genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  271  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77904964--77905056	46	2.0	46	93	0	159	34	12	18	34	1.89
77908605--77908672	30	2.3	29	85	5	84	48	19	2	29	1.63
77909275--77909317	21	2.0	21	100	0	86	32	18	4	44	1.71
77912620--77912874	55	4.8	54	80	9	249	36	17	24	21	1.94
77912627--77912827	108	1.8	110	88	4	309	34	17	25	21	1.96
77917785--77917834	19	2.6	19	70	0	55	58	0	6	36	1.23
77918168--77918215	21	2.3	20	82	7	51	20	0	8	70	1.12
77918194--77918243	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
77918592--77918675	29	2.9	29	75	8	91	32	3	3	60	1.31
77918653--77918698	23	2.0	23	86	0	65	23	4	0	71	1.03
77918677--77918727	26	2.0	26	84	7	68	27	1	0	70	0.98
77918678--77918733	26	2.2	26	80	6	60	30	1	0	67	1.01
77918720--77918754	10	3.5	10	88	0	52	45	0	0	54	0.99
77921500--77921551	24	2.2	24	100	0	104	26	11	17	44	1.83
77921820--77921872	20	2.6	21	85	11	74	64	0	0	35	0.94
77922019--77922064	5	9.2	5	97	0	74	23	41	15	19	1.89
77922347--77922380	15	2.3	15	90	5	52	44	0	2	52	1.16
77925991--77926063	20	3.7	19	77	14	76	30	5	0	64	1.16
77926002--77926057	19	2.9	21	79	12	66	26	7	0	66	1.18
77925997--77926065	27	2.6	26	80	11	70	28	5	0	65	1.16
77938176--77938320	45	3.2	45	70	14	145	30	15	29	24	1.96
77938184--77938377	90	2.2	90	94	0	334	28	15	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77938210--77938358	45	3.3	45	70	14	144	32	15	26	25	1.95
77939808--77940001	39	4.9	39	95	0	316	22	31	21	24	1.98
77948556--77948700	45	3.2	45	70	14	145	31	15	28	24	1.96
77948564--77948757	90	2.2	90	93	0	325	29	15	27	27	1.96
77948590--77948738	45	3.3	44	70	14	133	32	15	26	25	1.95
77950196--77950389	39	4.9	39	95	0	316	22	31	21	24	1.98
77951977--77952469	90	5.5	90	88	0	702	32	15	25	27	1.95
77952393--77952636	77	3.0	78	84	9	301	34	15	25	24	1.95
77952519--77952797	45	6.2	44	70	15	146	33	15	24	26	1.95
77952300--77952636	167	2.0	167	89	1	514	33	15	24	25	1.95
77952467--77952753	90	3.2	90	89	0	412	33	15	25	25	1.95
77952121--77952753	347	1.8	346	88	0	969	33	15	25	26	1.95
77952207--77952724	257	2.0	256	87	1	750	33	15	25	26	1.95
77952701--77952783	43	2.1	37	81	18	98	32	15	21	30	1.95
77952710--77952796	43	2.0	43	100	0	174	35	16	20	27	1.94
77957827--77957872	23	1.9	25	82	8	60	54	0	32	13	1.39
77979888--77980039	78	2.0	80	84	7	206	21	22	26	29	1.99
77979888--77980044	38	4.0	38	84	5	172	21	21	26	30	1.98
77980166--77980196	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
77983153--77983214	20	3.1	20	66	0	61	24	29	20	25	1.99
77983033--77983350	40	7.9	40	81	2	309	22	28	17	31	1.97
77983033--77983350	120	2.6	119	81	2	359	22	28	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77988072--77988124	25	2.1	25	100	0	106	32	0	11	56	1.35
78000905--78000985	26	3.2	24	64	16	63	32	22	12	33	1.91
78000882--78000990	53	2.0	54	98	1	211	35	22	11	30	1.89
78011390--78011522	56	2.4	56	84	0	185	36	23	12	27	1.91
78012649--78012687	21	1.9	20	84	5	51	30	12	0	56	1.37
78013401--78013452	5	10.2	5	82	12	52	34	15	26	23	1.94
78013401--78013452	26	2.0	26	81	7	61	34	15	26	23	1.94
78014366--78014402	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
78022153--78022315	87	1.9	87	93	0	281	29	30	18	22	1.97
78022142--78022311	46	3.8	46	75	12	174	31	28	18	21	1.97
78027886--78027951	34	1.9	34	87	6	98	27	21	21	30	1.98
78030789--78030972	55	3.4	54	79	8	221	22	22	18	36	1.95
78036879--78037004	46	2.7	46	84	9	159	29	19	27	23	1.98
78036876--78037142	92	2.9	94	80	11	275	26	19	29	24	1.98
78037064--78037186	49	2.5	49	78	10	126	27	18	27	26	1.98
78045733--78045896	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
78053271--78053433	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
78057359--78057413	26	2.1	26	90	6	85	29	14	27	29	1.95
78061227--78061337	49	2.3	47	87	3	150	31	8	30	29	1.86
78069428--78069528	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
78077381--78077481	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
78082243--78082541	39	7.5	39	90	4	447	22	24	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78082243--78082541	122	2.5	117	88	6	447	22	24	29	23	1.99
78082243--78082533	161	1.8	161	95	0	528	21	25	29	23	1.99
78084430--78084468	20	2.0	20	85	10	53	43	0	20	35	1.52
78086464--78086849	50	7.7	50	80	2	434	25	17	27	30	1.97
78086464--78086868	151	2.7	150	86	0	578	25	17	27	30	1.97
78086464--78086849	101	3.9	98	80	4	425	25	17	27	30	1.97
78089166--78089198	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
78099227--78099385	43	3.7	42	72	9	126	34	23	16	24	1.95
78099235--78099392	86	1.8	85	84	11	216	34	23	17	24	1.95
78102139--78102241	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
78110131--78110233	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
78116108--78116178	23	3.1	22	91	4	106	26	38	12	22	1.90
78117958--78118070	43	2.6	42	85	9	140	29	23	20	26	1.99
78121084--78121125	12	3.5	12	90	0	57	9	23	38	28	1.86
78121630--78121732	39	2.6	39	79	1	107	37	12	28	21	1.90
78121626--78121869	40	6.1	40	76	3	170	35	14	27	22	1.93
78121705--78121853	80	1.9	80	85	2	210	34	14	30	20	1.92
78126976--78127067	27	3.4	27	89	0	139	29	25	6	39	1.81
78126949--78127067	54	2.2	54	84	0	148	31	25	7	36	1.84
78127066--78127195	27	4.8	27	73	10	104	42	20	10	26	1.84
78127300--78127373	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
78129789--78129958	27	6.3	27	92	0	250	42	14	14	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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78131275--78131450	46	3.8	46	77	14	182	30	27	20	21	1.98
78131326--78131469	46	3.1	45	73	18	136	29	27	20	22	1.98
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78151109--78151275	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
78156621--78156744	46	2.7	45	84	12	164	24	30	20	25	1.98
78164015--78164228	46	4.6	47	77	9	192	25	29	17	27	1.97
78166231--78166419	48	4.0	47	76	4	157	23	17	25	32	1.97
78174580--78174686	43	2.5	43	84	3	135	36	24	13	26	1.92
78177251--78177422	86	2.0	86	94	0	299	25	20	13	40	1.89
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78180172--78180343	93	1.8	93	89	0	272	29	29	20	21	1.98
78183257--78183412	76	2.1	76	97	0	294	22	23	23	30	1.99
78185156--78185306	43	3.5	43	88	0	221	33	26	15	23	1.95
78192381--78192407	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
78195497--78195656	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
78195497--78195656	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
78201426--78201527	28	3.5	29	78	6	100	28	26	14	30	1.95
78204234--78204400	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
78204234--78204400	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78205226--78205271	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
78212184--78212350	40	4.2	40	81	2	176	25	27	22	25	2.00
78212184--78212350	80	2.1	79	84	7	214	25	27	22	25	2.00
78216551--78216870	27	11.9	27	86	2	410	31	10	20	37	1.87
78217208--78217271	28	2.3	28	97	0	119	23	37	18	20	1.94
78224259--78224328	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
78241627--78241794	40	4.2	40	80	2	178	25	26	22	25	2.00
78246560--78246662	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
78254577--78254679	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
78264601--78264768	46	3.6	45	75	12	171	21	19	29	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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