genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  215  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60154938--60155108	43	4.0	43	78	6	170	25	16	24	32	1.96
60162853--60162896	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
60163122--60163303	40	4.6	40	90	2	269	26	24	23	25	2.00
60163122--60163303	80	2.3	80	91	2	296	26	24	23	25	2.00
60176298--60176518	82	2.8	80	87	8	292	23	23	26	25	2.00
60176298--60176518	40	5.6	40	85	9	292	23	23	26	25	2.00
60184418--60184639	82	2.8	79	87	7	299	23	22	27	26	2.00
60184418--60184639	40	5.6	40	85	8	301	23	22	27	26	2.00
60193080--60193194	40	2.9	40	81	2	133	26	26	20	26	1.99
60194965--60195208	27	9.0	27	86	3	294	27	22	9	40	1.84
60194967--60195209	81	3.0	81	85	1	326	28	21	8	41	1.83
60195195--60195301	27	4.0	27	90	0	160	40	22	8	28	1.83
60194997--60195244	81	3.1	81	81	2	185	31	23	8	37	1.84
60195200--60195326	54	2.4	53	85	6	166	42	22	8	26	1.82
60195200--60195344	27	5.4	27	82	3	89	42	20	10	26	1.84
60195195--60195344	81	1.9	81	80	5	178	40	20	10	28	1.86
60208741--60208907	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
60215346--60215553	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
60215346--60215552	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
60223398--60223605	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
60223398--60223604	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
60230314--60230371	32	1.9	30	82	10	73	51	3	18	25	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60230883--60230976	43	2.2	41	81	3	107	27	14	25	31	1.95
60241327--60241388	30	2.1	30	84	6	81	29	24	6	40	1.80
60242938--60244716	598	3.0	598	94	0	3189	38	23	12	25	1.90
60258036--60258254	39	5.6	40	93	2	313	24	21	28	25	1.99
60258044--60258287	39	6.2	39	89	3	255	25	22	27	24	2.00
60266286--60266503	39	5.6	40	93	3	313	24	22	28	24	1.99
60266286--60266503	77	2.8	78	88	6	307	24	22	28	24	1.99
60266286--60266536	39	6.4	39	85	8	239	25	22	28	24	1.99
60269986--60270168	39	4.6	40	93	2	257	23	22	28	25	1.99
60269986--60270191	39	5.2	40	88	6	232	24	22	28	25	1.99
60269986--60270201	79	2.7	78	81	11	260	24	22	28	24	2.00
60279499--60279858	49	7.4	49	95	0	569	31	8	29	30	1.87
60279512--60279878	195	1.9	197	89	1	576	31	8	29	29	1.88
60279927--60280013	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
60282566--60282639	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
60282623--60282698	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
60282566--60282698	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
60287458--60287606	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60287499--60287606	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60290626--60290797	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
60290618--60290793	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
60293139--60293227	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60293139--60293218	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
60293150--60293227	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
60296163--60296334	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
60296155--60296330	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
60300982--60301111	49	2.6	51	83	7	160	26	14	31	26	1.95
60306615--60306644	14	2.2	14	94	5	53	0	10	0	90	0.47
60318042--60318085	18	2.4	18	100	0	88	36	4	18	40	1.71
60318752--60318777	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
60320864--60321035	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
60320856--60321031	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
60323138--60323225	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
60323138--60323216	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
60323149--60323225	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
60326166--60326340	45	3.8	46	80	13	225	28	29	21	20	1.98
60326174--60326344	93	1.8	92	96	1	315	27	30	21	20	1.98
60326171--60326359	46	4.1	45	73	12	152	28	29	21	20	1.98
60327790--60327859	25	2.8	25	84	0	86	25	21	24	28	1.99
60327904--60327942	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
60327904--60327943	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
60330105--60330301	50	4.0	49	81	3	223	28	27	18	25	1.98
60330119--60330302	101	1.8	99	85	2	260	29	27	17	25	1.98
60337899--60337968	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60338013--60338051	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
60338013--60338052	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
60341604--60341666	24	2.6	24	97	0	117	36	26	15	20	1.93
60342118--60342143	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60345394--60345492	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
60353058--60353156	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
60354759--60354802	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
60355125--60355184	29	2.1	29	100	0	120	3	26	0	70	1.03
60356186--60356262	40	1.9	40	97	0	145	24	18	22	35	1.96
60357362--60357400	21	1.9	20	85	15	53	17	35	25	20	1.95
60368428--60368553	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
60368367--60368553	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
60373532--60373703	93	1.8	93	94	0	308	27	29	20	21	1.98
60373525--60373700	46	3.8	46	78	12	207	28	29	20	21	1.98
60375579--60375826	40	6.2	40	88	3	331	27	28	20	23	1.99
60377502--60377564	31	2.0	31	96	0	117	52	22	4	20	1.65
60377947--60378271	48	6.7	48	78	8	275	25	27	18	28	1.98
60377947--60378271	96	3.4	96	87	1	445	25	27	18	28	1.98
60377955--60378271	144	2.2	146	79	3	336	26	27	17	28	1.98
60378253--60378288	17	2.1	17	94	0	63	27	25	19	27	1.99
60378209--60378331	65	1.9	65	84	0	165	26	28	17	27	1.98
60378272--60378392	48	2.5	48	81	5	154	26	28	17	28	1.98
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60378157--60378384	113	2.0	113	92	0	375	27	27	17	27	1.98
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60383180--60383277	24	4.0	25	93	4	157	34	6	38	20	1.77
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60388102--60388142	18	2.2	19	87	12	59	31	0	0	68	0.90
60389074--60389102	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
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60401992--60402163	93	1.8	93	89	0	272	27	28	20	22	1.99
60401984--60402159	46	3.8	46	78	10	178	28	27	20	22	1.99
60408987--60409052	24	2.7	24	80	2	78	25	19	22	31	1.98
60409035--60409128	25	3.8	25	73	10	86	34	20	23	22	1.97
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60412825--60412934	31	3.4	31	77	14	121	47	12	20	20	1.82
60412813--60412912	37	2.7	37	90	0	146	47	12	21	20	1.82
60412813--60412934	37	3.5	37	78	13	139	48	12	19	19	1.80
60413421--60413749	27	12.2	27	89	1	453	41	8	21	28	1.82
60413421--60413749	81	4.1	81	91	0	523	41	8	21	28	1.82
60413739--60413899	27	6.0	26	80	7	153	29	9	22	38	1.86
60413744--60413899	81	1.9	81	84	7	210	28	8	23	39	1.85
60413738--60413899	54	3.0	53	81	5	182	29	9	22	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60413890--60413959	27	2.6	27	84	4	88	28	22	15	32	1.95
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60419632--60419711	38	2.1	38	86	4	108	32	21	21	25	1.98
60427365--60427570	40	5.2	40	81	4	211	26	22	26	24	2.00
60427369--60427574	79	2.6	79	79	3	220	26	22	26	24	2.00
60435095--60435262	40	4.3	39	77	6	160	27	22	26	23	1.99
60437776--60437831	2	28.5	2	89	3	87	48	0	3	48	1.19
60438188--60438305	38	3.1	38	82	2	157	33	24	20	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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