genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.420.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  420  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121678163--121678323	29	5.6	29	84	1	171	24	16	32	25	1.96
121680260--121680381	43	2.9	43	90	1	192	27	23	27	21	1.99
121682626--121682704	28	2.8	28	76	3	70	17	20	16	45	1.85
121682700--121682825	66	1.9	66	90	6	202	18	21	15	45	1.85
121682693--121682821	33	3.9	33	76	13	131	18	20	14	45	1.85
121686376--121686414	20	2.0	20	84	0	51	23	20	10	46	1.81
121686512--121686573	20	3.1	20	75	9	63	22	11	6	59	1.54
121686594--121686636	20	2.2	19	87	4	59	32	9	9	48	1.67
121687026--121687066	20	2.0	21	90	4	66	53	14	12	19	1.72
121687149--121687340	20	9.6	20	73	14	119	54	8	16	19	1.68
121691394--121691658	46	5.7	47	83	5	308	21	24	13	40	1.90
121691409--121691659	138	1.8	138	91	0	412	21	24	13	41	1.88
121693513--121693562	11	4.4	11	80	9	55	62	2	0	36	1.07
121693519--121693587	30	2.3	30	83	14	81	59	2	0	37	1.12
121693519--121693598	31	2.6	30	77	16	76	57	5	0	37	1.21
121694326--121694435	26	4.2	26	96	0	193	34	5	23	36	1.78
121696224--121696645	137	3.1	137	95	0	749	24	18	24	32	1.97
121709658--121709698	16	2.6	16	88	7	57	53	0	17	29	1.44
121709674--121709709	16	2.2	16	90	0	54	55	2	13	27	1.52
121709721--121709830	44	2.5	44	86	7	145	38	1	18	41	1.61
121709908--121709949	22	1.9	22	85	9	59	52	0	0	47	1.00
121710342--121710366	12	2.1	12	100	0	50	16	20	8	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121710454--121710495	18	2.3	18	100	0	84	14	16	23	45	1.84
121712498--121712532	19	1.9	17	88	11	52	20	11	0	68	1.20
121713110--121713141	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
121714047--121714089	22	2.0	22	81	9	52	25	9	4	60	1.47
121714086--121714148	30	2.2	28	85	5	81	36	3	0	60	1.13
121714087--121714147	28	2.1	27	82	8	68	37	3	0	59	1.14
121714164--121714213	21	2.3	22	82	3	66	30	0	8	62	1.24
121714230--121714274	19	2.4	19	85	3	56	33	0	4	62	1.15
121714166--121714324	85	1.9	86	80	11	193	32	3	4	59	1.35
121714904--121714939	16	2.2	16	90	0	54	13	8	11	66	1.44
121715559--121715583	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
121716144--121716201	25	2.3	24	80	13	64	58	6	3	31	1.41
121716243--121716287	18	2.5	18	82	10	56	66	4	15	13	1.39
121717143--121717210	34	2.0	33	91	2	109	17	20	50	11	1.77
121717824--121717968	43	3.5	43	71	14	149	20	17	24	37	1.93
121717864--121718007	39	3.6	39	72	14	139	20	20	21	36	1.95
121717824--121718013	82	2.3	82	99	0	371	21	18	22	37	1.94
121718303--121718627	42	7.5	42	75	8	260	20	24	21	34	1.96
121718300--121718531	128	1.8	128	83	3	306	19	24	21	34	1.96
121718341--121718627	86	3.3	86	89	3	391	20	24	21	34	1.97
121729852--121729876	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
121730534--121730578	18	2.5	18	82	10	56	66	4	15	13	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121733597--121733656	27	2.2	27	84	0	75	15	26	20	38	1.91
121735069--121735130	31	2.0	31	90	0	97	40	12	17	29	1.87
121748748--121748813	14	4.2	16	81	13	68	56	0	0	43	0.99
121748756--121748793	7	5.4	7	100	0	76	57	0	0	42	0.98
121748758--121748812	7	7.1	8	82	13	55	52	0	0	47	1.00
121748730--121748811	21	4.0	20	77	20	57	57	0	0	42	0.98
121750832--121750896	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
121750858--121750896	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12
121762181--121762248	18	3.4	18	68	24	55	48	11	14	25	1.78
121762176--121762264	43	2.1	43	100	0	178	46	11	13	29	1.78
121762190--121762262	18	3.2	24	67	25	77	45	10	13	30	1.78
121765375--121765441	3	22.3	3	100	0	134	32	0	0	67	0.91
121766641--121766673	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
121766797--121766860	30	2.1	31	88	2	94	60	10	3	25	1.44
121766898--121766947	22	2.3	22	79	6	57	58	6	18	18	1.59
121768093--121768127	18	1.9	18	88	0	52	28	48	5	17	1.69
121769179--121769222	15	2.9	15	100	0	88	52	6	34	6	1.55
121779420--121779463	21	2.0	23	86	8	65	43	4	0	52	1.22
121784721--121784769	27	1.9	26	88	12	75	30	0	18	51	1.47
121784763--121784843	9	8.6	9	71	15	56	30	2	14	51	1.55
121784726--121784801	40	1.9	39	86	7	109	28	1	17	52	1.52
121784773--121784831	27	2.2	27	96	0	109	30	3	15	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121784721--121784850	67	1.9	66	83	6	163	30	1	17	50	1.55
121787351--121787419	25	2.8	25	84	4	86	20	26	20	33	1.97
121790818--121790877	31	1.9	31	82	0	75	46	16	8	28	1.76
121795073--121795111	19	2.1	19	85	9	53	53	7	5	33	1.51
121795145--121795178	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
121795962--121796010	2	25.0	2	91	4	82	51	0	0	48	1.00
121803250--121803287	20	1.9	20	88	0	58	23	18	10	47	1.79
121805738--121805771	16	2.1	17	88	5	52	20	50	0	29	1.49
121810869--121810906	8	4.8	8	96	0	67	36	0	0	63	0.95
121817566--121817600	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
121819874--121819908	17	2.0	18	88	5	54	17	0	8	74	1.06
121827951--121827991	21	2.0	21	85	0	55	39	19	24	17	1.92
121832402--121832436	15	2.2	16	90	5	54	51	2	8	37	1.47
121835873--121836288	46	9.0	46	90	1	546	41	14	23	21	1.89
121837643--121837814	93	1.8	93	93	2	301	27	29	21	20	1.98
121837635--121837810	46	3.8	47	80	12	220	28	28	21	21	1.98
121839322--121839354	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
121841557--121841634	39	2.0	39	97	0	147	42	10	8	38	1.70
121842974--121843017	23	2.0	22	86	13	63	43	11	6	38	1.67
121847431--121847468	20	2.0	20	89	5	60	26	23	18	31	1.97
121847720--121847744	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
121852467--121852491	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121863311--121863380	29	2.4	29	73	4	70	45	10	4	40	1.57
121865016--121865058	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
121866255--121866283	14	2.1	14	100	0	58	20	13	6	58	1.58
121868234--121868316	35	2.3	36	87	2	114	38	34	12	14	1.83
121868347--121868391	21	2.1	21	84	12	56	44	2	17	35	1.62
121868363--121868402	21	1.9	21	84	0	53	42	0	15	42	1.46
121870704--121870803	29	3.5	28	72	13	78	61	2	5	32	1.29
121870708--121870782	39	1.9	38	82	12	91	60	1	5	33	1.28
121870991--121871093	9	10.7	9	70	13	55	36	1	0	60	1.15
121871029--121871104	19	3.9	19	80	13	75	31	1	2	64	1.15
121871223--121871421	89	2.3	87	83	6	233	32	10	18	39	1.84
121876875--121876935	27	2.2	27	88	2	86	34	13	21	31	1.91
121879088--121879135	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
121879122--121879165	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
121879161--121879193	15	2.2	15	94	0	57	48	12	3	36	1.56
121879752--121879785	8	4.0	8	85	14	50	0	11	0	88	0.52
121879753--121879785	10	3.5	10	92	8	52	0	9	0	90	0.44
121880716--121880792	15	5.5	14	76	15	63	76	2	1	19	0.97
121880721--121880796	6	13.5	6	78	9	56	76	2	1	19	0.98
121880715--121880795	25	3.2	24	77	19	69	76	2	2	18	1.01
121880728--121880794	5	12.4	5	77	12	53	77	2	1	17	0.97
121880716--121880794	10	7.4	11	73	15	60	77	2	1	18	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121882096--121882121	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
121885269--121885335	30	2.2	30	100	0	134	55	5	5	32	1.49
121889134--121889165	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
121894104--121894146	22	2.0	22	86	9	61	20	23	18	37	1.94
121895867--121895909	17	2.6	17	82	7	54	44	13	6	34	1.72
121896509--121896537	8	3.8	8	90	9	51	44	0	0	55	0.99
121896583--121896621	18	2.3	17	83	12	53	38	0	5	56	1.22
121902643--121902672	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
121903884--121903951	34	2.0	34	100	0	136	32	23	14	29	1.94
121907663--121907714	26	2.0	26	96	0	95	25	21	15	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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