genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  282  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81577934--81577958	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
81579434--81579458	5	5.0	5	100	0	50	0	0	20	80	0.72
81583519--81583572	5	11.2	5	83	16	62	85	0	14	0	0.61
81583519--81583567	12	4.4	11	78	12	55	85	0	14	0	0.59
81583529--81583568	12	3.3	13	83	16	59	85	0	15	0	0.61
81583520--81583572	19	2.8	18	88	11	79	84	0	15	0	0.61
81583519--81583570	24	2.2	24	93	6	88	86	0	13	0	0.57
81584008--81584100	49	1.9	48	88	2	141	21	17	10	50	1.76
81584685--81585270	181	3.2	181	88	0	861	34	16	20	28	1.95
81587137--81587290	15	9.7	15	76	15	114	29	6	1	61	1.32
81587220--81587290	3	23.7	3	100	0	142	33	0	0	66	0.92
81587451--81587489	7	5.6	7	100	0	78	12	0	0	87	0.55
81587880--81587935	28	2.0	28	96	0	103	28	10	19	41	1.85
81588167--81588226	22	2.8	22	82	7	70	21	31	38	8	1.83
81589322--81589590	47	5.8	49	77	10	226	23	30	18	27	1.98
81589322--81589588	46	5.7	46	77	13	192	23	29	19	27	1.98
81596916--81597133	47	4.6	45	80	9	206	24	27	18	29	1.98
81597009--81597184	94	1.9	92	83	6	230	23	27	19	28	1.98
81596917--81597179	140	1.9	141	81	5	327	24	28	18	28	1.98
81599837--81599883	24	1.9	25	82	4	60	53	14	4	27	1.60
81605168--81605200	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
81607335--81607382	22	2.2	22	88	7	71	33	2	6	58	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81608036--81608081	24	1.9	24	100	0	92	41	13	15	30	1.85
81611071--81611145	31	2.4	31	86	4	98	41	6	14	37	1.72
81612885--81612912	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
81613066--81613111	17	2.7	17	80	10	58	39	0	0	60	0.97
81613262--81613306	24	1.9	24	90	4	74	48	20	15	15	1.80
81613795--81614432	131	4.9	131	86	2	852	24	18	24	32	1.97
81613645--81614432	262	3.0	262	84	4	983	25	18	23	32	1.97
81614588--81614613	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
81614687--81614825	7	19.4	7	70	12	68	19	0	33	47	1.50
81615406--81615456	9	5.9	8	75	24	50	60	3	0	35	1.15
81615503--81615559	22	2.6	21	72	5	51	71	1	5	21	1.14
81616140--81616260	35	3.5	35	91	0	197	10	44	23	21	1.83
81618940--81618973	12	2.8	12	86	0	50	0	23	0	76	0.79
81621333--81621424	46	2.0	46	100	0	184	36	4	13	45	1.63
81626945--81627450	48	10.5	48	98	0	949	30	29	5	34	1.81
81627415--81627472	17	3.4	17	66	29	50	39	25	1	32	1.66
81627413--81627485	35	2.1	35	97	0	137	36	28	2	31	1.71
81629992--81630143	75	2.0	75	85	8	204	26	9	19	44	1.82
81630337--81630420	35	2.4	35	82	9	109	22	21	15	40	1.91
81630337--81630432	35	2.7	34	76	17	106	21	20	15	41	1.90
81630407--81630568	35	4.5	34	69	15	94	29	19	16	35	1.93
81630377--81630675	108	2.8	106	71	7	244	28	18	15	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81630597--81630834	38	6.4	37	73	10	157	28	17	18	36	1.93
81630407--81630834	36	11.7	36	72	11	212	28	18	16	35	1.93
81630877--81630966	35	2.5	36	85	3	119	24	20	14	41	1.89
81631622--81631659	14	2.6	15	83	4	51	71	2	2	23	1.12
81632346--81632389	14	3.2	14	80	6	54	0	31	0	68	0.90
81632584--81632640	26	2.2	27	81	15	75	63	1	0	35	1.05
81634473--81634563	19	4.9	18	89	5	130	36	14	10	38	1.81
81634466--81634556	35	2.5	37	86	12	136	35	15	10	38	1.83
81635507--81635624	61	1.9	62	82	5	150	40	13	4	41	1.64
81636343--81636368	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
81636981--81637054	31	2.4	31	79	2	87	47	13	10	28	1.76
81637468--81637497	14	2.1	14	100	0	60	40	6	46	6	1.56
81639071--81639111	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
81639074--81639113	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
81639131--81639234	9	11.6	9	86	0	127	26	9	19	44	1.81
81639960--81640293	179	1.9	179	98	0	641	39	11	13	35	1.81
81641901--81642120	51	4.3	51	77	4	192	32	26	15	25	1.95
81642266--81642299	13	2.5	14	90	4	52	58	5	0	35	1.22
81647638--81647690	24	2.2	24	86	0	70	33	11	18	35	1.87
81652650--81652707	23	2.5	23	83	5	73	24	12	25	37	1.90
81655898--81655965	34	2.0	34	100	0	136	50	11	8	29	1.69
81656660--81656815	49	3.2	48	78	8	165	29	19	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81656616--81656815	98	2.1	91	84	6	247	27	18	28	26	1.98
81664283--81664389	49	2.2	49	86	3	144	24	21	28	25	1.99
81677389--81677432	18	2.4	19	88	3	63	59	4	0	36	1.18
81683621--81683674	27	2.0	27	88	0	81	33	24	12	29	1.92
81683866--81683902	19	1.9	19	89	10	58	70	10	2	16	1.27
81685975--81686201	50	4.6	49	82	8	209	26	15	30	26	1.96
81686074--81686203	47	2.7	47	86	4	172	26	18	28	26	1.98
81685966--81686195	99	2.3	98	79	11	256	26	15	31	26	1.96
81712452--81712510	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
81712481--81712540	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
81712991--81713050	30	2.0	31	83	9	79	50	8	5	36	1.55
81717638--81717665	14	2.0	14	100	0	56	64	7	7	21	1.43
81720179--81720313	24	5.6	24	96	0	225	20	17	25	36	1.95
81720179--81720335	48	3.3	48	90	1	226	22	17	24	35	1.96
81720179--81720335	72	2.2	72	87	2	217	22	17	24	35	1.96
81724281--81724415	46	2.9	45	80	6	164	27	29	20	22	1.98
81725957--81726025	12	5.7	12	72	16	61	75	0	4	20	0.97
81727313--81727369	29	1.9	30	89	3	89	57	21	3	17	1.54
81733455--81733651	55	3.6	54	76	4	182	19	22	19	38	1.93
81737962--81738013	25	2.1	25	96	0	95	30	13	11	44	1.79
81739113--81739186	22	3.3	22	74	10	87	66	4	12	17	1.39
81739083--81739152	33	2.1	33	86	0	95	61	2	18	17	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81739112--81739200	45	2.0	45	97	2	171	64	4	15	15	1.45
81749325--81749367	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
81749417--81749444	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
81751334--81751440	26	4.2	26	89	2	171	33	7	22	36	1.82
81751334--81751440	51	2.1	52	92	1	180	33	7	22	36	1.82
81752827--81752866	16	2.5	16	100	0	80	20	12	27	40	1.88
81754116--81754446	177	1.9	177	85	2	468	26	22	20	30	1.98
81754392--81754536	45	3.2	45	87	2	186	30	22	20	26	1.98
81754191--81754641	222	2.0	221	83	3	566	26	23	19	30	1.98
81754417--81754558	44	3.2	44	84	3	169	28	25	19	26	1.98
81754421--81755165	177	4.2	177	87	2	976	26	21	20	32	1.97
81759762--81759804	21	2.1	21	91	4	70	48	11	11	27	1.74
81763349--81763394	19	2.4	19	85	7	58	43	13	23	19	1.86
81769074--81769135	24	2.5	25	76	10	65	54	4	4	35	1.43
81769120--81769155	11	3.3	11	100	0	72	55	8	0	36	1.30
81769124--81769180	11	4.9	11	81	12	60	57	12	1	28	1.44
81769188--81769228	18	2.2	18	86	4	55	53	12	4	29	1.58
81769416--81769450	14	2.4	14	90	4	52	54	2	2	40	1.30
81769550--81769598	11	4.2	12	78	17	50	61	4	2	32	1.26
81769543--81769590	23	2.1	23	92	0	78	64	8	2	25	1.32
81769611--81769652	20	2.2	20	87	12	61	61	0	4	33	1.17
81770704--81770747	18	2.4	18	96	0	79	11	0	34	54	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81771376--81771571	44	4.5	44	75	6	157	19	21	21	37	1.95
81771379--81771576	88	2.3	87	85	1	263	20	21	21	36	1.95
81783540--81783569	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
81783697--81783758	24	2.5	25	76	10	65	54	4	4	35	1.43
81783743--81783767	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
81784069--81784242	30	5.8	30	91	1	287	25	48	3	22	1.66
81784069--81784242	59	2.9	59	96	1	312	25	48	3	22	1.66
81784803--81784862	15	4.0	15	72	21	54	36	3	1	58	1.25
81784809--81784948	25	5.6	25	73	12	108	32	6	4	56	1.44
81784803--81784866	8	8.1	8	73	16	53	35	3	1	59	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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