genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  180  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50267974--50268193	78	2.8	77	80	11	234	27	21	25	25	1.99
50273435--50273533	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
50281118--50281215	28	3.5	28	80	8	110	30	25	15	28	1.96
50284222--50284261	18	2.2	18	86	0	53	57	15	5	22	1.57
50284222--50284248	12	2.2	12	100	0	54	59	14	0	25	1.36
50286899--50287062	71	2.3	71	97	0	310	18	26	17	36	1.94
50286899--50287096	71	2.8	70	89	3	240	20	27	17	34	1.95
50290378--50290450	35	2.1	35	100	0	146	49	19	12	19	1.79
50290564--50290601	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
50291428--50291479	21	2.5	20	82	11	61	32	1	21	44	1.63
50295118--50295154	18	2.1	18	100	0	74	43	21	5	29	1.75
50297730--50297838	43	2.5	42	85	7	139	29	22	15	32	1.95
50301504--50301713	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
50310456--50310586	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
50310456--50310586	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
50312510--50312662	39	3.9	39	92	1	243	23	32	20	24	1.98
50318665--50318738	33	2.2	32	83	9	87	21	6	27	44	1.77
50320955--50321013	26	2.3	27	82	8	77	25	13	20	40	1.89
50320993--50321044	27	1.9	27	92	0	86	32	7	19	40	1.80
50323820--50324011	40	4.8	40	84	0	206	27	23	25	24	2.00
50331442--50331622	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
50331444--50331614	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50336856--50337071	40	5.4	40	89	2	296	25	27	22	24	2.00
50337297--50337374	39	2.0	39	100	0	156	30	12	15	41	1.85
50339243--50339316	33	2.2	32	83	9	87	21	6	27	44	1.77
50343437--50343715	47	5.8	48	74	12	225	23	30	18	27	1.97
50343536--50343660	48	2.5	50	83	7	150	24	32	16	26	1.96
50344463--50344487	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
50349965--50350008	22	2.0	22	91	4	72	27	27	36	9	1.87
50349969--50350026	22	2.6	22	86	0	71	31	29	27	12	1.92
50351117--50351448	48	7.0	47	72	12	191	24	30	18	27	1.97
50351126--50351445	47	6.7	48	74	12	241	23	30	18	26	1.98
50353404--50353461	20	2.9	20	81	0	71	43	20	25	10	1.84
50353774--50353825	12	4.2	12	80	9	59	51	40	0	7	1.30
50353782--50353825	2	22.0	2	85	0	61	50	43	0	6	1.29
50354453--50354480	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
50359175--50359199	13	1.9	13	100	0	50	24	4	0	72	1.02
50362619--50362790	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
50362611--50362786	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
50365169--50365257	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
50365169--50365248	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
50365180--50365257	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
50368210--50368381	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
50368202--50368377	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50368693--50368724	15	2.1	15	100	0	64	12	25	12	50	1.75
50371345--50371386	19	2.2	20	83	12	52	50	19	0	30	1.48
50372471--50372518	16	2.8	17	84	6	53	68	8	6	16	1.35
50379724--50379896	46	3.7	46	75	14	185	23	20	26	29	1.99
50379721--50379891	93	1.8	93	92	2	290	23	20	27	28	1.99
50384259--50384332	27	2.8	26	76	15	71	27	21	20	31	1.98
50384327--50384800	27	17.6	28	84	5	465	29	10	20	38	1.87
50384327--50384800	54	8.8	55	83	4	519	29	10	20	38	1.87
50384327--50384800	80	5.9	80	85	2	556	29	10	20	38	1.87
50385140--50385205	28	2.4	28	92	0	114	28	34	13	22	1.92
50387991--50388078	27	3.3	27	82	7	90	29	15	14	39	1.88
50388030--50388395	27	13.7	27	77	7	327	30	10	19	39	1.85
50388032--50388395	80	4.5	80	78	8	328	30	10	19	39	1.85
50388057--50388395	53	6.3	52	77	7	306	30	10	20	39	1.85
50388057--50388395	107	3.2	105	80	5	376	30	10	20	39	1.85
50388730--50388803	28	2.6	28	91	0	121	32	35	12	20	1.89
50391607--50391699	27	3.4	27	87	0	105	31	16	13	38	1.88
50391651--50392120	27	17.7	27	80	6	424	32	9	18	39	1.83
50391649--50392120	79	5.9	80	78	5	341	32	9	18	38	1.84
50392436--50392527	28	3.3	28	92	0	139	27	36	16	19	1.93
50397258--50397298	20	2.0	20	100	0	82	34	31	4	29	1.79
50398982--50399403	135	3.1	140	94	3	734	44	5	9	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50399379--50399528	75	2.0	75	90	0	237	30	16	7	46	1.74
50402543--50402590	24	2.0	24	84	8	62	29	0	25	45	1.53
50404645--50404696	26	2.0	26	96	0	95	36	5	19	38	1.76
50411633--50411717	39	2.2	39	91	4	136	22	22	25	29	1.99
50419800--50419886	39	2.2	39	93	0	147	24	24	25	26	2.00
50421130--50421172	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
50421948--50422042	44	2.2	44	85	7	124	33	22	15	28	1.95
50436764--50436802	19	2.1	19	100	0	78	25	5	10	58	1.51
50442711--50442870	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
50442711--50442870	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
50450639--50450798	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
50450639--50450798	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
50463852--50463921	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
50471677--50471746	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
50478545--50478596	25	2.1	25	100	0	104	42	0	28	28	1.56
50480434--50480486	27	2.0	27	84	0	70	43	18	7	30	1.78
50483370--50483411	17	2.5	17	96	0	75	28	19	16	35	1.93
50487538--50487744	40	5.2	40	88	4	296	24	22	27	26	2.00
50487538--50487754	119	1.8	119	85	7	307	24	22	27	25	2.00
50492732--50492884	43	3.5	44	78	4	132	24	17	26	32	1.97
50495309--50495516	40	5.2	40	81	2	211	25	23	25	25	2.00
50495311--50495516	80	2.6	80	83	3	236	25	23	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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50537407--50537597	71	2.7	72	90	4	298	26	20	23	29	1.99
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50539056--50539585	54	9.8	54	86	3	669	41	9	21	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50539056--50539585	81	6.5	81	85	4	678	41	9	21	27	1.84
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50565814--50565888	31	2.5	31	84	6	91	41	9	25	24	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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