genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  111  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28028973--28029006	14	2.4	14	100	0	68	35	5	14	44	1.70
28039708--28039833	32	3.9	32	88	1	162	36	22	10	30	1.87
28039828--28039895	30	2.3	30	87	2	102	25	26	11	36	1.90
28047508--28047632	66	1.9	66	96	0	232	33	8	12	46	1.70
28048365--28048493	49	2.6	49	81	2	152	22	30	20	27	1.98
28051271--28051319	20	2.5	20	90	3	73	18	14	44	22	1.85
28057292--28057355	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
28057548--28057758	23	9.0	24	91	5	335	28	21	21	27	1.99
28057548--28057758	47	4.5	47	93	4	347	28	21	21	27	1.99
28057548--28057758	70	3.0	72	91	6	335	28	21	21	27	1.99
28057817--28057873	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
28057805--28057875	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
28057810--28057864	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
28057912--28057959	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
28059118--28059195	27	2.9	26	80	14	95	21	17	21	38	1.93
28059214--28059451	27	8.7	27	76	6	212	31	7	19	40	1.80
28059241--28059519	27	10.3	27	76	7	161	34	7	20	37	1.81
28059443--28059733	27	10.8	27	83	4	300	39	8	23	28	1.83
28062990--28063021	16	2.0	16	100	0	64	31	12	12	43	1.80
28071899--28071954	20	2.8	20	97	0	103	19	35	28	16	1.93
28078067--28078135	31	2.2	31	82	5	77	26	28	31	13	1.93
28078093--28078151	31	1.9	31	85	0	82	23	27	33	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28079561--28079607	23	2.1	22	88	4	67	42	14	0	42	1.46
28083579--28083603	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76
28088649--28088782	50	2.7	50	81	4	155	26	31	16	25	1.96
28088646--28088857	44	4.5	46	76	14	195	25	29	17	26	1.98
28088742--28088954	46	4.7	46	82	8	199	24	28	18	28	1.98
28091077--28091120	20	2.3	19	84	4	52	70	2	2	25	1.10
28101548--28101586	18	2.1	19	95	4	71	38	35	5	20	1.75
28107841--28107889	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
28109565--28109671	42	2.5	42	95	0	187	29	14	32	22	1.94
28122350--28122555	40	5.2	40	93	0	342	23	21	27	27	1.99
28124126--28124168	21	2.0	21	100	0	86	18	44	32	4	1.71
28127220--28128069	427	2.0	427	89	1	1292	30	16	23	29	1.96
28130913--28131074	40	4.1	40	93	2	265	23	21	27	27	1.99
28130913--28131074	79	2.1	79	91	2	263	23	21	27	27	1.99
28133641--28133687	23	2.0	23	100	0	94	38	4	25	31	1.75
28133973--28134010	20	1.9	20	88	0	58	65	0	7	26	1.19
28134862--28134945	25	3.4	25	77	4	73	28	21	17	32	1.96
28134903--28134977	25	3.1	24	81	5	89	30	18	20	30	1.96
28135184--28135330	71	2.1	71	93	0	249	39	6	17	36	1.76
28137372--28137432	28	2.2	28	82	11	72	34	4	16	44	1.69
28138622--28138658	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
28138672--28138730	18	3.1	18	74	25	59	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28138666--28138725	22	2.8	22	82	9	63	50	0	0	50	1.00
28138629--28138711	34	2.5	34	75	13	84	51	0	0	48	1.00
28140739--28140894	74	2.1	74	96	0	294	31	8	10	50	1.66
28145075--28145486	96	4.3	95	79	6	384	26	19	29	24	1.98
28145077--28145486	144	2.9	143	83	4	470	26	19	30	24	1.98
28145077--28145486	48	8.5	48	79	2	340	26	19	30	24	1.98
28160743--28160892	40	3.8	40	77	12	132	26	24	26	22	2.00
28160782--28160908	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
28175742--28175820	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
28177786--28177997	28	7.5	28	77	3	199	16	18	34	29	1.94
28177814--28177972	29	5.6	29	79	5	180	16	16	37	29	1.91
28177784--28178026	57	4.2	57	89	1	371	17	17	35	29	1.93
28182950--28183019	28	2.5	28	90	0	113	37	10	24	28	1.88
28191881--28191934	22	2.5	21	80	14	56	44	3	1	50	1.30
28193526--28193550	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
28194810--28195132	107	3.0	107	98	0	610	43	5	8	42	1.59
28196086--28196170	31	2.7	31	83	3	82	38	9	10	41	1.72
28196109--28196170	31	2.0	32	90	3	99	37	11	9	41	1.74
28197453--28197492	9	4.6	9	90	6	64	42	0	2	55	1.13
28197452--28197489	17	2.2	17	95	0	67	42	0	2	55	1.14
28197522--28197560	20	1.9	21	89	5	62	43	0	0	56	0.99
28208023--28208080	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28209454--28209576	55	2.2	56	88	5	180	21	20	30	26	1.98
28213739--28213774	18	1.9	19	94	5	65	41	0	16	41	1.48
28222004--28222165	87	1.9	86	90	1	261	26	14	21	37	1.92
28222638--28222709	24	3.2	24	61	31	59	33	6	23	36	1.82
28222624--28222711	43	2.0	43	100	0	176	31	11	22	34	1.90
28224999--28225114	61	1.9	58	86	8	162	51	3	2	42	1.32
28225007--28225183	61	2.8	61	79	13	159	50	4	3	40	1.41
28227530--28227593	32	2.0	32	100	0	128	46	6	25	21	1.74
28232793--28232835	22	2.0	22	86	9	61	55	18	11	13	1.68
28233770--28233823	26	2.1	25	82	3	63	57	3	7	31	1.44
28234698--28234747	8	6.4	8	75	13	50	28	2	0	70	0.99
28235587--28235662	29	2.5	30	82	6	82	36	13	10	39	1.79
28238151--28238180	6	5.0	6	91	0	51	16	3	0	80	0.85
28238511--28238535	12	2.1	12	100	0	50	12	24	16	48	1.79
28238530--28238837	44	7.0	44	78	5	230	29	16	16	37	1.91
28243011--28243077	31	2.2	30	83	5	80	31	19	2	46	1.65
28244455--28244483	14	2.0	15	93	6	51	31	6	6	55	1.53
28245855--28245908	3	18.0	3	96	0	99	33	1	0	64	1.04
28251207--28251233	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
28251534--28251603	29	2.4	29	76	4	70	54	5	0	40	1.24
28252068--28252115	21	2.2	22	77	3	53	70	4	10	14	1.29
28253640--28253664	13	1.9	13	100	0	50	24	16	4	56	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28260521--28260545	13	1.9	13	100	0	50	72	0	28	0	0.86
28269160--28269229	24	2.9	24	93	0	113	34	4	40	21	1.73
28270664--28270774	27	4.2	26	80	7	116	19	23	20	36	1.95
28270664--28270774	54	2.1	53	87	1	159	19	23	20	36	1.95
28273479--28273672	40	4.8	40	89	1	289	26	27	23	23	2.00
28273479--28273673	81	2.4	81	90	0	302	26	27	23	23	2.00
28285302--28285347	6	8.0	6	92	2	69	80	0	0	19	0.71
28285302--28285355	18	3.1	17	84	10	74	77	0	0	22	0.76
28287709--28287820	28	4.2	26	80	11	118	36	22	23	17	1.95
28287709--28287820	54	2.1	54	83	6	138	36	22	23	17	1.95
28289229--28289299	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
28294134--28294335	40	5.1	40	87	3	275	22	20	29	26	1.99
28294134--28294339	79	2.6	79	89	3	301	23	20	29	26	1.99
28302241--28302484	40	6.1	40	85	0	310	24	20	27	27	1.99
28302247--28302482	120	2.0	120	88	1	357	25	19	26	28	1.99
28307577--28307677	28	3.5	30	83	6	127	30	13	26	28	1.94
28307577--28307677	29	3.5	29	81	9	116	30	13	26	28	1.94
28317373--28317411	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
28317983--28318016	15	2.4	14	95	5	59	5	0	29	64	1.17
28318012--28318047	17	2.1	17	90	10	56	0	8	2	88	0.59
28318012--28318045	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
28318693--28319270	88	7.0	83	71	15	299	36	18	16	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28318861--28318922	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
28319018--28319052	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
28319070--28319602	72	6.8	73	74	14	397	33	18	17	30	1.95
28319267--28319745	165	2.9	168	89	4	711	31	20	18	29	1.96
28319441--28319602	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
28319606--28319745	74	1.9	75	89	3	219	27	23	20	28	1.99
28319810--28319975	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
28319975--28320238	70	3.7	71	84	4	356	37	22	14	25	1.92
28319975--28320238	71	3.7	69	84	4	339	37	22	14	25	1.92
28319813--28320405	257	2.3	257	95	2	1042	36	22	14	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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