genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7125366--7125416	23	2.3	23	86	10	70	37	0	3	58	1.16
7125382--7125479	34	2.8	36	76	11	98	32	5	0	62	1.17
7125454--7125515	20	3.1	20	72	22	58	30	1	1	66	1.11
7125382--7125491	34	3.1	34	73	15	91	31	5	0	61	1.25
7125679--7125730	27	1.9	27	88	7	79	32	3	1	61	1.25
7131375--7131491	51	2.3	51	93	0	198	26	23	17	32	1.96
7134338--7134426	44	2.0	44	95	0	160	52	7	20	19	1.70
7135137--7135182	21	2.2	21	84	7	58	4	56	15	23	1.57
7140636--7140685	9	5.6	9	82	17	68	32	0	22	46	1.52
7140636--7140685	18	2.8	18	100	0	100	32	0	22	46	1.52
7140751--7140917	9	17.6	9	74	10	136	32	0	20	46	1.55
7140755--7140917	39	4.3	39	80	14	139	31	0	20	47	1.55
7140751--7140917	57	2.9	57	79	7	178	32	0	20	46	1.55
7141098--7142066	241	4.0	241	98	0	1803	32	14	17	34	1.90
7143900--7144217	137	2.3	137	98	0	609	31	23	19	25	1.98
7145644--7145805	26	6.2	26	93	1	247	35	23	6	34	1.80
7145644--7145805	78	2.1	78	94	2	281	35	23	6	34	1.80
7147619--7147690	25	2.9	25	89	0	117	34	2	31	30	1.72
7148286--7148333	22	2.2	21	81	3	51	47	6	6	39	1.54
7149509--7149626	31	3.5	35	87	9	126	22	22	16	37	1.94
7149532--7149626	31	3.1	31	96	0	172	24	21	15	38	1.92
7149818--7149959	47	3.0	48	91	5	216	26	23	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7149817--7149960	71	2.0	72	87	4	211	26	22	22	28	1.99
7149818--7149960	24	6.0	24	90	4	200	26	23	22	27	1.99
7150011--7150070	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
7151315--7151379	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
7151433--7151488	27	2.1	26	83	9	69	39	12	10	37	1.78
7151441--7151579	27	5.0	27	71	14	95	30	8	20	40	1.83
7151532--7151985	27	16.9	27	80	7	296	38	7	23	29	1.83
7151532--7151985	54	8.4	54	80	6	384	38	7	23	29	1.83
7151531--7151958	81	5.3	81	86	3	488	39	7	23	29	1.83
7151965--7152029	27	2.4	27	89	0	103	32	12	18	36	1.88
7151948--7152151	54	3.8	52	80	5	185	31	8	20	39	1.82
7152008--7152150	27	5.3	27	84	1	171	31	6	19	41	1.78
7153746--7153853	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
7155638--7155917	135	2.1	136	91	2	458	25	17	24	32	1.97
7156751--7156849	17	5.6	17	88	7	144	38	12	13	36	1.81
7156743--7156849	35	3.0	35	95	4	187	38	11	14	36	1.81
7156751--7156849	18	5.6	18	90	4	157	38	12	13	36	1.81
7157157--7157267	8	12.8	9	72	19	51	36	2	0	59	1.18
7157154--7157186	16	2.1	15	94	5	57	36	0	0	63	0.95
7157204--7157312	7	16.7	7	68	21	51	38	4	0	56	1.20
7157209--7157277	25	2.7	26	80	8	79	34	4	0	60	1.16
7163769--7163945	40	4.4	40	92	2	277	24	29	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7166612--7166713	29	3.6	29	80	7	118	29	31	16	22	1.96
7166589--7166745	57	2.8	57	91	0	233	31	29	17	21	1.96
7166589--7166741	28	5.4	27	76	9	135	31	28	18	21	1.97
7170686--7170906	40	5.6	40	82	9	258	24	21	26	27	1.99
7170686--7170906	80	2.8	80	86	6	290	24	21	26	27	1.99
7173214--7173278	11	5.7	11	79	13	62	86	0	9	4	0.71
7173214--7173260	6	7.8	6	88	6	51	87	0	6	6	0.68
7177011--7177149	44	3.2	44	64	15	108	17	23	20	38	1.94
7176916--7177202	86	3.3	86	85	2	319	19	22	21	37	1.95
7177351--7177811	43	10.6	43	75	6	304	19	22	21	35	1.96
7177288--7177860	261	2.2	260	92	2	952	20	22	21	35	1.96
7177351--7177815	129	3.6	128	80	7	553	19	22	21	35	1.96
7178685--7178718	1	34.0	1	87	0	50	0	5	0	94	0.32
7178685--7178717	9	3.7	9	91	0	57	0	6	0	93	0.33
7194219--7194268	9	5.3	10	95	4	79	70	0	0	30	0.88
7194223--7194268	3	15.0	3	86	13	67	69	0	0	30	0.89
7194219--7194268	19	2.7	19	90	9	77	70	0	0	30	0.88
7194904--7194948	22	2.0	22	83	8	56	66	6	20	6	1.38
7195499--7195549	3	17.3	3	79	4	50	35	7	0	56	1.28
7201455--7201614	26	6.2	26	96	2	270	36	24	5	33	1.79
7207290--7207450	26	6.2	26	94	1	261	36	23	5	34	1.78
7207290--7207450	77	2.1	77	91	1	207	36	23	5	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7213964--7214004	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
7217346--7217381	19	1.9	19	88	5	56	38	5	0	55	1.23
7217485--7217559	23	3.4	23	63	17	59	42	5	2	49	1.39
7217473--7217560	43	2.0	43	100	0	176	43	6	2	47	1.42
7217488--7217558	24	3.2	24	61	19	62	40	5	2	50	1.40
7219621--7219839	106	2.1	105	82	6	273	51	11	5	31	1.61
7219878--7219912	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
7220036--7220061	12	2.2	12	100	0	52	57	0	0	42	0.98
7220087--7220141	20	2.8	20	78	15	62	52	7	3	36	1.47
7220324--7220411	17	4.7	19	71	20	71	63	3	1	31	1.18
7220340--7220372	12	2.8	12	95	0	57	66	0	0	33	0.92
7222766--7222791	8	3.2	8	100	0	52	26	0	0	73	0.84
7223060--7223100	21	2.0	21	85	9	57	58	2	0	39	1.11
7223994--7224037	19	2.3	19	84	0	61	11	9	2	77	1.08
7224117--7224373	36	7.3	34	73	18	190	43	2	1	52	1.23
7224270--7224316	21	2.2	22	92	3	78	42	2	2	53	1.25
7224356--7224431	20	3.8	20	70	23	63	46	2	0	51	1.15
7224355--7224412	20	2.8	20	82	12	73	44	1	0	53	1.10
7224598--7224647	12	4.0	12	78	5	55	18	2	4	76	1.04
7224666--7224730	11	6.2	11	77	16	66	16	3	3	76	1.03
7224667--7224736	31	2.3	30	85	9	88	18	2	2	75	1.05
7224667--7224737	15	4.7	15	73	13	56	19	2	2	74	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7224666--7224730	6	12.4	5	82	14	62	16	3	3	76	1.03
7224756--7224815	22	2.5	25	76	17	74	38	0	5	56	1.21
7224823--7224880	12	4.9	12	72	23	52	43	0	0	56	0.99
7224777--7224876	33	3.0	32	88	7	146	41	1	1	57	1.12
7224766--7224891	21	5.7	22	68	22	68	42	0	0	56	1.10
7224979--7225060	25	3.3	25	88	8	107	36	0	2	60	1.10
7224957--7225041	24	3.5	25	77	19	83	31	0	3	64	1.10
7225086--7225178	28	3.1	31	77	14	97	44	0	0	55	0.99
7225097--7225179	13	7.0	12	71	28	63	45	0	0	54	0.99
7224822--7225181	141	2.6	138	77	13	352	41	1	2	54	1.22
7227274--7227482	64	3.2	64	63	18	156	29	26	17	26	1.98
7227240--7227524	135	2.1	137	97	1	538	31	25	18	24	1.98
7229295--7229403	26	4.2	25	88	6	157	36	22	5	34	1.78
7229295--7229403	51	2.1	52	91	1	175	36	22	5	34	1.78
7230419--7230480	17	3.6	17	74	6	63	38	3	1	56	1.25
7230555--7230695	69	2.0	70	87	1	203	42	5	4	47	1.46
7230758--7230841	40	2.1	40	91	4	134	53	3	7	35	1.46
7231757--7231809	21	2.4	23	80	20	69	50	0	0	49	1.00
7231786--7231858	13	5.9	13	70	20	50	60	1	2	35	1.20
7231803--7231847	22	2.1	22	87	4	65	60	2	2	35	1.22
7231898--7231948	14	3.6	14	79	12	50	76	3	1	17	1.03
7233754--7233839	44	2.0	44	95	0	154	17	20	5	55	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7234468--7234497	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
7244862--7244886	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
7250960--7251016	29	2.0	29	96	0	105	54	21	17	7	1.66
7250990--7251249	41	6.4	41	91	1	346	34	23	21	19	1.96
7251628--7251677	21	2.3	22	79	3	57	32	0	24	44	1.54
7251830--7251881	22	2.4	22	80	3	70	26	1	25	46	1.63
7251903--7251933	7	4.4	7	95	0	53	12	0	45	41	1.42
7251903--7251938	14	2.5	14	86	4	54	13	2	47	36	1.58
7251949--7251986	8	4.9	8	80	6	51	39	42	0	18	1.50
7251949--7251986	15	2.4	16	95	4	69	39	42	0	18	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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