genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  167  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46093203--46093283	23	3.4	23	83	10	92	27	24	18	29	1.98
46093334--46093393	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
46093436--46093483	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
46111230--46111293	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
46111484--46111602	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
46111484--46111602	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
46111652--46111712	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
46111755--46111802	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
46113036--46113327	27	10.9	27	86	5	349	40	8	22	28	1.83
46113278--46113527	27	9.3	27	83	3	220	32	8	20	39	1.82
46113322--46113527	53	3.9	51	78	9	180	30	7	20	41	1.80
46113402--46113544	27	5.4	26	85	3	169	32	6	19	41	1.76
46116314--46116377	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
46116568--46116709	24	6.0	24	90	5	200	26	22	21	28	1.99
46116568--46116709	47	3.0	47	89	6	198	26	22	21	28	1.99
46116758--46116818	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
46118143--46118433	134	2.2	135	84	4	381	40	8	22	28	1.83
46118143--46118433	27	10.8	27	86	3	354	40	8	22	28	1.83
46118384--46118633	27	9.3	27	82	3	213	32	8	20	38	1.83
46118170--46118505	54	6.3	53	79	4	183	38	9	21	30	1.85
46118428--46118633	80	2.6	81	80	6	206	30	7	21	40	1.81
46118482--46118650	54	3.2	54	86	5	204	32	7	19	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46118510--46118650	27	5.3	26	84	2	138	31	7	19	41	1.78
46120447--46120518	35	2.1	35	94	0	126	37	23	9	29	1.87
46122463--46122607	43	3.4	43	81	5	168	31	24	17	25	1.97
46129288--46129344	28	2.0	28	96	0	105	24	28	14	33	1.94
46137240--46137293	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
46138888--46139018	46	2.8	47	79	14	155	21	19	29	29	1.98
46138886--46139011	47	2.7	46	83	13	152	21	20	29	28	1.98
46147888--46147941	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
46149823--46149923	40	2.5	40	93	0	166	31	28	17	21	1.96
46156398--46156512	57	2.0	57	96	3	214	46	13	5	34	1.66
46158312--46158473	86	1.9	86	84	5	220	30	27	16	24	1.97
46158324--46158473	43	3.5	42	80	5	149	30	28	17	24	1.97
46159601--46159629	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
46165495--46165538	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
46167332--46167400	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
46168564--46168723	86	1.9	86	83	7	209	28	28	18	25	1.98
46168564--46168733	43	4.0	42	77	13	166	30	27	17	24	1.97
46172481--46172628	40	3.7	40	91	1	217	23	22	29	25	1.99
46174501--46174668	46	3.6	47	79	7	182	22	28	19	29	1.98
46174446--46174671	94	2.4	91	82	9	262	23	28	19	27	1.99
46176470--46176530	32	1.9	32	83	9	81	37	4	0	57	1.20
46177036--46177073	18	2.2	18	85	4	51	52	2	0	44	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46179402--46179431	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
46179508--46179544	12	2.9	13	84	15	51	59	0	2	37	1.12
46179948--46180001	18	3.2	18	76	21	55	77	0	7	14	0.97
46179964--46180002	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
46180211--46180278	15	4.3	15	69	10	55	4	2	20	72	1.16
46180243--46180278	16	2.3	15	95	4	63	5	0	27	66	1.13
46180211--46180314	49	2.1	49	94	1	183	3	3	18	74	1.13
46181199--46181518	74	4.3	73	83	5	374	33	18	15	31	1.93
46181074--46182374	72	16.5	76	70	16	707	33	19	16	30	1.94
46181603--46182374	75	10.0	75	75	11	610	33	19	16	30	1.94
46181885--46182374	80	6.5	72	77	11	466	31	20	16	31	1.95
46195943--46195972	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
46196473--46196526	18	3.2	18	76	21	55	77	0	7	14	0.97
46196489--46196527	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
46196724--46196788	32	2.0	33	88	11	98	4	6	12	76	1.12
46196769--46196840	15	4.7	15	69	6	63	4	2	26	66	1.23
46196746--46196841	47	2.0	49	95	4	178	4	5	22	67	1.28
46204108--46204192	32	2.7	32	86	0	116	23	36	27	12	1.91
46210348--46210385	16	2.4	16	95	0	67	44	5	21	28	1.73
46211880--46212067	40	4.7	40	91	1	279	25	28	21	24	1.99
46216596--46216706	27	4.2	26	84	10	134	36	22	24	17	1.95
46216596--46216706	54	2.1	54	86	5	154	36	22	24	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46216812--46216874	26	2.4	26	84	7	74	28	9	25	36	1.87
46218089--46218145	25	2.3	24	90	6	87	19	36	5	38	1.74
46224478--46224582	27	3.9	27	86	9	142	36	21	24	17	1.95
46224471--46224582	54	2.1	54	88	3	163	37	22	24	16	1.93
46224687--46224761	26	2.8	27	82	9	75	29	12	22	36	1.90
46225963--46226019	25	2.3	24	93	6	96	19	38	5	36	1.74
46228998--46229045	15	3.2	15	87	0	69	12	16	16	54	1.72
46229721--46229749	15	2.0	15	93	6	51	10	13	20	55	1.68
46232460--46232677	40	5.5	40	87	2	280	22	23	27	26	2.00
46236936--46236973	16	2.4	16	95	0	67	42	2	23	31	1.68
46239077--46239363	101	2.8	101	84	0	349	30	24	17	27	1.97
46239024--46239371	151	2.3	151	80	3	360	30	24	17	28	1.97
46239024--46239372	50	6.9	50	75	3	279	30	24	17	28	1.97
46241649--46241679	13	2.4	13	100	0	62	29	16	22	32	1.95
46252992--46253097	42	2.5	43	86	6	144	25	16	22	34	1.95
46256085--46256208	27	4.6	27	91	0	185	35	19	20	25	1.95
46256092--46256226	27	5.0	27	90	0	171	34	19	21	24	1.96
46256737--46256797	22	2.8	22	78	9	70	18	21	24	36	1.95
46257064--46257151	6	14.3	6	71	17	65	18	20	14	46	1.84
46257067--46257127	25	2.4	25	94	0	104	18	21	16	44	1.87
46264042--46264068	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
46271387--46271473	37	2.3	37	90	5	140	26	32	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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46275496--46275766	119	2.3	120	92	1	465	26	29	19	23	1.98
46277651--46277737	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
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46277808--46278156	146	2.4	147	95	0	637	30	29	8	30	1.88
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46325258--46325356	34	2.7	36	90	9	148	25	28	22	24	1.99
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46333298--46333494	40	4.9	40	85	3	236	25	25	21	26	2.00
46333298--46333494	79	2.5	79	84	0	259	25	25	21	26	2.00
46344623--46344647	12	2.1	12	100	0	50	36	0	24	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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46359492--46359606	31	3.7	31	90	1	169	29	24	17	28	1.97
46359630--46359763	42	3.2	42	97	0	250	33	19	14	32	1.92
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46360778--46360840	27	2.4	27	81	2	74	23	23	15	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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