genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  161  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44200426--44200469	23	1.9	23	95	0	79	38	15	15	29	1.89
44201813--44202091	48	5.8	48	82	2	319	24	15	29	30	1.96
44201813--44202077	144	1.8	144	84	6	358	24	15	28	30	1.96
44209617--44209756	43	3.3	43	75	2	111	32	27	17	22	1.96
44211192--44211335	43	3.4	44	74	11	147	25	19	25	30	1.98
44211516--44211559	19	2.3	18	84	7	52	47	2	15	34	1.58
44214287--44214416	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
44225320--44225449	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
44233245--44233334	40	2.2	40	82	7	121	23	23	28	24	1.99
44254009--44254233	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
44254231--44254335	40	2.6	41	83	11	137	24	26	29	19	1.98
44254381--44254605	124	1.8	124	85	1	317	31	10	23	34	1.89
44253961--44254673	372	1.9	372	99	0	1408	29	16	25	29	1.96
44254600--44254689	40	2.2	40	80	7	112	23	24	28	23	1.99
44256449--44256673	40	5.6	40	83	4	265	24	28	23	24	2.00
44256413--44256673	80	3.3	80	82	3	294	25	26	22	24	2.00
44258021--44258514	250	2.0	251	98	0	963	25	23	15	35	1.94
44264869--44265129	40	6.6	40	80	7	264	24	26	22	25	2.00
44264869--44265129	80	3.3	80	82	4	296	24	26	22	25	2.00
44273875--44274059	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
44273876--44274067	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
44273875--44274092	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44281888--44282072	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
44281889--44282080	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
44281888--44282105	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
44288188--44288286	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
44290935--44291107	46	3.7	46	73	10	163	23	19	26	31	1.98
44290932--44291102	93	1.8	93	87	0	252	22	19	26	30	1.98
44291332--44291369	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
44296602--44296648	24	2.0	23	87	4	67	19	21	25	34	1.96
44300492--44300648	43	3.7	43	78	8	167	30	23	16	29	1.96
44318502--44318749	40	6.2	40	86	3	331	23	21	27	27	1.99
44325061--44325224	40	4.2	40	86	3	226	28	26	22	23	1.99
44333111--44333276	40	4.2	40	90	0	244	29	27	20	22	1.98
44336241--44336467	47	4.8	49	88	7	306	32	7	31	29	1.85
44336241--44336467	96	2.4	96	90	4	345	32	7	31	29	1.85
44337193--44337280	40	2.2	40	100	0	176	35	2	27	35	1.70
44345370--44345544	46	3.8	46	78	13	196	28	29	21	20	1.98
44345378--44345548	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	20	1.98
44349750--44349790	6	6.8	6	88	0	55	14	4	2	78	1.03
44350736--44350764	8	3.6	8	100	0	58	37	34	0	27	1.57
44352771--44352953	40	4.7	40	78	7	171	24	27	24	24	2.00
44360771--44360955	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
44360764--44360955	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44363951--44364074	39	3.2	40	86	3	171	25	26	23	24	2.00
44371980--44372187	40	5.2	40	80	5	188	25	25	23	25	2.00
44371980--44372186	80	2.6	80	80	5	213	26	25	23	25	2.00
44380604--44380777	48	3.6	48	87	0	222	26	28	18	26	1.98
44381919--44381956	19	2.0	19	100	0	76	47	10	0	42	1.38
44385328--44385379	18	2.7	19	75	19	54	57	5	11	25	1.55
44387239--44387305	20	3.3	20	91	0	107	34	13	20	31	1.92
44387355--44387470	23	5.1	23	95	4	202	26	21	21	30	1.98
44387681--44387743	30	2.1	30	93	0	108	36	15	23	23	1.94
44395209--44395256	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
44395293--44395359	20	3.3	20	91	0	107	34	13	20	31	1.92
44395409--44395525	23	5.1	23	95	3	202	26	21	22	29	1.99
44395739--44395817	31	2.5	31	97	0	149	31	21	27	18	1.97
44406855--44407037	40	4.6	40	90	1	251	22	22	26	27	2.00
44406855--44407072	80	2.7	80	83	4	255	24	22	26	26	2.00
44406855--44407072	40	5.5	40	85	3	203	24	22	26	26	2.00
44423419--44423521	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
44426977--44427183	40	5.2	40	81	3	193	25	23	26	25	2.00
44426979--44427183	79	2.6	80	82	4	218	25	23	26	24	2.00
44435017--44435224	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
44435019--44435224	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
44446361--44446478	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44446329--44446492	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
44450839--44450887	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
44451710--44451860	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
44451746--44451876	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
44457146--44457263	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
44457114--44457277	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
44465762--44465808	23	2.0	23	100	0	94	48	4	17	29	1.65
44472091--44472257	43	3.9	43	72	9	135	26	16	22	34	1.95
44476988--44477197	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
44485123--44485332	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
44487485--44487659	49	3.5	48	81	6	215	25	17	26	29	1.98
44487480--44487667	100	1.9	100	94	0	331	25	19	26	29	1.98
44490323--44490529	53	3.8	53	75	4	182	39	17	22	20	1.92
44492397--44492625	40	5.7	40	94	0	404	25	22	27	24	2.00
44495941--44496128	49	3.8	49	80	2	232	27	18	25	28	1.98
44495936--44496123	100	1.9	100	94	0	331	26	19	25	28	1.99
44497516--44497553	20	1.9	20	88	0	58	28	2	34	34	1.71
44497515--44497559	20	2.3	19	81	11	54	28	2	35	33	1.70
44498045--44498071	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
44503490--44503693	53	3.8	53	75	7	151	38	16	23	21	1.93
44509178--44509384	53	3.8	53	76	3	207	38	17	23	20	1.93
44516275--44516310	6	6.0	6	100	0	72	16	0	0	83	0.65
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44582648--44582872	83	2.8	80	87	5	303	27	27	21	24	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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