genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  280  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80915127--80915253	43	3.0	42	82	7	150	25	17	25	32	1.97
80919592--80919745	43	3.6	43	72	11	118	31	27	18	22	1.97
80927300--80927332	15	2.2	15	89	10	50	21	0	18	60	1.36
80930544--80930576	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
80935833--80935885	11	4.7	11	81	9	63	15	1	0	83	0.74
80935824--80935886	6	11.0	6	83	10	71	15	3	0	80	0.83
80935825--80935872	5	9.8	5	79	20	57	16	2	0	81	0.79
80937006--80937031	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
80938725--80938757	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
80945317--80945401	45	1.9	44	87	2	125	28	15	21	35	1.93
80946911--80947261	173	2.0	173	98	0	675	39	20	4	35	1.73
80952243--80952273	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
80952240--80952279	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
80952464--80952718	55	4.8	54	82	7	274	21	25	17	35	1.95
80952511--80952708	108	1.8	110	85	4	285	23	25	17	33	1.96
80959800--80959830	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
80959797--80959836	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
80960022--80960276	55	4.8	54	81	7	256	21	25	18	35	1.95
80960069--80960266	108	1.8	110	87	4	303	22	25	17	34	1.96
80967346--80967376	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
80967343--80967382	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
80967589--80967822	55	4.4	54	77	10	216	21	24	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80976302--80976522	50	4.7	47	73	13	184	28	18	28	24	1.98
80976304--80976428	47	2.7	44	85	8	135	27	18	29	24	1.98
80976502--80976554	25	2.1	25	89	0	79	24	28	26	20	1.99
80978813--80978988	46	3.8	46	77	12	189	20	21	28	29	1.98
80978810--80978980	93	1.8	93	91	0	279	20	21	29	28	1.98
80991808--80992033	40	5.7	40	91	4	307	26	21	27	24	1.99
80992832--80992895	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
80993110--80993322	23	9.1	23	95	1	363	29	21	21	27	1.98
80993089--80993323	94	2.5	94	93	2	393	28	21	21	27	1.99
80993381--80993437	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
80993369--80993439	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
80993374--80993428	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
80993476--80993523	25	1.9	25	91	0	78	25	14	27	33	1.94
80994764--80995158	27	14.6	27	86	4	465	40	9	22	27	1.84
80994765--80995158	54	7.3	54	87	2	515	40	9	22	27	1.84
80994765--80995158	81	4.9	81	87	4	535	40	9	22	27	1.84
81003718--81003983	40	6.7	40	90	3	351	27	20	25	25	1.99
81007386--81007556	93	1.8	93	92	0	288	27	28	22	21	1.99
81007378--81007553	46	3.8	46	75	12	189	28	28	21	21	1.99
81011026--81011089	34	1.9	34	87	9	96	59	6	26	7	1.49
81013002--81013171	43	4.1	41	72	12	148	34	23	12	29	1.91
81019827--81019904	40	2.0	40	85	12	108	26	8	12	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81021720--81021839	43	2.8	42	83	6	134	34	25	15	25	1.94
81025902--81026164	46	5.7	46	72	16	197	33	29	16	20	1.95
81025910--81026176	93	2.9	92	88	4	394	32	29	16	20	1.95
81025956--81026124	47	3.6	47	72	15	136	33	30	15	20	1.94
81029533--81029585	27	2.0	27	85	7	72	37	15	9	37	1.79
81029541--81029598	27	2.1	27	83	0	71	32	15	15	36	1.89
81032468--81032651	67	2.9	63	76	7	190	30	16	29	22	1.96
81033708--81033733	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
81037699--81037777	28	2.8	29	80	5	81	29	32	15	22	1.95
81037706--81037807	29	3.6	29	80	4	100	28	33	16	21	1.95
81045634--81045735	29	3.6	27	78	7	89	29	32	16	21	1.95
81045663--81045735	28	2.6	29	84	2	85	31	32	15	20	1.93
81051863--81052004	73	1.9	73	91	0	230	11	16	25	46	1.80
81053353--81053410	27	2.1	27	96	0	107	34	17	13	34	1.89
81054610--81054768	27	5.9	27	80	10	173	33	22	24	18	1.97
81054628--81054771	54	2.7	54	94	2	245	34	23	23	18	1.96
81056380--81056487	26	4.2	26	92	0	180	37	24	7	31	1.83
81059734--81059871	46	3.1	45	86	12	196	25	31	18	25	1.97
81062976--81063045	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
81067601--81067660	30	2.1	28	84	6	75	33	21	1	43	1.63
81076598--81076858	130	2.0	130	93	1	443	37	25	18	18	1.93
81087450--81087527	11	6.7	11	73	15	50	19	1	3	75	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81087450--81087537	6	14.8	6	78	11	92	18	1	4	76	1.02
81087450--81087526	23	3.3	23	83	8	86	18	1	3	76	1.01
81087450--81087528	29	2.7	29	88	0	104	18	1	3	75	1.02
81087455--81087542	29	3.0	28	78	18	83	19	1	3	76	1.00
81091757--81091817	22	2.7	23	76	19	56	16	22	0	60	1.35
81094062--81094123	31	2.0	31	100	0	124	48	9	12	29	1.73
81094177--81094207	16	1.9	16	93	0	53	83	3	3	9	0.86
81096124--81096245	46	2.6	47	85	5	156	27	22	13	36	1.92
81096241--81096265	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
81096758--81096795	18	2.1	18	90	0	58	28	7	21	42	1.81
81110622--81110780	43	3.7	43	81	5	169	27	15	25	31	1.96
81115298--81115448	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
81115335--81115464	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
81116829--81116908	40	2.0	40	100	0	160	40	27	5	27	1.77
81124686--81124828	64	2.2	64	83	5	171	23	28	17	30	1.97
81129936--81130083	40	3.7	39	85	5	163	23	27	22	25	2.00
81133208--81133370	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
81143381--81143543	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
81150944--81151061	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
81150912--81151075	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
81165086--81165229	40	3.6	40	81	3	121	29	23	26	20	1.99
81165123--81165252	40	3.3	39	78	4	143	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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81175408--81175451	24	1.9	22	86	9	61	45	2	22	29	1.65
81175713--81175737	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
81178535--81178703	47	3.6	46	85	2	230	25	18	26	30	1.98
81187816--81187898	41	2.0	40	88	2	121	30	28	16	24	1.97
81199452--81199499	23	2.1	23	85	11	64	18	0	20	60	1.36
81200781--81200935	43	3.6	43	75	9	127	28	16	22	32	1.96
81203022--81203123	29	3.6	29	80	5	109	21	16	32	29	1.95
81208840--81208963	40	3.1	40	100	0	248	25	21	29	23	1.99
81208948--81208979	16	2.1	16	94	5	57	21	12	31	34	1.91
81208868--81209053	96	1.9	95	86	3	266	24	22	29	23	1.99
81208962--81209065	40	2.6	40	71	1	100	25	25	27	22	2.00
81216991--81217240	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
81229910--81229957	25	1.9	25	83	8	62	37	29	4	29	1.76
81232298--81232377	34	2.4	34	87	6	110	22	26	23	27	2.00
81237278--81237449	93	1.8	93	92	0	290	28	28	21	21	1.99
81237271--81237446	46	3.8	46	75	12	180	29	28	21	21	1.98
81237320--81237458	47	3.0	46	72	16	117	30	28	18	22	1.97
81245257--81245476	109	2.0	109	97	0	413	31	27	16	24	1.97
81248661--81248686	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
81249298--81249455	24	6.6	24	71	7	115	32	29	13	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81265749--81265836	32	2.8	32	96	0	158	27	29	11	31	1.91
81265879--81266040	56	2.9	55	82	7	175	24	30	17	27	1.98
81265884--81266040	28	5.6	28	70	11	108	24	31	17	26	1.97
81272519--81272631	56	2.0	56	94	0	199	33	18	17	30	1.94
81276990--81277058	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
81278874--81278917	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
81285201--81285239	20	2.0	20	94	0	69	17	28	33	20	1.96
81285333--81285363	13	2.4	13	88	0	53	6	35	29	29	1.82
81292717--81292742	13	2.0	13	100	0	52	30	30	15	23	1.95
81303356--81303427	29	2.5	29	81	0	81	20	15	33	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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