genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  229  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64512555--64512608	27	2.0	27	100	0	108	25	11	7	55	1.61
64514209--64514256	24	2.0	24	95	0	87	12	22	2	62	1.40
64516674--64516717	20	2.2	20	84	8	54	50	22	0	27	1.50
64518940--64519010	37	1.9	37	94	0	124	25	33	19	21	1.97
64519055--64519730	48	14.0	48	91	0	1066	31	27	5	34	1.81
64522529--64522825	148	2.0	149	97	0	560	38	21	4	34	1.75
64524796--64524838	16	2.7	16	88	0	59	55	20	16	6	1.64
64525073--64525164	29	3.2	29	83	4	116	27	13	30	29	1.94
64527576--64527706	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
64527575--64527706	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
64531718--64531810	29	3.2	29	93	1	152	25	27	16	30	1.96
64533123--64533161	20	2.1	18	86	13	53	10	15	0	74	1.07
64538349--64538480	30	4.5	30	84	9	155	29	25	13	31	1.94
64538348--64538480	59	2.3	58	82	5	160	29	25	13	31	1.94
64542793--64542831	19	2.2	17	90	9	60	0	35	0	64	0.94
64542844--64542890	19	2.5	19	77	16	53	10	12	2	74	1.16
64551518--64551552	6	5.8	6	93	0	61	48	14	17	20	1.81
64552427--64552470	20	2.4	18	88	11	63	0	34	0	65	0.93
64568782--64568855	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
64568839--64568914	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
64568782--64568914	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
64576658--64576731	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64576715--64576790	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
64576658--64576790	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
64581611--64581699	43	2.1	43	91	0	142	31	21	22	24	1.98
64586714--64587042	48	6.9	48	95	0	577	34	6	28	30	1.83
64588525--64588842	40	7.9	40	95	0	555	21	22	29	26	1.99
64590373--64590797	48	8.9	48	95	2	728	34	6	28	30	1.82
64595195--64595284	43	2.1	43	93	0	153	31	23	21	24	1.98
64602676--64602749	31	2.4	31	95	2	132	27	25	18	28	1.98
64602969--64603038	25	2.8	25	91	4	106	22	24	28	24	1.99
64603942--64604181	27	8.8	26	79	5	165	32	8	19	39	1.82
64604058--64604214	54	2.9	54	80	5	176	29	11	20	38	1.87
64604058--64604214	81	1.9	81	82	7	194	29	11	20	38	1.87
64604058--64604221	27	6.1	27	79	7	136	28	11	21	37	1.89
64604213--64604275	27	2.3	27	86	5	83	39	9	23	26	1.86
64606730--64606834	40	2.6	40	84	0	120	20	17	25	36	1.94
64606822--64606875	28	1.9	28	84	0	72	20	12	37	29	1.90
64608784--64608947	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
64608784--64608981	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
64615947--64616118	40	4.3	40	82	6	199	24	20	26	28	1.99
64627178--64627352	40	4.4	40	82	7	216	24	21	28	26	1.99
64627178--64627352	79	2.2	80	86	8	243	24	21	28	26	1.99
64629288--64629378	40	2.3	40	84	3	112	24	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64633608--64633657	21	2.4	21	96	0	91	22	28	18	32	1.97
64636066--64636126	30	2.0	31	90	3	97	34	8	24	32	1.85
64636854--64636962	48	2.3	48	88	0	164	36	21	22	20	1.95
64636947--64637057	47	2.4	47	92	0	186	36	14	22	26	1.92
64637037--64637216	55	3.3	54	77	8	186	38	16	23	21	1.93
64641749--64641972	40	5.6	40	86	3	288	23	23	27	25	2.00
64641753--64641972	83	2.7	80	87	5	284	23	23	27	25	2.00
64645885--64645942	30	1.9	31	82	3	73	37	12	22	27	1.89
64646437--64646520	44	1.9	44	85	4	116	41	11	21	25	1.87
64648121--64648193	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
64649364--64649419	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
64656018--64656090	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
64657689--64657836	54	2.7	55	85	3	192	35	18	25	20	1.95
64657689--64657861	54	3.2	54	81	7	190	36	18	24	20	1.95
64658119--64658321	54	3.8	54	80	4	194	36	18	24	20	1.94
64662114--64662157	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
64662384--64662565	40	4.6	40	91	2	278	28	25	23	22	1.99
64675042--64675260	39	5.6	40	87	8	308	23	22	27	26	2.00
64675042--64675260	77	2.8	79	88	8	306	23	22	27	26	2.00
64683112--64683329	39	5.5	39	83	5	242	23	22	26	27	2.00
64685447--64685574	49	2.7	47	81	6	150	27	19	27	25	1.99
64693957--64694150	49	3.9	49	81	5	246	26	19	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64693959--64694146	100	1.9	100	95	0	340	26	20	25	28	1.99
64700256--64700288	12	2.8	12	100	0	66	24	27	24	24	2.00
64701496--64701530	13	2.7	13	95	0	61	31	8	22	37	1.85
64705357--64705382	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
64705406--64705435	7	4.1	7	95	4	51	46	0	0	53	1.00
64708555--64708718	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
64716085--64716248	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
64723871--64723946	34	2.2	34	92	0	125	28	19	19	31	1.97
64724327--64724406	40	2.0	40	100	0	160	42	17	7	32	1.77
64725644--64725728	41	2.1	41	100	0	170	35	14	27	23	1.93
64728242--64728267	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
64728967--64729116	40	3.7	40	80	7	169	25	22	26	26	2.00
64728969--64729123	80	1.9	81	82	3	197	25	21	26	25	2.00
64735322--64736787	729	2.0	729	91	3	2367	30	14	23	31	1.94
64737703--64737850	38	3.8	39	82	9	160	26	22	27	22	2.00
64745650--64745817	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
64747401--64747438	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
64750427--64750495	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
64754173--64754241	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
64762308--64762471	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
64762308--64762505	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
64769876--64770039	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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64888770--64888951	78	2.3	80	86	6	255	24	22	27	25	2.00
64892371--64892488	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64892339--64892502	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64895057--64895106	25	2.0	25	100	0	100	28	24	8	40	1.83
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64918974--64919042	17	4.3	16	75	17	63	14	5	2	76	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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