genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  164  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45291651--45291680	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
45293259--45293353	23	4.2	23	86	6	122	24	23	24	28	2.00
45293257--45293353	46	2.1	45	88	5	142	23	22	25	27	2.00
45293257--45293385	45	2.8	46	82	5	120	25	20	24	29	1.99
45298404--45298615	57	3.7	57	72	7	205	33	18	15	32	1.93
45298476--45298656	58	3.1	58	71	7	188	33	18	16	31	1.93
45298401--45298658	115	2.2	115	93	0	435	32	18	17	31	1.94
45299474--45299537	31	2.1	31	93	0	110	26	26	6	40	1.79
45299834--45299860	14	1.9	14	100	0	54	37	11	7	44	1.68
45303664--45303706	21	2.0	22	90	4	70	44	0	2	53	1.13
45310213--45310268	26	2.2	26	93	6	96	35	26	7	30	1.83
45316182--45316240	24	2.5	24	85	0	82	32	32	18	16	1.94
45316383--45316442	24	2.5	24	88	0	93	33	33	16	16	1.92
45316281--45316872	171	3.4	171	88	2	812	33	26	21	18	1.96
45316554--45316613	24	2.5	24	88	0	93	35	31	16	16	1.92
45320989--45321160	93	1.8	93	91	0	281	27	28	21	22	1.99
45320982--45321157	46	3.8	46	76	10	187	28	28	21	21	1.98
45323209--45323258	12	4.2	12	82	7	57	0	32	0	68	0.90
45323209--45323258	24	2.1	24	88	0	73	0	32	0	68	0.90
45323226--45323259	17	1.9	18	94	5	61	0	23	0	76	0.79
45324242--45324269	10	2.8	10	100	0	56	46	10	10	32	1.73
45325847--45325956	31	3.6	30	69	7	87	54	7	3	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45325844--45325959	61	1.9	61	89	0	178	52	8	3	35	1.49
45330667--45330748	37	2.2	37	84	0	101	42	34	10	12	1.77
45332265--45332298	16	2.1	16	100	0	68	52	0	11	35	1.38
45336516--45336636	47	2.7	46	78	5	120	27	31	17	23	1.97
45336604--45336777	94	1.8	93	85	7	244	22	27	19	29	1.98
45343100--45343157	30	1.9	30	82	6	73	27	29	20	22	1.99
45346720--45346772	27	2.0	27	84	0	70	24	22	13	39	1.90
45350293--45350486	47	4.1	47	91	0	289	34	10	28	26	1.90
45350322--45350440	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
45350692--45350800	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
45352063--45352413	80	4.4	80	93	0	551	26	21	25	26	2.00
45352063--45352413	40	8.8	40	82	0	434	26	21	25	26	2.00
45355212--45355256	22	2.0	22	100	0	90	17	26	26	28	1.98
45356305--45356497	47	4.1	47	91	0	289	33	10	28	26	1.90
45356334--45356452	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
45356467--45356578	52	2.2	52	82	9	140	31	7	29	32	1.84
45356704--45356811	37	2.9	37	94	1	182	23	19	30	26	1.98
45360504--45360572	28	2.4	28	82	7	84	43	14	5	36	1.70
45361776--45361817	18	2.4	17	84	4	57	69	0	7	23	1.13
45362165--45362212	10	4.6	10	85	10	51	33	0	4	62	1.14
45365672--45366278	49	12.4	49	95	0	1061	31	8	29	30	1.86
45365956--45366038	27	3.3	27	60	16	68	31	4	30	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45376137--45376293	75	2.1	75	92	1	260	46	18	7	27	1.76
45387292--45387494	54	3.8	54	76	3	185	20	21	19	38	1.93
45389045--45389189	76	1.9	76	80	5	168	48	11	11	28	1.73
45389594--45389639	18	2.6	18	92	0	74	23	47	2	26	1.63
45389710--45389810	42	2.4	41	90	5	148	26	49	1	21	1.60
45400903--45400942	18	2.2	19	86	4	55	30	2	2	65	1.19
45408329--45408370	2	20.5	2	95	4	75	50	0	2	47	1.14
45408351--45408419	31	2.3	31	85	5	88	56	1	5	36	1.32
45408781--45408833	24	2.3	23	78	21	58	64	1	9	24	1.34
45408848--45408887	20	2.0	21	85	14	57	57	5	0	37	1.21
45408890--45408945	28	2.0	29	85	3	78	64	5	0	30	1.16
45410709--45410871	79	2.3	69	75	19	170	34	22	17	26	1.95
45410736--45410905	79	2.2	79	92	2	290	34	19	16	30	1.94
45410896--45410930	14	2.5	14	90	0	52	60	5	11	22	1.52
45410863--45411091	89	2.6	89	88	2	329	36	19	15	28	1.92
45410985--45411019	14	2.5	14	90	0	52	51	11	20	17	1.75
45411012--45411158	73	2.0	72	92	1	240	33	22	16	27	1.95
45423730--45423785	27	2.1	27	100	0	112	48	7	14	30	1.70
45423803--45423875	24	3.4	21	78	15	78	63	1	4	31	1.22
45424032--45424086	24	2.3	24	78	15	60	65	1	9	23	1.31
45424084--45424128	24	2.0	24	86	8	67	57	4	2	35	1.31
45424091--45424176	28	3.4	25	72	24	65	56	4	2	36	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45424102--45424141	20	2.0	21	85	14	57	57	5	0	37	1.21
45424081--45424176	23	4.0	23	72	21	72	56	5	2	36	1.34
45424144--45424199	28	2.0	29	82	10	71	62	5	1	30	1.28
45424260--45424305	18	2.6	18	82	6	58	56	0	6	36	1.25
45426621--45426796	46	3.8	46	74	12	162	21	18	29	30	1.97
45426617--45426787	93	1.8	93	89	0	270	22	18	29	29	1.97
45431437--45431546	26	4.2	26	92	0	184	33	5	24	36	1.79
45431437--45431546	52	2.1	52	100	0	220	33	5	24	36	1.79
45434406--45434467	29	2.1	30	90	3	99	25	1	14	58	1.46
45437414--45437459	21	2.2	21	85	11	60	41	2	2	54	1.25
45438228--45438320	46	2.0	46	89	4	143	37	7	8	46	1.63
45440746--45440773	9	3.1	9	100	0	56	46	10	0	42	1.38
45441471--45441612	48	3.0	48	85	2	178	39	33	9	16	1.82
45441521--45441868	177	2.0	177	91	0	561	41	33	12	12	1.80
45441684--45441788	48	2.2	47	84	6	131	38	34	13	14	1.85
45443474--45443521	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
45443470--45443521	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
45443469--45443525	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
45443675--45443739	25	2.7	25	86	6	82	50	4	9	35	1.55
45443769--45443906	25	5.6	25	70	19	78	57	2	5	35	1.33
45443761--45443823	16	3.8	17	74	20	53	60	0	3	36	1.13
45444384--45444528	30	4.8	31	88	3	183	20	4	47	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45445275--45445337	14	4.5	14	80	7	65	61	3	12	22	1.45
45445294--45445337	13	3.3	13	81	6	52	63	4	13	18	1.46
45445360--45445640	77	3.7	77	91	3	412	35	20	18	25	1.95
45445360--45446580	154	7.7	149	71	17	424	34	20	16	27	1.95
45445584--45445694	54	2.1	54	92	0	186	40	15	13	30	1.86
45445781--45445815	17	2.1	17	89	5	54	65	5	17	11	1.43
45445899--45446361	74	6.0	73	72	15	360	33	22	16	27	1.95
45445957--45446761	241	3.3	237	84	11	876	33	21	17	27	1.95
45446213--45446580	74	4.8	74	75	13	373	32	22	17	27	1.96
45446348--45446376	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
45446267--45446450	90	2.1	88	87	6	264	37	19	17	26	1.93
45445798--45446763	478	2.0	475	83	8	1202	33	21	17	27	1.95
45446356--45446580	75	3.0	73	89	3	342	32	21	17	28	1.96
45445804--45446763	161	6.0	159	79	11	905	33	21	17	28	1.95
45446142--45446762	241	2.5	243	87	10	880	33	21	17	27	1.96
45446588--45446615	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
45446509--45446762	91	2.8	90	85	7	359	33	19	18	27	1.96
45448276--45448411	26	5.2	26	92	0	227	33	5	24	37	1.77
45449896--45449948	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
45450196--45450482	137	2.1	137	94	0	511	25	18	23	32	1.97
45458228--45458263	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
45459830--45459877	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45459826--45459877	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
45459825--45459881	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
45460029--45460090	23	2.8	21	85	9	70	51	4	8	35	1.53
45460113--45460253	25	5.6	25	70	14	85	57	2	4	36	1.30
45460115--45460253	23	5.5	25	70	20	76	57	2	4	35	1.30
45460730--45460844	30	3.8	30	82	4	135	20	4	46	27	1.69
45462336--45462381	21	2.2	21	84	0	56	23	4	8	63	1.42
45465877--45466035	29	5.5	29	82	5	180	26	16	30	25	1.97
45473917--45474075	29	5.5	29	82	5	180	26	16	30	25	1.97
45474880--45474914	16	2.1	18	89	10	56	57	0	14	28	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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