genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  196  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54798071--54798171	40	2.5	40	85	3	132	25	22	27	23	2.00
54800939--54801062	48	2.6	48	85	0	176	26	23	21	28	1.99
54802816--54802901	42	2.0	42	88	0	127	26	29	18	25	1.98
54802718--54802891	90	1.9	89	81	4	206	28	28	20	22	1.98
54802856--54802985	48	2.7	48	81	3	154	29	26	17	26	1.98
54806802--54806839	18	2.1	18	100	0	76	34	21	15	28	1.94
54806803--54806843	10	4.2	10	78	15	50	36	21	17	24	1.94
54806949--54807070	47	2.6	47	89	0	181	34	14	26	24	1.94
54807043--54807243	54	3.7	54	83	4	235	35	16	25	21	1.95
54807057--54807280	108	2.1	109	84	2	290	37	16	24	20	1.93
54807570--54807594	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
54811689--54811744	29	2.0	27	93	6	94	17	17	26	37	1.93
54812672--54812789	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
54812640--54812803	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
54819711--54819908	71	2.8	70	90	3	285	33	16	28	21	1.95
54819745--54819908	71	2.3	71	98	0	319	35	17	28	19	1.94
54824514--54824583	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
54832294--54832363	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
54837250--54837277	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
54837402--54837458	25	2.3	25	84	3	80	24	19	24	31	1.98
54846971--54847178	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
54846971--54847177	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54849679--54849854	46	3.8	46	80	4	210	21	21	28	28	1.98
54849676--54849846	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
54852760--54852828	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
54852751--54852838	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
54855212--54855387	46	3.8	46	80	12	216	21	20	28	28	1.98
54855209--54855379	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
54859417--54859725	94	3.3	94	78	9	310	24	29	18	27	1.98
54859405--54859729	46	6.9	46	73	15	199	24	30	18	26	1.98
54861405--54861443	20	1.9	20	84	5	51	38	2	17	41	1.64
54864816--54864882	26	2.6	26	83	6	75	17	26	19	35	1.94
54864816--54865055	24	9.9	24	67	15	88	19	25	20	34	1.96
54866597--54866626	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
54876171--54876200	3	10.0	3	100	0	60	0	0	66	33	0.92
54876248--54876273	6	4.3	6	100	0	52	0	15	69	15	1.20
54886290--54886335	10	4.5	10	83	2	56	47	23	2	26	1.63
54888043--54888198	42	3.7	42	86	1	213	28	16	26	28	1.97
54889716--54889808	40	2.3	40	85	7	118	25	29	17	27	1.97
54913137--54913194	29	2.0	29	96	0	107	44	17	15	22	1.86
54919111--54920816	852	2.0	850	89	1	2621	30	28	13	27	1.95
54926009--54926261	43	5.9	43	90	0	407	11	24	32	32	1.91
54926430--54926528	29	3.4	29	71	10	103	23	20	26	30	1.98
54926427--54926595	58	2.9	58	93	0	286	22	18	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54926456--54926595	29	4.9	28	70	11	122	22	17	30	29	1.97
54927959--54928168	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
54936086--54936295	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
54939179--54939344	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
54939195--54939306	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
54939195--54939344	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
54940165--54940210	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
54947171--54947337	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
54947171--54947337	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
54948163--54948208	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
54965886--54965913	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
54966693--54966784	23	3.7	25	81	11	100	27	15	30	27	1.96
54966715--54966784	25	2.8	24	86	8	86	30	14	27	28	1.95
54967354--54967394	20	2.0	20	100	0	82	36	9	9	43	1.71
54970002--54970115	43	2.7	43	90	0	174	27	21	28	23	1.99
54972136--54972185	16	3.1	16	85	0	73	50	34	4	12	1.58
54976971--54977169	40	5.1	39	80	14	207	25	21	28	25	1.99
54976973--54977122	74	2.0	76	85	10	209	25	20	28	25	1.99
54984100--54984281	40	4.6	39	78	10	174	25	19	28	26	1.99
54986739--54986808	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
54986739--54986820	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
54994788--54994857	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54994788--54994869	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
54998514--54998643	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
55006536--55006664	40	3.2	40	84	3	172	23	29	25	21	1.99
55015062--55015239	40	4.5	40	80	4	175	23	25	22	28	1.99
55019093--55019233	27	5.2	27	86	0	183	35	18	19	26	1.95
55019797--55019904	27	4.0	26	83	5	117	20	22	20	37	1.95
55022557--55022702	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
55022589--55022740	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
55030650--55030795	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
55030682--55030833	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
55039999--55040037	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
55039998--55040037	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
55040082--55040151	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
55040107--55040178	24	3.0	24	78	13	67	29	20	22	27	1.99
55043757--55043816	24	2.5	24	75	8	59	20	18	20	41	1.90
55046337--55046442	40	2.6	41	78	10	103	28	22	26	22	1.99
55054791--55056697	944	2.0	962	97	1	3625	32	15	21	30	1.95
55069702--55069785	27	3.1	27	82	1	105	20	22	17	39	1.92
55077883--55078149	24	11.1	24	95	0	444	20	17	25	35	1.95
55080708--55080820	27	4.2	28	87	3	144	20	23	20	35	1.96
55080710--55080816	55	2.0	54	87	5	153	21	23	19	35	1.96
55082478--55082531	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55084617--55084715	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
55088220--55088273	27	2.0	27	85	0	72	35	22	9	33	1.86
55088227--55088422	27	7.3	27	82	3	126	37	20	7	33	1.82
55088248--55088369	54	2.3	54	79	2	147	40	20	7	31	1.80
55088277--55088544	54	5.0	54	77	8	147	33	22	7	36	1.82
55088320--55088569	81	3.1	79	79	4	250	31	24	7	37	1.82
55088347--55088580	27	8.7	27	88	0	297	32	23	6	38	1.81
55088347--55088747	81	4.9	81	74	7	303	33	21	8	36	1.83
55088577--55088649	28	2.6	28	89	2	103	42	21	8	27	1.81
55088602--55088676	28	2.7	28	81	4	80	41	21	10	26	1.86
55088673--55088763	27	3.4	27	78	3	94	28	18	10	41	1.84
55088768--55089098	27	12.3	27	83	2	353	35	19	19	25	1.95
55089338--55089389	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
55089319--55089472	67	2.3	67	97	0	290	18	29	21	30	1.97
55089405--55089456	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
55089575--55089820	6	39.8	6	72	16	182	17	19	15	47	1.82
55089575--55089766	25	7.7	25	81	6	166	18	18	15	47	1.83
55089597--55089692	37	2.6	37	83	5	122	19	19	14	45	1.85
55089576--55089803	62	3.7	62	95	0	402	17	19	15	47	1.82
55089659--55089741	37	2.2	37	86	0	121	18	18	16	46	1.84
55089727--55089814	37	2.4	37	92	0	140	14	19	15	50	1.79
55092798--55092822	7	3.6	7	100	0	50	44	0	24	32	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55094711--55094812	41	2.5	41	93	0	168	21	24	29	24	1.99
55099972--55100151	48	3.8	48	80	5	204	29	18	27	25	1.98
55101678--55101746	28	2.5	28	83	4	88	39	8	24	27	1.85
55105710--55105756	22	2.1	23	84	4	60	29	2	25	42	1.67
55107828--55107904	34	2.3	34	88	4	120	24	22	23	29	1.99
55113039--55113286	47	5.2	47	90	1	397	27	30	8	33	1.87
55113037--55113286	94	2.6	94	96	1	446	27	30	8	33	1.86
55116561--55116876	40	7.9	40	87	2	447	25	30	20	23	1.99
55116574--55116876	159	1.9	160	91	2	493	25	30	21	22	1.99
55119426--55119673	47	5.2	47	90	1	397	27	30	8	33	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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