77	34	0	3	62	1.12
74302664--74302812	12	12.4	12	73	14	94	32	1	0	65	1.06
74302648--74302822	31	5.4	30	74	18	124	32	1	0	65	1.07
74302647--74302836	85	2.2	84	82	11	235	32	1	1	64	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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