genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  278  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80242158--80242343	49	3.5	54	76	10	154	31	4	1	62	1.23
80242201--80242462	30	7.9	30	67	24	111	32	4	0	62	1.22
80242266--80242359	40	2.4	39	77	12	93	32	6	0	60	1.22
80242408--80242459	21	2.5	21	82	14	72	34	0	1	63	1.06
80242407--80242460	24	2.2	24	83	6	65	33	0	1	64	1.04
80244205--80244247	18	2.3	19	88	4	61	48	9	6	34	1.62
80246106--80246137	8	4.0	8	100	0	64	87	0	0	12	0.54
80249598--80249758	43	3.7	43	88	0	241	12	24	32	29	1.92
80250079--80250186	45	2.4	45	84	6	132	22	24	26	26	2.00
80254332--80254624	90	3.1	95	85	8	411	49	8	10	31	1.69
80254823--80254874	17	3.1	17	91	0	86	38	3	1	55	1.29
80256210--80256750	269	2.0	269	88	0	803	34	17	16	31	1.92
80258362--80258430	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
80263515--80263649	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
80263461--80263650	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
80265784--80265852	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
80270145--80270282	42	3.2	44	78	11	117	27	16	25	30	1.97
80274381--80274447	20	3.3	20	74	15	57	10	29	17	41	1.83
80274901--80274974	13	5.6	13	72	3	67	40	4	20	35	1.71
80285161--80285220	29	2.1	27	85	11	77	36	20	3	40	1.69
80288323--80288432	43	2.6	43	82	0	121	27	15	26	30	1.96
80291195--80291340	43	3.4	42	80	3	157	31	27	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80295163--80295315	42	3.6	42	84	3	191	28	24	16	30	1.97
80298563--80298648	27	3.2	26	78	6	82	26	23	17	32	1.96
80298572--80298655	27	3.1	27	84	3	98	26	27	15	30	1.96
80300528--80300593	28	2.4	26	73	16	71	40	21	19	18	1.91
80306580--80306787	40	5.2	39	87	3	229	23	26	23	26	2.00
80306580--80306785	80	2.6	80	85	3	254	23	26	23	26	2.00
80308870--80308906	16	2.3	16	95	0	65	29	10	10	48	1.72
80313587--80313928	47	7.3	47	94	0	585	35	8	28	27	1.87
80313825--80313900	22	3.3	22	66	10	62	34	10	28	26	1.90
80315826--80315855	16	1.9	15	93	6	51	36	10	20	33	1.86
80315916--80315979	25	2.6	25	85	5	76	29	21	21	26	1.99
80315941--80315999	25	2.4	24	86	11	75	30	16	22	30	1.96
80316827--80316872	20	2.3	20	85	7	58	32	6	21	39	1.79
80316837--80316874	20	1.9	20	100	0	76	31	7	18	42	1.79
80323603--80323632	16	1.9	15	93	6	51	36	10	20	33	1.86
80323693--80323763	25	2.8	25	87	4	81	28	23	19	28	1.99
80323705--80323771	25	2.7	25	86	4	82	29	23	16	29	1.96
80323985--80324048	31	2.1	31	90	0	101	42	14	20	23	1.88
80326730--80326798	27	2.6	27	88	0	102	24	23	14	37	1.92
80330464--80330520	29	2.0	29	92	0	96	43	17	1	36	1.60
80333688--80333891	24	8.6	24	95	3	306	21	18	25	34	1.96
80333688--80333867	93	1.9	93	93	0	306	21	18	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80340959--80340984	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
80341433--80341639	24	8.6	24	96	0	324	21	18	24	35	1.95
80354577--80354743	39	4.3	39	93	0	280	30	20	27	21	1.98
80364076--80364170	27	3.5	27	73	11	79	23	20	18	37	1.94
80371826--80372009	40	4.7	40	84	8	234	25	22	27	25	2.00
80371826--80372007	78	2.3	80	83	6	237	25	23	26	24	2.00
80374098--80374137	21	1.9	21	89	0	62	20	25	32	22	1.98
80378454--80378481	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
80383812--80383912	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
80391767--80391867	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
80399601--80399638	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
80402060--80402113	23	2.4	22	76	14	56	62	0	14	22	1.31
80402304--80402346	18	2.4	18	80	3	52	55	0	4	39	1.20
80402600--80402650	24	2.1	25	82	10	70	35	13	3	47	1.62
80414501--80414544	15	2.8	15	80	19	54	27	0	22	50	1.50
80415633--80415713	17	4.6	17	72	20	69	55	2	3	38	1.31
80415933--80415995	30	2.1	30	85	5	83	42	0	36	20	1.52
80416100--80416155	29	1.9	29	82	13	71	39	1	39	19	1.62
80416207--80416243	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
80416294--80416328	18	1.9	18	94	0	61	40	22	8	28	1.84
80426870--80426995	46	2.7	48	86	9	181	26	31	16	24	1.96
80426869--80427046	46	3.9	44	79	13	164	25	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80427375--80427433	30	2.0	30	89	0	91	30	23	11	33	1.91
80429115--80429156	21	2.0	22	85	4	59	54	0	0	45	0.99
80432336--80432466	29	4.5	29	97	0	244	38	14	23	23	1.92
80434376--80434507	29	4.6	29	89	0	192	25	15	32	26	1.95
80437598--80437657	28	2.1	28	87	0	84	33	3	26	36	1.73
80443603--80444001	49	8.3	49	94	2	684	32	8	29	30	1.86
80443603--80444001	96	4.1	98	94	2	684	32	8	29	30	1.86
80443603--80444001	145	2.8	145	94	1	685	32	8	29	30	1.86
80447087--80447149	28	2.2	28	88	0	90	34	4	26	33	1.78
80448276--80448329	16	3.4	16	81	0	72	35	5	29	29	1.80
80452834--80452904	29	2.4	29	86	4	90	28	4	2	64	1.26
80453436--80453739	126	2.4	126	89	3	445	27	14	19	38	1.91
80459507--80459568	24	2.6	24	74	5	63	46	4	32	16	1.68
80463604--80463647	22	2.0	22	90	0	70	52	0	6	40	1.28
80464163--80464207	16	2.6	18	82	6	58	57	4	0	37	1.19
80464634--80464666	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
80464713--80464771	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
80464742--80464790	26	2.0	24	88	8	71	32	0	4	63	1.13
80464745--80464803	26	2.3	26	80	8	68	28	0	3	67	1.06
80464828--80464858	5	6.0	5	96	3	53	0	38	58	3	1.15
80465163--80465241	20	3.7	21	73	20	65	69	5	0	25	1.08
80465173--80465218	19	2.3	21	88	7	69	69	6	0	23	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80465146--80465198	26	2.0	27	85	10	74	71	1	0	26	0.96
80465146--80465242	44	2.2	45	83	7	108	69	4	0	26	1.07
80469003--80469230	40	5.8	40	90	4	322	23	28	24	23	2.00
80468977--80469227	39	6.4	39	85	6	303	24	27	23	24	2.00
80469003--80469230	118	1.9	118	87	3	334	23	28	24	23	2.00
80469932--80469963	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
80477111--80477339	40	5.8	40	89	3	322	24	28	23	23	1.99
80478043--80478068	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
80480131--80480279	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
80480172--80480279	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
80488460--80488643	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
80496547--80496730	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
80499686--80499792	39	2.7	38	83	11	119	21	28	26	23	1.99
80499686--80499835	40	3.8	39	76	10	126	22	26	24	26	2.00
80502076--80502202	47	2.7	45	81	10	139	19	28	20	31	1.97
80508133--80508157	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
80509273--80509584	49	6.6	49	74	12	253	26	16	30	26	1.97
80509328--80509584	96	2.7	94	83	8	294	25	17	29	27	1.97
80516731--80517050	46	6.8	47	73	13	176	26	18	29	25	1.98
80523441--80523514	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
80523910--80523967	20	3.2	18	79	13	57	5	15	1	77	1.02
80530568--80530641	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80531040--80531096	19	3.2	17	79	15	62	5	15	1	77	1.03
80531040--80531094	18	3.0	18	80	19	69	5	16	1	76	1.06
80532042--80532135	46	2.1	45	93	2	161	37	15	13	32	1.88
80534486--80534622	48	2.9	47	84	3	168	32	15	21	30	1.94
80537546--80537778	39	6.0	39	89	0	349	22	25	28	23	1.99
80541620--80541718	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
80546084--80546186	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
80552544--80552642	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
80555485--80555551	22	2.8	25	67	28	63	64	17	0	17	1.30
80557436--80557532	49	2.0	49	83	0	122	43	7	18	30	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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