genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  264  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75680055--75680272	79	2.7	79	83	8	280	26	21	26	25	2.00
75680061--75680305	79	3.1	79	81	7	223	27	21	26	25	1.99
75682024--75682170	29	5.2	29	75	3	120	27	14	31	26	1.95
75687527--75687564	20	1.9	20	84	10	51	65	0	7	26	1.19
75687508--75687576	25	2.5	28	77	11	72	59	2	5	31	1.36
75689462--75689498	17	2.2	17	90	0	56	62	2	35	0	1.10
75689465--75689519	19	2.9	18	80	17	58	60	3	34	1	1.25
75689504--75689538	11	3.1	11	88	8	52	62	0	34	2	1.10
75693249--75693311	29	2.2	28	91	2	99	14	22	41	22	1.89
75696573--75696609	15	2.5	15	95	0	65	21	27	18	32	1.97
75708491--75708632	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
75708529--75708658	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
75712757--75712826	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
75712757--75712838	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
75720761--75720830	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
75720761--75720842	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
75726662--75726871	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
75734796--75735005	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
75739526--75739584	27	2.1	28	87	3	84	20	15	37	27	1.92
75739898--75740156	27	9.7	27	81	6	285	39	16	10	33	1.82
75740066--75740195	27	4.9	27	81	6	97	41	17	9	31	1.81
75739907--75740195	54	5.4	53	75	9	169	39	16	10	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75739898--75740195	81	3.7	81	83	5	243	39	16	10	33	1.82
75740147--75740227	27	3.0	26	80	8	83	37	18	17	27	1.93
75747549--75747578	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
75748279--75748535	40	6.5	40	83	3	299	23	22	28	25	1.99
75748279--75748535	80	3.2	80	86	2	331	23	22	28	25	1.99
75755094--75755223	57	2.3	55	89	3	199	53	10	20	15	1.70
75756477--75756719	40	6.1	39	87	3	319	22	23	28	25	1.99
75759017--75759069	26	2.0	26	96	0	97	33	22	16	26	1.96
75759049--75759202	56	2.8	56	83	0	200	35	24	14	25	1.93
75765861--75765930	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
75773800--75773979	40	4.7	40	94	5	304	20	29	22	27	1.99
75781974--75782153	40	4.7	40	95	4	318	21	29	23	26	1.99
75784048--75784076	14	2.1	14	100	0	58	34	13	27	24	1.93
75791556--75791743	40	4.7	39	88	3	182	25	27	21	25	2.00
75791543--75791743	80	2.5	80	82	3	242	27	26	20	24	1.99
75799730--75799779	25	2.0	25	88	0	73	34	24	16	26	1.95
75799827--75799882	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
75799816--75799882	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
75799932--75800035	23	4.4	24	90	6	167	29	18	22	29	1.97
75799933--75800028	47	2.1	46	94	2	165	29	18	20	31	1.97
75800243--75800305	31	2.1	30	90	3	99	38	15	22	23	1.93
75802290--75802333	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75804846--75804901	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
75804835--75804901	20	3.3	20	91	0	107	35	11	20	31	1.89
75804951--75805068	23	5.0	24	89	7	179	28	20	22	28	1.98
75804952--75805047	47	2.1	46	96	2	174	29	19	20	30	1.97
75805262--75805324	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
75810983--75811058	31	2.5	31	93	0	125	19	31	30	18	1.96
75813073--75813156	44	1.9	44	85	4	116	36	11	25	26	1.90
75813296--75813417	47	2.6	47	94	0	208	36	15	22	25	1.93
75813396--75813602	54	3.9	54	82	3	238	34	17	25	22	1.96
75813404--75813600	107	1.8	108	87	1	297	34	17	25	22	1.96
75814228--75814339	55	2.0	55	96	0	206	33	4	22	40	1.74
75824523--75824708	40	4.7	40	89	5	261	24	21	27	26	1.99
75824523--75824741	80	2.8	80	83	8	270	25	21	26	26	1.99
75832658--75832843	40	4.7	40	89	5	261	24	21	27	26	1.99
75832658--75832876	80	2.8	80	83	8	270	25	21	26	26	1.99
75837533--75837828	40	7.5	40	90	2	404	25	28	23	22	1.99
75839672--75839749	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
75847524--75847601	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
75855146--75855215	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
75857792--75857847	26	2.2	26	96	0	103	21	25	37	16	1.93
75870603--75870679	38	2.0	38	97	0	145	31	20	12	35	1.91
75872133--75872183	24	2.1	24	100	0	102	33	13	23	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75876648--75876705	26	2.2	27	84	3	73	55	1	8	34	1.41
75880616--75880656	2	20.5	2	89	0	64	43	0	4	51	1.23
75881115--75881157	2	21.5	2	95	0	77	53	0	0	46	1.00
75884264--75884333	33	2.1	33	100	0	140	20	21	8	50	1.74
75885275--75885396	43	2.8	43	82	2	138	36	18	21	23	1.94
75886968--75887020	26	2.0	26	89	7	81	32	7	3	56	1.45
75894433--75894608	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
75894429--75894600	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
75897556--75897634	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
75897547--75897633	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
75900007--75900187	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
75900009--75900179	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
75908811--75909623	45	17.7	48	66	17	305	33	19	19	27	1.96
75908239--75909644	137	10.3	137	92	0	2247	34	19	19	27	1.96
75911273--75911320	25	1.9	25	87	8	71	33	8	4	54	1.50
75913503--75913527	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
75919522--75919595	24	3.1	24	98	0	139	50	4	1	44	1.29
75919875--75919911	19	1.9	19	88	0	56	45	13	0	40	1.43
75921670--75921736	28	2.4	28	82	0	80	11	38	22	26	1.89
75922727--75922895	46	3.6	45	78	10	146	23	28	20	27	1.99
75924167--75924235	31	2.2	31	87	10	97	44	4	18	31	1.69
75928481--75928740	40	6.6	40	88	2	373	23	19	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75928481--75928740	119	2.2	119	88	2	371	23	19	29	27	1.98
75946259--75946294	16	2.2	16	95	0	63	22	8	5	63	1.43
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76016613--76016652	18	2.2	18	86	0	53	42	5	15	37	1.68
76020953--76021180	46	5.0	46	92	1	332	40	14	23	21	1.90
76026434--76026608	49	3.5	48	82	6	233	28	25	18	27	1.98
76026426--76026607	100	1.8	100	95	0	328	28	24	19	27	1.99
76030724--76030775	25	2.1	24	82	13	61	57	1	0	40	1.10
76037982--76038027	18	2.5	18	82	3	56	32	13	17	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76038304--76038360	30	1.9	29	85	3	78	21	38	0	40	1.53
76039000--76039025	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
76046118--76046221	51	2.0	51	98	0	199	29	16	27	25	1.97
76046263--76046357	33	2.9	33	78	9	95	47	17	18	15	1.83
76046553--76046596	22	2.0	22	100	0	88	40	22	27	9	1.84
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76051816--76051859	21	2.1	21	83	8	54	54	2	0	43	1.12
76060879--76060918	6	6.7	6	100	0	80	32	15	35	17	1.91
76063690--76063757	16	4.4	15	83	5	82	54	5	0	39	1.25
76063700--76063773	16	4.6	16	81	5	87	56	5	0	37	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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