genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.336.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  336  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96988313--96988394	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
96995344--96995443	43	2.3	42	83	6	112	32	27	16	25	1.96
97001575--97001706	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
97005543--97005709	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
97013534--97013700	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
97019525--97019692	43	3.9	43	79	3	185	23	16	28	31	1.96
97026978--97027150	43	4.0	42	75	15	147	30	27	18	24	1.98
97027657--97027708	28	1.9	26	84	7	68	25	17	5	51	1.67
97027875--97027909	18	2.0	18	94	5	63	62	11	2	22	1.41
97033055--97033169	31	3.7	31	91	1	187	29	25	17	27	1.97
97033193--97033284	42	2.2	42	90	0	139	35	21	13	29	1.91
97034259--97034336	27	2.9	26	74	14	77	23	20	20	35	1.96
97034377--97034428	27	1.9	27	88	7	79	34	11	11	42	1.77
97034439--97034840	27	14.9	27	79	3	184	34	8	20	35	1.84
97034531--97034685	54	2.9	54	83	3	222	42	9	20	27	1.82
97034667--97034840	54	3.2	53	82	3	222	32	9	18	39	1.84
97037063--97037169	31	3.5	31	93	0	169	29	26	16	27	1.97
97037193--97037284	42	2.2	42	94	0	157	33	22	13	30	1.92
97038259--97038323	27	2.4	27	79	5	78	21	24	20	33	1.97
97038367--97038419	27	2.0	27	84	0	70	35	13	15	35	1.86
97038377--97038511	27	4.9	27	76	10	94	31	8	18	41	1.81
97038464--97038538	27	2.8	27	85	4	89	25	9	24	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97038530--97038714	27	6.9	27	89	0	271	37	8	23	30	1.84
97038703--97038866	27	6.1	27	76	8	165	31	10	19	38	1.85
97038586--97038848	81	3.3	79	79	6	233	33	9	22	34	1.87
97038710--97038867	80	2.0	81	87	3	230	30	10	19	39	1.86
97038704--97038865	53	3.0	53	78	7	150	30	10	19	38	1.86
97038720--97038884	27	6.1	27	75	10	124	31	10	18	39	1.85
97040184--97040337	47	3.3	47	90	3	240	27	30	7	33	1.85
97041161--97041225	33	2.0	33	100	0	130	29	18	9	43	1.81
97042077--97042319	117	2.1	117	98	0	468	33	25	8	32	1.86
97043940--97043993	25	2.2	25	86	6	74	27	29	11	31	1.91
97044163--97044439	40	6.9	40	94	0	428	25	31	23	19	1.98
97046422--97046575	47	3.3	47	87	3	222	29	29	7	33	1.84
97048283--97048525	117	2.1	117	99	0	477	33	25	8	32	1.86
97051337--97051477	44	3.3	43	81	6	144	25	18	24	31	1.97
97051374--97051477	42	2.4	43	80	6	131	26	17	22	33	1.96
97051337--97051495	43	3.7	43	75	10	155	23	17	25	32	1.97
97052722--97052753	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
97055208--97055265	25	2.3	25	82	11	66	65	1	10	22	1.32
97066102--97066141	20	2.0	20	85	5	53	40	0	15	45	1.46
97069008--97069169	43	3.8	43	87	2	220	30	21	27	20	1.98
97069149--97069250	40	2.5	40	74	1	96	29	14	29	26	1.95
97076732--97076887	43	3.7	43	88	2	217	30	19	28	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97076878--97076967	40	2.2	41	82	4	110	25	17	27	28	1.98
97077450--97077482	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
97081537--97081632	43	2.2	43	96	0	174	29	23	26	20	1.99
97083073--97083221	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
97083114--97083221	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
97084981--97085083	40	2.5	40	76	1	98	30	19	25	25	1.98
97085565--97085597	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
97098881--97099051	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
97106910--97107080	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
97122757--97122791	16	2.2	16	94	0	61	8	17	20	54	1.68
97126537--97126584	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
97126621--97126691	20	3.5	20	90	0	106	33	12	22	30	1.91
97126737--97126902	23	7.0	23	89	4	235	28	22	22	27	1.99
97126738--97126902	47	3.5	46	88	6	224	27	22	22	27	1.99
97127093--97127156	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
97129144--97129280	43	3.2	43	72	13	113	28	22	18	29	1.98
97130212--97130372	86	1.9	85	85	6	227	24	18	27	30	1.97
97130202--97130372	43	4.0	43	79	8	170	24	16	27	30	1.97
97131144--97131182	19	2.1	19	85	9	53	38	0	17	43	1.50
97135306--97135644	27	12.6	27	85	3	414	28	22	8	40	1.83
97135354--97135688	81	4.1	81	83	2	253	28	23	8	39	1.84
97136968--97137024	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97136966--97137028	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
97137083--97137271	24	8.0	23	90	5	274	29	23	21	25	1.99
97137463--97137526	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
97141521--97141634	43	2.7	43	87	2	149	32	28	15	23	1.95
97146318--97146403	44	1.9	45	90	2	138	44	24	9	22	1.82
97153243--97153545	49	6.3	49	90	3	429	28	30	8	32	1.88
97174908--97174979	37	2.0	34	81	7	81	5	37	1	55	1.32
97180498--97180576	31	2.5	31	89	0	131	21	25	18	34	1.96
97180793--97180889	26	3.8	26	90	1	135	28	21	22	26	1.99
97180793--97180889	51	1.9	51	89	4	151	28	21	22	26	1.99
97180937--97180975	11	3.7	11	83	13	55	33	17	10	38	1.84
97182277--97182301	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
97204638--97204676	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
97205373--97205445	32	2.2	33	82	4	85	54	4	6	34	1.46
97206820--97206871	21	2.5	21	87	0	77	32	51	9	5	1.58
97208306--97208747	221	2.0	221	94	0	776	35	28	11	25	1.90
97212553--97212598	13	3.5	13	77	16	58	60	4	2	32	1.28
97212553--97212605	16	3.6	16	71	23	62	62	3	1	32	1.24
97212553--97212613	21	2.9	20	76	9	59	63	3	3	29	1.26
97212555--97212620	27	2.6	27	85	7	75	65	4	3	27	1.27
97222585--97222679	47	2.0	47	97	0	181	36	16	13	32	1.88
97223565--97223622	24	2.4	25	94	5	102	27	17	5	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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97235456--97235499	3	16.3	3	78	21	53	63	0	0	36	0.95
97235456--97235506	8	6.4	8	80	17	61	62	1	0	35	1.06
97235454--97235499	16	2.9	16	90	9	76	63	0	0	36	0.95
97235454--97235498	21	2.1	21	100	0	90	62	0	0	37	0.96
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97245608--97245654	20	2.3	21	85	7	69	76	6	0	17	0.98
97245666--97245724	9	6.6	9	88	0	82	22	8	25	44	1.81
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97260920--97260962	18	2.3	18	84	11	52	48	6	2	41	1.43
97260950--97260993	22	2.0	23	81	4	54	43	2	11	43	1.53
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97291118--97291197	27	3.0	27	79	1	81	38	11	23	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97295196--97295266	29	2.4	29	88	0	97	23	33	16	25	1.96
97295489--97295547	16	3.7	16	74	0	55	16	16	16	49	1.81
97310025--97310073	25	1.9	26	87	4	73	24	8	8	59	1.54
97314196--97314267	29	2.5	28	86	6	92	27	26	15	30	1.96
97322074--97322175	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
97323452--97323524	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
97329035--97329072	20	2.0	19	90	10	60	63	0	18	18	1.32
97340551--97340607	11	5.0	11	77	12	53	22	1	0	75	0.90
97340547--97340585	19	2.1	19	90	0	60	20	5	0	74	1.01
97342081--97342120	6	7.2	6	88	11	59	17	0	0	82	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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