genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  183  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51260764--51260871	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
51263773--51263818	16	3.0	16	75	6	51	41	8	15	34	1.78
51265718--51265881	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
51265718--51265895	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
51271217--51271315	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
51278899--51278997	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
51283408--51283562	42	3.7	43	79	6	172	28	16	25	30	1.96
51283367--51283562	84	2.3	86	80	3	218	28	17	24	29	1.97
51299667--51299891	40	5.7	40	83	7	253	24	21	26	26	2.00
51304929--51304959	8	4.0	8	95	4	55	12	0	0	87	0.55
51305422--51305486	26	2.5	27	80	7	71	35	21	24	18	1.96
51306564--51306678	27	4.3	27	84	0	131	36	19	18	26	1.94
51309443--51309507	26	2.5	27	80	7	71	35	21	24	18	1.96
51310585--51310699	27	4.3	27	84	0	131	36	19	18	26	1.94
51311440--51311499	27	2.3	27	88	2	86	21	21	20	36	1.95
51314168--51314319	40	3.8	40	83	3	171	26	21	26	25	2.00
51314168--51314339	80	2.2	79	81	5	193	26	21	26	26	2.00
51314168--51314339	40	4.3	40	77	6	161	26	21	26	26	2.00
51331399--51331507	6	17.8	6	80	14	91	48	14	16	20	1.81
51331419--51331519	31	3.3	31	86	5	116	48	14	16	19	1.81
51331408--51331514	37	2.9	37	85	4	126	48	14	17	19	1.81
51331450--51331522	31	2.4	31	92	0	119	52	16	15	16	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51331667--51331768	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
51332435--51332819	27	14.3	27	87	3	463	24	18	21	35	1.96
51332701--51332840	27	5.2	26	81	11	140	27	11	23	37	1.89
51332832--51333042	27	7.8	27	80	4	237	38	7	24	29	1.82
51332832--51333055	81	2.8	81	86	3	301	39	8	23	29	1.83
51334602--51334633	17	1.9	16	93	6	55	56	15	6	21	1.62
51339506--51339713	40	5.2	40	83	2	222	25	26	22	25	2.00
51347610--51347816	40	5.2	40	82	4	213	25	27	21	26	2.00
51352402--51352483	26	3.3	26	61	22	66	30	26	15	26	1.96
51352401--51352632	49	4.7	49	80	4	241	31	26	16	25	1.97
51357478--51357709	50	4.7	48	81	7	268	30	25	17	26	1.97
51357477--51357709	99	2.4	99	84	5	301	30	25	17	26	1.97
51363860--51363916	30	1.9	30	85	0	78	29	21	8	40	1.83
51367525--51367585	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
51376546--51376753	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
51376548--51376753	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
51384587--51384791	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	24	2.00
51384585--51384791	40	5.2	40	80	4	188	25	23	26	24	2.00
51395332--51395361	11	2.7	11	89	0	51	50	0	26	23	1.50
51396946--51396996	9	5.6	9	75	11	50	31	1	1	64	1.15
51397134--51397163	13	2.4	13	94	5	53	73	0	0	26	0.84
51399691--51399813	29	4.2	29	82	9	108	33	3	0	62	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51399718--51399863	3	49.3	3	81	2	170	31	4	1	63	1.22
51400051--51400103	3	17.7	3	88	0	61	33	7	0	58	1.26
51400232--51400274	19	2.4	19	85	11	56	30	2	0	67	1.03
51402877--51402931	21	2.6	21	88	0	83	1	50	18	29	1.57
51403341--51403369	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
51408423--51408494	9	8.2	9	77	9	69	36	0	16	47	1.47
51408427--51408501	34	2.2	34	85	4	98	34	0	16	49	1.46
51408584--51408751	9	18.7	9	71	18	127	36	2	14	45	1.58
51408622--51408751	16	8.0	16	80	11	122	36	2	15	45	1.59
51408584--51408751	80	2.1	81	92	2	275	36	2	14	45	1.58
51408861--51409199	99	3.5	99	94	2	580	51	4	6	38	1.46
51412498--51412531	13	2.5	13	85	4	50	44	23	0	32	1.54
51412713--51412752	21	1.9	21	85	10	55	60	22	0	17	1.37
51413210--51413244	17	2.0	18	94	5	63	65	11	0	22	1.24
51413384--51413496	41	2.8	40	90	2	163	25	22	19	32	1.97
51413580--51413673	47	2.0	47	100	0	188	19	12	19	48	1.80
51416886--51417065	40	4.5	40	78	4	175	23	25	24	26	2.00
51416872--51417064	80	2.4	80	80	4	201	22	25	24	27	2.00
51417778--51417803	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
51424958--51425150	40	4.8	39	76	9	140	22	26	24	26	2.00
51424958--51425150	80	2.4	80	82	2	217	22	26	24	26	2.00
51425000--51425151	40	3.8	39	82	4	160	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51429679--51429850	46	3.7	46	77	14	183	29	29	19	20	1.97
51429688--51429857	93	1.8	93	92	2	288	28	28	21	21	1.99
51429730--51429873	46	3.1	44	75	15	132	29	27	20	22	1.98
51431584--51431780	47	4.1	47	96	2	358	25	28	12	32	1.92
51431613--51431687	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
51431584--51431780	96	2.1	94	96	1	358	25	28	12	32	1.92
51432458--51432511	26	2.1	26	100	0	108	25	11	11	51	1.70
51435741--51435799	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
51437444--51437643	55	3.7	54	78	2	188	39	18	22	20	1.93
51451720--51451917	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
51451786--51451903	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
51451754--51451917	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
51454066--51454255	27	7.1	27	77	8	174	38	20	11	30	1.87
51454075--51454259	81	2.3	80	85	3	239	38	17	10	32	1.85
51455825--51456041	40	5.5	40	85	4	246	24	29	23	23	1.99
51463958--51464174	40	5.5	40	87	3	280	24	28	23	23	2.00
51466076--51466135	22	2.7	22	71	0	57	23	23	20	33	1.97
51466489--51466557	32	2.2	32	82	10	79	13	18	27	40	1.88
51467214--51467437	47	4.7	48	74	10	149	27	19	28	25	1.99
51467214--51467381	47	3.6	47	77	7	164	26	18	29	25	1.98
51471123--51471296	45	3.8	46	78	13	189	20	21	29	28	1.98
51471128--51471301	46	3.8	46	79	13	214	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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51476717--51476892	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
51476714--51476884	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
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51501129--51501295	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
51501145--51501295	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
51502121--51502166	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
51504416--51504518	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
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51506037--51506228	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
51506036--51506253	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
51514687--51514838	40	3.8	40	76	6	139	22	26	23	27	1.99
51520148--51520369	123	1.8	123	85	2	311	32	10	23	33	1.89
51520328--51520478	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
51520365--51520494	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
51528285--51528435	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51528322--51528451	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
51531334--51531414	40	2.1	39	95	2	144	40	18	24	16	1.90
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51536823--51537011	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
51541082--51541270	24	8.0	24	90	4	278	26	21	23	28	1.99
51541103--51541269	23	7.1	23	93	2	262	27	20	23	28	1.99
51541103--51541270	47	3.6	47	92	3	284	27	20	23	28	1.99
51541328--51541384	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
51541316--51541386	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
51541321--51541375	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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