genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  273  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78591898--78591926	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
78592438--78592481	23	2.0	23	82	8	56	36	6	11	45	1.67
78592612--78592748	56	2.4	56	90	0	211	25	15	23	35	1.94
78592612--78592777	56	3.0	56	85	5	194	24	14	25	35	1.93
78595961--78596039	40	1.9	42	89	5	126	30	12	21	35	1.91
78595902--78596039	40	3.4	41	79	10	124	27	12	23	36	1.91
78597492--78597524	17	2.0	17	88	5	50	3	12	21	63	1.41
78600348--78600417	27	2.6	27	76	0	77	37	28	7	27	1.83
78600402--78600525	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
78600386--78600498	54	2.1	54	84	0	145	39	23	6	30	1.79
78600402--78600525	54	2.3	54	92	0	203	41	20	7	30	1.79
78600508--78600569	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
78600402--78600552	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
78600402--78600554	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
78602276--78602406	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
78602276--78602406	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
78610214--78610344	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
78610214--78610344	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
78612276--78612334	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
78615562--78615632	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
78615616--78615739	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
78615600--78615739	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78615616--78615768	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
78615722--78615783	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
78615616--78615766	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
78616401--78616455	28	2.0	28	100	0	110	47	23	10	18	1.80
78620676--78620892	46	4.6	47	80	10	232	22	30	18	28	1.98
78620664--78620938	94	2.9	94	80	11	323	24	28	18	28	1.98
78629879--78629940	31	2.0	31	87	0	88	24	20	17	37	1.94
78630150--78630232	24	3.4	24	79	15	82	30	22	19	27	1.98
78630288--78630344	9	5.9	9	76	15	60	36	21	7	35	1.80
78630280--78630346	20	3.3	20	100	0	134	34	19	10	35	1.86
78630266--78630346	40	2.0	39	88	9	119	34	18	11	35	1.86
78630280--78630335	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
78634312--78634369	29	2.0	29	86	6	82	39	6	25	27	1.81
78641833--78641891	29	2.0	30	86	3	84	38	6	25	28	1.81
78644215--78644385	45	3.8	45	79	13	197	29	28	20	21	1.98
78651000--78651170	93	1.8	93	89	2	272	29	28	19	22	1.98
78650995--78651167	46	3.7	46	77	11	183	30	27	19	22	1.98
78651043--78651186	46	3.1	45	72	18	127	29	27	19	22	1.98
78651593--78651652	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
78657491--78657545	29	1.9	29	85	3	76	23	20	20	36	1.95
78661126--78661289	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
78661126--78661323	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78675599--78675862	46	5.8	45	76	14	186	27	20	28	23	1.99
78675602--78675863	94	2.8	91	83	4	285	28	19	28	23	1.99
78677782--78677996	40	5.4	40	89	3	294	22	22	29	25	1.99
78684075--78684299	40	5.6	40	82	2	263	23	26	23	26	2.00
78684039--78684299	80	3.3	80	81	3	285	24	26	23	26	2.00
78684076--78684299	120	1.9	121	83	4	292	23	26	23	26	2.00
78689298--78689456	78	2.0	78	98	0	309	38	16	27	17	1.91
78696899--78697016	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
78696867--78697030	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
78713654--78713997	174	2.0	174	92	1	573	26	13	26	34	1.93
78719647--78719676	12	2.4	12	94	5	51	30	0	20	50	1.49
78720318--78720363	22	2.1	22	91	0	74	30	10	26	32	1.90
78733361--78733573	40	5.4	40	89	3	290	25	28	23	23	1.99
78738626--78738849	40	5.6	40	81	8	206	25	24	26	23	2.00
78738626--78738884	80	3.3	80	82	4	285	26	23	25	23	2.00
78744186--78744315	40	3.2	40	83	4	165	23	24	28	23	2.00
78747756--78747919	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
78747756--78747953	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
78755326--78755489	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
78755326--78755523	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
78757831--78757899	27	2.6	27	93	4	113	30	26	14	28	1.95
78765504--78765571	28	2.5	28	90	6	106	30	27	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78773434--78773530	28	3.5	28	84	6	110	30	27	14	26	1.95
78779673--78779720	25	1.9	25	82	0	60	20	2	18	58	1.49
78780499--78780531	13	2.4	14	85	10	50	18	18	15	48	1.81
78789233--78789267	16	2.1	16	89	5	52	31	5	5	57	1.46
78795228--78795284	28	2.0	28	100	0	114	35	3	29	31	1.75
78797554--78797723	39	4.4	39	82	5	218	30	4	23	42	1.73
78797978--78798015	20	1.9	20	89	10	60	21	0	23	55	1.44
78800063--78800230	40	4.2	40	80	3	187	24	22	27	25	2.00
78800063--78800230	80	2.1	80	83	5	207	24	22	27	25	2.00
78802381--78802648	46	5.8	45	77	12	276	22	20	29	28	1.98
78802377--78802595	47	4.7	47	77	14	222	22	20	29	27	1.98
78802377--78802640	93	2.8	93	96	0	485	21	20	29	27	1.98
78805575--78805653	15	5.4	15	80	10	92	10	16	13	59	1.60
78805566--78805652	29	3.0	30	81	9	99	10	16	16	57	1.65
78807570--78807732	46	3.5	46	77	11	206	21	19	29	29	1.98
78807616--78807784	47	3.6	47	73	10	184	20	19	30	28	1.97
78807568--78807792	93	2.4	93	95	0	405	21	19	29	29	1.98
78811567--78811707	42	3.4	42	79	9	137	31	16	22	29	1.96
78814914--78814958	20	2.3	19	88	7	63	17	26	24	31	1.97
78814914--78815036	40	3.1	40	75	8	108	19	25	21	34	1.96
78814914--78814988	20	3.8	19	76	13	62	21	24	22	32	1.98
78816330--78816541	27	7.8	27	88	1	289	40	21	14	24	1.90
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78823987--78824173	95	2.0	95	86	2	259	39	22	20	17	1.92
78824321--78824382	27	2.3	27	88	5	90	27	22	17	32	1.97
78826154--78826304	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
78834179--78834329	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
78834216--78834345	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
78852164--78852243	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
78860075--78860154	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
78867119--78867236	46	2.6	44	81	9	130	25	29	18	26	1.98
78867510--78867701	94	2.0	94	98	0	375	40	19	10	29	1.85
78871915--78871956	20	2.0	21	86	9	59	59	2	28	9	1.41
78877286--78877440	25	6.2	25	87	5	190	29	18	23	28	1.98
78877625--78877687	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
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78883986--78884039	24	2.2	24	93	0	90	35	1	7	55	1.39
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78888962--78889007	24	1.9	24	90	0	74	50	10	4	34	1.57
78891538--78891575	14	2.6	14	87	4	58	57	0	39	2	1.12
78891857--78891896	10	3.8	10	81	12	53	40	0	0	60	0.97
78918037--78918061	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
78918090--78918146	26	2.2	26	83	0	78	24	21	22	31	1.98
78919356--78919390	18	1.9	18	88	0	52	65	2	11	20	1.37
78921209--78921243	18	1.9	18	94	0	61	45	8	20	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78922984--78923106	27	4.6	27	77	2	140	19	14	22	43	1.88
78922985--78923099	53	2.1	54	82	1	133	19	14	22	43	1.87
78929583--78929752	41	4.1	41	75	1	126	36	20	20	22	1.95
78930221--78930321	50	2.0	49	92	1	166	30	4	9	54	1.55
78930364--78930396	17	1.9	17	93	0	57	30	15	6	48	1.69
78934471--78934547	29	2.7	29	93	0	127	27	29	18	24	1.98
78940557--78940634	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
78949965--78950137	46	3.7	46	80	10	217	21	21	27	28	1.99
78949962--78950132	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
78956743--78956912	46	3.8	45	79	12	179	23	20	26	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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