genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  265  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76063690--76063757	31	2.2	31	94	0	118	54	5	0	39	1.25
76063693--76063790	16	5.9	18	72	22	81	55	5	0	39	1.22
76063871--76063936	34	1.9	34	81	6	80	30	3	3	63	1.24
76064107--76064155	21	2.3	22	82	3	55	22	4	12	61	1.48
76064300--76064337	19	1.9	19	85	15	51	10	28	2	57	1.45
76071135--76071274	27	5.2	27	82	1	183	22	17	24	35	1.96
76071135--76071339	80	2.5	80	83	7	238	24	14	24	36	1.93
76077916--76078009	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
76077912--76078046	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
76078122--76078146	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
76080138--76080355	40	5.5	40	89	2	298	22	24	28	24	1.99
76088243--76088500	40	6.5	40	91	2	378	22	24	28	24	1.99
76096228--76096279	26	2.0	26	88	7	79	48	15	1	34	1.56
76103721--76103789	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
76104411--76104500	27	3.3	27	81	4	101	28	14	16	40	1.88
76107533--76107601	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
76108219--76108308	27	3.3	27	81	4	101	28	14	16	40	1.88
76111341--76111409	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
76112023--76112112	27	3.3	27	81	4	101	28	14	16	40	1.88
76117498--76117631	46	2.9	46	81	5	137	27	29	8	33	1.87
76117561--76117829	47	5.6	47	91	5	421	26	31	11	30	1.92
76125446--76125549	42	2.4	43	85	1	138	33	25	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76128795--76128821	14	1.9	14	100	0	54	25	29	14	29	1.95
76131055--76131093	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
76131055--76131101	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
76136571--76136894	27	12.0	27	73	12	139	37	20	9	31	1.85
76136675--76136827	81	1.9	81	84	8	204	41	20	9	28	1.83
76136705--76136885	54	3.3	54	82	5	177	41	20	7	30	1.80
76136932--76137005	27	2.7	27	78	12	80	37	21	20	20	1.94
76137819--76137888	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
76137818--76137901	25	3.4	24	83	8	98	29	22	22	25	1.99
76138108--76138185	31	2.5	31	91	2	122	28	14	26	30	1.95
76141272--76141325	28	1.9	28	85	14	76	46	1	0	51	1.11
76141272--76141336	26	2.4	28	80	15	73	44	1	0	53	1.09
76141474--76141530	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
76141825--76141902	25	3.2	25	66	10	70	60	5	5	29	1.40
76141792--76141908	49	2.5	49	90	5	179	61	4	5	28	1.38
76142037--76142066	14	2.1	14	93	0	51	40	16	6	36	1.75
76147457--76147844	27	14.4	27	87	0	517	33	18	23	24	1.96
76147812--76147880	36	1.9	36	90	0	111	34	17	23	24	1.96
76154130--76154233	52	2.0	52	96	0	190	30	5	19	44	1.74
76156279--76156371	25	3.7	25	80	0	114	24	23	24	26	2.00
76158342--76158549	40	5.2	40	83	2	240	25	22	26	26	2.00
76161327--76161503	40	4.5	40	88	4	236	23	28	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76169398--76169676	40	7.1	40	90	6	403	25	28	24	22	1.99
76174865--76174895	9	3.4	9	95	0	53	38	12	12	35	1.82
76175078--76175133	11	4.9	11	71	16	51	16	14	17	51	1.76
76179379--76179464	31	2.8	31	82	8	113	26	25	15	32	1.95
76179763--76179790	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
76179787--76179831	10	4.4	10	83	5	54	35	15	13	35	1.87
76194063--76194347	40	7.2	40	88	5	420	22	29	23	24	1.99
76198840--76198896	28	2.0	28	100	0	114	43	24	7	24	1.79
76204059--76204092	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
76204677--76204733	25	2.2	25	79	11	62	33	3	3	59	1.31
76205644--76205668	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
76209388--76209432	22	2.0	22	100	0	90	33	17	17	31	1.94
76211904--76211942	19	2.0	20	90	5	62	23	5	28	43	1.75
76220578--76220723	37	3.9	37	95	0	247	26	30	19	23	1.98
76220926--76221072	47	3.1	47	89	0	204	26	28	10	34	1.90
76224727--76224778	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
76224930--76225321	40	9.8	40	90	1	570	26	27	21	24	1.99
76226548--76226691	37	3.9	37	95	1	254	25	31	19	23	1.98
76226548--76226691	73	2.0	74	94	1	254	25	31	19	23	1.98
76226893--76227086	47	4.1	47	90	0	280	26	29	10	32	1.90
76226986--76227057	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
76240305--76240376	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76248205--76248276	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
76252753--76252975	48	4.6	48	77	6	218	26	21	27	23	1.99
76257363--76257403	21	1.9	22	85	5	57	41	12	24	21	1.87
76265441--76265667	40	5.7	40	90	3	352	24	28	23	23	2.00
76265441--76265667	119	1.9	119	89	7	354	24	28	23	23	2.00
76267733--76267809	29	2.7	29	89	0	118	27	29	16	25	1.97
76268032--76268074	16	2.7	16	82	7	52	11	23	13	51	1.74
76269177--76269209	16	2.1	16	94	0	57	15	0	30	54	1.41
76272814--76272937	43	2.9	43	76	11	128	31	27	17	23	1.97
76278995--76279146	46	3.4	46	83	2	193	25	15	23	35	1.94
76280045--76280116	33	2.1	34	87	2	110	25	26	25	23	2.00
76280080--76280139	28	2.2	27	87	3	84	26	26	26	20	1.99
76280322--76280386	27	2.4	27	84	5	78	35	23	20	21	1.96
76280559--76280654	27	3.6	27	74	5	77	22	21	18	36	1.95
76280732--76280876	54	2.7	55	82	4	161	30	9	20	40	1.84
76280669--76280876	27	7.7	27	75	9	138	32	9	18	39	1.83
76283596--76283672	33	2.3	33	81	0	100	32	24	7	35	1.84
76283671--76283695	13	1.9	13	100	0	50	52	8	16	24	1.70
76301313--76301355	16	2.7	16	75	13	52	37	11	11	39	1.78
76301594--76301658	32	2.0	33	82	8	80	38	23	12	26	1.90
76304239--76304412	96	1.8	96	85	5	244	31	19	14	34	1.92
76312947--76313115	41	4.1	41	78	8	148	26	29	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76312969--76313116	41	3.6	41	79	7	167	27	28	21	22	1.99
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76317950--76318175	40	5.7	40	84	7	248	23	23	28	23	2.00
76317996--76318207	118	1.8	116	85	4	300	24	24	28	23	1.99
76317996--76318207	78	2.7	79	82	5	252	24	24	28	23	1.99
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76339387--76339432	23	2.0	23	91	8	76	50	13	13	23	1.76
76339439--76339485	23	2.0	24	87	4	69	42	17	6	34	1.74
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76353406--76353471	28	2.4	28	80	12	73	48	0	16	34	1.47
76353401--76353464	27	2.3	28	76	10	69	46	0	17	35	1.48
76353445--76353535	32	2.7	32	85	8	119	37	2	17	42	1.62
76360607--76360646	17	2.4	16	76	8	53	30	0	0	70	0.88
76360669--76360723	20	2.7	21	73	18	62	38	0	3	58	1.16
76363208--76363309	28	3.6	28	93	0	159	29	23	10	36	1.89
76365676--76365736	27	2.3	27	91	5	97	45	8	9	36	1.67
76366765--76366822	20	2.8	19	73	14	53	46	5	0	48	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76366645--76366951	144	2.1	144	83	8	378	43	10	4	41	1.57
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76366766--76366822	21	2.7	21	70	17	55	47	5	0	47	1.24
76366766--76366846	40	2.0	42	80	9	96	43	7	2	46	1.45
76369680--76369724	23	1.9	24	86	13	67	33	20	22	24	1.97
76369963--76370068	52	2.0	52	94	0	185	39	14	15	31	1.86
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76383208--76383242	18	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
76383369--76383411	8	5.2	8	78	15	52	27	0	0	72	0.85
76383364--76383411	15	3.0	16	82	11	55	29	0	0	70	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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