genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  103  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25290988--25291071	27	3.1	27	84	3	107	19	26	22	32	1.97
25291110--25291678	27	21.0	27	78	4	169	35	8	20	35	1.84
25291314--25291578	54	4.9	54	86	0	296	39	7	21	30	1.82
25291221--25291373	81	1.9	81	83	2	200	31	6	22	39	1.79
25291341--25291578	81	2.9	81	87	0	341	40	7	22	28	1.82
25292727--25292778	14	3.7	14	73	0	50	46	26	0	26	1.53
25294235--25294314	31	2.5	32	90	6	119	48	16	2	32	1.59
25299938--25300030	45	2.1	45	100	0	186	25	24	15	34	1.94
25301269--25301331	32	2.0	32	100	0	126	33	25	9	31	1.88
25303568--25303630	23	2.8	24	85	7	78	4	20	9	65	1.41
25320303--25320463	27	6.2	26	80	7	175	36	22	24	16	1.95
25320342--25320416	24	3.1	24	83	9	89	33	25	25	16	1.95
25320303--25320463	52	3.1	52	82	8	177	36	22	24	16	1.95
25322094--25322386	27	11.0	27	82	10	352	27	22	8	41	1.83
25323622--25323669	24	2.0	24	87	0	69	35	25	12	27	1.92
25323713--25323792	20	4.2	20	85	12	123	33	11	22	32	1.89
25323713--25323782	36	1.9	36	100	0	140	34	11	21	32	1.89
25323839--25323955	24	5.0	24	88	6	168	29	23	21	25	1.99
25323839--25323956	47	2.5	47	87	5	168	30	22	21	25	1.99
25324149--25324212	31	2.1	31	87	0	92	34	15	25	25	1.95
25340443--25340581	27	5.1	27	76	14	117	36	22	22	18	1.95
25340443--25340581	54	2.6	54	81	11	151	36	22	22	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25342192--25342301	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
25346279--25346444	27	6.1	27	88	4	221	35	22	24	17	1.95
25346279--25346444	54	3.1	54	92	1	271	35	22	24	17	1.95
25348064--25348173	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
25350174--25350229	23	2.4	23	77	19	62	53	8	3	33	1.49
25352001--25352045	20	2.2	20	84	0	54	46	4	11	37	1.60
25356573--25356652	39	2.1	39	95	0	142	20	2	28	48	1.62
25361370--25361426	28	2.0	28	86	0	78	10	24	40	24	1.87
25362308--25362349	22	1.9	22	90	9	68	30	4	21	42	1.73
25362311--25362358	22	2.2	22	82	14	55	33	6	22	37	1.80
25369960--25370110	74	2.0	74	94	2	268	29	13	14	43	1.83
25372954--25373243	41	7.1	41	87	6	292	36	22	21	19	1.95
25372985--25373243	81	3.2	81	89	4	371	35	23	21	18	1.95
25372985--25373243	122	2.1	121	87	4	369	35	23	21	18	1.95
25373652--25373711	25	2.4	25	94	0	102	31	6	20	41	1.78
25374303--25374334	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
25378736--25380186	477	3.0	477	97	0	2749	35	10	10	42	1.74
25380070--25380111	21	2.0	21	90	0	66	28	9	7	54	1.59
25380369--25380475	53	2.1	52	82	6	139	46	6	3	42	1.47
25386350--25386662	43	7.3	43	86	2	434	23	19	24	33	1.97
25386350--25386662	85	3.7	86	89	2	443	23	19	24	33	1.97
25389813--25389939	46	2.7	47	82	11	163	28	18	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25395490--25395522	16	2.1	16	88	5	50	30	18	6	45	1.73
25396310--25396379	22	3.2	22	72	0	59	38	8	18	34	1.81
25397252--25397302	22	2.3	22	96	0	93	31	0	15	52	1.43
25397837--25397898	24	2.9	20	70	25	63	41	3	20	33	1.69
25397850--25397899	24	2.1	24	88	7	75	40	4	22	34	1.72
25398035--25398094	22	2.7	22	89	5	86	35	8	20	36	1.82
25398930--25398956	11	2.5	11	100	0	54	29	0	14	55	1.40
25401589--25401613	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
25407115--25407213	45	2.2	45	80	3	110	39	8	24	28	1.83
25410328--25410395	34	2.0	34	82	0	82	29	11	1	57	1.43
25410636--25410668	17	1.9	17	93	0	57	36	0	3	60	1.12
25410657--25410725	22	3.1	22	71	19	63	27	4	2	65	1.26
25410761--25410857	15	6.5	15	72	26	75	39	2	2	56	1.22
25410769--25410850	20	4.2	20	76	6	78	36	2	2	58	1.24
25410890--25410940	21	2.2	24	83	10	63	33	1	0	64	1.05
25410992--25411078	3	29.3	3	75	17	67	29	3	2	64	1.22
25411000--25411077	26	2.8	29	75	13	83	30	3	1	64	1.20
25411215--25411279	27	2.4	27	80	14	64	26	4	3	66	1.26
25411310--25411376	13	5.0	13	78	8	64	34	1	2	61	1.20
25422985--25423019	14	2.5	14	90	0	52	62	2	11	22	1.41
25422999--25423147	74	2.0	75	88	1	219	32	18	16	31	1.94
25431703--25431765	32	2.0	32	96	0	117	31	11	25	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25431914--25431955	20	2.1	20	86	0	57	66	4	4	23	1.30
25435937--25436104	40	4.2	40	78	4	160	23	26	23	25	2.00
25441919--25441947	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
25448206--25448497	48	6.0	48	92	1	467	35	6	26	31	1.82
25448204--25448497	146	2.0	146	95	0	525	35	6	26	31	1.82
25448206--25448497	98	3.0	96	90	2	476	35	6	26	31	1.82
25448638--25448740	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
25450006--25450078	31	2.3	32	90	6	114	32	2	15	49	1.58
25451542--25451645	7	14.4	7	67	13	50	24	0	28	46	1.59
25451542--25451593	14	3.7	14	78	0	59	25	0	28	46	1.53
25451610--25451641	16	2.0	16	93	0	55	18	0	40	40	1.51
25452025--25452095	7	9.9	7	87	4	88	23	1	39	35	1.64
25452291--25452373	21	4.0	20	71	13	60	16	3	42	37	1.66
25452343--25452385	7	6.3	7	79	15	54	16	0	44	39	1.48
25452521--25452557	13	2.7	14	87	8	58	40	0	5	54	1.24
25453581--25454379	105	7.8	105	91	6	1282	34	5	3	56	1.39
25453863--25453902	15	2.8	14	81	7	53	27	0	0	72	0.85
25453875--25453901	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
25453965--25454006	10	3.4	13	78	21	54	33	0	0	66	0.92
25454070--25454111	10	3.4	13	78	21	54	28	0	2	69	1.01
25453521--25454379	209	4.2	204	90	6	1283	34	5	3	56	1.38
25454286--25454310	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25459744--25459772	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
25460468--25460542	31	2.3	33	88	4	109	12	6	22	58	1.56
25465642--25465686	18	2.5	20	75	17	53	46	0	4	48	1.22
25466113--25466159	11	4.3	11	73	10	51	48	0	6	44	1.28
25468448--25468617	89	1.9	89	86	2	243	37	21	21	20	1.95
25468454--25468708	45	5.7	44	71	13	153	38	21	21	19	1.94
25471002--25471049	19	2.6	18	76	6	51	35	12	6	45	1.67
25473239--25473301	23	2.8	23	81	9	69	66	9	19	4	1.38
25475990--25476174	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
25475989--25476195	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
25475988--25476195	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
25477777--25477839	32	2.0	32	100	0	126	31	9	25	33	1.88
25477988--25478029	20	2.1	20	86	0	57	66	4	4	23	1.30
25480785--25480857	31	2.3	32	90	6	114	32	2	15	49	1.58
25482477--25482537	28	2.2	28	80	8	72	47	6	16	29	1.72
25486587--25486856	139	1.9	138	93	0	468	38	7	22	32	1.81
25489348--25489501	39	3.9	39	86	0	191	24	31	21	22	1.98
25489378--25489501	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
25497274--25497427	39	3.9	39	86	0	191	24	31	21	22	1.98
25497304--25497427	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
25506294--25506412	41	2.9	41	86	8	152	26	29	16	27	1.97
25506294--25506412	43	2.9	41	86	6	152	26	29	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25509301--25509332	15	2.1	15	100	0	64	25	6	28	40	1.79
25510271--25510488	102	2.2	100	80	8	239	27	19	13	39	1.89
25518302--25518356	17	3.4	16	80	9	67	60	0	3	36	1.15
25518503--25518542	19	2.0	20	90	4	64	57	2	2	37	1.26
25520021--25520381	44	8.2	44	86	0	456	29	25	13	31	1.93
25520021--25520381	131	2.7	131	85	1	456	29	25	13	31	1.93
25520024--25520381	175	2.0	175	93	0	608	29	25	13	31	1.93
25520292--25520866	219	2.6	220	89	1	852	27	22	17	32	1.96
25526430--25526532	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
25534506--25534608	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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