genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.439.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  439  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127291100--127291279	31	5.8	31	93	0	279	26	25	19	28	1.99
127291255--127291383	50	2.5	51	88	2	197	25	23	17	34	1.96
127295751--127295825	31	2.4	31	86	4	98	54	9	9	26	1.62
127296519--127296567	24	2.0	24	100	0	98	30	20	20	28	1.98
127297291--127297359	19	3.7	19	72	14	63	65	0	1	33	1.02
127297287--127297332	9	5.3	9	78	17	53	69	0	0	30	0.89
127297369--127297424	8	6.0	10	76	23	52	66	0	1	32	1.03
127297387--127297425	8	4.8	8	90	3	60	66	0	0	33	0.92
127297866--127297911	22	2.1	21	84	11	58	50	0	0	50	1.00
127298135--127298180	17	2.6	17	86	6	65	28	2	0	69	1.00
127301573--127301602	12	2.6	11	90	10	51	0	0	20	80	0.72
127301623--127301647	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
127309327--127309361	11	2.8	13	83	16	56	57	0	8	34	1.29
127312415--127312500	31	2.8	30	75	19	88	29	13	13	43	1.83
127312966--127313009	22	2.0	22	100	0	88	40	4	13	40	1.65
127317449--127317490	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00
127317450--127317507	6	9.7	6	94	0	62	44	0	0	55	0.99
127319679--127319802	57	2.2	57	82	2	142	17	16	39	25	1.91
127320225--127320277	24	2.2	24	89	0	79	22	9	41	26	1.84
127320279--127320374	27	3.4	27	76	8	102	26	7	37	29	1.83
127320218--127320400	57	3.3	57	89	2	255	23	8	39	28	1.83
127320248--127320450	30	7.3	27	71	15	119	24	7	39	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127320376--127320409	12	2.8	12	81	0	50	20	5	41	32	1.76
127321811--127321849	19	2.1	19	85	0	51	17	10	2	69	1.28
127326124--127326214	42	2.1	42	97	2	173	36	14	17	31	1.90
127328333--127328360	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
127334895--127334924	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
127336822--127337381	196	2.8	196	83	5	676	27	15	21	34	1.94
127338801--127338855	4	13.8	4	94	0	83	45	25	3	25	1.70
127339265--127339313	25	2.0	25	95	0	89	38	28	4	28	1.75
127339715--127339747	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
127341571--127341618	22	2.2	22	100	0	96	45	4	8	41	1.53
127344318--127344363	23	2.0	23	91	0	74	45	10	10	32	1.74
127346279--127346340	28	2.3	27	84	13	76	43	1	1	53	1.20
127356596--127356662	32	2.1	32	88	2	100	31	16	10	41	1.82
127361966--127362022	28	2.0	29	89	3	89	35	8	1	54	1.42
127362075--127362129	28	2.0	28	100	0	110	36	1	10	50	1.48
127372306--127372358	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
127376693--127376730	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
127378643--127378814	46	3.7	46	88	1	229	40	12	24	22	1.89
127379146--127379199	23	2.3	23	100	0	108	40	5	27	25	1.78
127379727--127379752	13	2.0	13	100	0	52	53	23	0	23	1.46
127386898--127386943	21	2.3	20	88	7	67	58	4	0	36	1.18
127388165--127388190	13	2.0	13	100	0	52	0	0	7	92	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127393686--127393735	18	2.8	18	76	11	66	40	6	10	44	1.63
127394755--127394807	5	10.0	5	80	11	61	41	0	1	56	1.10
127394752--127394808	8	6.6	9	74	22	59	43	0	1	54	1.10
127394753--127394808	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
127396126--127396164	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
127396403--127396537	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
127396660--127396700	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
127398311--127398339	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
127398408--127398446	19	2.0	21	85	10	55	43	5	5	46	1.48
127407108--127407274	54	3.1	54	69	13	153	27	24	22	25	2.00
127407106--127407339	108	2.2	108	92	1	380	30	23	20	25	1.98
127407156--127407328	54	3.2	54	65	17	126	31	22	20	25	1.98
127410807--127410879	25	3.1	23	74	20	62	43	2	2	50	1.30
127412842--127413130	155	1.9	155	85	1	409	26	17	19	35	1.94
127412988--127413391	185	2.2	185	82	3	490	26	16	19	36	1.94
127424450--127424506	25	2.2	26	78	9	64	42	0	8	49	1.34
127430787--127430864	33	2.4	32	82	4	86	47	8	7	35	1.64
127445762--127445803	3	14.0	3	100	0	84	33	0	33	33	1.58
127445892--127445933	18	2.3	18	87	0	57	2	21	30	45	1.65
127454803--127454834	16	2.0	16	93	0	55	37	12	21	28	1.90
127455662--127455703	20	2.0	20	86	4	57	35	2	0	61	1.09
127460529--127460569	19	2.3	18	84	12	57	43	0	4	51	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127460738--127460785	23	2.1	23	96	0	87	25	12	14	47	1.79
127466416--127466449	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
127467942--127467987	24	1.9	24	86	0	65	34	8	8	47	1.65
127468841--127468916	25	2.9	26	77	11	68	36	3	6	52	1.46
127476938--127476973	18	1.9	18	88	5	54	33	0	41	25	1.55
127485136--127485167	16	2.0	16	100	0	64	50	6	6	37	1.53
127487406--127487435	16	1.9	16	93	6	53	53	23	0	23	1.46
127492588--127492923	131	2.5	133	82	4	369	38	13	11	36	1.81
127501023--127501056	18	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
127501365--127501408	15	3.0	14	80	9	52	18	2	4	75	1.09
127503448--127503493	10	4.8	10	78	10	51	76	8	0	15	1.02
127503458--127503493	18	2.0	18	88	0	54	77	8	0	13	0.98
127503496--127503540	12	3.9	12	75	21	51	68	4	0	26	1.08
127503968--127504005	15	2.5	15	83	8	51	71	0	5	23	1.07
127507447--127507494	17	2.9	16	72	6	51	43	2	4	50	1.33
127517806--127517831	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
127521670--127521706	7	5.6	7	93	6	60	59	0	0	40	0.97
127521928--127521954	9	3.0	9	100	0	54	22	0	22	55	1.44
127523043--127523101	13	4.5	13	76	16	59	42	0	1	55	1.09
127523945--127524002	15	3.4	16	73	26	57	44	1	0	53	1.10
127525866--127525891	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
127529053--127529092	21	1.9	21	84	0	53	60	5	2	32	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127536765--127536817	26	2.0	26	96	0	97	33	1	3	60	1.26
127537231--127537310	38	2.1	39	90	2	126	32	5	11	51	1.59
127541490--127541607	9	13.1	9	71	16	68	65	2	2	29	1.19
127541497--127541561	24	2.6	24	81	13	71	69	1	1	27	1.07
127541500--127541561	32	1.9	33	86	3	90	69	1	1	27	1.07
127541625--127541709	37	2.3	38	77	8	93	58	2	7	31	1.37
127541635--127541706	18	3.7	20	76	12	69	59	2	8	29	1.40
127541870--127541934	29	2.2	29	81	7	78	24	6	4	64	1.36
127544603--127544628	11	2.4	11	100	0	52	53	0	0	46	1.00
127549986--127550028	18	2.4	18	81	14	61	76	6	11	4	1.13
127557074--127557098	13	1.9	13	100	0	50	72	0	8	20	1.10
127557208--127557267	25	2.3	27	85	5	79	50	0	13	36	1.42
127561700--127561778	25	3.1	25	67	22	74	21	25	6	46	1.74
127561677--127561778	51	2.0	51	100	0	204	21	25	5	47	1.73
127561677--127561754	26	3.0	26	66	23	74	23	25	5	46	1.73
127566900--127566958	28	2.1	29	87	3	84	44	13	13	28	1.82
127566899--127566961	29	2.2	30	82	8	85	44	12	12	30	1.80
127566957--127567008	24	2.2	23	82	3	59	57	9	1	30	1.42
127571527--127571591	31	2.3	27	77	15	67	46	10	6	36	1.64
127572312--127572367	21	2.7	21	78	8	60	41	3	3	51	1.36
127572313--127572370	22	2.6	21	81	10	71	41	3	3	51	1.35
127572355--127572392	20	2.0	20	89	5	60	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127577109--127577159	15	3.4	15	68	10	50	33	13	3	49	1.61
127577099--127577165	30	2.2	31	86	7	102	40	13	2	43	1.59
127577124--127577174	15	3.4	15	68	10	50	35	11	1	50	1.50
127578216--127578280	31	2.1	31	85	5	87	36	13	7	41	1.74
127578308--127578349	21	2.0	21	100	0	84	23	28	19	28	1.98
127580944--127580971	12	2.3	12	100	0	56	50	0	0	50	1.00
127588515--127588547	16	2.1	16	100	0	66	51	12	6	30	1.63
127588692--127588726	17	2.1	16	89	5	52	8	8	0	82	0.83
127589389--127589432	22	2.0	22	86	4	63	52	0	0	47	1.00
127591054--127591095	13	3.5	13	81	18	63	35	0	14	50	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444