genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.391.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  391  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113442544--113442755	94	2.3	93	90	4	329	29	19	27	23	1.98
113442775--113442905	49	2.7	48	83	4	165	28	17	27	26	1.98
113447516--113447564	21	2.2	22	89	7	73	44	28	2	24	1.65
113447527--113447625	7	13.6	7	74	11	56	48	32	0	19	1.49
113447546--113447625	15	5.4	15	70	7	65	50	31	0	18	1.48
113456643--113456678	16	2.2	16	90	0	54	61	2	0	36	1.11
113459754--113459861	43	2.5	43	76	10	103	22	22	38	16	1.93
113460941--113461104	44	3.8	44	86	6	226	24	29	21	24	1.99
113474347--113474389	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
113474346--113474388	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
113478996--113479038	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
113478995--113479037	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
113479740--113479792	14	3.6	14	77	7	52	56	0	32	11	1.35
113481880--113482047	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
113489892--113490059	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
113492189--113492227	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
113495969--113496021	13	4.1	13	80	9	72	35	24	7	32	1.84
113497925--113498060	30	4.5	30	85	0	164	27	22	11	38	1.88
113498045--113498117	29	2.4	30	88	6	112	19	27	10	42	1.84
113500627--113500655	12	2.5	12	94	5	51	44	17	0	37	1.49
113501393--113501562	43	4.0	42	80	9	175	32	25	16	24	1.96
113501393--113501562	86	2.0	85	84	7	220	32	25	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113502269--113502311	20	2.3	18	88	11	61	60	18	4	16	1.52
113505486--113505523	18	2.1	19	90	5	60	15	23	0	60	1.35
113509669--113509866	101	2.0	101	100	0	396	32	4	21	41	1.73
113509924--113510348	48	8.9	48	79	4	403	26	19	30	24	1.98
113510572--113510625	26	2.1	26	100	0	108	29	7	11	51	1.64
113512652--113512790	40	3.5	40	78	5	129	21	20	19	38	1.94
113512602--113512766	20	8.2	20	67	10	68	20	18	21	38	1.93
113513314--113513717	186	2.2	186	87	5	559	25	39	0	34	1.60
113519860--113519941	26	3.2	26	91	0	128	31	9	24	34	1.88
113524365--113524454	39	2.3	39	86	5	119	35	21	21	22	1.96
113524479--113524590	40	2.8	40	88	0	143	33	22	22	21	1.97
113524600--113524631	14	2.3	14	94	0	55	25	0	21	53	1.46
113524686--113524743	28	2.1	28	83	0	71	13	0	36	50	1.42
113524921--113524967	21	2.2	21	84	0	58	17	2	31	48	1.58
113525036--113525067	15	2.1	15	94	0	55	62	3	0	34	1.11
113525603--113525657	8	7.2	8	78	19	55	70	1	0	27	0.97
113525604--113525664	15	4.1	15	80	2	70	67	1	0	31	1.01
113537127--113537187	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
113541912--113541951	17	2.3	18	82	8	55	35	7	10	47	1.65
113543563--113543601	18	2.2	18	86	9	53	12	7	2	76	1.09
113547240--113547287	25	1.9	25	91	0	78	45	16	18	18	1.85
113549033--113549208	40	4.4	40	85	2	212	32	25	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113549033--113549208	80	2.2	79	88	3	255	32	25	17	25	1.96
113550006--113550034	13	2.1	14	93	6	51	37	20	0	41	1.53
113553923--113553963	20	2.0	20	100	0	82	43	17	9	29	1.80
113557595--113557619	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
113566091--113566146	28	2.0	28	85	0	76	33	28	10	26	1.90
113566156--113566306	40	3.8	40	85	5	171	32	22	17	27	1.97
113567113--113567141	13	2.1	14	93	6	51	55	13	0	31	1.39
113570675--113570713	19	2.1	19	85	4	53	33	5	7	53	1.51
113581896--113581925	13	2.3	13	100	0	60	33	33	26	6	1.83
113582819--113582878	17	3.7	16	80	8	68	23	1	0	75	0.90
113582822--113582879	5	11.6	5	78	14	66	22	1	0	75	0.89
113582822--113582879	18	3.5	17	88	6	75	22	1	0	75	0.89
113585150--113585210	17	3.4	17	78	10	68	59	1	0	39	1.08
113587298--113587493	68	2.7	71	79	12	179	44	16	13	25	1.84
113587455--113587703	71	3.5	71	83	4	311	30	21	16	32	1.95
113587571--113588752	160	7.4	160	98	0	2271	32	21	17	29	1.95
113587730--113587863	71	1.9	71	89	3	207	29	22	16	31	1.96
113587891--113588022	70	1.9	70	90	0	210	28	23	16	31	1.96
113588049--113588182	71	1.9	71	90	0	214	29	23	16	30	1.96
113588209--113588342	71	1.9	71	90	0	214	29	23	16	30	1.96
113588369--113588502	71	1.9	71	90	0	214	29	23	16	30	1.96
113588529--113588662	71	1.9	71	92	0	223	29	22	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113587571--113588752	479	2.5	479	98	0	2276	32	21	17	29	1.95
113593906--113594042	40	3.5	39	87	4	179	24	21	29	24	1.99
113593905--113594068	78	2.1	78	80	4	188	24	20	28	26	1.99
113608137--113608179	3	14.0	3	95	4	77	32	0	0	67	0.91
113622635--113622681	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
113622645--113622707	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
113630540--113630586	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
113630550--113630612	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
113633126--113633184	23	2.5	25	76	15	72	62	0	6	30	1.21
113639114--113639159	23	2.0	23	100	0	92	21	26	21	30	1.99
113640236--113640287	27	2.0	27	92	3	88	17	21	23	38	1.93
113640241--113640298	27	2.1	27	83	0	71	20	18	18	41	1.91
113640290--113640364	26	2.9	26	81	0	78	22	21	21	34	1.97
113644282--113644491	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
113652413--113652622	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
113661077--113661102	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
113665343--113665669	141	2.3	141	90	2	478	33	11	28	25	1.92
113665343--113665629	47	6.1	47	95	0	520	34	11	27	26	1.91
113665653--113665779	46	2.8	46	92	2	211	35	9	31	23	1.87
113674326--113674389	30	2.1	30	100	0	128	39	3	26	31	1.72
113688841--113688916	25	3.4	24	67	26	67	59	1	1	38	1.14
113689733--113689793	30	2.1	30	87	3	88	49	11	8	31	1.68
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113694712--113694810	49	2.0	49	98	0	189	28	6	15	50	1.67
113696130--113696334	46	4.4	45	77	8	155	23	29	20	27	1.99
113696171--113696334	46	3.5	46	82	4	204	23	29	20	27	1.99
113703682--113703855	46	3.7	46	78	4	152	23	29	18	28	1.98
113706131--113706156	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
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113719774--113719857	38	2.2	38	86	0	114	20	20	27	32	1.97
113719850--113720090	43	5.6	43	92	0	401	11	24	33	31	1.90
113720420--113720546	45	2.9	44	81	8	134	25	20	28	25	1.99
113722837--113722897	24	2.5	24	86	5	79	34	31	14	19	1.92
113722921--113722970	24	2.1	24	88	0	73	32	30	14	24	1.94
113722926--113723301	94	4.0	94	97	0	689	39	19	10	30	1.85
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113728037--113728093	19	3.1	19	87	2	80	54	7	0	38	1.28
113728095--113728162	20	3.5	20	68	18	54	60	1	7	30	1.33
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113732091--113732129	19	1.9	19	85	10	51	2	25	2	69	1.14
113733125--113733159	18	1.9	18	88	0	52	48	2	17	31	1.61
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113744598--113744644	16	3.2	15	79	11	53	12	12	0	74	1.07
113748472--113748534	26	2.4	26	77	17	67	19	9	3	68	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113761846--113761984	40	3.5	40	87	2	174	25	30	20	23	1.99
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113767076--113767217	43	3.3	42	79	5	142	25	17	26	30	1.97
113769454--113769592	39	3.6	39	76	10	135	15	17	25	41	1.88
113769453--113769617	78	2.1	78	84	8	212	15	17	24	41	1.89
113771054--113771176	63	2.0	63	90	3	194	31	7	28	32	1.84
113775617--113775681	29	2.3	29	81	2	69	43	3	26	27	1.70
113787910--113788003	43	2.2	43	86	3	127	24	15	26	32	1.96
113792976--113793007	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
113795588--113795634	21	2.1	22	84	7	60	38	8	2	51	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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