genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  101  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24801055--24801346	81	3.6	81	85	0	280	38	9	22	29	1.86
24801281--24801387	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
24801298--24801402	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
24809368--24809430	31	2.0	31	96	0	117	26	6	26	39	1.80
24811130--24811194	31	2.1	32	91	5	107	29	26	15	29	1.96
24811440--24811510	25	2.8	26	91	4	117	23	22	25	28	2.00
24811558--24811605	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
24817011--24817181	43	4.0	43	74	13	149	30	25	17	26	1.97
24825752--24825780	15	1.9	15	100	0	58	55	20	0	24	1.44
24830454--24830555	40	2.6	39	87	4	134	29	23	25	21	1.99
24836883--24837007	42	2.9	44	76	7	114	29	18	23	28	1.98
24840448--24840523	40	1.9	40	83	5	100	28	14	22	34	1.93
24842990--24843185	49	4.0	50	81	2	243	29	27	17	26	1.97
24843431--24843484	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
24849914--24849954	18	2.3	18	95	0	73	31	9	0	58	1.31
24850058--24850118	21	2.8	22	79	16	65	29	4	0	65	1.13
24855215--24855292	28	2.8	27	88	3	102	30	23	15	30	1.95
24866858--24867054	70	2.8	68	89	5	254	34	17	27	20	1.95
24866892--24867054	70	2.3	71	96	2	310	35	18	27	18	1.94
24869152--24869221	27	2.6	27	93	2	122	31	25	12	30	1.93
24872091--24872137	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
24874819--24874876	30	1.9	31	86	10	84	25	15	3	55	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24875124--24875253	25	5.5	24	71	23	71	32	3	1	63	1.19
24875181--24875245	23	2.7	24	81	11	71	32	3	1	63	1.19
24875159--24875245	21	4.1	22	74	14	76	32	3	1	63	1.19
24877960--24878183	124	1.8	123	85	2	315	30	11	24	34	1.90
24878178--24878307	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
24892232--24892637	44	9.2	44	90	1	634	29	14	27	28	1.95
24894266--24894366	18	5.1	20	73	20	79	31	2	0	64	1.15
24894265--24894344	39	2.1	39	83	4	99	32	2	1	63	1.15
24894302--24894368	23	2.8	25	76	19	72	31	2	1	64	1.18
24894381--24894470	41	2.2	40	78	11	94	30	3	3	63	1.27
24900918--24900999	28	2.9	28	87	0	119	34	10	24	30	1.90
24901838--24901899	31	2.0	31	96	3	117	14	12	12	59	1.61
24904352--24904536	40	4.7	40	82	6	216	26	27	22	23	1.99
24904354--24904534	79	2.3	80	81	8	208	25	27	22	24	2.00
24911879--24912027	40	3.7	40	81	4	174	25	26	21	26	1.99
24912734--24912763	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24919811--24919912	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
24923060--24923242	40	4.6	40	83	8	153	23	26	22	27	1.99
24923093--24923243	40	3.8	40	86	0	194	23	27	22	25	2.00
24923952--24923983	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24930510--24930536	6	4.5	6	100	0	54	44	0	0	55	0.99
24935628--24935721	33	2.8	33	78	13	111	31	21	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24936050--24936237	27	7.0	27	83	1	207	26	19	18	36	1.94
24936049--24936237	81	2.3	81	83	7	242	25	19	17	37	1.94
24939617--24939646	13	2.2	14	94	5	53	26	13	13	46	1.80
24940844--24940905	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
24940931--24940987	29	2.0	29	82	6	71	66	0	1	31	1.02
24941017--24941057	18	2.3	18	95	0	73	58	0	9	31	1.31
24941400--24941474	14	5.3	14	75	10	64	65	0	2	32	1.07
24941400--24941468	26	2.4	30	81	13	76	63	0	2	33	1.09
24941380--24941469	12	7.1	12	70	25	53	63	1	2	33	1.14
24941424--24941522	10	10.3	10	70	19	52	59	1	4	35	1.23
24943136--24943885	206	3.6	206	90	2	1182	28	22	18	30	1.97
24946983--24947155	46	3.8	45	77	11	181	23	20	26	30	1.98
24946980--24947150	93	1.8	93	89	2	272	22	20	27	29	1.99
24947380--24947417	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
24956357--24956434	28	2.8	27	88	3	102	30	23	15	30	1.95
24968178--24968289	27	4.1	27	82	7	129	16	24	22	37	1.93
24968178--24968289	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	37	1.93
24969454--24969547	28	3.4	28	92	0	152	28	25	12	32	1.93
24971126--24971243	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
24971094--24971257	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
24978703--24978820	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
24978671--24978834	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24989582--24989631	24	2.1	24	88	0	73	50	6	18	26	1.69
24993713--24993783	29	2.4	29	83	4	90	29	30	16	22	1.96
25006325--25006374	21	2.5	20	87	6	75	36	20	44	0	1.52
25006607--25006687	31	2.5	33	84	8	112	12	4	20	61	1.49
25009037--25009108	31	2.3	32	85	7	94	31	2	15	50	1.58
25011246--25011270	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
25012406--25012436	9	3.3	9	95	4	53	19	0	0	80	0.71
25019188--25019245	17	3.6	17	71	21	61	62	0	1	36	1.06
25019542--25019715	26	6.8	23	69	25	79	62	0	3	33	1.17
25019539--25019653	7	17.1	7	71	25	81	59	0	4	36	1.18
25019539--25019654	20	5.8	19	79	14	119	59	0	4	36	1.17
25021320--25021872	205	2.7	205	91	1	867	28	20	18	32	1.97
25030012--25030041	14	2.1	14	93	0	51	46	10	6	36	1.64
25033236--25033293	17	3.6	17	71	21	61	62	0	1	36	1.06
25033586--25033710	29	4.9	23	72	23	74	60	0	4	34	1.18
25033583--25033697	7	17.1	7	71	25	81	59	0	4	36	1.18
25033583--25033698	20	5.8	19	79	14	119	59	0	4	36	1.17
25033583--25033697	29	4.3	27	74	17	89	59	0	4	36	1.18
25042291--25042596	27	11.4	27	82	3	244	37	20	8	32	1.84
25042519--25042839	27	11.9	27	87	2	414	27	23	9	39	1.85
25042708--25042956	27	9.1	27	80	3	95	34	21	9	34	1.86
25042492--25042864	81	4.6	81	82	6	387	29	23	8	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25042909--25042964	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
25043018--25043082	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
25044240--25044287	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
25044331--25044389	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
25044440--25044582	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
25044440--25044582	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
25044440--25044583	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
25044774--25044868	31	3.1	31	96	0	172	37	16	22	23	1.93
25048160--25048230	10	7.4	10	71	24	55	1	32	0	66	1.01
25048160--25048211	4	12.5	4	80	11	52	0	30	0	69	0.89
25048160--25048211	27	1.9	27	84	7	70	0	30	0	69	0.89
25048182--25048222	15	2.7	15	88	0	55	2	31	0	65	1.05
25048160--25048230	23	3.0	23	78	15	74	1	32	0	66	1.01
25048156--25048222	19	3.6	18	80	15	75	1	34	0	64	1.03
25048199--25048248	24	2.0	25	84	3	66	2	38	0	60	1.09
25048431--25048471	21	2.0	21	85	9	57	21	19	34	24	1.97
25051148--25051913	389	2.0	388	87	2	1108	31	14	15	38	1.87
25055385--25055454	10	6.8	10	74	9	52	0	32	0	67	0.91
25055399--25055471	20	3.7	20	82	10	87	0	36	0	63	0.95
25055384--25055474	40	2.4	39	77	18	102	0	37	0	62	0.95
25055676--25055725	10	5.2	10	78	9	50	24	2	0	74	0.93
25055676--25055728	14	3.9	15	83	11	53	24	1	0	73	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25055704--25055784	3	26.0	3	75	12	74	29	3	3	62	1.29
25055695--25055767	38	1.9	38	83	10	96	28	4	2	64	1.26
25072079--25072105	13	2.1	13	100	0	54	48	7	29	14	1.71
25082266--25082363	45	2.2	45	81	7	110	26	22	8	42	1.81
25084751--25084819	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
25086635--25086678	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
25088551--25088594	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
25090470--25090513	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
25092877--25092945	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
25094764--25094807	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444