genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.305.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  305  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87825402--87825499	39	2.5	40	85	8	139	26	23	27	22	1.99
87825349--87825530	78	2.3	80	80	6	201	24	24	27	23	2.00
87833362--87833543	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
87833362--87833543	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
87835655--87835717	28	2.2	29	91	2	101	33	6	17	42	1.74
87853551--87853734	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
87853591--87853779	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
87861670--87861853	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
87861710--87861898	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
87864290--87864347	6	9.5	6	80	10	64	46	17	17	18	1.84
87864268--87864370	31	3.3	31	88	1	134	51	14	14	19	1.76
87864302--87864359	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
87864507--87864608	27	3.8	26	87	5	123	36	20	23	19	1.95
87864767--87864831	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
87865274--87865849	27	21.6	27	85	2	725	23	21	21	33	1.97
87865832--87866012	54	3.4	54	89	0	281	30	6	21	40	1.79
87865832--87866012	27	6.7	27	83	1	220	30	6	21	40	1.79
87867945--87868033	6	14.5	6	71	9	63	47	14	17	20	1.83
87867944--87868056	31	3.6	31	84	3	138	49	14	16	19	1.79
87868193--87868294	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
87868453--87868517	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
87868901--87868963	27	2.3	27	72	0	63	38	25	17	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87868969--87869454	27	18.0	27	88	0	603	24	21	19	33	1.97
87869447--87869624	27	6.6	27	82	1	214	31	7	20	40	1.80
87869444--87869624	54	3.4	54	89	1	283	31	7	20	40	1.80
87874472--87874625	40	3.9	40	92	2	240	22	21	27	27	1.99
87878402--87878510	37	3.2	37	65	24	110	23	11	22	41	1.87
87878391--87878523	66	2.0	66	98	0	257	23	10	22	43	1.84
87885168--87885351	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
87885208--87885396	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
87894109--87894212	29	3.6	28	84	5	136	29	16	25	27	1.97
87897534--87897579	21	2.2	21	92	7	76	32	8	15	43	1.77
87897806--87897843	20	1.9	20	94	0	67	39	2	23	34	1.69
87898326--87898377	25	2.1	24	82	10	61	19	21	21	38	1.94
87901082--87901138	30	1.9	29	85	3	78	45	1	7	45	1.40
87906925--87907099	45	3.8	45	77	10	176	21	21	28	29	1.99
87909156--87909254	52	1.9	52	95	0	180	31	7	30	31	1.84
87910081--87910130	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
87912508--87912682	45	3.8	46	78	10	196	21	21	28	28	1.99
87912505--87912674	46	3.7	47	79	12	183	21	22	28	27	1.99
87916413--87916539	47	2.7	45	78	14	134	28	18	28	25	1.98
87930742--87930776	17	2.1	17	100	0	70	48	11	5	34	1.63
87935783--87935878	21	4.5	21	84	2	111	36	25	21	16	1.94
87935783--87935891	42	2.5	43	79	2	130	35	22	22	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87936261--87936318	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
87937585--87937621	5	7.2	5	90	3	56	54	0	0	45	1.00
87939298--87939365	31	2.2	31	91	0	109	36	7	13	42	1.72
87948055--87948109	22	2.3	25	85	14	73	38	0	0	61	0.96
87948045--87948108	29	2.2	31	83	8	80	37	0	0	62	0.95
87948045--87948108	33	2.0	31	81	6	74	37	0	0	62	0.95
87949051--87949096	20	2.3	19	85	11	56	19	0	13	67	1.23
87957733--87957804	21	3.3	21	68	19	58	20	12	25	41	1.87
87957725--87957815	45	2.0	45	89	0	137	21	13	24	40	1.89
87958820--87958879	17	3.5	17	67	13	50	36	0	10	53	1.35
87958812--87958879	35	1.9	35	100	0	136	42	0	10	47	1.37
87958823--87958880	18	3.3	18	64	22	50	37	0	10	51	1.36
87960803--87960860	29	2.0	29	100	0	116	34	6	27	31	1.83
87963777--87963825	16	3.1	16	80	11	64	24	0	4	71	1.03
87964927--87964975	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
87964939--87965003	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
87964965--87965003	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12
87968254--87968339	45	1.9	45	90	0	136	23	8	25	43	1.81
87968696--87968727	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
87990532--87990585	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
87998306--87998359	24	2.2	24	78	12	58	29	35	16	18	1.93
88000859--88000968	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88002410--88002485	26	2.8	26	88	4	98	35	21	11	31	1.89
88002588--88002727	27	5.2	27	85	2	165	18	23	22	35	1.95
88002588--88002727	54	2.6	55	86	2	185	18	23	22	35	1.95
88004626--88004790	43	3.9	42	76	6	125	32	23	16	27	1.96
88013115--88013184	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
88013114--88013197	25	3.4	24	85	8	107	28	22	22	26	1.99
88013115--88013209	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
88019818--88019967	67	2.2	67	79	8	162	32	17	29	21	1.96
88019842--88020025	67	2.8	64	76	8	185	29	17	30	22	1.97
88021625--88021757	29	4.6	29	83	3	144	28	27	15	27	1.96
88025368--88025407	20	2.0	21	85	5	55	42	0	20	37	1.52
88027972--88028048	28	2.8	28	82	4	93	29	29	10	29	1.90
88031498--88031576	41	1.9	41	97	0	149	35	20	6	37	1.78
88031903--88032115	37	5.8	36	81	6	225	25	29	18	26	1.98
88031941--88032115	74	2.4	74	98	0	332	25	28	18	27	1.98
88036096--88036216	46	2.6	46	84	5	154	26	18	31	23	1.97
88043392--88043455	29	2.2	29	82	0	74	20	7	17	54	1.67
88044519--88044552	11	3.0	11	91	8	59	52	8	0	38	1.33
88044519--88044552	12	2.9	12	95	4	61	52	8	0	38	1.33
88052437--88052499	28	2.3	27	89	5	99	19	7	28	44	1.78
88052449--88052503	28	2.0	28	100	0	110	18	7	25	49	1.73
88053140--88053327	27	7.0	27	86	0	259	32	7	20	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88053144--88053390	27	9.2	26	79	6	116	34	8	21	36	1.83
88053180--88053355	81	2.2	81	80	2	183	32	8	20	38	1.83
88053313--88053509	27	7.3	27	84	6	256	40	7	22	29	1.82
88053313--88053509	54	3.6	54	91	2	306	40	7	22	29	1.82
88056389--88056450	27	2.3	27	86	10	99	19	9	27	43	1.82
88057091--88057251	27	6.0	27	82	0	205	32	8	19	38	1.83
88057094--88057244	54	2.8	54	91	0	239	31	7	21	39	1.82
88057237--88057433	27	7.3	27	87	4	263	40	7	22	29	1.80
88068004--88068097	46	2.0	46	97	0	179	41	19	8	30	1.81
88069067--88069145	40	2.0	41	94	2	142	26	25	0	48	1.52
88069266--88069312	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
88070886--88070925	17	2.4	17	82	0	53	17	15	15	52	1.75
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88071673--88071717	23	2.0	23	81	0	54	42	11	6	40	1.67
88079323--88079351	13	2.1	14	93	6	51	44	37	0	17	1.49
88085599--88085655	14	4.1	14	77	18	57	40	1	1	56	1.20
88088811--88088919	45	2.4	45	90	0	155	23	17	27	31	1.97
88089905--88089933	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
88101696--88101753	29	2.0	29	100	0	116	31	17	31	20	1.96
88107411--88107490	38	2.0	40	90	9	128	18	20	31	30	1.96
88110312--88110652	27	12.6	27	79	4	242	42	21	7	28	1.80
88110899--88111012	41	2.8	41	89	0	165	21	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88114188--88114528	81	4.2	81	77	4	285	43	19	7	29	1.79
88114212--88114535	27	12.0	27	80	7	232	42	20	8	28	1.81
88115585--88115637	11	5.0	11	84	6	74	32	18	13	35	1.90
88115577--88115637	21	2.9	21	90	4	97	34	18	11	36	1.86
88115577--88115635	5	11.4	5	75	7	55	35	18	10	35	1.85
88115577--88115643	10	6.6	10	81	11	75	35	17	10	35	1.85
88115674--88115722	25	2.0	25	87	0	71	28	16	20	34	1.94
88117506--88117628	41	3.0	41	89	0	183	24	21	26	27	1.99
88121923--88121954	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
88122604--88122676	25	2.9	24	84	8	67	43	15	21	19	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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