genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  285  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82435230--82435269	13	3.0	14	82	10	57	17	17	15	50	1.79
82437310--82437473	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
82444630--82444654	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
82445334--82445430	48	2.0	47	88	2	140	26	9	23	40	1.85
82445374--82445746	91	4.1	91	91	1	593	28	8	20	43	1.80
82445374--82445730	183	2.0	182	92	0	597	28	8	21	42	1.81
82445408--82445819	183	2.3	183	83	5	442	31	7	19	41	1.80
82446627--82446703	33	2.3	32	80	10	84	31	16	24	27	1.97
82452108--82452535	48	8.9	48	97	0	775	35	6	27	30	1.82
82456079--82456105	11	2.5	11	100	0	54	7	11	0	81	0.87
82459616--82459670	29	1.9	28	88	3	83	20	16	27	36	1.93
82464265--82464398	43	3.1	44	83	7	175	24	17	29	29	1.97
82464285--82464398	45	2.6	43	83	8	151	27	16	28	28	1.97
82464695--82464860	38	4.4	38	89	3	219	21	20	25	32	1.98
82464858--82464980	45	2.7	45	88	0	165	22	20	27	29	1.98
82464901--82465003	45	2.3	45	83	3	118	24	20	27	28	1.99
82466676--82466732	25	2.3	25	84	6	71	29	19	29	21	1.97
82469322--82469372	13	4.0	13	76	2	50	45	7	0	47	1.32
82471769--82471802	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
82473966--82473997	13	2.5	13	100	0	64	37	21	0	40	1.54
82476065--82476208	27	5.3	27	89	3	200	27	24	9	39	1.85
82476237--82476390	27	5.7	27	85	1	157	40	19	10	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82476237--82476390	54	2.8	53	81	1	173	40	19	10	29	1.85
82476239--82476389	81	1.9	81	80	5	180	40	19	10	29	1.85
82476238--82476443	27	7.6	27	79	11	89	41	17	9	31	1.82
82476858--82476891	16	2.1	16	100	0	68	35	11	14	38	1.83
82477397--82477479	25	3.4	24	85	8	96	27	22	24	25	2.00
82477614--82477701	42	2.1	42	91	0	140	36	14	14	34	1.88
82480020--82480150	27	4.9	27	91	1	201	29	24	6	38	1.81
82480182--82480305	27	4.6	27	85	3	169	40	21	8	29	1.84
82480149--82480304	54	2.9	54	81	3	163	39	19	11	29	1.87
82480149--82480330	81	2.3	79	80	9	192	40	19	10	29	1.86
82480182--82480358	81	2.2	81	79	9	191	42	19	7	29	1.80
82480434--82480507	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
82480447--82480511	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
82481316--82481385	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
82481605--82481719	31	3.7	31	90	1	187	30	17	24	27	1.97
82490886--82491015	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
82498827--82498994	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
82501757--82501793	11	3.5	11	78	14	51	75	0	21	2	0.92
82501753--82501791	20	2.0	20	100	0	78	76	0	20	2	0.90
82501830--82501898	35	2.0	35	94	0	120	14	7	20	57	1.60
82502675--82502776	43	2.4	42	77	8	107	28	17	23	30	1.97
82510681--82510741	30	2.0	30	100	0	122	44	39	0	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82512459--82512578	46	2.6	45	96	2	213	31	30	18	19	1.95
82527325--82527442	15	7.9	15	69	16	75	33	5	1	59	1.29
82527405--82527437	13	2.4	14	90	5	50	33	3	0	63	1.10
82539756--82541271	206	7.4	206	90	1	2267	30	18	22	28	1.98
82541248--82541295	24	2.0	24	100	0	96	16	16	25	41	1.89
82543013--82543063	20	2.6	19	75	9	57	31	5	1	60	1.31
82543038--82543159	23	5.3	23	66	20	67	32	3	2	61	1.25
82544977--82545027	27	1.9	27	84	4	68	43	1	5	49	1.38
82546545--82546613	36	1.9	36	100	0	138	34	15	15	33	1.90
82546730--82546792	29	2.2	29	82	5	83	34	1	1	61	1.15
82546715--82546812	36	2.8	33	79	13	99	39	3	1	56	1.22
82556312--82556346	6	5.8	6	86	0	52	57	0	25	17	1.40
82556312--82556347	18	2.0	18	94	0	63	58	0	25	16	1.38
82561752--82561792	21	2.0	21	85	0	55	31	21	4	41	1.74
82565495--82565709	100	2.1	101	82	6	251	30	10	18	40	1.85
82565494--82565693	50	4.0	50	78	6	181	31	11	18	39	1.85
82566531--82566567	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
82573836--82573908	27	2.7	28	87	6	105	36	24	10	27	1.89
82573892--82574105	27	7.9	27	86	0	284	33	20	21	24	1.97
82574093--82574159	26	2.6	27	76	7	75	26	16	22	34	1.95
82574100--82574149	26	1.9	26	91	0	82	30	14	22	34	1.93
82576384--82576447	31	2.1	31	94	5	112	48	10	9	31	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82577584--82577994	46	9.0	46	90	1	556	21	23	14	40	1.90
82581878--82581928	25	2.0	25	92	0	84	47	21	15	15	1.83
82583910--82584059	48	3.1	48	81	1	158	28	22	24	26	1.99
82586969--82587139	41	4.2	41	91	0	263	52	6	20	20	1.68
82589003--82589036	17	2.0	17	94	0	59	50	0	20	29	1.49
82589005--82589045	17	2.4	17	87	0	55	56	0	12	31	1.36
82597362--82598270	206	4.4	205	87	5	1294	28	21	19	30	1.97
82597362--82598369	416	2.4	415	90	3	1566	28	21	19	30	1.98
82600019--82600262	40	6.1	40	85	6	273	26	27	21	24	1.99
82603006--82603050	21	2.1	21	84	8	56	15	13	35	35	1.87
82606950--82607079	40	3.3	39	83	3	154	25	24	26	23	2.00
82614199--82614248	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
82624317--82624380	24	2.7	24	82	0	74	28	28	35	7	1.85
82631771--82631822	16	3.1	17	76	13	63	51	13	7	26	1.67
82639630--82640213	210	2.8	210	82	2	620	34	15	21	28	1.94
82639906--82640481	210	2.8	206	81	4	636	34	15	22	28	1.94
82639906--82640481	207	2.8	206	81	4	638	34	15	22	28	1.94
82640620--82640697	38	2.1	38	92	0	129	41	6	23	29	1.79
82649693--82649740	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
82649757--82649845	42	2.1	42	87	0	124	30	6	12	50	1.65
82653647--82653686	19	2.2	18	95	4	71	40	2	15	42	1.60
82653711--82653798	42	2.1	42	91	0	140	28	5	14	51	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82655069--82655105	19	1.9	19	100	0	74	37	2	16	43	1.62
82655147--82655226	41	2.0	41	97	0	151	31	5	13	50	1.63
82658905--82658945	19	2.2	19	95	0	73	39	4	12	43	1.63
82658983--82659062	40	2.0	40	95	0	142	30	5	15	50	1.65
82684584--82684871	152	1.9	154	90	3	467	42	10	4	42	1.60
82685712--82686091	42	9.2	42	81	2	401	38	22	17	21	1.93
82686494--82686557	21	3.2	19	77	16	67	1	6	10	81	0.94
82686494--82686558	19	3.2	20	77	16	71	1	6	10	81	0.93
82691863--82692004	27	5.3	26	88	4	158	35	21	23	19	1.96
82691863--82692002	54	2.6	54	87	2	174	35	21	24	19	1.96
82703120--82703160	18	2.3	18	86	0	55	53	2	7	36	1.42
82709158--82709218	19	3.3	19	93	6	108	37	8	16	37	1.78
82713316--82713380	21	3.2	21	74	12	82	12	26	21	40	1.88
82713298--82713398	39	2.6	38	90	3	157	14	24	23	36	1.93
82721701--82721820	60	2.0	60	100	0	240	36	11	16	35	1.85
82723175--82723230	3	18.3	3	78	10	60	64	1	1	32	1.14
82723175--82723228	28	1.9	28	88	7	83	64	1	1	31	1.14
82723538--82723589	12	4.2	12	79	13	52	57	0	7	34	1.27
82727197--82727231	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
82730258--82730290	2	16.0	2	93	6	57	48	0	3	48	1.17
82730687--82730730	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
82732384--82732446	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82732568--82732601	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
82733289--82733338	21	2.3	21	83	10	57	50	4	4	42	1.40
82733961--82734046	30	2.9	30	91	0	136	26	47	5	19	1.72
82734523--82734574	18	3.2	16	81	10	52	36	3	0	59	1.16
82734604--82734680	2	39.5	2	75	14	63	40	3	1	54	1.27
82734537--82734749	23	9.0	25	72	12	112	36	5	4	53	1.44
82734687--82734793	22	4.9	22	73	11	78	30	6	5	57	1.48
82734692--82734755	24	2.8	23	83	6	85	32	4	6	56	1.45
82734735--82734793	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
82734908--82734942	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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