genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  228  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64221134--64221170	16	2.4	16	95	4	67	37	29	8	24	1.84
64222621--64222667	4	11.8	4	95	0	85	74	0	25	0	0.82
64222956--64222985	11	2.7	11	94	0	51	66	0	0	33	0.92
64225675--64225716	22	1.9	22	85	9	59	42	16	0	40	1.48
64235985--64236133	64	2.2	65	82	7	174	32	17	28	21	1.96
64235941--64236191	68	3.8	64	78	5	209	29	16	28	25	1.97
64237966--64238063	37	2.6	37	95	0	169	24	30	20	24	1.98
64238204--64238676	48	9.9	48	96	0	847	30	28	6	34	1.82
64241045--64241071	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
64255722--64255824	33	3.1	33	100	0	206	48	5	17	28	1.70
64267039--64267108	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
64267039--64267120	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
64274960--64275029	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
64274960--64275041	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
64283249--64283312	26	2.6	25	81	11	80	40	20	21	17	1.91
64284573--64284663	24	3.7	23	81	15	96	23	23	21	31	1.98
64284600--64284706	23	4.6	23	72	15	85	26	21	20	31	1.98
64287841--64287884	22	2.0	22	86	0	61	31	4	29	34	1.78
64288842--64288920	32	2.5	32	85	0	95	32	12	27	26	1.93
64288879--64289008	58	2.2	59	83	6	156	30	14	28	26	1.95
64289088--64289158	29	2.4	29	97	0	133	29	15	23	30	1.95
64289088--64289178	29	3.1	29	90	6	114	29	17	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64293468--64293809	170	2.0	170	98	0	657	26	17	15	40	1.89
64295949--64296068	60	2.0	60	95	0	213	24	15	20	40	1.91
64298798--64298883	41	2.1	41	97	0	163	39	32	8	19	1.81
64305259--64305689	49	8.9	49	92	0	694	30	8	30	29	1.87
64315160--64315202	22	2.0	22	85	0	59	32	18	16	32	1.93
64320377--64320584	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
64320377--64320582	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
64323000--64323103	27	3.9	27	86	6	149	33	22	25	18	1.96
64323000--64323132	54	2.5	53	88	3	196	34	21	24	20	1.96
64323005--64323132	27	4.7	28	78	11	140	34	21	24	20	1.97
64324679--64324785	26	4.1	26	93	0	187	35	24	7	32	1.83
64330899--64331030	54	2.4	54	89	2	194	34	21	23	20	1.96
64330899--64331002	27	3.9	27	86	6	149	33	22	25	18	1.96
64332586--64332693	26	4.2	26	90	0	162	36	25	8	29	1.85
64335227--64335316	41	2.2	41	90	4	137	34	16	28	20	1.94
64338977--64339010	15	2.2	16	90	10	54	79	5	2	11	1.02
64344655--64344873	45	5.0	45	84	3	261	25	26	21	26	2.00
64352422--64352636	45	4.9	45	81	4	235	25	28	20	25	1.99
64359512--64359594	28	3.0	27	85	3	103	30	27	13	28	1.94
64359526--64359651	56	2.2	56	85	0	171	28	27	15	28	1.96
64359526--64359651	28	4.5	28	78	0	117	28	27	15	28	1.96
64362035--64362226	80	2.4	79	81	3	206	26	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64362035--64362217	40	4.6	39	77	9	154	26	24	25	23	2.00
64362155--64362238	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
64370649--64370827	40	4.4	40	80	3	189	25	24	26	23	2.00
64370649--64370841	80	2.4	80	82	2	217	26	24	26	22	2.00
64370770--64370853	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
64375516--64375758	40	6.1	40	82	4	235	24	24	27	24	2.00
64375556--64375772	79	2.7	79	81	3	195	25	23	26	24	2.00
64382850--64382879	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
64383946--64383994	24	2.0	24	100	0	98	12	8	20	59	1.58
64390390--64390429	13	3.1	13	85	0	53	30	5	22	42	1.75
64418268--64418319	26	2.0	27	85	11	72	36	1	3	57	1.28
64419876--64420326	223	2.0	223	88	2	672	41	21	11	25	1.87
64422090--64422134	22	2.0	22	86	0	63	26	15	31	26	1.96
64423456--64423574	55	2.2	55	81	3	132	23	31	24	21	1.98
64424320--64424543	49	4.7	48	77	10	167	22	29	21	26	1.99
64424320--64424637	47	6.7	47	73	15	185	22	28	20	28	1.99
64424369--64424682	94	3.4	94	77	5	314	22	29	19	28	1.98
64424320--64424682	141	2.6	140	76	8	326	22	28	19	28	1.98
64428814--64429042	47	4.9	46	75	7	167	20	30	20	27	1.98
64428864--64429037	94	1.9	94	88	0	267	21	29	20	27	1.98
64432464--64432502	18	2.1	19	86	13	55	25	28	0	46	1.53
64438435--64438497	25	2.5	25	92	0	99	44	12	22	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64438637--64438698	26	2.3	26	83	2	79	40	24	20	14	1.90
64439343--64439375	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
64440438--64440502	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
64440608--64440697	28	3.2	28	75	13	87	20	22	23	34	1.97
64441161--64441199	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
64441749--64441814	22	3.0	22	78	8	80	34	22	22	19	1.96
64442241--64442779	27	20.0	27	86	0	666	24	20	18	36	1.95
64442819--64443056	27	9.0	25	79	11	190	29	9	21	39	1.84
64442818--64443056	53	4.5	53	77	7	252	30	9	21	39	1.84
64442836--64443081	80	3.1	79	84	6	309	30	9	20	39	1.84
64442836--64443081	27	9.2	26	80	6	174	30	9	20	39	1.84
64444423--64444656	55	4.4	54	75	12	202	36	17	23	21	1.95
64444430--64444630	108	1.8	110	85	4	282	34	17	24	22	1.96
64444869--64444900	16	2.0	16	93	0	55	40	0	21	37	1.54
64446538--64446639	42	2.4	43	80	6	109	28	21	19	30	1.98
64454674--64454712	18	2.2	18	95	0	69	41	15	20	23	1.90
64455063--64455342	81	3.5	80	86	2	364	41	17	12	28	1.86
64455079--64455342	27	9.8	27	83	5	293	41	16	13	28	1.87
64459512--64459556	19	2.4	19	92	0	72	26	40	31	2	1.68
64460979--64461135	27	5.8	27	79	8	158	29	23	5	40	1.78
64460979--64461135	54	2.9	54	89	0	215	29	23	5	40	1.78
64460965--64461131	81	2.1	81	85	4	221	28	24	6	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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64461167--64461318	54	2.8	55	82	4	184	41	21	7	28	1.81
64461167--64461292	27	4.7	27	86	3	173	40	23	7	28	1.82
64461247--64461378	27	4.7	27	75	12	106	42	18	6	32	1.76
64462309--64462378	25	2.8	24	82	4	77	30	24	21	24	1.99
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64462631--64462692	31	2.0	30	87	6	88	30	17	22	29	1.97
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64475256--64475442	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
64475279--64475442	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
64475279--64475476	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
64477694--64477727	17	1.9	18	88	5	52	11	29	44	14	1.81
64487957--64488082	48	2.6	48	88	0	180	35	7	26	30	1.85
64487968--64488111	48	3.0	47	81	6	164	34	8	27	30	1.86
64494223--64494301	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
64494173--64494478	49	6.4	49	93	2	471	29	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64494465--64494492	14	2.0	14	100	0	56	42	21	0	35	1.53
64494416--64494541	63	2.0	63	95	0	225	32	24	6	36	1.81
64501782--64501954	27	6.4	26	78	9	134	38	17	10	32	1.85
64501781--64501953	54	3.2	54	81	11	194	38	17	10	32	1.85
64502014--64502116	34	3.0	34	90	5	145	19	11	24	44	1.84
64505221--64505394	27	6.5	26	84	4	141	37	21	11	29	1.89
64505238--64505407	54	3.2	53	77	12	159	38	17	12	31	1.88
64505452--64505550	34	2.9	34	87	0	135	22	9	22	46	1.79
64511880--64511993	57	2.0	57	85	1	156	45	7	17	28	1.76
64511898--64512014	57	2.1	56	80	6	128	51	8	16	23	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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