genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  59  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14221364--14221479	53	2.1	54	82	6	137	46	31	0	21	1.57
14222954--14223006	26	2.1	24	86	13	72	37	1	0	60	1.08
14223618--14223788	76	2.2	76	80	2	200	40	19	16	23	1.90
14223731--14224224	86	5.5	87	75	10	370	36	19	16	26	1.93
14223731--14223972	88	2.8	86	84	4	299	38	19	16	26	1.92
14223960--14223986	14	1.9	14	100	0	54	51	11	14	22	1.73
14223855--14224050	102	1.9	102	85	7	274	39	18	17	23	1.92
14223866--14224075	102	2.1	100	83	6	271	41	18	17	23	1.90
14224094--14224378	141	2.0	142	89	2	439	36	18	17	27	1.93
14224357--14224391	14	2.5	14	95	0	61	54	5	22	17	1.64
14224238--14224463	87	2.6	86	88	4	319	36	19	16	26	1.93
14224371--14224518	73	2.0	73	88	2	217	31	21	17	29	1.96
14224234--14224983	243	3.2	234	81	11	775	33	21	16	28	1.95
14224543--14224987	74	6.0	75	88	4	545	32	22	16	28	1.96
14232721--14232775	28	2.0	28	96	0	101	49	23	7	20	1.74
14242657--14242720	33	1.9	34	90	3	103	65	3	3	28	1.23
14242668--14242722	18	3.2	17	70	15	51	67	1	1	29	1.11
14242801--14242864	20	3.2	20	75	20	64	56	4	0	39	1.20
14242951--14243007	16	3.6	16	86	6	73	63	7	3	26	1.36
14242949--14243068	3	39.0	3	68	17	59	60	5	4	30	1.39
14244804--14245044	90	2.7	91	82	7	285	38	19	15	26	1.92
14244905--14245207	166	1.8	163	83	4	403	35	19	17	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14245086--14245577	175	2.8	172	83	7	600	36	18	17	27	1.94
14245086--14245576	86	5.7	86	83	4	583	36	18	17	27	1.93
14245436--14245718	141	2.0	141	86	4	392	36	18	16	28	1.92
14245576--14245799	87	2.6	87	86	1	306	36	19	17	26	1.94
14245350--14245801	229	2.0	226	86	4	624	36	18	17	28	1.93
14245722--14245860	73	1.9	73	89	2	217	29	22	17	30	1.96
14245864--14245898	17	2.0	18	88	5	54	71	5	11	11	1.30
14245881--14246270	74	5.2	77	80	8	343	34	21	16	27	1.94
14245955--14246270	74	4.3	73	81	8	365	35	20	16	27	1.94
14246253--14246285	15	2.2	15	94	0	57	69	3	9	18	1.28
14246214--14246429	90	2.4	91	85	4	278	38	18	15	26	1.91
14246597--14246628	14	2.3	14	94	0	55	59	6	21	12	1.55
14246471--14246968	86	5.6	86	74	10	345	37	18	16	26	1.93
14246608--14246790	102	1.8	101	88	4	280	38	19	17	24	1.93
14246597--14246815	102	2.2	100	82	8	273	42	17	17	22	1.90
14246834--14247118	141	2.0	142	87	4	407	36	17	16	28	1.92
14247097--14247131	14	2.5	14	95	0	61	54	5	22	17	1.64
14246974--14247203	87	2.6	86	86	4	309	35	18	17	27	1.94
14247111--14247258	73	2.0	73	88	2	217	30	21	17	30	1.96
14247263--14247298	18	1.9	19	88	5	56	72	5	11	11	1.28
14247189--14247362	94	1.8	96	88	2	271	37	19	14	28	1.91
14247027--14247578	172	3.4	163	79	10	532	33	20	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14247282--14247751	74	6.3	73	84	5	522	33	21	16	28	1.95
14249276--14249315	9	4.4	9	84	9	55	0	15	0	85	0.61
14249276--14249315	13	3.0	13	86	13	55	0	15	0	85	0.61
14249277--14249314	17	2.2	18	95	4	69	0	15	0	84	0.63
14254462--14254521	26	2.3	27	80	13	72	48	6	5	40	1.51
14254550--14254602	19	3.0	18	78	13	65	66	1	1	30	1.13
14254550--14254602	16	3.2	15	74	23	52	66	1	1	30	1.13
14254514--14254602	35	2.7	33	84	5	108	64	3	2	30	1.22
14254817--14254873	16	3.6	16	86	6	73	63	7	3	26	1.36
14256150--14256257	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
14259270--14259306	16	2.3	16	90	9	58	89	0	0	10	0.49
14259276--14259306	9	3.4	9	100	0	62	90	0	0	9	0.46
14259302--14259351	25	2.0	25	100	0	100	64	4	0	32	1.12
14259273--14259351	25	3.1	25	85	3	86	72	2	0	25	0.98
14263493--14263540	20	2.4	21	82	10	64	22	2	6	68	1.23
14266105--14266150	3	15.3	3	100	0	92	67	0	32	0	0.91
14268231--14268298	32	2.1	32	81	10	77	23	4	16	55	1.58
14268294--14268366	32	2.5	27	76	19	83	24	4	20	50	1.65
14269314--14269440	22	5.6	22	72	18	100	27	6	22	44	1.77
14269376--14269464	46	1.9	46	88	0	133	29	5	19	46	1.72
14269317--14269465	68	2.2	68	90	2	219	28	6	20	44	1.75
14269877--14269943	14	4.7	14	87	3	89	37	16	7	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14271750--14272160	136	3.0	136	96	0	750	33	24	17	25	1.96
14273944--14274105	26	6.2	26	94	0	261	35	24	6	33	1.81
14273944--14274105	78	2.1	78	96	0	297	35	24	6	33	1.81
14277729--14278012	131	2.2	131	79	3	302	30	20	18	30	1.96
14289395--14289680	44	6.5	44	90	0	410	25	16	29	27	1.97
14292854--14293119	131	2.0	131	86	2	365	28	21	19	30	1.98
14292853--14293213	131	2.8	132	81	3	336	28	19	20	31	1.97
14297697--14297789	47	2.0	47	93	0	159	32	7	17	43	1.77
14298456--14298514	20	3.0	20	73	9	57	59	1	3	35	1.24
14301655--14301712	16	3.5	17	75	11	66	67	1	0	31	1.01
14307947--14308016	17	4.1	17	69	8	52	34	7	0	58	1.25
14307976--14308031	13	4.1	14	76	17	55	37	3	0	58	1.15
14307975--14308028	14	3.9	14	79	9	58	37	3	0	59	1.15
14311549--14311611	21	3.0	21	74	4	65	63	4	3	28	1.30
14311578--14311706	14	9.1	13	74	16	73	61	0	5	32	1.24
14311584--14311639	12	4.3	13	80	12	62	66	0	0	33	0.92
14311660--14311692	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
14311874--14311939	12	5.4	12	74	13	55	59	0	4	36	1.18
14311871--14311951	25	3.3	26	77	14	73	61	0	3	34	1.14
14311911--14311955	14	3.2	15	78	12	51	66	0	2	31	1.04
14313504--14313721	44	5.0	44	88	4	341	27	28	15	29	1.96
14313455--14313721	88	3.0	88	90	1	385	26	28	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14313762--14314046	89	3.2	89	92	2	464	29	21	16	32	1.95
14318979--14319127	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
14319020--14319127	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
14327095--14327243	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
14327136--14327243	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
14330174--14330198	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
14331473--14331623	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
14331511--14331639	40	3.2	39	80	6	134	23	23	28	24	1.99
14338179--14338299	58	2.1	57	81	7	147	41	16	16	25	1.89
14339486--14339652	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
14343523--14343551	10	2.7	11	94	5	51	86	0	0	13	0.58
14345195--14345256	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
14354149--14354482	167	2.0	167	99	0	659	29	17	26	26	1.97
14361437--14361529	18	5.2	18	88	0	141	32	13	21	32	1.93
14362638--14362677	19	2.1	19	100	0	80	50	0	20	30	1.49
14362874--14362906	15	2.1	17	88	11	52	51	6	12	30	1.63
14363008--14363063	27	2.0	27	82	3	67	46	16	1	35	1.57
14364375--14364418	17	2.6	17	85	0	61	27	13	13	45	1.81
14364557--14364604	24	2.0	24	100	0	96	25	29	12	33	1.92
14365038--14365180	54	2.6	54	76	10	141	34	24	20	20	1.96
14366593--14366631	19	2.0	20	90	5	62	43	7	0	48	1.31
14367666--14367697	15	2.1	16	94	5	57	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14369721--14369789	3	23.0	3	96	0	129	33	1	0	65	1.02
14370056--14370103	19	2.6	18	83	9	60	31	12	0	56	1.37
14370203--14370242	6	6.7	6	97	0	62	22	10	0	67	1.20
14377924--14378152	46	5.0	46	91	0	332	40	15	22	21	1.90
14383610--14383644	15	2.2	16	90	5	54	80	0	0	20	0.72
14383755--14383838	37	2.2	40	78	10	102	32	3	4	59	1.35
14387739--14387853	50	2.3	51	95	3	214	26	15	17	40	1.90
14392339--14392406	32	2.1	32	81	10	77	23	4	16	55	1.58
14392402--14392474	32	2.5	27	76	19	83	24	4	20	50	1.65
14393457--14393514	22	2.6	23	86	5	66	31	3	17	48	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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