genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.378.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  378  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109811627--109811900	85	3.2	85	79	2	298	24	17	27	30	1.97
109818506--109818675	91	1.9	92	94	1	306	28	29	21	20	1.98
109818499--109818672	46	3.8	46	79	13	205	29	29	21	20	1.98
109818507--109818691	46	4.0	46	72	19	136	28	29	21	21	1.98
109824500--109824650	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
109824537--109824666	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
109832097--109832173	38	2.0	38	100	0	154	29	20	10	38	1.86
109835287--109835316	8	3.8	8	95	0	51	0	56	0	43	0.99
109836034--109836078	4	11.2	4	100	0	90	51	0	24	24	1.49
109837265--109837290	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
109843172--109843222	25	2.0	26	85	11	70	13	13	0	72	1.12
109844124--109844164	21	2.0	21	90	0	64	26	17	26	29	1.97
109847370--109847404	18	2.1	16	89	10	52	60	5	0	34	1.21
109852943--109852984	22	2.0	22	86	9	61	38	2	2	57	1.25
109852982--109853012	12	2.6	12	100	0	62	32	0	0	67	0.91
109852946--109853002	16	3.6	16	81	6	64	35	1	1	61	1.17
109865245--109865281	14	2.7	14	87	4	58	21	10	2	64	1.37
109865086--109865278	106	1.8	105	85	3	271	26	14	18	40	1.89
109865156--109865340	88	2.0	91	85	5	250	26	12	18	42	1.85
109865281--109865410	69	1.9	69	85	0	179	26	17	25	30	1.97
109865427--109865588	74	2.2	74	94	1	288	28	15	19	36	1.92
109865171--109865873	162	4.3	162	83	6	879	29	15	20	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109865494--109865676	88	2.1	88	91	0	294	28	16	16	37	1.92
109865582--109865750	74	2.3	74	91	2	268	31	17	17	33	1.93
109867656--109867693	20	1.9	20	94	0	67	28	5	5	60	1.40
109867903--109867963	14	4.4	14	79	8	61	36	0	3	60	1.13
109867907--109867955	16	3.2	16	82	5	57	34	0	4	61	1.15
109867928--109868011	3	28.0	3	68	17	50	29	3	1	65	1.17
109867891--109867971	28	3.1	27	76	13	71	33	0	4	61	1.17
109867941--109867971	12	2.6	12	100	0	62	32	0	0	67	0.91
109867928--109868000	9	8.0	9	73	13	60	27	2	1	68	1.11
109887693--109887859	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
109895701--109895867	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
109898433--109898461	14	2.1	14	100	0	58	34	31	13	20	1.92
109898941--109898993	13	4.1	13	80	9	72	30	7	26	35	1.84
109906736--109907201	44	10.0	44	69	14	254	34	17	18	29	1.95
109906733--109906987	51	5.4	45	78	8	208	32	17	20	29	1.95
109906739--109907176	189	2.3	191	83	2	515	33	18	18	29	1.95
109907594--109907623	8	3.8	8	95	0	51	43	0	56	0	0.99
109910730--109910806	38	2.0	38	100	0	154	38	10	20	29	1.86
109910732--109910818	38	2.3	38	92	4	131	39	11	22	26	1.88
109918247--109918376	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
109918263--109918414	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
109918263--109918412	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109925450--109925501	24	2.2	24	86	6	70	53	7	5	32	1.53
109926741--109926765	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
109937692--109937753	20	3.1	20	73	0	61	37	14	33	14	1.87
109937681--109937892	40	5.3	40	80	1	210	36	15	29	18	1.92
109937726--109937800	20	3.8	20	73	7	62	37	18	30	13	1.89
109939231--109939260	13	2.4	13	94	5	53	40	13	13	33	1.83
109947158--109947218	30	2.1	29	82	8	72	29	3	3	63	1.26
109947172--109947236	30	2.2	29	84	13	80	24	4	1	69	1.16
109947194--109947228	17	2.1	16	89	5	52	22	2	2	71	1.13
109947210--109947236	11	2.5	11	100	0	54	18	7	0	74	1.05
109947213--109947286	4	18.5	4	71	15	55	20	5	1	72	1.11
109947400--109947465	3	21.7	3	93	3	60	54	0	0	45	0.99
109947466--109947497	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
109947427--109947497	9	7.9	9	84	6	90	40	0	0	59	0.98
109953171--109953619	27	16.6	27	86	3	530	28	22	8	40	1.83
109953171--109953685	27	19.1	26	80	8	135	30	22	8	39	1.83
109953491--109953667	81	2.2	81	81	0	192	31	23	8	36	1.85
109953692--109953747	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
109953800--109953865	27	2.5	26	80	11	80	37	19	22	19	1.94
109955110--109955212	20	5.2	20	95	0	188	34	11	20	33	1.89
109955268--109955434	23	7.1	23	92	2	253	28	23	20	26	1.99
109955267--109955456	24	8.0	23	89	5	256	28	23	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109955266--109955455	71	2.7	70	88	4	283	28	23	21	26	1.99
109955267--109955456	47	4.0	46	87	5	265	28	23	21	26	1.99
109955649--109955712	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
109960391--109960427	17	2.2	17	100	0	74	45	5	10	37	1.62
109964178--109964344	43	3.9	43	77	6	151	32	25	14	27	1.94
109970079--109970236	42	3.7	42	75	5	156	30	22	17	29	1.97
109970119--109970621	130	3.9	130	84	2	614	28	22	19	30	1.98
109970010--109970399	216	1.8	216	90	1	638	28	22	16	31	1.96
109970033--109970535	86	5.8	86	76	5	323	29	22	17	30	1.97
109970008--109970630	44	14.4	44	71	5	320	28	22	19	30	1.98
109970207--109970630	86	4.9	86	73	6	273	27	22	20	30	1.98
109971990--109972014	10	2.5	10	100	0	50	16	24	16	44	1.86
109976948--109976986	21	2.0	20	85	10	53	69	0	7	23	1.14
109977143--109977209	3	22.3	3	76	14	59	64	2	2	29	1.23
109977143--109977211	20	3.6	19	82	5	79	63	4	2	28	1.28
109977180--109977215	17	2.1	17	89	0	54	72	5	2	19	1.17
109978137--109978171	16	2.2	16	89	0	52	80	2	17	0	0.84
109979406--109979454	25	2.0	25	100	0	98	44	12	16	26	1.82
109989695--109989720	12	2.2	12	100	0	52	23	15	7	53	1.67
109990341--109990437	49	2.0	49	89	0	149	26	24	4	44	1.72
109991542--109991624	43	1.9	43	82	0	103	25	21	1	51	1.55
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109999760--109999836	40	2.0	40	94	2	138	45	14	6	33	1.70
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110071107--110071350	134	1.8	134	80	0	290	33	28	14	23	1.94
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110089129--110089186	31	1.9	29	89	6	89	46	3	13	36	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110089129--110089186	29	2.0	28	86	10	80	46	3	13	36	1.61
110097894--110097957	29	2.2	29	100	0	128	46	3	6	43	1.44
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110118340--110118374	18	1.9	18	88	0	52	40	17	25	17	1.90
110118358--110118461	45	2.3	45	88	3	156	41	19	18	21	1.91
110118346--110118479	45	2.7	50	74	15	136	39	19	20	20	1.93
110119459--110119488	12	2.5	12	94	0	51	0	30	0	70	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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