genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  276  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79695779--79695909	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
79695779--79695909	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
79715468--79715542	31	2.4	31	90	0	114	32	25	14	28	1.95
79715566--79715657	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
79715778--79715849	25	3.0	24	82	10	67	29	19	20	30	1.97
79715805--79715899	25	3.8	25	85	0	127	26	18	25	29	1.98
79716698--79716766	27	2.6	28	82	13	83	26	23	20	30	1.98
79716710--79716774	27	2.4	27	84	5	87	23	24	16	35	1.95
79716828--79716925	27	3.6	27	81	13	110	33	9	17	39	1.81
79716916--79717044	27	4.8	27	85	2	179	29	7	20	41	1.80
79716916--79717074	27	5.9	27	81	4	178	29	10	20	40	1.85
79716916--79717074	81	2.0	81	82	5	196	29	10	20	40	1.85
79717073--79717258	27	6.9	27	87	2	230	39	7	22	30	1.82
79717116--79717290	81	2.2	81	84	0	215	39	9	21	29	1.84
79718076--79718116	22	1.9	22	85	5	57	53	7	0	39	1.29
79721030--79721103	36	2.1	36	97	0	139	52	16	9	21	1.71
79721585--79721627	2	23.5	2	82	17	58	53	0	0	46	1.00
79721710--79721782	36	2.0	36	91	0	119	47	9	9	32	1.68
79721831--79721963	43	3.3	42	77	11	118	42	11	13	32	1.80
79721898--79721970	36	2.0	36	89	0	110	46	10	9	32	1.71
79721698--79722368	184	3.5	185	90	6	968	41	11	12	34	1.79
79722014--79722110	43	2.3	42	80	5	115	41	10	14	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79722082--79722154	36	2.0	36	89	0	110	46	10	9	32	1.71
79722151--79722182	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
79721967--79722592	204	3.0	204	91	4	1045	41	10	11	35	1.76
79722286--79722356	36	2.0	36	85	0	97	46	9	9	33	1.70
79722355--79722396	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
79721967--79722592	214	3.0	214	93	2	1065	41	10	11	35	1.76
79722429--79722509	43	1.9	42	87	7	119	39	8	18	33	1.81
79722432--79722532	43	2.4	41	81	5	112	41	9	14	33	1.79
79722500--79722572	36	2.0	36	86	0	101	47	10	9	31	1.71
79722584--79722674	45	2.0	45	93	0	155	39	12	14	34	1.83
79722752--79722783	16	2.0	16	93	0	55	53	18	15	12	1.73
79723148--79723193	21	2.2	21	84	7	58	8	15	39	36	1.78
79726262--79726423	41	3.9	40	72	15	150	22	22	27	27	1.99
79743592--79743628	17	2.1	18	90	5	58	81	5	13	0	0.86
79743592--79743628	18	2.1	18	90	5	58	81	5	13	0	0.86
79744685--79744920	125	1.9	123	81	5	287	32	10	24	33	1.89
79744905--79745034	40	3.2	40	81	4	138	23	23	27	24	2.00
79754206--79754320	29	4.0	29	87	3	162	29	29	15	25	1.96
79754204--79754319	58	2.0	58	90	5	182	30	29	15	25	1.96
79763391--79763489	27	3.7	26	86	6	135	18	25	18	38	1.93
79769732--79769760	14	2.1	14	100	0	58	48	6	13	31	1.69
79785547--79785573	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79785614--79785655	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
79785779--79785828	25	2.0	25	88	4	73	18	2	26	54	1.54
79786128--79786213	3	28.3	3	73	19	65	29	3	1	66	1.16
79786127--79786213	27	3.4	27	71	19	78	28	3	1	66	1.15
79786128--79786217	18	4.7	18	80	13	92	30	3	1	65	1.16
79787697--79787738	19	2.2	20	83	12	52	66	4	2	26	1.23
79787822--79787867	23	2.0	23	83	12	58	45	0	2	52	1.13
79787783--79787867	21	3.8	23	69	15	63	48	0	4	47	1.23
79789548--79789792	84	2.9	83	92	2	402	26	20	18	33	1.96
79795281--79795483	40	5.1	40	86	2	266	27	28	20	23	1.99
79795276--79795487	79	2.7	78	87	4	300	27	27	20	24	1.99
79805310--79805348	18	2.2	18	86	9	53	66	5	2	25	1.25
79805410--79805475	22	3.0	20	77	14	60	46	0	6	46	1.27
79805393--79805475	21	3.9	21	72	16	64	49	0	6	44	1.27
79806856--79806913	20	2.8	20	76	19	57	65	1	0	32	1.03
79807026--79807076	17	3.2	15	78	21	59	68	1	0	29	1.00
79807439--79807489	25	2.0	26	88	3	77	31	0	0	68	0.90
79813118--79813161	19	2.3	19	100	0	88	36	9	18	36	1.82
79813132--79813189	29	1.9	30	93	6	100	37	6	18	36	1.78
79818690--79818760	8	9.7	7	77	17	58	83	0	14	2	0.77
79818687--79818752	6	11.7	6	75	13	52	83	0	13	3	0.76
79819702--79820863	205	5.7	205	92	1	1827	31	17	21	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79820720--79821213	261	1.9	261	86	4	710	33	16	23	27	1.96
79821492--79821552	19	3.3	19	86	6	90	37	8	16	37	1.78
79821525--79821580	27	1.9	30	86	13	82	42	3	17	35	1.67
79823323--79823384	11	5.2	11	74	14	52	1	22	3	72	1.08
79825620--79825875	55	4.8	54	78	10	237	35	17	25	21	1.95
79825628--79825828	108	1.8	110	86	4	291	33	17	25	23	1.96
79833162--79833416	55	4.8	54	80	9	269	35	18	25	21	1.95
79833169--79833369	108	1.8	110	89	4	318	33	18	25	22	1.96
79833612--79833642	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
79835194--79835234	18	2.3	18	95	0	73	43	0	4	51	1.23
79837708--79838062	45	8.0	45	89	1	484	23	19	11	44	1.84
79840588--79840628	17	2.4	18	84	12	59	46	0	9	43	1.36
79844729--79844772	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
79846560--79846628	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
79850566--79850999	48	9.0	48	91	1	640	35	6	26	31	1.82
79851044--79851152	37	2.9	37	94	0	182	22	19	32	26	1.97
79855044--79855505	225	2.0	226	93	0	782	35	18	11	34	1.86
79857870--79857894	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
79859268--79859337	31	2.3	31	100	0	140	35	7	10	47	1.65
79867169--79867235	30	2.3	29	81	2	80	26	17	20	34	1.96
79874152--79874546	49	8.1	49	97	0	711	33	12	26	27	1.92
79874152--79874546	195	2.0	196	97	0	738	33	12	26	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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79947734--79947920	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
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79955337--79955500	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
79955337--79955534	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
79963347--79963390	22	2.0	22	82	8	54	70	13	2	13	1.26
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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