Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  115  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29292486--29292559
25
3.0
25
93
0
130
51
9
18
20
1.74
29294029--29294119
42
2.2
42
98
2
175
38
8
10
41
1.71
29295789--29295822
12
2.9
11
91
8
50
0
14
17
67
1.23
29300416--29300459
23
1.9
23
100
0
88
31
18
13
36
1.90
29301751--29301791
13
3.0
14
76
20
50
53
0
26
19
1.45
29303903--29303942
19
2.1
19
85
0
53
47
30
10
12
1.74
29309236--29309313
40
2.0
40
82
5
95
62
1
2
33
1.17
29314005--29314040
4
8.8
4
93
6
63
75
0
2
22
0.94
29315159--29315211
12
4.4
12
90
0
79
20
11
11
56
1.65
29315155--29315215
24
2.6
24
86
2
88
21
11
9
57
1.62
29315231--29315299
24
2.9
24
76
6
68
23
8
14
53
1.68
29315229--29315312
6
14.0
6
78
0
60
21
8
16
53
1.69
29315349--29315469
47
2.5
48
82
1
154
23
13
17
45
1.84
29315774--29315817
15
2.9
15
100
0
88
13
6
38
40
1.71
29316797--29316827
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
29317475--29317654
43
4.3
43
90
2
269
26
8
20
45
1.80
29317475--29317654
83
2.1
84
87
4
265
26
8
20
45
1.80
29318355--29318408
21
2.6
21
82
5
65
25
40
9
24
1.85
29318800--29318936
59
2.3
59
94
0
238
32
18
12
37
1.88
29318983--29319041
30
2.0
30
83
6
77
49
20
5
25
1.69
29319479--29319526
20
2.5
20
90
10
73
0
33
0
66
0.92
29319480--29319541
18
3.4
19
79
18
69
0
30
0
69
0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29328391--29328432
21
2.0
21
85
0
57
14
38
7
40
1.73
29339875--29339919
11
4.2
11
91
2
74
35
0
2
62
1.08
29341898--29342129
99
2.3
100
85
1
306
31
17
25
25
1.97
29342748--29342875
63
2.0
63
92
0
211
29
10
15
43
1.81
29345365--29345413
24
2.0
24
84
7
64
8
28
2
61
1.36
29347174--29347228
24
2.3
24
100
0
110
29
27
20
23
1.99
29348874--29348912
8
5.0
8
84
15
55
46
15
0
38
1.46
29357907--29357971
32
2.0
32
100
0
130
26
9
21
43
1.82
29358119--29358232
55
2.1
55
98
0
219
42
18
11
28
1.85
29364609--29364689
34
2.4
34
89
0
117
18
3
27
50
1.63
29364615--29364673
19
3.3
18
69
26
54
18
1
27
52
1.55
29367186--29367358
93
1.9
93
86
4
251
28
26
20
23
1.99
29372324--29372366
23
2.0
23
86
9
63
34
11
16
37
1.85
29372556--29372605
23
2.2
23
88
0
73
46
12
16
26
1.81
29374878--29374922
15
3.1
14
78
9
54
55
11
0
33
1.35
29375186--29375214
10
3.0
10
95
5
51
6
93
0
0
0.36
29380547--29380593
6
7.8
6
97
0
85
53
12
34
0
1.39
29381390--29381422
17
1.9
17
93
0
57
63
9
0
27
1.24
29384364--29384514
43
3.5
44
81
4
182
29
15
23
31
1.95
29386477--29387212
38
20.1
38
80
7
685
36
13
22
26
1.92
29386477--29387257
37
21.3
36
80
7
713
36
13
23
26
1.92
29386478--29387208
73
10.0
73
78
8
606
36
13
22
26
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29396533--29396604
36
2.0
36
97
0
135
30
15
22
31
1.94
29401197--29401283
37
2.3
36
94
5
147
26
33
19
20
1.97
29401352--29401663
49
6.4
49
96
0
516
31
29
8
31
1.86
29406527--29406565
18
2.2
18
86
9
53
15
46
25
12
1.81
29407718--29407763
22
2.1
22
84
4
58
60
4
6
28
1.40
29415305--29415557
125
2.0
125
100
0
506
43
22
10
23
1.84
29425925--29425968
2
22.0
2
95
0
79
50
2
0
47
1.13
29433202--29433226
8
3.1
8
100
0
50
40
24
12
24
1.88
29436652--29436755
36
2.9
36
94
0
181
36
16
17
29
1.92
29440110--29440192
40
2.0
41
93
2
141
53
4
10
31
1.57
29440119--29440209
40
2.3
39
83
9
103
51
7
9
30
1.63
29442106--29442278
46
3.7
46
79
10
199
21
20
27
30
1.98
29442103--29442273
93
1.8
93
92
0
288
21
20
28
29
1.98
29442502--29442539
19
2.0
20
85
15
53
36
0
23
39
1.55
29449686--29449857
45
3.7
46
79
11
208
22
20
27
29
1.98
29450082--29450119
19
2.0
20
85
15
53
36
0
23
39
1.55
29462697--29462814
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
29462665--29462828
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
29470274--29470391
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
29470242--29470405
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
29471476--29471953
238
2.0
239
98
1
924
27
14
20
38
1.91
29476790--29477260
236
2.0
235
98
1
908
33
8
20
36
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29478319--29478436
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
29478287--29478450
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
29485897--29486014
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
29485865--29486028
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
29490939--29491026
40
2.2
40
79
4
97
25
26
23
25
2.00
29495440--29495528
26
3.4
26
95
0
160
29
7
24
38
1.84
29499359--29499406
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
29499454--29499509
11
5.5
11
71
16
57
35
12
19
32
1.89
29499443--29499509
20
3.3
20
93
0
116
34
11
20
32
1.90
29499558--29499709
24
6.4
23
87
4
205
28
21
22
27
1.99
29499559--29499702
47
3.1
46
88
2
207
27
22
21
28
1.99
29499559--29499697
71
2.0
71
95
0
251
26
23
22
28
1.99
29499916--29499976
31
2.0
31
93
0
104
32
16
26
24
1.96
29501695--29501757
31
2.1
31
87
3
92
25
23
14
36
1.93
29501951--29502138
24
8.0
24
88
5
251
26
20
22
29
1.99
29501951--29502139
70
2.7
71
86
4
258
26
20
22
30
1.98
29501951--29502126
94
1.9
95
90
3
284
26
20
23
28
1.99
29502196--29502272
9
7.9
9
72
16
64
35
20
9
35
1.85
29502192--29502274
20
4.2
20
96
0
157
32
19
12
36
1.88
29502192--29502263
11
7.1
11
70
17
66
31
19
12
36
1.89
29502311--29502358
25
1.9
25
82
0
60
25
14
25
35
1.94
29503597--29504097
27
18.6
27
86
4
501
40
9
22
27
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29503598--29504098
81
6.2
81
85
5
647
40
9
22
27
1.84
29503598--29504098
54
9.3
54
86
2
645
40
9
22
27
1.84
29506780--29506843
31
2.1
31
90
0
101
25
23
15
35
1.94
29509196--29509281
27
3.2
27
76
0
91
30
8
24
37
1.84
29509260--29509761
27
18.6
27
84
4
611
40
8
22
28
1.84
29515227--29515367
26
5.4
26
96
0
264
29
7
26
36
1.83
29516905--29516944
21
1.9
21
90
10
64
17
15
20
47
1.83
29529031--29529067
16
2.3
16
90
0
56
62
8
8
21
1.49
29535932--29535974
16
2.7
16
96
0
77
72
11
6
9
1.29
29538925--29538965
21
2.0
21
90
0
64
34
12
14
39
1.84
29542141--29542202
31
2.0
31
96
0
115
48
20
3
27
1.65
29543608--29543661
16
3.4
16
97
0
99
51
20
12
14
1.75
29543608--29543661
7
6.7
9
74
21
57
51
20
12
14
1.75
29561886--29561916
5
6.2
5
100
0
62
58
0
0
41
0.98
29576438--29576496
31
1.9
30
86
6
82
35
23
10
30
1.88
29581913--29582214
155
2.0
147
90
5
478
25
13
14
46
1.81
29586018--29586042
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
29588279--29588322
21
2.1
21
87
8
63
22
2
0
75
0.92
29588861--29588885
12
2.1
12
100
0
50
16
0
0
84
0.63
29599687--29599893
40
5.2
40
88
2
285
23
20
28
27
1.99
29607762--29608007
40
6.2
40
90
2
347
23
21
28
26
1.99
29615288--29615374
29
3.0
29
91
0
129
28
14
24
32
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29617263--29617481
40
5.4
40
91
0
303
26
22
26
23
2.00
29617262--29617506
80
3.0
80
84
0
220
26
23
26
23
2.00
29625357--29625387
16
2.0
16
93
6
55
64
0
3
32
1.09
29628953--29629020
23
3.0
23
80
2
75
39
17
23
19
1.92
29640119--29640152
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
29641311--29641435
48
2.6
48
96
0
232
28
31
15
24
1.95
29644221--29644446
40
5.7
40
85
5
257
24
20
29
26
1.99
29644221--29644446
80
2.8
80
85
4
323
24
20
29
26
1.99
29644631--29644660
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
29649697--29649728
2
16.5
2
93
6
57
50
0
0
50
1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444