genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.404.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  404  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117430511--117430554	11	4.2	11	80	11	56	27	0	0	72	0.85
117430511--117430549	20	2.0	20	100	0	78	25	0	0	74	0.82
117431348--117431444	51	1.9	49	82	14	117	61	20	0	17	1.34
117433005--117433038	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
117433446--117433476	14	2.1	15	94	5	55	3	19	9	67	1.33
117433503--117433530	12	2.3	12	100	0	56	60	0	0	39	0.97
117433784--117433836	19	2.7	20	80	8	63	49	5	1	43	1.37
117433750--117433814	32	2.1	31	82	8	78	52	4	1	41	1.31
117435734--117435784	21	2.4	22	78	15	54	54	13	5	25	1.61
117435792--117435837	22	2.0	23	84	12	60	69	6	2	21	1.22
117435932--117435985	23	2.5	23	82	8	60	61	5	0	33	1.19
117435933--117436118	25	7.6	24	68	13	76	60	3	5	30	1.38
117436158--117436238	35	2.3	34	79	12	85	65	0	4	29	1.13
117436191--117436235	15	2.8	16	83	6	56	68	0	4	26	1.08
117436185--117436232	21	2.3	20	85	3	60	68	0	4	27	1.07
117436154--117436298	58	2.6	57	78	16	137	63	1	6	28	1.27
117441267--117441301	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
117444570--117444603	14	2.4	14	90	0	50	23	5	5	64	1.38
117448202--117448241	21	1.9	21	84	0	53	45	22	2	30	1.66
117448707--117448731	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
117454952--117455102	43	3.5	43	78	6	180	30	24	16	28	1.97
117454936--117455098	86	1.9	85	84	3	220	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117457683--117457761	31	2.5	31	89	0	113	49	12	12	25	1.76
117462096--117462133	15	2.5	15	83	8	51	23	0	2	73	0.95
117462297--117462345	12	4.1	12	89	5	57	24	2	4	69	1.17
117462297--117462339	12	3.6	12	84	9	61	25	2	4	67	1.22
117465289--117465428	33	4.2	33	79	7	147	47	0	52	0	1.00
117465308--117465452	3	48.3	3	75	5	96	46	0	53	0	1.00
117465313--117465423	36	3.2	36	80	11	124	44	0	55	0	0.99
117465293--117465460	24	6.8	26	73	17	101	48	0	51	0	1.00
117469051--117469099	19	2.5	20	77	12	57	20	6	0	73	1.04
117470272--117470304	16	2.1	16	94	0	57	48	30	3	18	1.63
117489457--117489511	24	2.3	24	96	0	101	20	23	18	38	1.93
117499684--117499753	28	2.5	28	97	2	133	50	34	4	11	1.58
117499944--117499976	16	2.1	16	88	5	50	42	15	3	39	1.62
117500892--117500937	18	2.6	18	82	10	58	39	0	0	60	0.97
117501076--117501112	15	2.3	17	86	9	51	51	2	0	45	1.15
117505599--117505664	33	2.0	33	84	0	87	21	21	18	39	1.93
117516665--117516799	67	2.0	67	95	0	243	31	14	22	31	1.94
117520143--117520198	25	2.3	25	79	11	62	30	3	5	60	1.36
117520269--117520322	3	18.0	3	88	0	81	27	5	0	66	1.13
117520501--117520565	31	2.1	31	88	5	96	35	6	6	52	1.51
117520977--117521014	14	2.8	14	84	4	51	21	5	7	65	1.38
117524754--117524802	8	5.8	8	81	9	53	85	8	6	0	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117524742--117524793	23	2.2	25	89	6	81	84	5	9	0	0.77
117526979--117527194	72	3.0	72	84	4	308	29	17	21	31	1.96
117527274--117527304	16	1.9	16	93	0	53	16	12	6	64	1.47
117527112--117527457	89	4.0	90	86	7	477	26	17	20	35	1.95
117527121--117527517	89	4.8	83	83	9	435	27	17	22	32	1.96
117527112--117527521	170	2.4	172	84	10	532	27	17	21	33	1.95
117527290--117527533	76	3.2	76	84	8	325	27	15	22	34	1.95
117527464--117527694	123	1.9	125	86	2	331	28	15	22	34	1.94
117527573--117527764	72	2.6	72	93	1	312	28	16	22	32	1.96
117527388--117527895	199	2.6	196	87	5	673	28	16	22	33	1.95
117527963--117528138	71	2.5	71	85	3	228	28	15	25	30	1.96
117528030--117528387	126	2.8	126	95	1	635	29	17	20	32	1.95
117528282--117528565	72	3.9	72	91	3	426	31	16	20	32	1.94
117528591--117528893	54	5.6	54	95	0	534	31	14	17	36	1.90
117530517--117530572	25	2.3	25	82	11	71	32	3	3	60	1.31
117530643--117530702	3	20.0	3	92	0	102	30	3	0	66	1.07
117530882--117530946	31	2.1	31	88	5	96	35	6	6	52	1.51
117535142--117535188	24	2.0	24	87	8	69	46	8	6	38	1.60
117535154--117535205	24	2.2	24	82	0	59	51	5	3	38	1.44
117541138--117541309	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90
117541141--117541307	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
117541237--117541307	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117550867--117550918	24	2.1	25	96	3	97	61	11	11	15	1.57
117550875--117550932	24	2.3	24	88	8	80	60	15	10	13	1.59
117552601--117552633	17	1.9	17	100	0	66	60	15	0	24	1.35
117561451--117561637	37	5.1	37	94	0	311	26	30	18	24	1.98
117561784--117562114	48	6.8	48	89	5	522	31	27	6	34	1.82
117561784--117562114	146	2.3	144	90	5	522	31	27	6	34	1.82
117561784--117562114	98	3.4	98	95	1	578	31	27	6	34	1.82
117562084--117562277	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	34	1.89
117561938--117562277	94	3.6	93	86	5	296	28	27	8	34	1.87
117568723--117568755	16	2.1	16	100	0	66	39	6	0	54	1.25
117568716--117568773	20	3.1	20	78	19	79	36	13	0	50	1.42
117568629--117568875	136	1.8	137	94	0	442	31	12	4	51	1.60
117573990--117574035	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
117576051--117576085	17	2.1	17	100	0	70	48	11	17	22	1.79
117583818--117583862	21	2.1	21	87	0	63	44	17	8	28	1.79
117593045--117593069	13	1.9	13	100	0	50	4	32	24	40	1.73
117598183--117598243	31	2.0	31	96	0	113	44	21	11	22	1.84
117605344--117605425	25	3.4	25	90	5	116	41	20	20	17	1.90
117605931--117605974	7	6.4	7	82	12	56	59	0	0	40	0.98
117605932--117605973	14	3.0	15	90	10	63	61	0	0	38	0.96
117605948--117605974	10	2.7	10	100	0	54	59	0	0	40	0.98
117605994--117606023	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117606969--117607075	2	53.5	2	100	0	214	50	49	0	0	1.00
117607075--117607112	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
117607457--117607499	5	8.8	5	80	14	54	55	0	2	41	1.12
117607456--117607499	9	5.1	9	86	13	58	54	0	2	43	1.12
117609627--117609653	13	2.1	13	100	0	54	48	14	7	29	1.71
117612328--117612379	22	2.4	22	80	6	61	38	19	25	17	1.93
117612817--117612852	15	2.4	15	90	0	54	2	19	0	77	0.88
117612910--117612941	10	2.8	12	81	18	50	59	0	0	40	0.97
117612919--117612945	10	2.7	10	100	0	54	59	0	0	40	0.98
117616695--117616726	7	4.6	7	100	0	64	37	46	0	15	1.46
117638373--117638402	15	2.0	15	93	0	51	10	20	30	40	1.85
117642795--117642872	24	3.2	23	72	13	59	16	28	20	34	1.94
117642996--117643034	18	2.2	18	90	0	60	25	25	43	5	1.75
117644978--117645262	48	5.8	49	81	2	333	24	28	19	27	1.98
117644981--117645262	96	2.9	97	85	2	368	23	29	19	27	1.98
117646857--117646932	25	3.0	25	69	9	73	18	27	22	31	1.97
117647251--117647314	20	3.2	20	65	30	55	18	9	26	45	1.80
117647236--117647314	40	2.0	40	100	0	158	20	10	25	44	1.82
117648417--117648443	14	1.9	14	100	0	54	40	22	7	29	1.81
117673462--117673570	42	2.6	42	85	2	121	42	18	23	15	1.89
117673491--117673554	21	3.1	20	73	8	65	42	18	25	14	1.88
117674528--117674552	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117679010--117679062	27	2.0	26	85	3	70	43	0	5	50	1.25
117679001--117679058	26	2.3	25	80	11	64	41	0	5	53	1.23
117680663--117680738	18	4.3	18	75	11	77	63	0	0	36	0.95
117680673--117680720	24	2.0	25	91	4	80	56	0	0	43	0.99
117680668--117680733	33	1.9	35	90	6	109	59	0	0	40	0.98
117680650--117680748	31	3.1	30	77	16	101	65	1	0	33	0.99
117680708--117680752	11	4.3	11	78	15	51	66	0	0	33	0.92
117687451--117687481	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
117690653--117690677	13	1.9	13	100	0	50	16	0	28	56	1.41
117695501--117695609	26	4.2	26	95	2	184	33	5	24	36	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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