genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16583135--16583171	12	3.0	13	88	7	51	70	0	8	21	1.13
16583267--16583317	3	17.3	3	84	11	70	64	1	1	31	1.15
16583324--16583366	17	2.6	16	86	13	61	86	4	6	2	0.79
16583476--16583516	21	1.9	22	90	5	66	70	2	4	21	1.18
16584156--16584209	27	2.0	27	96	0	99	16	3	7	72	1.22
16584832--16585195	44	7.9	44	72	11	192	28	20	17	34	1.95
16584998--16585151	51	3.1	51	74	14	187	29	16	18	35	1.93
16585019--16585195	45	3.8	45	78	12	187	30	18	16	34	1.93
16584845--16585195	96	3.7	95	81	5	351	28	19	17	33	1.95
16593066--16593260	79	2.5	79	90	2	293	26	28	23	21	1.99
16593007--16593260	39	6.4	40	85	3	291	27	27	23	22	1.99
16597558--16597604	19	2.5	20	86	6	62	44	10	19	25	1.82
16600129--16600336	104	2.0	104	100	0	416	31	25	19	23	1.98
16601414--16601482	3	23.3	3	88	2	104	63	1	2	31	1.18
16603757--16603807	27	1.9	26	84	4	66	68	1	7	21	1.25
16604353--16604397	23	2.0	23	86	8	65	37	42	4	15	1.67
16605852--16605908	23	2.5	21	81	18	62	33	7	3	56	1.43
16609299--16609442	40	3.6	39	83	3	153	27	23	25	22	2.00
16609299--16609452	80	1.9	80	82	2	193	27	24	25	22	2.00
16617422--16617563	40	3.5	40	83	0	149	27	23	26	23	2.00
16617420--16617573	80	1.9	80	81	2	184	27	24	25	22	2.00
16630024--16630224	54	3.7	54	90	2	294	31	15	17	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16630017--16630224	110	1.9	110	89	2	328	31	15	17	35	1.92
16630139--16630418	122	2.3	125	84	4	379	24	15	23	36	1.94
16630293--16630450	72	2.2	72	82	6	187	23	14	22	39	1.91
16631127--16631175	23	2.2	21	82	13	62	38	40	4	16	1.67
16631132--16631176	23	2.0	22	91	8	72	37	40	4	17	1.70
16632631--16632687	23	2.5	21	81	18	62	33	7	3	56	1.43
16633732--16633788	26	2.2	26	100	0	114	59	7	19	14	1.57
16634356--16634409	3	18.3	3	88	11	85	66	0	1	31	1.02
16634434--16634483	24	2.1	24	84	0	64	72	2	4	22	1.12
16634547--16634588	21	1.9	23	90	9	70	66	2	4	26	1.23
16636552--16636616	28	2.3	28	76	5	69	46	10	15	27	1.79
16643086--16643257	43	4.0	44	73	8	165	28	14	23	33	1.94
16646829--16646872	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
16646867--16646896	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
16647666--16647878	118	1.8	118	89	2	338	30	30	15	23	1.95
16655216--16655263	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
16655250--16655293	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
16655288--16655317	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
16659165--16659256	46	2.0	44	83	8	114	41	22	5	30	1.76
16659235--16659317	16	5.2	16	89	0	121	30	30	1	38	1.65
16660224--16660253	9	3.3	9	95	0	51	36	0	0	63	0.95
16660576--16660610	15	2.3	15	100	0	70	11	31	8	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16669042--16669123	20	4.1	20	66	13	60	28	1	2	68	1.10
16669048--16669132	38	2.1	38	82	8	98	30	1	2	65	1.12
16669773--16669828	28	2.0	28	96	0	103	33	3	10	51	1.54
16672343--16672400	30	1.9	31	85	3	82	43	5	0	51	1.24
16687759--16687797	20	2.0	20	85	10	53	61	0	5	33	1.18
16689139--16689169	6	5.2	6	92	0	53	3	19	0	77	0.90
16689495--16689521	10	2.7	10	100	0	54	0	7	0	92	0.38
16691282--16691336	27	2.0	27	96	0	101	32	7	0	60	1.24
16692280--16692313	18	2.0	18	88	11	54	52	8	0	38	1.33
16716053--16716111	31	1.9	31	100	0	118	25	25	20	28	1.99
16716091--16716317	50	4.5	50	93	0	373	26	22	15	35	1.94
16730876--16731041	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
16730876--16731046	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
16738350--16738515	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
16738350--16738520	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
16739908--16740002	35	2.6	35	80	11	93	33	22	10	33	1.88
16741232--16741261	8	3.6	8	95	4	51	40	33	0	26	1.57
16754297--16754335	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
16754896--16755028	48	2.8	48	84	0	185	18	16	27	37	1.92
16762204--16762263	29	2.1	29	84	3	77	26	20	30	23	1.98
16762213--16762301	29	3.1	29	78	1	90	24	20	31	23	1.98
16763439--16763560	26	4.7	26	81	0	118	37	26	14	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16763520--16763597	26	3.0	26	76	0	84	29	32	19	19	1.96
16767489--16767740	47	5.1	47	79	9	188	26	15	28	30	1.96
16767497--16767658	54	3.0	53	85	3	227	25	14	28	31	1.95
16769071--16769113	9	4.8	9	88	0	68	46	18	9	25	1.79
16769134--16769174	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
16769199--16769223	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
16769200--16769237	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
16769653--16769693	22	1.9	22	85	5	57	63	4	0	31	1.15
16770152--16770200	20	2.6	18	79	17	55	34	0	4	61	1.15
16770184--16770233	24	2.2	22	85	7	64	52	0	2	46	1.12
16771603--16771643	19	2.2	18	86	4	55	63	0	0	36	0.95
16771638--16771720	38	2.2	39	81	14	102	30	3	4	61	1.34
16771667--16771704	10	3.8	10	93	6	60	31	2	5	60	1.33
16771867--16771914	21	2.3	21	85	7	62	31	0	2	66	1.03
16771846--16771915	22	3.5	18	75	19	59	35	0	2	61	1.11
16774057--16774089	15	2.3	15	89	5	50	27	3	0	69	1.03
16774858--16774931	36	2.1	36	100	0	148	27	10	10	51	1.70
16776510--16776549	12	3.2	13	82	10	57	12	0	10	77	0.99
16776669--16777060	139	2.8	138	74	5	374	39	12	15	33	1.84
16778284--16778326	18	2.4	17	81	11	50	51	13	2	32	1.54
16785725--16785767	18	2.4	17	81	11	50	51	13	2	32	1.54
16790406--16790447	22	1.9	22	85	9	59	26	2	2	69	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16791952--16792013	11	5.6	11	78	0	52	61	6	12	19	1.53
16791942--16791978	14	2.6	14	91	0	56	64	10	5	18	1.43
16791955--16792013	22	2.7	22	78	5	66	61	5	13	20	1.51
16794710--16794750	20	2.2	20	86	8	59	24	9	7	58	1.55
16799881--16799917	18	2.1	17	90	5	56	43	2	13	40	1.58
16800188--16800239	25	2.1	24	85	3	68	17	17	23	42	1.89
16802817--16802857	22	2.0	20	85	9	55	43	4	19	31	1.72
16811928--16812037	26	4.2	26	94	2	177	34	4	23	37	1.75
16813821--16814105	137	2.1	136	96	0	525	24	18	25	31	1.97
16816268--16816301	16	2.1	16	94	0	59	0	32	0	67	0.91
16820507--16820542	15	2.4	16	90	9	58	19	11	27	41	1.85
16837039--16837077	18	2.2	17	86	4	51	15	20	41	23	1.90
16854631--16854688	27	2.1	28	87	3	82	39	0	15	44	1.47
16854656--16854768	34	3.4	33	79	9	113	40	0	17	41	1.50
16854873--16855513	124	5.1	126	84	4	802	39	16	16	28	1.90
16854892--16855513	249	2.5	248	86	4	860	39	16	16	27	1.89
16857565--16857598	4	8.2	4	87	6	50	23	2	0	73	0.97
16866136--16866174	18	2.2	18	86	9	53	48	0	12	38	1.42
16870708--16870750	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
16870927--16870984	24	2.5	24	82	2	64	31	22	17	29	1.96
16872297--16872336	19	2.1	19	85	0	53	62	2	0	35	1.09
16872299--16872340	10	4.3	10	84	6	50	57	2	0	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16874045--16874143	49	2.0	49	100	0	198	27	18	24	30	1.98
16874059--16874141	27	3.3	27	66	27	81	25	18	27	28	1.98
16876065--16876130	33	2.0	33	100	0	132	45	15	6	33	1.70
16879494--16879559	30	2.2	30	83	2	80	42	0	7	50	1.31
16880230--16880362	51	2.6	51	78	0	149	41	12	6	39	1.69
16881269--16881462	96	2.0	96	88	2	291	12	32	18	36	1.88
16883150--16883284	51	2.6	51	77	0	153	41	11	6	40	1.68
16889032--16889134	45	2.2	48	84	5	131	18	21	20	39	1.92
16889123--16889152	12	2.5	12	94	0	51	16	23	16	43	1.87
16891081--16891406	46	7.1	46	92	1	460	21	23	14	41	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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