genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  270  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77618968--77619189	47	4.8	47	76	16	230	29	27	19	23	1.98
77624979--77625145	90	1.8	92	92	5	286	29	29	18	22	1.97
77630200--77630269	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
77634184--77634260	24	3.2	24	62	17	59	36	7	29	25	1.84
77634105--77634872	49	15.7	49	93	0	1119	31	8	30	29	1.86
77634921--77635007	37	2.3	36	90	5	129	21	18	32	27	1.97
77642592--77642782	40	4.8	40	88	2	260	23	24	29	23	1.99
77645860--77646028	88	1.9	88	92	0	284	35	11	20	31	1.89
77651803--77651898	24	3.9	24	82	5	104	22	23	19	33	1.97
77657950--77658009	24	2.5	23	75	17	59	20	23	18	38	1.93
77658154--77658192	20	2.0	20	84	0	51	30	5	25	38	1.78
77660365--77660401	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
77661309--77661343	2	18.0	2	91	5	54	54	0	0	45	0.99
77662481--77662544	18	3.6	18	76	0	65	9	1	56	32	1.41
77662536--77662641	18	5.6	18	72	14	70	10	6	58	24	1.55
77662469--77662576	30	3.6	30	70	9	76	8	3	56	31	1.47
77662554--77662600	24	2.0	24	86	0	67	12	4	61	21	1.48
77662552--77662683	60	2.2	60	89	2	203	12	5	58	24	1.54
77662493--77662624	42	3.1	41	74	7	115	10	3	59	26	1.48
77662536--77662641	21	5.3	20	69	21	64	10	6	58	24	1.55
77662578--77662744	78	2.1	78	85	2	219	12	5	58	23	1.54
77662655--77662705	24	2.1	24	85	0	66	9	3	58	27	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77662656--77662695	15	2.7	15	80	0	53	7	5	60	27	1.45
77662672--77662717	24	1.9	24	86	8	67	6	6	58	28	1.48
77662799--77663154	60	6.0	60	89	2	522	13	10	56	19	1.65
77662800--77663157	117	3.0	117	89	2	493	13	10	56	19	1.65
77662799--77663154	177	2.0	179	88	2	529	13	10	56	19	1.65
77663170--77663274	42	2.5	42	87	0	147	12	6	59	21	1.56
77663248--77663340	18	5.0	18	72	10	71	10	1	56	31	1.40
77663188--77663330	48	3.1	47	79	5	134	13	4	57	25	1.54
77663176--77663328	30	5.1	30	70	9	87	12	4	57	25	1.54
77663278--77663346	30	2.3	30	87	0	93	13	0	56	30	1.37
77663295--77663346	18	2.9	18	80	5	61	9	0	55	34	1.32
77666359--77666388	13	2.3	13	100	0	60	46	6	0	46	1.29
77672753--77672960	40	5.2	40	85	2	258	25	21	26	26	1.99
77679064--77679223	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
77679064--77679223	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
77687028--77687187	29	5.5	30	83	8	186	34	13	25	26	1.93
77689141--77689196	20	2.8	20	75	0	58	19	12	35	32	1.89
77690153--77690367	24	9.0	24	86	2	263	28	19	21	30	1.97
77690417--77690483	20	3.3	20	91	0	107	31	20	13	34	1.92
77697501--77697726	24	9.4	24	85	1	274	27	18	22	31	1.97
77697775--77697841	20	3.3	20	91	0	107	31	20	13	34	1.92
77702186--77702307	45	2.6	47	81	12	137	23	31	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77702182--77702356	92	1.9	93	83	7	230	22	30	20	26	1.98
77702229--77702358	47	2.8	44	79	11	127	21	30	20	28	1.98
77702413--77702450	19	2.0	19	94	0	67	34	15	13	36	1.87
77709774--77709889	46	2.6	44	84	6	153	25	30	18	25	1.98
77709774--77709985	46	4.6	46	73	15	127	24	29	19	26	1.98
77717329--77717407	31	2.5	31	93	0	140	26	25	17	30	1.97
77717431--77717522	42	2.2	42	92	0	148	33	22	14	29	1.93
77717667--77717867	26	7.8	26	86	2	282	29	21	21	27	1.99
77717901--77717931	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
77718671--77718757	27	3.2	27	90	3	122	22	26	16	34	1.95
77718789--77719147	27	13.3	27	78	4	256	32	8	20	38	1.83
77718815--77718935	56	2.2	54	82	2	134	31	9	19	40	1.82
77718899--77719080	81	2.3	81	92	0	294	31	7	19	41	1.80
77719099--77719220	27	4.5	27	90	0	163	41	8	19	30	1.81
77726538--77726635	34	2.9	33	89	3	133	25	22	22	29	1.99
77726625--77726680	18	3.1	18	75	10	60	39	19	19	21	1.93
77726941--77726990	23	2.2	23	82	13	59	42	18	16	24	1.89
77727026--77727143	27	4.4	27	83	4	130	21	22	18	38	1.94
77727133--77727341	27	7.7	27	90	0	301	35	16	14	33	1.89
77727719--77727808	12	7.2	12	69	12	56	25	15	10	48	1.76
77727694--77727815	25	4.9	25	91	5	167	25	14	10	49	1.76
77728654--77728876	45	5.0	45	89	0	338	23	22	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77728654--77728914	90	2.9	89	85	6	343	23	22	26	27	2.00
77735377--77735500	25	5.0	25	91	1	160	25	14	11	48	1.77
77735424--77735486	12	5.1	12	69	7	54	23	14	14	47	1.80
77737226--77737297	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98
77737444--77737930	48	10.1	48	96	0	893	31	26	6	36	1.81
77740504--77740677	45	3.9	45	88	6	234	24	22	27	25	2.00
77744381--77744496	43	2.8	41	77	13	137	28	24	15	31	1.95
77748062--77748245	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
77748102--77748290	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
77766354--77766418	8	7.9	8	77	14	62	81	3	13	1	0.88
77766365--77766396	14	2.3	14	94	0	55	84	0	15	0	0.63
77773447--77773487	21	2.0	21	85	4	57	51	19	0	29	1.47
77784553--77784737	95	1.9	95	85	0	253	24	14	27	34	1.93
77789588--77789639	21	2.5	21	84	6	61	30	7	1	59	1.36
77793934--77794131	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
77794000--77794117	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
77793968--77794131	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
77801499--77801696	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
77801565--77801682	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
77801533--77801696	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
77811366--77811541	46	3.8	46	77	10	187	29	28	19	21	1.98
77822823--77822924	27	3.8	27	85	7	145	24	18	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77822823--77822924	53	1.9	54	86	6	145	24	18	18	38	1.93
77823147--77823317	27	6.4	26	85	4	182	40	19	19	19	1.91
77823713--77823758	18	2.6	18	82	0	56	23	17	10	47	1.79
77825908--77826024	41	2.9	41	89	0	171	25	29	20	23	1.99
77826285--77826632	27	12.9	27	78	9	205	29	9	20	40	1.84
77826264--77826634	54	6.9	52	74	10	232	29	9	20	39	1.85
77826290--77826634	134	2.6	131	76	9	320	29	9	20	40	1.84
77826612--77826683	27	2.7	27	86	0	99	29	16	18	36	1.93
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77839590--77839714	50	2.5	50	90	2	189	34	16	24	24	1.95
77839690--77839838	31	4.8	31	92	3	255	26	18	28	26	1.98
77839857--77839997	49	2.9	49	85	5	162	29	14	24	31	1.94
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77844511--77844715	91	2.2	94	85	6	265	26	23	21	27	1.99
77848720--77848802	43	1.9	43	87	4	123	27	30	16	25	1.97
77854452--77854564	43	2.6	46	83	8	130	29	17	22	30	1.97
77859987--77860082	33	2.9	34	87	6	144	44	20	5	29	1.73
77861073--77861127	28	2.0	28	82	7	67	38	9	0	52	1.33
77864836--77864868	17	2.0	17	88	5	50	63	21	12	3	1.41
77875615--77875666	26	2.0	26	82	14	63	30	11	17	40	1.85
77879859--77880075	46	4.6	46	78	8	206	28	20	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77879953--77880124	93	1.8	94	81	8	217	26	19	30	23	1.98
77879859--77880122	47	5.7	47	74	11	183	28	20	28	23	1.98
77879861--77880124	140	1.9	141	82	7	340	27	20	28	23	1.99
77885248--77885390	67	2.1	67	98	0	277	22	31	17	28	1.96
77890176--77890214	19	2.1	19	100	0	78	33	20	15	30	1.94
77891052--77891270	47	4.7	46	76	10	178	28	19	27	23	1.98
77891052--77891270	94	2.3	94	82	5	237	28	19	27	23	1.98
77901098--77901161	15	4.3	14	73	11	56	9	17	18	54	1.69
77901261--77901367	52	2.1	52	96	0	196	29	19	14	35	1.92
77901827--77901857	14	2.1	15	94	5	55	9	16	19	54	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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