genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  194  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54219652--54219701	16	3.3	16	74	25	63	48	0	0	52	1.00
54219255--54219733	196	2.5	195	94	2	840	49	5	7	37	1.54
54219946--54219992	24	2.0	24	87	8	69	46	8	17	27	1.76
54221191--54221271	42	1.9	42	94	0	144	41	7	17	33	1.77
54222536--54222674	73	1.9	71	82	5	172	38	5	35	20	1.76
54223554--54223606	14	3.7	14	80	5	70	20	0	30	49	1.50
54223554--54223645	29	3.2	29	80	9	107	19	2	33	44	1.63
54223546--54223614	22	3.2	22	83	8	79	23	0	28	47	1.52
54224221--54224253	15	2.1	16	88	5	50	36	39	0	24	1.56
54229215--54229366	43	3.6	43	79	7	157	33	23	15	27	1.95
54232016--54232046	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
54232013--54232052	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
54232238--54232489	55	4.8	53	78	10	223	21	25	18	34	1.96
54235380--54235431	22	2.4	22	83	0	68	11	30	36	21	1.89
54240383--54240413	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
54240380--54240419	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
54240607--54240858	55	4.8	53	77	12	209	22	25	17	34	1.96
54245670--54245737	28	2.4	28	95	0	118	33	26	7	32	1.84
54245855--54245932	28	2.8	28	88	2	111	26	26	15	30	1.96
54246385--54246425	18	2.3	18	86	0	55	26	2	4	65	1.25
54253478--54253545	28	2.4	28	92	0	109	35	26	5	32	1.81
54253652--54253741	28	3.2	28	90	4	137	21	23	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54253652--54253766	56	2.1	55	82	9	135	20	23	21	34	1.96
54255560--54255691	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
54263294--54263425	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
54265178--54265221	18	2.4	18	88	0	61	25	2	4	68	1.20
54269233--54269274	21	2.0	20	86	4	57	26	40	21	11	1.88
54270618--54270825	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
54270618--54270824	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
54278640--54278845	40	5.2	40	81	3	202	25	25	23	25	2.00
54278640--54278844	79	2.6	80	79	6	204	25	25	23	25	2.00
54284351--54284410	30	2.0	30	93	0	102	60	16	13	10	1.59
54284352--54284411	15	4.0	15	80	0	75	61	16	11	10	1.55
54287919--54288014	7	13.7	7	94	0	156	15	0	39	44	1.47
54288441--54288478	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
54290107--54290203	28	3.5	28	97	1	178	44	26	10	18	1.82
54295010--54295066	9	5.9	9	73	15	51	33	10	21	35	1.87
54295008--54295078	20	3.5	20	90	0	106	33	12	21	32	1.91
54295125--54295315	24	8.1	23	91	2	283	28	23	20	27	1.99
54295123--54295315	71	2.7	70	92	2	323	28	23	20	27	1.99
54301619--54301941	49	6.7	49	93	1	474	33	9	29	27	1.88
54303883--54303976	38	2.4	38	92	1	152	21	23	18	37	1.94
54304168--54304262	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
54304168--54304261	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54304313--54304372	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
54304415--54304462	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
54312920--54313101	70	2.7	68	87	9	207	19	29	17	34	1.94
54312943--54313101	70	2.3	70	93	6	281	18	28	16	35	1.94
54312969--54313134	70	2.4	69	88	5	212	22	28	15	33	1.95
54317443--54317536	42	2.2	42	84	1	116	31	21	19	27	1.97
54317424--54317580	43	3.7	42	77	6	122	33	23	17	25	1.96
54321519--54321606	32	2.8	32	91	3	133	23	15	27	32	1.95
54322087--54322159	36	2.0	36	100	0	146	38	5	16	39	1.72
54340546--54340724	27	6.7	27	89	1	254	41	20	7	30	1.79
54340546--54340778	81	2.9	80	82	5	272	40	21	8	30	1.82
54340708--54340782	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
54340747--54341066	27	11.9	27	84	1	266	30	22	8	38	1.83
54340747--54341064	81	3.9	81	80	3	316	30	22	8	38	1.83
54341017--54341103	27	3.2	27	82	8	106	42	25	4	27	1.74
54340919--54341085	81	2.1	81	80	0	181	32	22	7	37	1.83
54341219--54341283	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
54342441--54342488	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
54342532--54342590	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
54342641--54342769	24	5.4	24	94	2	206	29	21	22	26	1.99
54342641--54342769	47	2.7	47	92	3	204	29	21	22	26	1.99
54342641--54342783	71	2.0	71	87	5	209	29	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54342973--54343067	31	3.1	31	96	0	172	40	15	21	23	1.91
54347173--54347388	55	4.0	54	81	7	242	21	26	16	35	1.94
54347181--54347381	108	1.8	110	87	6	302	22	26	16	34	1.95
54354025--54354097	24	3.0	24	100	0	146	38	20	8	32	1.82
54358072--54358096	11	2.3	11	100	0	50	28	0	8	64	1.22
54358589--54358628	21	1.9	20	85	10	53	42	0	27	30	1.56
54360892--54360980	42	2.2	40	83	4	106	32	7	20	39	1.81
54361188--54361284	44	2.2	46	81	10	121	20	17	17	44	1.87
54362511--54362666	27	5.8	27	85	1	197	27	14	17	40	1.89
54362522--54362666	54	2.7	54	91	2	220	25	15	17	41	1.89
54362522--54362698	54	3.3	54	85	6	209	25	14	18	41	1.88
54363020--54363097	18	4.4	18	90	3	113	17	19	15	47	1.83
54363020--54363097	35	2.2	36	88	2	113	17	19	15	47	1.83
54366001--54366226	40	5.7	41	87	4	270	25	26	20	27	1.99
54372649--54372829	78	2.3	81	85	7	248	25	27	22	24	2.00
54372647--54372829	40	4.7	40	85	9	243	25	27	22	24	2.00
54378667--54378793	39	3.2	39	79	7	123	22	28	23	25	1.99
54378583--54378788	78	2.6	79	78	6	193	24	29	23	22	1.99
54378682--54378788	39	2.7	40	83	2	126	21	29	25	23	1.99
54382689--54382727	21	1.9	21	89	5	62	23	28	20	28	1.99
54383986--54384010	8	3.1	8	100	0	50	12	48	12	28	1.76
54387289--54387504	119	1.8	120	85	7	305	26	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54387268--54387508	40	6.1	40	84	6	285	25	28	21	24	1.99
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54390014--54390215	80	2.5	80	82	3	219	25	22	26	24	2.00
54398625--54398845	40	5.7	40	85	6	269	26	28	21	24	1.99
54398592--54398838	78	3.2	77	83	6	277	26	27	20	26	1.99
54411938--54412019	26	3.2	26	69	19	82	25	13	29	31	1.94
54411880--54412073	49	3.9	49	81	6	221	25	18	27	27	1.98
54414899--54414952	15	3.7	15	77	20	60	5	12	20	61	1.52
54416998--54417191	50	3.9	49	75	6	167	25	18	27	28	1.98
54418527--54418755	53	4.3	54	77	5	212	20	23	17	37	1.94
54421590--54421644	26	2.1	27	83	10	69	32	10	9	47	1.70
54425692--54425789	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
54433373--54433470	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
54436579--54436774	53	3.6	53	77	2	140	20	23	18	36	1.95
54441592--54441621	12	2.5	12	94	0	51	0	10	50	40	1.36
54442001--54442068	34	2.0	34	97	0	127	42	11	13	32	1.80
54442481--54442525	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
54442658--54442690	16	2.0	17	88	5	50	57	3	0	39	1.14
54449743--54449881	43	3.3	43	72	11	117	25	26	20	26	1.99
54456514--54456798	27	10.6	27	83	0	338	40	19	8	32	1.81
54456505--54456855	81	4.3	81	81	6	363	39	19	9	32	1.83
54456514--54456853	27	12.6	27	78	6	246	39	19	9	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54456898--54457110	27	7.9	27	88	0	284	35	19	22	23	1.96
54456899--54457110	81	2.6	81	92	0	345	35	18	22	23	1.95
54457359--54457410	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
54457645--54457828	6	29.8	6	71	17	110	19	17	13	49	1.79
54457674--54457804	19	6.7	19	72	19	99	18	18	14	48	1.81
54457645--54457712	25	2.7	25	86	8	102	20	17	13	48	1.80
54457674--54457759	37	2.3	37	83	2	100	19	19	13	46	1.83
54457645--54457811	62	2.7	62	84	0	217	19	17	13	48	1.81
54457710--54457771	25	2.5	25	89	0	88	19	19	14	46	1.83
54457715--54457816	37	2.7	37	81	4	125	18	18	13	49	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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